Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014237.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129270, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9586
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.16, T:0.30
Found at i:1868 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1826--1883 Score: 107
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
1816 TATATTCTAT
*
1826 TAGGAATAGCGTTTTGATATGATAATAAA
1 TAGGAATAGCGTTTCGATATGATAATAAA
1855 TAGGAATAGCGTTTCGATATGATAATAAA
1 TAGGAATAGCGTTTCGATATGATAATAAA
1884 AATGGGTTGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 28 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
TAGGAATAGCGTTTCGATATGATAATAAA
Found at i:6472 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 6463--6566 Score: 67
Period size: 6 Copynumber: 18.0 Consensus size: 6
6453 TTAAATTTGT
* * * *
6463 TTTAAG TTTAAA TTT-AT TTTAAAA TTTAAA TTTAAA -TCAAG TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT-AAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
* * * * *
6510 TTT-AT TTTAAA TTCAAAA GTT-AT TTTAAA TTTAAA -TT-AA TTTGAA
1 TTTAAA TTTAAA TT-TAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
6555 TTTAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA
6567 ATAAATAAGT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 16, Indels: 16
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
4 2 0.03
5 18 0.24
6 46 0.62
7 8 0.11
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.04, T:0.50
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:6472 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6452--6564 Score: 102
Period size: 17 Copynumber: 6.6 Consensus size: 17
6442 TTGAGATTTA
*
6452 TTTAAATTTGTTTTAAG
1 TTTAAATTTATTTTAAG
*
6469 TTTAAATTTATTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTT-AAG
** *
6487 TTTAAATTTAAATCAAG
1 TTTAAATTTATTTTAAG
*
6504 TTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAG
* * *
6521 TTCAAAAGTTATTTTAAA
1 TT-TAAATTTATTTTAAG
* *
6539 TTTAAATTAATTTGAA-
1 TTTAAATTTATTTTAAG
6555 TTTAAATTTA
1 TTTAAATTTA
6565 AAATAAATAA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 17, Indels: 5
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.12
17 40 0.52
18 28 0.36
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAATTTATTTTAAG
Found at i:6483 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 6469--6522 Score: 54
Period size: 11 Copynumber: 4.7 Consensus size: 11
6459 TTGTTTTAAG
6469 TTTAAATTTAT
1 TTTAAATTTAT
*
6480 TTTAAAATTTAAA
1 TTT-AAATTT-AT
** *
6493 TTTAAATCAAG
1 TTTAAATTTAT
6504 TTTAAATTTAT
1 TTTAAATTTAT
6515 TTTAAATT
1 TTTAAATT
6523 CAAAAGTTAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 7, Indels: 4
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
11 20 0.59
12 10 0.29
13 4 0.12
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (11 bp):
TTTAAATTTAT
Found at i:6490 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 6451--6564 Score: 122
Period size: 35 Copynumber: 3.3 Consensus size: 34
6441 TTTGAGATTT
*
6451 ATTTAAATTTGTTTTAAGTTTAAATTTATTTTAAA
1 ATTTAAATTTATTTTAAGTTTAAATTTATTTT-AA
** *
6486 ATTTAAATTTAAATCAAGTTTAAATTTATTTTAA
1 ATTTAAATTTATTTTAAGTTTAAATTTATTTTAA
* * * * *
6520 ATTCAAAAGTTATTTTAAATTTAAA-TTAATTTGA
1 ATT-TAAATTTATTTTAAGTTTAAATTTATTTTAA
6554 ATTTAAATTTA
1 ATTTAAATTTA
6565 AAATAAATAA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 14, Indels: 4
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
33 6 0.09
34 15 0.23
35 43 0.67
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (34 bp):
ATTTAAATTTATTTTAAGTTTAAATTTATTTTAA
Found at i:8465 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8443--8582 Score: 165
Period size: 17 Copynumber: 8.1 Consensus size: 17
8433 CATATTCCCT
8443 TTAAATTTATTTTAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAA
*
8460 TTAAATTT-GTTTAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAA
*
8476 TTTTAAATTTATTTTAAAT
1 --TTAAATTTATTTTAAAA
*
8495 TTAAATTTATTTTAAAT
1 TTAAATTTATTTTAAAA
*
8512 TTAAATTTATTTTAAAT
1 TTAAATTTATTTTAAAA
8529 TTAAATTTATTTTAAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAA
* **
8546 TTTAAATTTAATTTAAGT
1 -TTAAATTTATTTTAAAA
* *
8564 TTAAAATTATTTTCAAA
1 TTAAATTTATTTTAAAA
8581 TT
1 TT
8583 TAAAGTTTAA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 12, Indels: 8
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.07
17 72 0.67
18 22 0.21
19 6 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATTTATTTTAAAA
Found at i:8488 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 8442--8591 Score: 201
Period size: 35 Copynumber: 4.3 Consensus size: 34
8432 CCATATTCCC
* *
8442 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTGTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTAAAA
*
8476 TTTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTTAAA
1 -TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTAAAA
8511 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTA-TTTAAAA
* * * *
8546 TTTAAATTTAATTTAAGTTTAAAATTATTTTCAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTA-TTTAAAA
8581 TTTAAAGTTTA
1 TTTAAA-TTTA
8592 AAATAAATAA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 8, Indels: 3
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 27 0.26
35 74 0.70
36 4 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.02, T:0.55
Consensus pattern (34 bp):
TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTAAAA
Found at i:8489 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 8475--8584 Score: 63
Period size: 11 Copynumber: 10.1 Consensus size: 11
8465 TTTGTTTAAA
8475 ATTTTAAATTT
1 ATTTTAAATTT
8486 ATTTT-AA---
1 ATTTTAAATTT
8493 A-TTTAAATTT
1 ATTTTAAATTT
8503 ATTTTAAATTT
1 ATTTTAAATTT
* *
8514 AAATTT-ATTTT
1 -ATTTTAAATTT
*
8525 AAATTTAAATTT
1 -ATTTTAAATTT
8537 ATTTTAAAATTT
1 ATTTT-AAATTT
*
8549 AAATTT-AATTT
1 -ATTTTAAATTT
* *
8560 AAGTTTAAAATT
1 -ATTTTAAATTT
8572 ATTTTCAAATTT
1 ATTTT-AAATTT
8584 A
1 A
8585 AAGTTTAAAA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 9, Indels: 21
0.72 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
6 3 0.04
7 3 0.04
10 3 0.04
11 42 0.53
12 24 0.30
13 4 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (11 bp):
ATTTTAAATTT
Found at i:8504 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 8442--8591 Score: 194
Period size: 52 Copynumber: 2.8 Consensus size: 52
8432 CCATATTCCC
*
8442 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTGTTTAAAATTTTAAATTTATTTT-AAA
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTATTTAAAA-TTTAAATTTATTTTAAAA
* *
8494 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTATTTAAAATTTAAATTTATTTTAAAA
* ** * *
8546 TTTAAATTTAATTTAAGTTTAAAATTATTTTCAAATTTAAAGTTTA
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTA-TTTAAAATTTAAA-TTTA
8592 AAATAAATAA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 7, Indels: 4
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
51 14 0.16
52 58 0.66
53 12 0.14
54 4 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.02, T:0.55
Consensus pattern (52 bp):
TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTATTTAAAATTTAAATTTATTTTAAAA
Found at i:9375 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 9351--9388 Score: 53
Period size: 7 Copynumber: 5.7 Consensus size: 7
9341 TGATATTAAA
9351 AATAA-T
1 AATAATT
9357 AAT-ATT
1 AATAATT
9363 AATAATT
1 AATAATT
*
9370 ATTAATT
1 AATAATT
9377 AATAATT
1 AATAATT
9384 AATAA
1 AATAA
9389 AAAAGGGGGG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
5 1 0.04
6 7 0.25
7 20 0.71
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (7 bp):
AATAATT
Done.