genome.fa.s14184.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014184.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129217, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  345611

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1001--2925	417	4.6	429	76	9	1297	28	15	14	41	1.86
1360--2925	215	7.4	216	77	8	1457	28	16	13	41	1.86
1001--2925	216	9.2	214	76	10	1540	28	15	14	41	1.86
1404--2925	417	3.6	413	77	10	1327	28	15	13	41	1.86
2275--2660	201	1.9	201	85	4	528	27	13	14	43	1.83
2623--3280	355	1.9	356	87	2	975	29	17	13	39	1.88
2975--4204	216	5.7	214	80	5	1279	28	17	13	40	1.87
2202--3711	786	1.9	773	82	5	1853	28	16	14	40	1.87
2975--4203	431	2.9	428	83	4	1481	28	17	13	40	1.87
5331--5472	50	2.8	51	75	10	139	35	13	14	35	1.86
6783--11176	215	20.9	214	77	8	3714	28	16	14	40	1.87
5868--11176	431	12.7	429	78	8	4428	28	16	14	40	1.87
9370--9830	206	2.3	201	80	6	500	26	15	15	41	1.87
9531--9908	200	1.9	200	83	4	494	26	14	16	42	1.86
10079--11176	214	5.1	215	79	5	1094	29	16	13	41	1.86
11756--11818	32	2.0	32	93	0	108	31	11	19	38	1.86
15015--15053	13	2.9	14	80	7	53	66	0	28	5	1.12
17790--17852	32	2.0	32	87	0	90	31	11	19	38	1.86
27104--27174	5	14.8	5	80	5	67	76	4	15	4	1.10
27104--27172	20	3.6	19	80	7	79	75	4	15	4	1.12
27104--27176	27	2.6	27	80	6	83	76	4	15	4	1.08
31447--31507	30	2.0	30	100	0	122	26	6	13	54	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34934--34966	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
35161--35316	50	3.1	50	76	6	145	36	15	10	37	1.81
37232--37330	39	2.5	39	93	0	171	53	16	5	25	1.63
40457--40495	13	2.9	14	80	7	53	5	25	2	66	1.25
43645--43707	32	2.0	32	87	0	90	41	19	6	33	1.76
43753--43851	39	2.5	39	87	6	146	50	16	6	27	1.68
44557--44623	5	13.4	5	78	6	55	71	7	17	2	1.22
44557--44618	25	2.5	25	81	0	79	70	8	17	3	1.25
47951--48317	189	1.9	191	82	6	460	29	15	14	40	1.87
48159--48619	216	2.1	214	84	3	595	27	18	13	40	1.88
48312--48976	357	1.9	357	85	1	931	28	18	13	39	1.88
48669--49579	216	4.3	214	80	8	966	29	16	13	40	1.87
49173--49553	202	1.9	201	83	1	494	27	16	13	42	1.85
54681--54873	52	3.7	52	90	1	280	31	22	17	29	1.96
55737--55780	20	2.1	21	83	4	54	36	13	2	47	1.56
58547--58586	21	1.9	21	94	0	71	55	0	10	35	1.34
67847--67886	20	2.0	20	85	0	53	30	10	17	42	1.82
69298--69392	43	2.2	43	90	0	145	43	16	9	30	1.80
69268--69455	99	1.9	99	80	2	216	45	15	7	30	1.74
72190--72279	45	2.0	45	100	0	180	37	15	17	28	1.91
83965--83989	13	1.9	13	100	0	50	44	16	0	40	1.47
83944--84031	46	1.9	46	90	0	140	43	11	10	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84339--84404	18	3.7	18	82	13	75	48	0	1	50	1.10
84339--84383	6	7.5	6	90	9	74	48	0	0	51	1.00
84992--85057	29	2.3	29	80	12	82	69	3	1	25	1.11
90983--91046	17	3.8	17	83	2	67	48	12	18	20	1.80
101557--101581	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
107351--107408	18	3.2	18	80	4	55	37	24	17	20	1.93
113310--113349	21	1.9	21	85	10	55	67	5	27	0	1.11
113319--113357	18	2.1	19	85	4	53	69	7	23	0	1.14
117482--117584	53	1.9	53	94	0	179	41	11	18	28	1.85
121036--121255	100	2.2	100	95	4	403	36	3	20	39	1.70
129871--129915	24	2.0	22	83	12	56	73	0	8	17	1.08
131024--131072	21	2.4	20	80	10	55	44	0	2	53	1.12
136802--136827	7	3.7	7	100	0	52	61	0	26	11	1.30
138256--138587	82	4.1	82	83	3	343	33	25	16	24	1.96
138357--138575	121	1.8	122	83	1	296	34	26	13	25	1.93
138191--138597	42	9.9	40	78	10	333	33	25	15	25	1.95
140190--140273	31	2.8	30	81	12	102	28	8	1	61	1.32
140147--140273	59	2.1	62	81	12	149	27	11	1	59	1.40
140144--140293	31	5.1	28	73	13	97	24	12	2	61	1.42
140317--140355	18	2.1	19	90	4	62	23	7	0	69	1.14
140557--140764	110	1.9	110	90	0	335	31	12	15	40	1.84
149582--149726	77	1.9	77	84	5	195	43	7	17	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150225--150257	17	1.9	18	88	11	52	42	3	12	42	1.57
153694--153805	55	2.0	56	84	5	147	32	25	16	25	1.96
153784--153875	28	3.3	28	90	0	139	34	25	19	20	1.96
157194--157254	22	2.8	22	76	0	68	21	19	14	44	1.86
161385--161457	20	3.7	20	81	0	83	6	26	20	46	1.75
161425--161471	20	2.3	20	89	7	69	10	21	21	46	1.81
166577--166624	22	2.3	22	82	7	64	60	2	0	37	1.09
172890--172943	23	2.3	23	90	0	81	37	12	16	33	1.87
186803--187041	52	4.6	52	89	2	354	25	14	23	36	1.93
189722--189754	18	1.9	17	88	11	50	69	0	9	21	1.15
193911--194147	52	4.6	52	89	0	357	25	14	24	35	1.94
200332--200373	22	2.0	21	85	4	57	61	0	2	35	1.09
201378--201444	31	2.2	31	84	12	93	26	11	10	50	1.71
201393--201460	31	2.2	31	84	5	84	30	13	10	45	1.76
202476--202524	22	2.2	22	88	0	71	16	6	18	59	1.57
203331--203365	17	2.1	17	94	0	61	45	28	11	14	1.79
203334--203374	17	2.4	17	87	0	55	48	24	9	17	1.76
210134--210202	24	2.9	24	91	0	120	27	39	1	31	1.66
211841--211946	31	3.6	30	76	12	112	42	11	19	26	1.85
211836--211925	27	3.2	27	73	11	99	46	8	20	24	1.78
217507--217548	21	2.0	22	90	4	68	33	7	0	59	1.25
217653--217699	13	3.6	13	78	16	53	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217696--217732	18	2.1	18	90	10	58	56	0	0	43	0.99
218266--218308	22	1.9	23	95	4	79	27	13	6	51	1.67
219779--219841	32	2.0	32	96	0	117	36	14	20	28	1.92
219950--219996	16	3.1	15	87	9	69	36	0	0	63	0.94
219954--219996	14	2.9	15	86	10	61	34	0	0	65	0.93
223653--223752	36	2.8	36	93	0	164	25	25	14	36	1.93
225951--226112	49	3.2	49	83	6	182	40	13	13	32	1.84
233702--233803	40	2.5	41	79	9	120	32	6	13	47	1.70
233707--233793	20	4.3	20	78	10	88	29	6	16	47	1.72
234297--234398	46	2.2	46	84	3	125	43	19	7	29	1.79
235487--235559	32	2.3	32	92	4	121	49	19	1	30	1.57
241004--241087	34	2.5	34	80	3	98	32	7	20	40	1.79
252636--252677	22	1.9	23	90	9	70	11	11	0	76	1.03
253618--253658	5	7.8	5	84	10	55	73	0	4	21	1.02
253681--253721	18	2.3	17	83	8	55	26	7	0	65	1.18
255448--255501	21	2.4	21	85	14	65	12	11	0	75	1.04
256454--256517	6	11.3	6	86	3	73	78	1	1	18	0.92
256453--256517	5	11.8	5	84	15	76	76	1	1	20	0.94
256455--256517	32	1.9	34	90	6	103	77	1	1	19	0.93
256453--256517	27	2.3	27	87	10	87	76	1	1	20	0.94
262036--262067	14	2.4	13	90	10	55	71	0	3	25	1.00
262036--262096	14	4.6	13	80	11	54	72	0	1	26	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262064--262099	18	1.9	19	94	5	65	77	0	0	22	0.76
262744--262782	14	2.7	15	80	8	53	56	10	7	25	1.59
263269--263303	13	2.7	13	86	0	52	57	11	0	31	1.34
278353--278390	17	2.2	17	90	0	58	18	15	13	52	1.74
306681--306874	96	2.0	97	95	1	354	26	16	16	40	1.89
310089--310128	21	2.0	21	85	5	55	52	7	10	30	1.62
310912--310964	17	3.1	17	75	0	52	49	9	18	22	1.76
311396--311442	12	3.8	12	81	13	60	0	38	0	61	0.96
326066--326134	24	3.2	24	62	33	66	60	0	37	1	1.06
326058--326135	39	2.0	39	100	0	156	61	0	35	2	1.10

Tables:   1   2