genome.fa.s14395.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014395.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129433, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  266598

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1133--1269	45	3.0	45	87	2	186	33	26	20	19	1.97
1529--1605	14	5.6	14	73	13	61	46	25	5	22	1.72
1536--1605	28	2.5	28	79	2	88	45	25	5	22	1.74
1570--1615	21	2.2	21	84	0	56	47	26	6	19	1.73
1539--1615	28	2.7	27	80	4	73	44	25	6	23	1.77
4358--4406	4	12.2	4	80	8	55	2	32	0	65	1.04
4358--4404	15	3.0	15	82	11	58	2	31	0	65	1.04
7858--7907	18	2.8	18	90	6	66	24	34	8	34	1.84
13286--13370	31	2.8	30	76	15	84	40	14	11	34	1.82
19797--19847	26	2.0	26	88	7	77	39	0	1	58	1.09
28575--28868	29	10.0	30	80	14	321	31	32	6	29	1.82
28567--28868	59	5.1	59	92	1	473	32	33	5	28	1.81
28567--28868	117	2.6	118	91	1	482	32	33	5	28	1.81
29120--29155	17	2.1	17	100	0	72	19	11	5	63	1.46
40874--41558	211	3.3	209	88	4	969	36	20	22	20	1.95
42074--42150	17	4.5	17	80	6	84	41	1	5	51	1.32
42824--42854	12	2.6	12	100	0	62	61	0	0	38	0.96
42821--42858	15	2.7	15	80	19	55	57	0	0	42	0.98
43961--44317	59	6.1	59	87	3	533	31	33	5	29	1.80
43961--44317	117	3.0	117	90	2	547	31	33	5	29	1.80
43961--44317	176	2.0	176	90	2	556	31	33	5	29	1.80
49653--49729	17	4.5	17	80	6	84	41	1	5	51	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50403--50433	12	2.6	12	100	0	62	61	0	0	38	0.96
50400--50437	15	2.7	15	80	19	55	57	0	0	42	0.98
51540--51896	59	6.1	59	87	3	533	31	33	5	29	1.80
51540--51896	117	3.0	117	90	2	547	31	33	5	29	1.80
51540--51896	176	2.0	176	90	2	556	31	33	5	29	1.80
60539--60602	21	3.0	21	97	2	119	32	18	18	29	1.95
70870--70913	22	2.0	22	100	0	88	31	9	31	27	1.88
76851--76975	56	2.2	57	84	4	173	66	17	5	10	1.41
76924--77007	24	3.5	24	72	3	80	69	15	5	9	1.35
76989--77062	23	3.3	21	78	12	76	70	20	2	6	1.23
85931--85977	24	2.0	24	83	8	60	23	2	46	27	1.63
86025--86056	4	8.0	4	100	0	64	75	0	25	0	0.81
89247--89390	36	4.0	36	90	4	220	35	15	25	24	1.94
89442--89577	36	3.8	36	94	0	227	33	16	26	24	1.96
90294--90344	21	2.4	21	80	6	59	25	11	29	33	1.91
91163--91494	41	8.1	40	83	3	351	28	18	29	23	1.98
91852--91902	24	2.2	23	83	13	61	37	1	15	45	1.58
96642--96874	108	2.2	107	92	2	378	50	5	1	42	1.34
96816--97010	69	2.8	70	92	2	322	47	10	1	40	1.47
97532--97573	18	2.3	18	95	0	75	26	16	19	38	1.92
103128--103316	43	4.4	44	76	4	179	21	16	29	32	1.95
103327--103498	43	4.0	43	80	1	211	25	19	27	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103339--103502	85	1.9	85	87	0	238	26	19	26	28	1.99
104043--104147	43	2.5	43	80	9	126	31	9	12	46	1.73
106982--107031	24	2.1	24	100	0	100	20	16	20	44	1.87
109270--109321	16	3.2	17	74	17	56	67	1	0	30	1.02
109434--109526	17	5.3	17	67	18	57	35	2	2	60	1.21
109481--109600	64	1.9	64	81	6	147	35	2	3	58	1.28
109543--109589	17	2.8	17	80	0	58	29	0	2	68	1.02
120270--120303	16	2.1	16	89	10	52	44	14	17	23	1.86
125568--125696	28	4.5	28	73	11	93	38	0	23	37	1.60
125591--126011	59	7.2	58	76	9	286	40	1	21	36	1.64
125591--126013	29	14.4	29	73	11	249	40	1	21	36	1.64
127848--128621	210	3.7	210	88	1	1093	23	22	18	35	1.95
128376--128541	86	1.9	85	81	6	201	24	22	16	36	1.94
130875--131353	20	24.2	20	79	3	439	15	19	31	33	1.94
131387--131427	22	1.9	21	85	5	55	31	17	2	48	1.60
134922--134983	31	2.0	30	93	3	106	38	0	20	40	1.53
135399--135940	20	27.1	20	79	1	530	16	19	30	32	1.94
148133--148261	24	5.4	24	90	1	206	23	20	24	32	1.98
150392--150744	58	6.0	58	79	3	327	37	3	24	35	1.72
150392--150764	29	12.8	30	78	6	295	36	3	24	35	1.74
151975--152031	27	2.2	26	81	9	62	15	15	40	28	1.88
152553--153127	210	2.7	210	88	1	825	23	22	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152972--153437	124	3.8	124	91	0	700	23	21	18	37	1.94
161514--161565	24	2.2	24	82	0	59	11	17	17	53	1.72
165380--165703	29	11.2	29	78	11	238	37	3	25	34	1.72
165423--165703	88	3.2	87	81	5	300	37	3	25	33	1.72
165908--166084	87	2.0	87	92	0	291	20	18	31	29	1.97
172484--172560	29	2.6	29	89	2	109	14	28	31	25	1.95
178804--178829	13	2.0	13	100	0	52	0	7	0	92	0.39
183034--183080	17	2.9	15	82	14	58	68	0	2	29	1.02
183585--183652	27	2.4	28	85	4	84	19	0	29	51	1.47
183585--183660	29	2.7	27	80	8	82	18	0	31	50	1.47
184013--184039	14	1.9	14	100	0	54	74	11	0	14	1.08
184232--184290	9	7.1	9	71	28	51	49	0	0	50	1.00
184232--184298	20	3.3	20	77	22	70	49	0	0	50	1.00
184224--184289	29	2.3	28	89	7	98	48	0	0	51	1.00
186511--186542	15	2.1	15	94	0	55	6	0	9	84	0.78
186896--186984	36	2.5	36	85	3	117	33	24	28	13	1.93
187835--187884	23	2.2	23	92	7	84	34	0	2	64	1.05
189415--189459	21	2.1	21	87	0	63	37	0	0	62	0.96
192907--192936	14	2.1	15	93	6	53	83	3	6	6	0.90
196660--196715	27	2.1	27	100	0	112	41	21	3	33	1.70
205610--205748	23	6.1	22	75	16	104	43	20	22	12	1.86
205656--205782	23	5.4	23	81	9	116	44	22	22	11	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205631--205782	48	3.2	44	73	19	121	42	21	24	11	1.86
205657--205782	46	2.7	47	78	10	141	43	22	23	11	1.84
205609--205758	69	2.1	69	86	9	207	44	20	22	12	1.85
206588--206625	18	2.1	18	100	0	76	39	15	5	39	1.70
207691--207726	18	2.0	18	88	0	54	75	2	0	22	0.94
208690--208762	35	2.1	35	94	0	128	27	6	21	43	1.78
208815--208853	21	1.9	20	89	5	60	43	0	5	51	1.24
208815--208865	20	2.5	21	81	6	61	49	0	3	47	1.20
208900--208955	23	2.4	23	96	0	103	55	30	0	14	1.40
209867--209898	14	2.3	14	100	0	64	25	25	18	31	1.98
213166--213208	21	2.0	21	90	4	68	34	4	11	48	1.60
216322--216670	59	5.9	57	75	11	269	30	17	15	36	1.90
216325--216663	119	2.9	118	78	9	402	31	16	14	37	1.89
216454--216879	216	2.0	216	87	3	617	30	16	15	37	1.90
216691--216918	59	3.9	57	79	7	194	29	20	14	35	1.92
217083--217420	61	5.6	61	82	8	368	28	19	16	34	1.94
217083--217420	122	2.8	121	83	7	418	28	19	16	34	1.94
217083--217420	123	2.8	121	83	6	416	28	19	16	34	1.94
218238--218290	17	3.5	17	66	28	55	60	3	13	22	1.49
218238--218321	28	2.9	28	87	3	105	61	3	10	23	1.44
218244--218333	30	3.1	30	90	3	130	62	3	8	25	1.40
218816--218869	24	2.2	24	83	0	63	7	29	38	24	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219520--219561	20	2.0	20	86	4	57	57	4	9	28	1.51
220604--220663	22	2.8	22	85	9	79	21	6	35	36	1.80
220757--221156	86	4.6	86	83	5	495	48	4	5	41	1.46
220757--221157	172	2.3	171	86	5	549	48	4	5	41	1.46
221267--221300	16	2.1	16	88	0	50	50	5	0	44	1.26
228905--228939	17	2.1	17	88	0	52	74	0	5	20	1.02
228996--229033	14	2.6	15	80	20	53	28	0	0	71	0.87
229446--229510	19	3.2	19	79	16	69	53	6	0	40	1.26
229510--229553	9	4.5	10	83	13	56	75	4	0	20	0.98
229798--229834	20	2.0	20	84	10	51	72	2	0	24	0.97

Tables:   1   2