Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014182.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129215, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1821
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.23, T:0.29
Found at i:1410 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1375--1728 Score: 151
Period size: 28 Copynumber: 12.1 Consensus size: 27
1365 TAGCAACTCG
1375 AGGGTAAAATGGTAATTTTGGAAGTTC
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTGGAAGTTC
*
1402 AGGGATAAAATGGTAGTTTTGGAAGATTC
1 AGGG-TAAAATGGTAATTTTGGAAG-TTC
* * * *
1431 GGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTCC
1 AGGG-T-AAAATGGTAATTTTGGAAGTTC
*
1460 GAGGGTAATATGGTAATTTTGGAAGCTTC
1 -AGGGTAAAATGGTAATTTTGGAAG-TTC
* *
1489 GAGGTTAACAAATGAG-ATTTTTGGGAA-TTC
1 -AGGGT-A-AAATG-GTAATTTT-GGAAGTTC
* * *
1519 GGGGGTAAAACGATAATTTTGGAAGCTTC
1 -AGGGTAAAATGGTAATTTTGGAAG-TTC
* *
1548 GAGGTTAAAAATGAG-ATTTTTGGGAA-TTC
1 -AGGGT-AAAATG-GTAATTTT-GGAAGTTC
* *
1577 AAGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAATCTTC
1 -AGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGAA-GTTC
* * * * *
1607 GGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGGAATTTG
1 AGGGT--AAAATGGTAATTTT-GGAAGTTC
* *
1637 GGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGCTTC
1 AGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGAAG-TTC
* * *
1666 GGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGGAA-TTC
1 AGGGT--AAAATGGTAATTTT-GGAAGTTC
* *
1695 GGGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1 -AGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGAA-GTTC
1725 AGGG
1 AGGG
1729 ACCTCCGGTG
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 46, Indels: 60
0.70 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.04
28 76 0.30
29 61 0.24
30 64 0.26
31 35 0.14
32 5 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.31, T:0.32
Consensus pattern (27 bp):
AGGGTAAAATGGTAATTTTGGAAGTTC
Found at i:1442 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 1380--1720 Score: 395
Period size: 59 Copynumber: 5.8 Consensus size: 59
1370 ACTCGAGGGT
* * * * * *
1380 AAAATGGTAATTTT-GGAAGTTCAGGGATAAAATGGT-AGTTTTGGAAGATTCGGGGTTA
1 AAAATGGGATTTTTGGGAA-TTCAGGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGTTA
* * * * *
1438 AAAATGGGATTTTT-GGAAGTCCGAGGGTAATATGGTAA-TTTTGGAAGCTTCGAGGTTA
1 AAAATGGGATTTTTGGGAATTCAG-GGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGTTA
* * * *
1496 ACAAATGAGATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGATAA-TTTTGGAAGCTTCGAGGTTA
1 A-AAATGGGATTTTTGGGAATTCAGGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGTTA
* * * *
1555 AAAATGAGATTTTTGGGAATTCAAGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAATCTTCGGGGTCA
1 AAAATGGGATTTTTGGGAATTCAGGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGTTA
** ** *
1614 AAAATGGGATTTTTGGGAATTTGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGTCA
1 AAAATGGGATTTTTGGGAATTCAGGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGTTA
*
1673 AAAATGGGATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAG
1 AAAATGGGATTTTTGGGAATTCAGGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAG
1721 GTTCAGGGAC
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 30, Indels: 9
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
57 3 0.01
58 79 0.32
59 159 0.64
60 7 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.30, T:0.32
Consensus pattern (59 bp):
AAAATGGGATTTTTGGGAATTCAGGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGTTA
Found at i:1528 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 1390--1720 Score: 425
Period size: 117 Copynumber: 2.8 Consensus size: 117
1380 AAAATGGTAA
* * * *
1390 TTTT-GGAAGTTCAGGGATAAAATGGTAGTTTTGGAAGATTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTT-G
1 TTTTGGGAA-TTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGAAGCTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGG
* * * *
1453 GAAGTCCGAGGGTAATATGGTAA-TTTTGGAAGCTTCGAGGTTAACAAATGAGAT
65 GAA-TTCGAGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGAGGTCAA-AAATGAGAT
* * * *
1507 TTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGATAATTTTGGAAGCTTCGAGGTTAAAAATGAGATTTTTGGG
1 TTTTGGGAATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGAAGCTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGG
* * * *
1572 AATTCAAGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAATCTTCGGGGTCAAAAATGGGAT
66 AATTCGAGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGAGGTCAAAAATGAGAT
* * *
1624 TTTTGGGAATTTGGGGGTAAAATAGTAATTTTTGGAAGCTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGG
1 TTTTGGGAATTCGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGAAGCTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGG
*
1689 GAATTCGGGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAG
65 GAATTCGAGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAG
1721 GTTCAGGGAC
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 26, Indels: 7
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
117 96 0.52
118 88 0.48
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (117 bp):
TTTTGGGAATTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGAAGCTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGG
AATTCGAGGGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGCTTCGAGGTCAAAAATGAGAT
Found at i:1536 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 1418--1720 Score: 405
Period size: 59 Copynumber: 5.2 Consensus size: 59
1408 AAAATGGTAG
* * * * *
1418 TTTTGGAAGATTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTT-GGAAGTCCGAGGGTAATATGGTAA-
1 TTTTGGAAGCTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGGAA-TTCGGGGGTAAAACGGTAAT
* * *
1476 TTTTGGAAGCTTCGAGGTTAACAAATGAGATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGATAA-
1 TTTTGGAAGCTTCGGGGTTAA-AAATGGGATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTAAT
* * **
1535 TTTTGGAAGCTTCGAGGTTAAAAATGAGATTTTTGGGAATTCAAGGGTAAAACGGTAAT
1 TTTTGGAAGCTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTAAT
* * * **
1594 TTTTGGAATCTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGGAATTTGGGGGTAAAATAGTAAT
1 TTTTGGAAGCTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTAAT
*
1653 TTTTGGAAGCTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTAAT
1 TTTTGGAAGCTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTAAT
1712 TTTTGGAAG
1 TTTTGGAAG
1721 GTTCAGGGAC
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 24, Indels: 5
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
58 53 0.24
59 161 0.74
60 4 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (59 bp):
TTTTGGAAGCTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTAAT
Found at i:1713 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1505--1717 Score: 138
Period size: 29 Copynumber: 7.3 Consensus size: 29
1495 AACAAATGAG
*
1505 ATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGATA
1 ATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTA
* * **
1534 A-TTTT-GGAAGCTTCGAGGTTAAAAATG-A
1 ATTTTTGGGAA--TTCGGGGGTAAAACGGTA
**
1562 GATTTTTGGGAATTCAAGGGTAAAACGGTA
1 -ATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTA
* *
1592 ATTTTT-GGAATCTTC-GGGGTCAAAAATGG-G
1 ATTTTTGGGAA--TTCGGGGGT--AAAACGGTA
* **
1622 ATTTTTGGGAATTTGGGGGTAAAATAGTA
1 ATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTA
* *
1651 ATTTTT-GGAAGCTTC-GGGGTCAAAAATGG-G
1 ATTTTTGGGAA--TTCGGGGGT--AAAACGGTA
1681 ATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTA
1 ATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTA
1710 ATTTTTGG
1 ATTTTTGG
1718 AAGGTTCAGG
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 20, Indels: 40
0.71 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
27 4 0.03
28 25 0.17
29 59 0.41
30 32 0.22
31 24 0.17
ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
ATTTTTGGGAATTCGGGGGTAAAACGGTA
Done.