genome.fa.s14455.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014455.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129494, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  326107

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2482--2519	16	2.4	17	91	8	62	55	2	5	36	1.37
12634--12673	18	2.3	18	86	4	55	17	15	12	55	1.70
14759--14785	14	1.9	14	100	0	54	29	18	7	44	1.77
15559--15692	26	5.2	26	80	1	144	33	16	23	26	1.95
15559--15692	51	2.6	52	79	4	146	33	16	23	26	1.95
34165--34208	19	2.5	18	85	10	56	25	25	9	40	1.84
36654--36693	16	2.5	16	100	0	80	55	0	37	7	1.29
39809--39862	15	3.6	16	73	9	51	62	1	24	11	1.37
43584--43628	23	2.0	24	91	8	76	66	0	24	8	1.20
43613--43646	15	2.3	15	95	5	61	73	0	20	5	1.04
43612--43649	15	2.6	14	88	12	58	73	0	21	5	1.02
56906--56976	30	2.4	30	87	0	97	26	23	22	26	2.00
56906--56953	15	3.2	15	78	0	60	27	29	22	20	1.99
62161--62242	37	2.2	37	88	0	119	25	31	19	23	1.98
62221--62338	38	3.2	36	78	12	114	33	26	12	27	1.93
71420--71457	17	2.2	17	100	0	76	31	7	5	55	1.51
74113--74162	25	2.0	25	88	4	73	64	2	2	32	1.16
74124--74166	9	5.0	9	80	11	54	67	0	2	30	1.03
84355--84455	52	1.9	52	93	2	175	19	24	3	51	1.64
87381--87416	15	2.5	14	82	8	54	44	2	5	47	1.41
90012--90373	194	1.9	195	82	4	462	27	25	17	30	1.97
107416--108125	254	2.8	253	91	1	1102	30	18	8	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110554--110644	28	3.3	28	78	6	105	34	25	16	24	1.95
110632--110699	28	2.4	28	92	0	109	26	25	20	27	1.99
115959--116075	36	3.2	36	90	0	189	28	9	24	37	1.87
116464--116506	10	4.2	10	87	3	59	39	4	18	37	1.72
116590--116614	10	2.5	10	100	0	50	36	0	20	44	1.52
116472--116622	59	2.6	59	85	4	223	37	4	17	40	1.71
116471--116655	59	3.1	58	80	7	212	36	5	17	41	1.72
118002--118131	66	2.0	65	95	1	233	47	12	9	30	1.72
119649--119741	39	2.4	39	84	8	127	34	5	21	38	1.76
119728--119760	10	3.2	10	95	4	57	36	0	21	42	1.53
119686--119806	59	2.1	57	83	9	147	33	4	19	42	1.70
123094--123156	33	2.0	33	84	6	85	49	20	1	28	1.58
128391--128468	40	2.0	40	89	0	120	25	23	8	42	1.83
128454--128641	42	4.4	42	75	6	155	28	23	10	37	1.88
128490--128640	43	3.6	42	71	9	121	29	23	11	35	1.90
137251--137515	84	3.2	84	79	8	204	27	24	10	37	1.88
137282--137520	42	5.6	42	82	5	241	28	23	10	36	1.89
146428--146492	32	2.0	32	100	0	130	43	21	12	23	1.86
150105--150149	19	2.4	19	88	0	63	60	13	11	15	1.60
164583--165108	77	6.8	77	89	1	705	33	23	16	27	1.95
164583--165108	155	3.4	154	88	2	741	33	23	16	27	1.95
164583--165089	232	2.2	232	89	2	770	33	22	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166694--166937	30	8.0	31	79	8	245	34	20	2	43	1.65
166694--166938	60	4.0	61	83	6	286	34	20	2	42	1.65
166694--166938	91	2.7	89	84	8	280	34	20	2	42	1.65
171593--171622	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
171599--171672	29	2.6	28	76	6	76	47	0	4	48	1.20
183883--184082	68	3.2	60	75	18	185	52	4	2	41	1.31
183883--184082	62	3.2	62	77	11	187	52	4	2	41	1.31
183973--184085	12	9.8	12	68	18	53	53	4	0	41	1.27
183975--184084	19	5.9	18	73	17	75	52	4	0	41	1.28
183990--184038	25	1.9	26	84	12	66	48	8	0	42	1.32
184010--184085	37	2.1	36	85	11	102	53	3	1	40	1.27
193882--193957	11	6.8	11	71	24	61	53	1	1	43	1.17
193850--193947	31	3.0	31	69	19	74	51	4	2	42	1.32
194703--194781	41	1.9	41	94	0	140	31	16	18	32	1.94
195172--195216	17	2.6	17	82	0	54	31	15	11	42	1.82
202705--202738	12	2.8	12	100	0	68	35	26	20	17	1.95
207094--207153	30	2.0	31	90	3	95	48	3	6	41	1.46
208004--208059	27	2.1	27	100	0	112	53	10	7	28	1.62
208001--208051	6	9.2	6	83	12	56	50	13	3	31	1.60
208048--208075	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
208491--208546	27	2.1	27	100	0	112	53	10	7	28	1.62
208488--208538	6	9.2	6	83	12	56	50	13	3	31	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208535--208562	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
207647--208610	487	2.0	477	100	0	1838	33	21	16	27	1.94
217425--217454	15	1.9	16	93	6	53	73	6	0	20	1.05
218714--218752	21	1.9	21	89	5	62	25	2	12	58	1.47
218710--218758	20	2.4	21	82	3	64	22	2	12	63	1.39
224125--224158	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
225008--225057	26	1.9	26	91	0	82	38	10	40	12	1.76
226967--226996	15	1.9	16	93	6	53	66	6	0	26	1.16
229358--229699	122	2.7	126	80	9	394	28	14	20	36	1.91
229687--229712	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
232679--232744	33	2.0	33	100	0	132	12	6	27	54	1.60
232520--232903	192	2.0	192	87	1	545	22	9	19	47	1.78
234960--235008	23	2.1	23	96	0	89	36	12	4	46	1.60
235801--235840	20	1.9	20	85	10	53	52	5	12	30	1.60
237060--237139	31	2.7	29	75	19	74	32	11	16	40	1.84
246778--246814	19	1.9	19	88	0	56	56	0	0	43	0.99
249661--249728	6	11.7	6	79	6	77	44	1	2	51	1.25
249661--249724	17	3.7	17	83	4	83	43	1	3	51	1.26
250419--250499	3	26.7	3	72	7	65	54	1	4	39	1.30
251503--251757	58	4.4	58	79	9	234	34	27	4	33	1.76
251532--251757	29	7.8	28	72	13	154	35	26	3	33	1.75
251597--251809	29	7.3	28	69	12	126	35	26	3	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251599--251921	59	5.6	59	71	10	229	33	25	5	35	1.79
252169--252353	96	1.9	96	82	10	236	32	17	12	37	1.88
257663--257760	50	2.0	50	95	0	178	31	17	31	19	1.95
262905--263423	201	2.6	201	87	0	743	34	19	23	23	1.96
263305--263645	158	2.2	158	94	0	592	34	20	22	22	1.97
263104--263782	364	1.9	359	86	2	975	34	18	23	22	1.96
263805--263882	3	25.7	3	69	7	50	53	2	5	38	1.37
263804--263882	9	8.7	9	72	8	61	53	2	5	39	1.37
263834--263881	19	2.6	18	87	6	69	52	2	4	41	1.32
264893--265056	28	5.7	29	71	15	106	37	24	4	34	1.75
264893--265069	29	6.1	29	71	16	118	38	24	4	32	1.76
264922--265166	29	8.5	29	70	16	163	35	26	4	33	1.78
265066--265282	58	3.7	58	84	2	222	28	21	10	39	1.86
267849--267896	7	6.9	7	95	0	87	54	14	0	31	1.41
276598--276658	32	2.0	30	87	6	86	42	1	11	44	1.50
279715--279748	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
282033--282081	19	2.9	16	83	16	71	57	12	8	22	1.61
285118--285347	60	3.8	60	88	5	327	51	14	16	18	1.77
285118--285347	123	1.9	122	89	6	358	51	14	16	18	1.77
285348--285445	50	2.0	50	97	0	187	42	16	13	27	1.85
289892--289916	10	2.5	10	100	0	50	68	8	0	24	1.16
290616--290691	38	2.0	38	100	0	152	44	10	2	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299774--299900	20	6.3	20	82	0	146	37	14	10	37	1.81
299774--299899	40	3.2	40	88	0	189	38	15	10	36	1.81
300451--300494	18	2.4	18	80	0	52	75	13	2	9	1.14
301534--301568	17	2.0	18	88	5	54	71	0	5	22	1.07
303975--304051	40	1.9	40	89	0	118	15	6	27	50	1.68
304514--304551	19	2.0	19	100	0	76	36	15	15	31	1.90
306079--306164	27	3.1	27	62	15	68	51	8	11	29	1.67
306074--306183	55	2.0	55	98	0	211	55	9	10	25	1.62
306313--306375	25	2.5	26	79	10	85	42	0	0	57	0.99
306648--306672	10	2.5	10	100	0	50	0	0	8	92	0.40

Tables:   1   2