genome.fa.s14348.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014348.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129385, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  152220

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78--107	9	3.3	9	90	0	51	83	0	0	16	0.65
818--846	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
5138--5199	28	2.2	28	82	5	72	53	1	0	45	1.10
5139--5199	18	3.3	18	74	17	63	54	1	0	44	1.10
5370--5454	37	2.3	38	97	2	163	40	3	38	17	1.67
6473--6512	19	2.0	21	90	9	66	65	0	0	35	0.93
7055--7103	25	2.0	25	84	8	64	24	2	6	67	1.24
10258--10445	57	3.3	57	71	11	170	34	20	12	31	1.91
10142--10520	114	3.3	113	83	4	422	33	19	12	33	1.90
27353--27414	26	2.4	26	79	15	74	54	9	20	14	1.68
27353--27414	27	2.4	27	81	13	76	54	9	20	14	1.68
28430--28462	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
29548--29626	38	2.1	38	97	0	149	21	2	18	56	1.53
29677--29832	85	1.8	85	81	2	197	34	10	13	41	1.78
32569--32632	31	2.2	31	88	8	98	42	1	0	56	1.09
33105--33416	140	2.2	141	86	2	439	33	17	19	28	1.95
39619--39647	15	1.9	15	100	0	58	31	6	20	41	1.79
43906--43955	22	2.4	21	81	12	59	44	16	6	34	1.72
55101--55155	27	2.0	27	82	6	67	20	23	43	12	1.86
55314--55353	6	6.7	6	100	0	80	35	0	65	0	0.93
55631--55665	17	2.1	17	88	0	52	51	2	2	42	1.31
55832--55877	23	2.0	23	83	8	58	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55891--55915	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
56240--56288	20	2.5	19	81	15	55	59	6	0	34	1.22
56698--56765	29	2.3	29	92	5	111	41	11	13	33	1.81
58921--58949	7	4.3	7	91	8	51	89	0	10	0	0.48
58920--58952	15	2.1	16	88	5	50	87	0	12	0	0.53
58921--58949	13	2.1	14	93	6	51	89	0	10	0	0.48
60384--60461	39	2.0	39	89	0	120	48	7	6	37	1.57
60939--60969	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
64504--64590	23	3.7	23	83	4	104	31	11	16	41	1.83
64805--64971	91	1.8	91	94	2	300	29	12	10	47	1.75
65503--65540	18	2.3	16	86	13	51	55	5	0	39	1.23
68292--68341	26	1.9	26	84	8	66	48	6	4	42	1.46
71441--71491	25	2.0	25	100	0	102	27	19	11	41	1.86
76140--76177	19	2.0	20	89	5	60	55	0	2	42	1.14
78344--78414	11	6.4	11	76	9	72	43	0	4	52	1.20
78351--78414	6	11.3	6	75	12	64	43	0	4	51	1.22
78351--78414	17	3.8	17	84	10	78	43	0	4	51	1.22
80148--80544	59	6.8	58	81	6	401	34	29	4	31	1.78
80150--80524	117	3.2	117	84	5	447	33	29	4	32	1.78
80152--80524	88	4.2	88	78	10	336	34	29	4	32	1.77
80148--80545	29	13.6	28	78	8	309	33	29	4	31	1.78
93062--93128	21	3.1	22	72	23	70	37	2	1	58	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94635--94691	21	2.7	21	88	0	78	40	17	42	0	1.49
94996--95132	43	3.1	43	76	8	150	25	17	24	32	1.97
94995--95125	45	3.0	45	78	2	122	25	16	24	32	1.96
95196--95275	42	1.9	42	89	0	124	26	21	26	26	1.99
110544--110596	20	2.7	20	93	0	88	20	15	24	39	1.91
111426--111459	11	2.9	12	86	8	52	26	17	17	38	1.92
111549--111639	23	3.9	23	76	1	92	23	10	19	46	1.82
111547--111636	47	1.9	46	86	2	126	23	11	20	45	1.82
111666--111743	28	2.7	27	88	7	102	53	12	8	24	1.67
114959--114999	21	2.0	21	85	0	55	9	26	9	53	1.65
117948--118007	29	2.1	29	81	6	68	45	3	10	41	1.54
127161--127234	31	2.5	29	80	4	85	25	12	16	45	1.81
127392--127416	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
127433--127914	238	2.0	238	99	0	946	28	25	9	37	1.86
129043--129137	35	2.7	36	82	9	117	40	1	4	54	1.27
129047--129137	17	5.3	17	82	5	112	40	1	4	53	1.28
129139--129172	12	2.9	11	87	12	50	52	20	8	17	1.71
129821--129854	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
130888--131156	30	9.2	29	70	16	112	33	23	5	37	1.78
130882--131041	59	2.7	58	83	9	182	34	20	4	40	1.72
131028--131115	27	3.1	27	71	25	92	36	28	6	28	1.83
131027--131156	58	2.3	58	90	4	201	35	25	6	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142899--143521	49	12.8	48	70	9	352	39	19	23	16	1.91
142860--143521	97	6.8	98	87	2	829	39	20	23	16	1.91
142860--143521	147	4.5	148	69	14	412	39	20	23	16	1.91
143901--143973	17	4.2	17	81	6	85	41	1	4	53	1.28
144879--145204	29	11.1	28	73	16	225	33	22	2	42	1.66
144892--145348	59	7.7	60	80	9	369	33	23	3	40	1.70
145173--145310	29	4.6	28	71	19	84	34	26	3	36	1.74
145226--145289	31	2.0	32	82	8	78	32	26	1	39	1.66
145211--145348	60	2.3	59	83	3	161	32	26	4	36	1.76
146650--146694	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
149209--149258	19	2.7	19	79	14	59	54	12	6	28	1.60
149300--149342	18	2.3	19	88	4	61	51	11	0	37	1.39
149440--149533	17	5.4	17	74	13	77	41	1	5	52	1.31
150153--150181	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
150125--150189	18	3.7	18	73	21	66	52	4	4	38	1.43
150232--150257	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
151278--151543	29	9.0	29	80	11	272	34	31	3	31	1.73
151278--151547	59	4.5	59	86	2	362	34	31	3	30	1.74
151278--151543	30	9.0	28	75	16	152	34	31	3	31	1.73
151278--151600	59	5.4	58	82	7	312	33	31	3	30	1.75

Tables:   1

The End!