Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014363.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129400, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 42399
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.33
Warning! 41 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3705 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3677--3770 Score: 113
Period size: 24 Copynumber: 4.0 Consensus size: 24
3667 TTCGAATGTG
3677 GGGGATGAGGATGAGGTTCGGGAT
1 GGGGATGAGGATGAGGTTCGGGAT
* *
3701 GGGGATGGGGACGAGGTTCGGGAT
1 GGGGATGAGGATGAGGTTCGGGAT
* * *
3725 GCGG--G-GGATGAGGATAGGGAT
1 GGGGATGAGGATGAGGTTCGGGAT
*
3746 GAGGATGAGGATGAGGTTCGGGAT
1 GGGGATGAGGATGAGGTTCGGGAT
3770 G
1 G
3771 TGATGGTGGT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 9, Indels: 6
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.28
22 1 0.02
23 1 0.02
24 40 0.69
ACGTcount: A:0.21, C:0.05, G:0.55, T:0.18
Consensus pattern (24 bp):
GGGGATGAGGATGAGGTTCGGGAT
Found at i:3735 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 3685--3770 Score: 127
Period size: 45 Copynumber: 1.9 Consensus size: 45
3675 TGGGGGATGA
* * * *
3685 GGATGAGGTTCGGGATGGGGATGGGGACGAGGTTCGGGATGCGGG
1 GGATGAGGATAGGGATGAGGATGAGGACGAGGTTCGGGATGCGGG
*
3730 GGATGAGGATAGGGATGAGGATGAGGATGAGGTTCGGGATG
1 GGATGAGGATAGGGATGAGGATGAGGACGAGGTTCGGGATG
3771 TGATGGTGGT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 36 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.06, G:0.55, T:0.19
Consensus pattern (45 bp):
GGATGAGGATAGGGATGAGGATGAGGACGAGGTTCGGGATGCGGG
Found at i:3769 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 3685--3770 Score: 63
Period size: 12 Copynumber: 7.4 Consensus size: 12
3675 TGGGGGATGA
*
3685 GGATGAGGTTCG
1 GGATGAGGATCG
* *
3697 GGATGGGGATGG
1 GGATGAGGATCG
* *
3709 GGACGAGGTTCG
1 GGATGAGGATCG
*
3721 GGATGCGG---G
1 GGATGAGGATCG
*
3730 GGATGAGGATAG
1 GGATGAGGATCG
3742 GGATGAGGAT-G
1 GGATGAGGATCG
*
3753 AGGATGAGGTTCG
1 -GGATGAGGATCG
3766 GGATG
1 GGATG
3771 TGATGGTGGT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 11, Indels: 10
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
9 8 0.14
11 1 0.02
12 48 0.83
13 1 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.06, G:0.55, T:0.19
Consensus pattern (12 bp):
GGATGAGGATCG
Found at i:4055 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 4023--4100 Score: 70
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
4013 AATGGACTGG
4023 TGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
1 TGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
* **** *
4047 TGGTGGTGGTGGGGAGT-GA-ATTGG
1 TGGTGGTGGAGACTTGTAGATA-T-A
4071 TGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
1 TGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
4095 TGGTGG
1 TGGTGG
4101 AGGTGGAGAG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 12, Indels: 8
0.66 0.21 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.03
23 3 0.08
24 30 0.79
25 3 0.08
26 1 0.03
ACGTcount: A:0.19, C:0.03, G:0.46, T:0.32
Consensus pattern (24 bp):
TGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
Found at i:4058 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4020--4109 Score: 120
Period size: 27 Copynumber: 3.6 Consensus size: 27
4010 GTGAATGGAC
4020 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
*
4047 TGGTGGTGGTGGGGA---GT-GA-AT-
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
4068 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
*
4095 TGGTGGAGGTGGAGA
1 TGGTGGTGGTGGAGA
4110 GTGGACTGGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 3, Indels: 12
0.78 0.04 0.17
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.26
22 2 0.04
23 2 0.04
24 4 0.07
25 2 0.04
26 2 0.04
27 28 0.52
ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.48, T:0.30
Consensus pattern (27 bp):
TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
Found at i:4254 original size:339 final size:337
Alignment explanation
Indices: 3774--4912 Score: 1599
Period size: 339 Copynumber: 3.4 Consensus size: 337
3764 CGGGATGTGA
* * * * * * * *
3774 TGGTGGTGAAGGAGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGGATTGGTGGTGGTGGAGACT
1 TGGTGGTGATGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGTGGTGGTGGGGACT
* * * *
3839 TGTAGACATATGGAG-GAGAAGGAGAGTGGATTGGT-GGTGGTGGAGGGGACTTATATATGTAAG
66 TATAG--ATGTGG-GTG-G-AGGTG-GT-GAATGGTAGGTGGTGGAGGGGACTTATATATGTAAG
3902 GAGGAGGTGGAGAATTGACTGGAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGATGGAGGTGTGAAG
124 GAGGAGGTGGAGAATTGACTGGAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGATGGAGGTGTGAAG
3967 TGAACTGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGG
189 TGAACTGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGG
4032 AGACTTGTAGATATATGGTGGTGGTGGGGAGTGAATTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATG
254 AGACTTGTAGATATATGGTGGTGGTGGGGAGTGAATTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATG
*
4097 GTGGAGGTGGAGAGTGGAC
319 GTGGAGGTGGGGAGTGGAC
4116 TGGTGGTGATGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGTGGTGGTGGGGACT
1 TGGTGGTGATGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGTGGTGGTGGGGACT
4181 TATAGATGGTGGGTGGAGGTGGTGAATGGATAGGTGGTGGAGGGGACTTATATATGTAAGGAGGA
66 TATAGAT-GTGGGTGGAGGTGGTGAATGG-TAGGTGGTGGAGGGGACTTATATATGTAAGGAGGA
4246 GGTGGAGAATTGACTGGAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGATGGAGGTGTGAAGTGAAC
129 GGTGGAGAATTGACTGGAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGATGGAGGTGTGAAGTGAAC
4311 TGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACT
194 TGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACT
4376 TGTAGATATATGGTGGTGGTGGGGAGTGAATTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGA
259 TGTAGATATATGGTGGTGGTGGGGAGTGAATTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGA
4441 GGTGGGGAGTGGAC
324 GGTGGGGAGTGGAC
* *
4455 TGGTGGTGGTGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGTGGTGGGGGGGACT
1 TGGTGGTGATGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGTGGTGGTGGGGACT
* * * *
4520 TAT--A------T--A--T-GT-AA-GG-AGGAGGTGGTGGTGACTTGTGA-ATGTAAGGATGG-
66 TATAGATGTGGGTGGAGGTGGTGAATGGTAGGTGGTGGAGGGGACTTAT-ATATGTAAGGA-GGA
* * * * *
4567 GGTGGTGAATGGACT---GGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGGTGGAGTTAG-GGAGTGAA
129 GGTGGAGAATTGACTGGAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGATGGAGGT-GTGAAGTGAA
* *
4628 CTGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAACGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGAC
193 CTGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGAC
* * * * * * *
4693 TTGTAGACATATGGAGGAGGTTGCGAGTGGATTGGTGGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGG
258 TTGTAGATATATGGTGGTGGTGGGGAGTGAATTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGG
4758 AGGTGGGGAGTGGAC
323 AGGTGGGGAGTGGAC
* * * * * *
4773 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGAAGAGTGGATTGGTGGTGGTGGGGACT
1 TGGTGGTGATGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGTGGTGGTGGGGACT
* *
4838 TATAGATGTAGGGTGGAGGTGGTGAAT-GTACAGGTGGTGGAGGGGACTTGTATATGTAAGGTGG
66 TATAGATGT-GGGTGGAGGTGGTGAATGGT--AGGTGGTGGAGGGGACTTATATATGTAAGGAGG
4902 AGGTGGAGAAT
128 AGGTGGAGAAT
4913 GGATCGGAGG
Statistics
Matches: 725, Mismatches: 44, Indels: 62
0.87 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
318 239 0.33
319 1 0.00
320 1 0.00
321 38 0.05
322 3 0.00
323 2 0.00
324 2 0.00
325 2 0.00
326 1 0.00
327 1 0.00
328 1 0.00
329 1 0.00
330 1 0.00
331 1 0.00
332 2 0.00
333 3 0.00
335 3 0.00
336 34 0.05
337 6 0.01
338 3 0.00
339 311 0.43
340 4 0.01
341 4 0.01
342 61 0.08
ACGTcount: A:0.23, C:0.04, G:0.47, T:0.26
Consensus pattern (337 bp):
TGGTGGTGATGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGTGGTGGTGGGGACT
TATAGATGTGGGTGGAGGTGGTGAATGGTAGGTGGTGGAGGGGACTTATATATGTAAGGAGGAGG
TGGAGAATTGACTGGAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGATGGAGGTGTGAAGTGAACTG
GAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTG
TAGATATATGGTGGTGGTGGGGAGTGAATTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGAGG
TGGGGAGTGGAC
Found at i:4394 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 4362--4439 Score: 70
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
4352 AATGGACTGG
4362 TGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
1 TGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
* **** *
4386 TGGTGGTGGTGGGGAGT-GA-ATTGG
1 TGGTGGTGGAGACTTGTAGATA-T-A
4410 TGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
1 TGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
4434 TGGTGG
1 TGGTGG
4440 AGGTGGGGAG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 12, Indels: 8
0.66 0.21 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.03
23 3 0.08
24 30 0.79
25 3 0.08
26 1 0.03
ACGTcount: A:0.19, C:0.03, G:0.46, T:0.32
Consensus pattern (24 bp):
TGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
Found at i:4397 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4359--4445 Score: 114
Period size: 27 Copynumber: 3.4 Consensus size: 27
4349 GTGAATGGAC
4359 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
*
4386 TGGTGGTGGTGGGGA---GT-GA-AT-
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
4407 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
*
4434 TGGTGGAGGTGG
1 TGGTGGTGGTGG
4446 GGAGTGGACT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 3, Indels: 12
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.27
22 2 0.04
23 2 0.04
24 4 0.08
25 2 0.04
26 2 0.04
27 25 0.49
ACGTcount: A:0.18, C:0.02, G:0.48, T:0.31
Consensus pattern (27 bp):
TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATA
Found at i:4410 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4386--4466 Score: 72
Period size: 21 Copynumber: 3.6 Consensus size: 21
4376 TGTAGATATA
4386 TGGTGGTGGTGGGGAGTGAAT
1 TGGTGGTGGTGGGGAGTGAAT
*
4407 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATAT
1 TGGTGGTGGTGGGGA---GT-GA-AT
* * *
4433 ATGGTGGAGGTGGGGAGTGGAC
1 -TGGTGGTGGTGGGGAGTGAAT
4455 TGGTGGTGGTGG
1 TGGTGGTGGTGG
4467 AGACTTATAG
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 6, Indels: 12
0.73 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
21 25 0.52
22 1 0.02
23 1 0.02
24 4 0.08
25 2 0.04
26 2 0.04
27 13 0.27
ACGTcount: A:0.15, C:0.02, G:0.54, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
TGGTGGTGGTGGGGAGTGAAT
Found at i:4521 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 3774--4541 Score: 675
Period size: 48 Copynumber: 15.8 Consensus size: 48
3764 CGGGATGTGA
** * * *
3774 TGGTGGTGAAGGAGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGGAT
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* ** *
3822 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGAGGAGAAGGAGAGTGGAT
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* * * * * *
3870 TGGTGGTGGTGGAGGGGACTTATATATGTAAGGAGGAGGTGGAGAATTGAC
1 TGGTGGTGGTGGA---GACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* * *
3921 TGGAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAT-GATGGAGGTGTGA-AGTGAAC
1 T---GGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGA-GGAGGTG-GAGAGTGGAC
* * * * * * *
3972 TGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGAC
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* * * * *
4020 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGTGGTGGGGAGTGAAT
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
*
4068 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGAGAGTGGAC
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* * * *
4116 TGGTGGTGATGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGAC
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* * * * * * *
4164 TGGTGGTGGTGGGGACTTATAGATGGT-GGGTGGAGGTGGTGAATGGA-
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGAT-ATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* * * * * * * *
4211 TAGGTGGTGGAGGGGACTTATATATGTAAGGAGGAGGTGGAGAATTGAC
1 T-GGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* * *
4260 TGGAGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAT-GATGGAGGTGTGA-AGTGAAC
1 T---GGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGA-GGAGGTG-GAGAGTGGAC
* * * * * * *
4311 TGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGAC
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* * * * *
4359 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGTGGTGGGGAGTGAAT
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* *
4407 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGGAC
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* * *
4455 TGGTGGTGGTGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGAC
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
* * * * * *
4503 TGGTGGTGGGGGGGACTTATATATGTAAGGAGGAGGTGG
1 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGG
4542 TGGTGACTTG
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 110, Indels: 40
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
47 5 0.01
48 478 0.81
49 6 0.01
50 4 0.01
51 81 0.14
52 4 0.01
54 12 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.04, G:0.47, T:0.26
Consensus pattern (48 bp):
TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGAGGAGGTGGAGAGTGGAC
Found at i:4540 original size:222 final size:222
Alignment explanation
Indices: 4312--4742 Score: 637
Period size: 222 Copynumber: 1.9 Consensus size: 222
4302 GAAGTGAACT
4312 GGAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTT
1 GGAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTT
* * * * * * * * * *
4377 GTAGATATATGGTGGTGGTGGGGAGTGAATTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGAG
66 GTAAACATATGGTGGAGGTAGGGAGTGAACTGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAG
* *
4442 GTGGGGAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGT
131 GTGGGGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGT
4507 GGTGGGGGGGACTTATATATGTAAGGA
196 GGTGGGGGGGACTTATATATGTAAGGA
* * *
4534 GGAGGTGGTGGTGACTTGTGAATGTAAGGATGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTT
1 GGAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTT
* * *
4599 GTAAACATATGGTGGAGTTAGGGAGTGAACTGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAACGTAAGGAGGGG
66 GTAAACATATGGTGGAGGTAGGGAGTGAACTGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAG
* * ** * *
4664 GTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTTGCGAGTGGATTGGT
131 GTGGGGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGT
*
4729 GGTGGTGGGGACTT
196 GGTGGGGGGGACTT
4743 GTAGATATAT
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 25, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
222 184 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.05, G:0.47, T:0.26
Consensus pattern (222 bp):
GGAGGTGGTGGAGACTTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTT
GTAAACATATGGTGGAGGTAGGGAGTGAACTGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAG
GTGGGGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGT
GGTGGGGGGGACTTATATATGTAAGGA
Found at i:4543 original size:126 final size:126
Alignment explanation
Indices: 4411--4669 Score: 317
Period size: 126 Copynumber: 2.1 Consensus size: 126
4401 GTGAATTGGT
* *
4411 GGTGGTGGAGACTTGT-AGATATATGG-TGGAGGTGGGGAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTA
1 GGTGGTGGAGACTTGTGA-ATATAAGGATGG-GGTGGGGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTA
* * * * * *
4474 TAGACATATGGAGGAG-GAGGAGAGTGGACTGGTGGTGGGGGGGACTTATATATGTAAGGAGGA
64 TAAACATATGGAGGAGTGAGG-GAGTGAACTGGAGGTGGGGGAGACTTATAAACGTAAGGAGGA
* * * *
4537 GGTGGTGGTGACTTGTGAATGTAAGGATGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTA
1 GGTGGTGGAGACTTGTGAATATAAGGATGGGGTGGGGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTATA
* * * * *
4602 AACATATGGTGGAGTTAGGGAGTGAACTGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAACGTAAGGAGGG
66 AACATATGGAGGAGTGAGGGAGTGAACTGGAGGTGGGGGAGACTTATAAACGTAAGGAGGA
4663 GGTGGTG
1 GGTGGTG
4670 AATGAACTGG
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 17, Indels: 6
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
126 106 0.94
127 7 0.06
ACGTcount: A:0.23, C:0.05, G:0.47, T:0.25
Consensus pattern (126 bp):
GGTGGTGGAGACTTGTGAATATAAGGATGGGGTGGGGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTATA
AACATATGGAGGAGTGAGGGAGTGAACTGGAGGTGGGGGAGACTTATAAACGTAAGGAGGA
Found at i:4550 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 4507--4573 Score: 75
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30
4497 GTGGACTGGT
*
4507 GGTGGGGGGGACTTAT-ATATGTAAGGA-GG
1 GGTGGTGGGGACTTATGA-ATGTAAGGATGG
* *
4536 AGGTGGTGGTGACTTGTGAATGTAAGGATGG
1 -GGTGGTGGGGACTTATGAATGTAAGGATGG
4567 GGTGGTG
1 GGTGGTG
4574 AATGGACTGG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 29 0.91
31 3 0.09
ACGTcount: A:0.21, C:0.03, G:0.49, T:0.27
Consensus pattern (30 bp):
GGTGGTGGGGACTTATGAATGTAAGGATGG
Found at i:4631 original size:48 final size:47
Alignment explanation
Indices: 4567--4907 Score: 322
Period size: 48 Copynumber: 7.1 Consensus size: 47
4557 GTAAGGATGG
* *
4567 GGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGGTGGA
1 GGTGG-GAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGA
* * * * * * * *
4615 GTTAGGGAGTGAACTGGAGGTGGTGGAGACTTGTAAACGTAAGGAGGG
1 GGT-GGGAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGA
* * *
4663 GGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGAGGA
1 GGTGG-GAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGA
* * * *
4711 GGTTGCGAGTGGATTGGTGGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGA
1 GG-TGGGAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGA
4759 GGTGGGGAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGA
1 GGT-GGGAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGA
* * * * ** *
4807 GGTGAAGAGTGGATTGGTGGTGGTGGGGACTTATAGATGTAGGGTGGA
1 GGTG-GGAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGA
* * * * * * ** *
4855 GGTGGTGAATGTACAGGTGGTGGAGGGGACTTGTATATGTAAGGTGGA
1 GGTGG-GAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGA
4903 GGTGG
1 GGTGG
4908 AGAATGGATC
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 42, Indels: 12
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
47 4 0.02
48 237 0.97
49 4 0.02
ACGTcount: A:0.22, C:0.05, G:0.47, T:0.26
Consensus pattern (47 bp):
GGTGGGAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGA
Found at i:4636 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 4534--4889 Score: 416
Period size: 96 Copynumber: 3.7 Consensus size: 96
4524 TATGTAAGGA
*
4534 GGAGGTGGTGGTGACTTGT-GAATGTAAGGATGG-GGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGAC
1 GGAGGTGGTGGGGACTTGTAG-ATGTAAGGATGGAGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGAC
* * * *
4597 TTGTAAACATATGGTGGAGTTAGGGAGTGAACT
65 TTGTAGACATATGGTGGAGTT-GAGAGTGGATT
* * * * *
4630 GGAGGTGGTGGAGACTTGTAAACGTAAGGA-GGGGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACT
1 GGAGGTGGTGGGGACTTGTAGATGTAAGGATGGAGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACT
* *
4694 TGTAGACATATGGAGGAGGTTGCGAGTGGATT
66 TGTAGACATATGGTGGA-GTTGAGAGTGGATT
* * * * *
4726 GGTGGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGG-TGGAGGTGGGGAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACT
1 GGAGGTGGTGGGGACTTGTAGATGTAAGGATGGAGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACT
*
4790 TGTAGACATATGGTGGAGGTGAAGAGTGGATT
66 TGTAGACATATGGTGGAGTTG-AGAGTGGATT
* * * * * * *
4822 GGTGGTGGTGGGGACTTATAGATGT-AGGGTGGAGGTGGTGAATGTACAGGTGGTGGAGGGGACT
1 GGAGGTGGTGGGGACTTGTAGATGTAAGGATGGAGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACT
4886 TGTA
66 TGTA
4890 TATGTAAGGT
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 31, Indels: 12
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
95 7 0.03
96 213 0.96
97 3 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.05, G:0.47, T:0.26
Consensus pattern (96 bp):
GGAGGTGGTGGGGACTTGTAGATGTAAGGATGGAGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACT
TGTAGACATATGGTGGAGTTGAGAGTGGATT
Found at i:4763 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4677--4810 Score: 85
Period size: 27 Copynumber: 5.4 Consensus size: 27
4667 GTGAATGAAC
* *
4677 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATA
1 TGGTGGAGGTGGGGACTTGTAGACATA
* * * *
4704 TGGAGGAGGTTGCGA---GT-G-GAT-
1 TGGTGGAGGTGGGGACTTGTAGACATA
* *
4725 TGGTGGTGGTGGGGACTTGTAGATATA
1 TGGTGGAGGTGGGGACTTGTAGACATA
*
4752 TGGTGGAGGTGGGGA---GTGGAC---
1 TGGTGGAGGTGGGGACTTGTAGACATA
* *
4773 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATA
1 TGGTGGAGGTGGGGACTTGTAGACATA
4800 TGGTGGAGGTG
1 TGGTGGAGGTG
4811 AAGAGTGGAT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 17, Indels: 24
0.66 0.14 0.20
Matches are distributed among these distances:
21 24 0.31
22 2 0.03
23 1 0.01
24 13 0.17
25 1 0.01
26 2 0.03
27 35 0.45
ACGTcount: A:0.19, C:0.05, G:0.49, T:0.28
Consensus pattern (27 bp):
TGGTGGAGGTGGGGACTTGTAGACATA
Found at i:4825 original size:144 final size:144
Alignment explanation
Indices: 4567--4907 Score: 376
Period size: 144 Copynumber: 2.4 Consensus size: 144
4557 GTAAGGATGG
* * * * *
4567 GGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGGTGGAGTTAGGGAGTGAACTGG
1 GGTGGCGAATGGACTGGTGGTGGTGGGGACTTGTAAATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGAACTGG
* * ** *
4632 AGGTGGTGGAGACTTGTAAACGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGT
66 AGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGGTGAAGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTAT
*
4697 AGACATATGGAGGA
131 AGACATAGGGAGGA
* * * * *
4711 GGTTGCGAGTGGATTGGTGGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGGACTGG
1 GGTGGCGAATGGACTGGTGGTGGTGGGGACTTGTAAATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGAACTGG
* * * * * * * *
4776 TGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGAAGAGTGGATTGGTGGTGGTGGGGACTTAT
66 AGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGGTGAAGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTAT
** *
4841 AGATGTAGGGTGGA
131 AGACATAGGGAGGA
* * * * * * *
4855 GGTGGTGAATGTACAGGTGGTGGAGGGGACTTGTATATGTAAGGTGGAGGTGG
1 GGTGGCGAATGGACTGGTGGTGGTGGGGACTTGTAAATATATGGTGGAGGTGG
4908 AGAATGGATC
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 37, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
144 160 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.05, G:0.47, T:0.26
Consensus pattern (144 bp):
GGTGGCGAATGGACTGGTGGTGGTGGGGACTTGTAAATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGAACTGG
AGGTGGTGGAGACTTGTAAACATAAGGAGGAGGTGAAGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTAT
AGACATAGGGAGGA
Found at i:4901 original size:96 final size:95
Alignment explanation
Indices: 4537--4957 Score: 407
Period size: 96 Copynumber: 4.4 Consensus size: 95
4527 GTAAGGAGGA
* * *
4537 GGTGGTGGTGACTTGT-GAATGTAAGGATGG-GGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTG
1 GGTGGTGGGGACTTATAG-ATGTAAGG-TGGAGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTG
* * * * * *
4600 TAAACATATGGTGGAGTTAGGGAGTGAACTGGA
64 TAGACATATGGTGGAGGT-GAGAGTGGATTGGT
* * * * * *
4633 GGTGGTGGAGACTTGTAAACGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTA
1 GGTGGTGGGGACTTATAGATGTAAGGTGGAGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTA
* *
4698 GACATATGGAGGAGGTTGCGAGTGGATTGGT
66 GACATATGGTGGAGG-TGAGAGTGGATTGGT
* * * * * *
4729 GGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTA
1 GGTGGTGGGGACTTATAGATGTAAGGTGGAGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTA
4794 GACATATGGTGGAGGTGAAGAGTGGATTGGT
66 GACATATGGTGGAGGTG-AGAGTGGATTGGT
* * * * *
4825 GGTGGTGGGGACTTATAGATGTAGGGTGGAGGTGGTGAATGTACAGGTGGTGGAGGGGACTTGTA
1 GGTGGTGGGGACTTATAGATGTAAGGTGGAGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTA
* ** * * * *
4890 TATGTAAGGTGGAGGTGGAGAATGGATCGGA
66 GACATATGGTGGAGGT-GAGAGTGGATTGGT
*** *
4921 GGCAATGGTGACTTAT-GAATGTAAGGTGGAGGTGGTG
1 GGTGGTGGGGACTTATAG-ATGTAAGGTGGAGGTGGTG
4958 GAAGAGACTT
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 45, Indels: 12
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
95 5 0.02
96 267 0.97
97 2 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.05, G:0.47, T:0.26
Consensus pattern (95 bp):
GGTGGTGGGGACTTATAGATGTAAGGTGGAGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTA
GACATATGGTGGAGGTGAGAGTGGATTGGT
Found at i:4913 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 4537--4915 Score: 314
Period size: 48 Copynumber: 7.9 Consensus size: 48
4527 GTAAGGAGGA
* * * *
4537 GGTGGTGGTGACTTGT-GAATGTAAGGATGG-GGTGGTGAATGGACTGGT
1 GGTGGTGGGGACTTGTAG-ATATATGG-TGGAGGTGGAGAATGGACTGGT
* * * * * * *
4585 GGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGGTGGAGTTAGG-GAGTGAACTGGA
1 GGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGT-GGAGAATGGACTGGT
* * ** * * * * *
4633 GGTGGTGGAGACTTGTAAACGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGAACTGGT
1 GGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGAGAATGGACTGGT
* * * * * * *
4681 GGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGAGGAGGTTGCGAGTGGATTGGT
1 GGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGAGAATGGACTGGT
* *
4729 GGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGGACTGGT
1 GGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGAGAATGGACTGGT
* * * * *
4777 GGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGAAGAGTGGATTGGT
1 GGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGAGAATGGACTGGT
* * * * * *
4825 GGTGGTGGGGACTTATAGATGTAGGGTGGAGGTGGTGAATGTACAGGT
1 GGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGAGAATGGACTGGT
* * * *
4873 GGTGGAGGGGACTTGTATATGTAAGGTGGAGGTGGAGAATGGA
1 GGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGAGAATGGA
4916 TCGGAGGCAA
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 53, Indels: 8
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
47 5 0.02
48 267 0.97
49 2 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.05, G:0.47, T:0.26
Consensus pattern (48 bp):
GGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGAGAATGGACTGGT
Found at i:4959 original size:318 final size:315
Alignment explanation
Indices: 4263--4873 Score: 864
Period size: 318 Copynumber: 1.9 Consensus size: 315
4253 AATTGACTGG
* * * * **
4263 AGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGATGGAGGT-GTGAAGTGAACTGGAGGTGGTGGAGAC
1 AGGTGGAGGTGGAGAATTGGAAACATATGGTGGACTTAG-GAAGTGAACTGGAGGTGGTGGAGAC
* * * *
4327 TTGTAAATGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGGACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGG
65 TTGTAAACGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGAGG
* *
4392 TGGTGGGGAGTGAATTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGGACTG
130 AGGTGGCGAGTGAATTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGGACTG
*
4457 GTGGTGGTGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGGAGAGTGGACTGGTGGTGGGGGGGACTTA
195 GTGGTGGTGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGAAGAGTGGACTGGTGGTGGGGGGGACTTA
* * **
4522 TATATGTAAGGAGGAGGTGGTGGTGACTTGTGAATGTAAGGATGGGGTGGTGAATGGAC
260 TAGATGTAAGGAGGAGGTGGTGATGACAGGTG-A-GT-AGGATGGGGTGGTGAATGGAC
* * * * * *
4581 TGGTGGTGGTGGAGACTTGTAAACATATGGTGGAGTTAGGGAGTGAACTGGAGGTGGTGGAGACT
1 AGGTGGAGGTGGAGAATTGGAAACATATGGTGGACTTAGGAAGTGAACTGGAGGTGGTGGAGACT
4646 TGTAAACGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGAGGA
66 TGTAAACGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGAGGA
* * *
4711 GGTTGCGAGTGGATTGGTGGTGGTGGGGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGGACTGG
131 GGTGGCGAGTGAATTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGGACTGG
* * * * *
4776 TGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGTGGAGGTGAAGAGTGGATTGGTGGTGGTGGGGACTTAT
196 TGGTGGTGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGAAGAGTGGACTGGTGGTGGGGGGGACTTAT
* *
4841 AGATGTAGGGTGGAGGTGGTGAATGTACAGGTG
261 AGATGTAAGGAGGAGGTGGTG-ATG-ACAGGTG
4874 GTGGAGGGGA
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 25, Indels: 4
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
318 257 0.97
319 3 0.01
320 5 0.02
ACGTcount: A:0.23, C:0.05, G:0.47, T:0.26
Consensus pattern (315 bp):
AGGTGGAGGTGGAGAATTGGAAACATATGGTGGACTTAGGAAGTGAACTGGAGGTGGTGGAGACT
TGTAAACGTAAGGAGGGGGTGGTGAATGAACTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGACATATGGAGGA
GGTGGCGAGTGAATTGGTGGTGGTGGAGACTTGTAGATATATGGTGGAGGTGGGGAGTGGACTGG
TGGTGGTGGAGACTTATAGACATATGGAGGAGGAGAAGAGTGGACTGGTGGTGGGGGGGACTTAT
AGATGTAAGGAGGAGGTGGTGATGACAGGTGAGTAGGATGGGGTGGTGAATGGAC
Found at i:7676 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 7622--7764 Score: 286
Period size: 47 Copynumber: 3.0 Consensus size: 47
7612 GGGCGAGTGG
7622 AACAGAACGCACATGATGGATGCAACATTAACTCCCCCAGTTCCTAT
1 AACAGAACGCACATGATGGATGCAACATTAACTCCCCCAGTTCCTAT
7669 AACAGAACGCACATGATGGATGCAACATTAACTCCCCCAGTTCCTAT
1 AACAGAACGCACATGATGGATGCAACATTAACTCCCCCAGTTCCTAT
7716 AACAGAACGCACATGATGGATGCAACATTAACTCCCCCAGTTCCTAT
1 AACAGAACGCACATGATGGATGCAACATTAACTCCCCCAGTTCCTAT
7763 AA
1 AA
7765 GCTTTCAGTT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 96 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.29, G:0.15, T:0.21
Consensus pattern (47 bp):
AACAGAACGCACATGATGGATGCAACATTAACTCCCCCAGTTCCTAT
Found at i:13701 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13679--13712 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
13669 TATAATGAGC
13679 TTAAAAA-ATTATGAAAA
1 TTAAAAATATT-TGAAAA
13696 TTAAAAATATTTGAAAA
1 TTAAAAATATTTGAAAA
13713 AACAAAAACT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.81
18 3 0.19
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.06, T:0.32
Consensus pattern (17 bp):
TTAAAAATATTTGAAAA
Found at i:13752 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 13727--13773 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
13717 AAAACTAAAC
*
13727 TAAAAAGTTAAA-AAA-AAAAA
1 TAAAAAATTAAACAAAGAAAAA
*
13747 TAAAAAATTAAACAAAGAAAAG
1 TAAAAAATTAAACAAAGAAAAA
13769 TAAAA
1 TAAAA
13774 TATTCATGTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.48
21 3 0.13
22 9 0.39
ACGTcount: A:0.77, C:0.02, G:0.06, T:0.15
Consensus pattern (22 bp):
TAAAAAATTAAACAAAGAAAAA
Found at i:15268 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 15237--15289 Score: 70
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
15227 ATTTTTAAGC
* *
15237 GAATGTAATAAAAAATTTAGAGAGTTGA
1 GAAT-TAAGAAAAAATTGAGAGAGTTGA
*
15265 GAATTTAGAAAAAATTGAGAGAGTT
1 GAATTAAGAAAAAATTGAGAGAGTT
15290 AGATTTGAGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 18 0.82
28 4 0.18
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (27 bp):
GAATTAAGAAAAAATTGAGAGAGTTGA
Found at i:18083 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 18049--18098 Score: 57
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
18039 GGCACCACCC
**
18049 AAAAAATTTTAAA-ATTAAAAAA
1 AAAAAATAATAAACATTAAAAAA
*
18071 AAAAAATAATAAATCATTTAAAAA
1 AAAAAATAATAAA-CATTAAAAAA
18095 AAAA
1 AAAA
18099 TTGATTTAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 2
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 11 0.48
24 12 0.52
ACGTcount: A:0.74, C:0.02, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (23 bp):
AAAAAATAATAAACATTAAAAAA
Found at i:18117 original size:93 final size:91
Alignment explanation
Indices: 18010--18178 Score: 214
Period size: 93 Copynumber: 1.8 Consensus size: 91
18000 AGGAACATAT
* ** * *
18010 TTTAAAGAAGTGATGGTGCCATATTAA-ATGGCACCACCCAAAAAATTTTAAAATTAAAAAAAAA
1 TTTAAAAAAGTGATGACGCCAT-TTAATATGACACCA-CAAAAAAATTTT-AAATTAAAAAAAAA
18074 AAATAATAAATCATTTAAAAAAAAATTGA
63 AAATAATAAATCATTTAAAAAAAAATTGA
* * ** *
18103 TTTAAAAAAGTGATGACGTCATTTAATATGACACCATAAAAAAATTTTAAATTTTAAAAAATAAA
1 TTTAAAAAAGTGATGACGCCATTTAATATGACACCACAAAAAAATTTTAAATTAAAAAAAAAAAA
18168 TAATAAATCAT
66 TAATAAATCAT
18179 GAAAAGAAAA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 10, Indels: 4
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
91 25 0.38
92 14 0.22
93 26 0.40
ACGTcount: A:0.54, C:0.09, G:0.08, T:0.29
Consensus pattern (91 bp):
TTTAAAAAAGTGATGACGCCATTTAATATGACACCACAAAAAAATTTTAAATTAAAAAAAAAAAA
TAATAAATCATTTAAAAAAAAATTGA
Found at i:23145 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 23099--23145 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
23089 AATTTCGTTA
* *
23099 ATTTAATTAATGTTGAATTTAT
1 ATTTTATTAATGTTGAATATAT
*
23121 -TTTTATTAAT-TTTAATATAT
1 ATTTTATTAATGTTGAATATAT
23141 ATTTT
1 ATTTT
23146 TTTGTAAATG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 3
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.38
21 13 0.62
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.04, T:0.62
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTATTAATGTTGAATATAT
Found at i:27333 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 27290--27374 Score: 170
Period size: 34 Copynumber: 2.5 Consensus size: 34
27280 TCAGGAAGTG
27290 ATGATATATTCAAAGATTGATCACTTTGATATGC
1 ATGATATATTCAAAGATTGATCACTTTGATATGC
27324 ATGATATATTCAAAGATTGATCACTTTGATATGC
1 ATGATATATTCAAAGATTGATCACTTTGATATGC
27358 ATGATATATTCAAAGAT
1 ATGATATATTCAAAGAT
27375 GGATTAGATG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 51 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (34 bp):
ATGATATATTCAAAGATTGATCACTTTGATATGC
Found at i:31495 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 31466--31522 Score: 105
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
31456 ATTTATTGCA
*
31466 TTTTCATTAAAAAATTATAAT
1 TTTTTATTAAAAAATTATAAT
31487 TTTTTATTAAAAAATTATAAT
1 TTTTTATTAAAAAATTATAAT
31508 TTTTTATTAAAAAAT
1 TTTTTATTAAAAAAT
31523 GATTTTTTAG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 35 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTATTAAAAAATTATAAT
Found at i:39633 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 39579--39653 Score: 141
Period size: 39 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
39569 TGTTCATATA
39579 AGACTTTTGAGACAACCTGAGTACTATGAGATGTTGGCC
1 AGACTTTTGAGACAACCTGAGTACTATGAGATGTTGGCC
*
39618 AGACTTTTGAGACAACTTGAGTACTATGAGATGTTG
1 AGACTTTTGAGACAACCTGAGTACTATGAGATGTTG
39654 ACCTTTTGAC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 35 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.25, T:0.31
Consensus pattern (39 bp):
AGACTTTTGAGACAACCTGAGTACTATGAGATGTTGGCC
Done.