genome.fa.s14497.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014497.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129536, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  260964

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
953--1021	6	12.0	6	77	9	72	56	2	0	40	1.14
955--1031	11	6.8	12	80	14	83	58	3	0	37	1.17
954--1021	23	3.0	24	81	14	90	57	2	0	39	1.14
956--1031	23	3.3	23	82	10	86	59	3	0	36	1.16
953--1015	17	3.7	17	86	0	90	57	3	0	39	1.15
1336--1540	86	2.4	86	89	0	302	25	22	16	35	1.94
1422--1873	206	2.2	207	89	1	681	24	21	16	37	1.94
14061--14406	30	11.8	30	71	18	98	35	3	26	34	1.74
14071--14241	59	2.9	60	81	5	188	35	2	26	35	1.70
14169--14383	87	2.5	88	84	4	292	36	2	26	34	1.71
14112--14378	146	1.8	146	88	1	410	35	3	26	34	1.73
14249--14382	59	2.3	58	90	2	214	36	3	26	33	1.74
14072--14406	146	2.3	144	80	11	399	35	3	26	34	1.74
14192--14496	30	10.5	29	73	15	154	36	3	24	35	1.74
16260--16311	17	3.1	17	88	5	79	55	3	0	40	1.18
19322--19392	14	5.4	14	69	20	55	47	0	0	52	1.00
19914--19967	20	2.7	20	76	0	54	31	31	14	22	1.94
19990--20028	10	3.9	10	79	0	51	30	35	10	23	1.88
24309--24362	21	2.6	21	74	11	56	46	5	3	44	1.44
25852--25893	19	2.2	19	100	0	84	47	21	9	21	1.79
28881--28936	23	2.4	23	100	0	112	28	12	8	50	1.70
30053--30093	13	3.2	13	92	0	64	31	9	19	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31449--31720	52	5.3	51	83	3	296	53	9	5	31	1.56
33930--34155	53	4.3	53	83	3	296	29	16	20	33	1.95
33930--34129	103	1.9	103	88	0	301	29	16	20	34	1.94
38867--38920	26	2.0	27	89	3	83	42	22	14	20	1.88
38899--39011	24	4.8	24	85	4	149	29	23	19	27	1.98
38921--39011	47	1.9	48	90	2	148	28	24	19	27	1.99
39612--39681	35	2.0	35	91	5	115	41	21	8	28	1.82
42225--42469	82	3.0	82	92	1	402	31	25	19	23	1.98
49377--49401	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
50612--50643	3	10.7	3	93	0	55	0	28	0	71	0.86
51387--51559	41	4.2	41	87	0	220	39	10	25	24	1.87
57364--57424	26	2.3	26	82	0	68	32	29	13	24	1.93
61625--61728	52	2.0	52	100	0	208	50	11	7	30	1.67
61632--61723	25	3.4	28	69	11	93	54	8	7	29	1.59
66839--66890	15	3.5	15	81	0	50	40	26	11	21	1.87
72844--72881	18	2.1	19	85	9	53	34	2	2	60	1.24
72905--72952	19	2.5	20	75	21	50	45	0	0	54	0.99
72884--73180	106	2.8	107	88	6	444	40	4	4	51	1.41
74581--74638	18	3.3	18	87	2	82	48	10	31	10	1.71
75058--75097	20	2.0	20	85	9	55	25	7	2	65	1.32
87436--87472	15	2.5	15	90	0	65	32	16	8	43	1.77
90205--90382	41	4.4	41	92	2	288	24	22	9	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90205--90421	41	5.2	41	87	6	170	25	23	10	40	1.86
90200--90510	41	7.4	42	81	8	142	26	23	11	39	1.88
96830--96966	41	3.4	41	91	1	222	25	21	8	44	1.79
104082--104130	18	2.8	17	85	14	64	53	6	8	32	1.55
119609--119634	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
120790--120832	18	2.4	17	82	17	52	76	0	11	11	1.02
130729--130772	16	2.8	16	85	0	61	18	11	0	70	1.16
133585--134074	241	2.0	241	98	0	953	33	18	18	29	1.95
139170--139214	17	2.7	18	76	10	51	8	13	6	71	1.31
141229--141300	5	14.4	5	84	5	74	5	15	2	76	1.09
159900--159981	29	2.8	29	86	1	101	18	17	18	46	1.85
159906--159994	29	3.3	25	78	18	72	17	17	16	47	1.83
161197--161672	23	20.7	23	85	0	576	33	6	13	46	1.68
161744--161812	36	1.9	36	90	0	111	31	14	17	36	1.90
166420--166463	8	5.2	8	78	10	52	4	15	0	79	0.89
166419--166464	17	2.8	16	80	9	56	6	17	0	76	1.00
167047--167095	18	2.9	18	70	11	50	59	14	12	14	1.62
167154--167179	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
178620--178675	24	2.3	24	93	0	94	5	19	5	69	1.28
183550--183634	36	2.4	36	91	0	134	23	14	18	43	1.87
184022--184068	18	2.6	18	78	18	53	46	19	2	31	1.61
184124--184246	50	2.4	52	82	6	153	39	12	13	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186289--186828	23	23.5	23	84	2	647	33	5	12	47	1.65
188809--188872	19	3.3	19	82	4	83	7	3	12	76	1.11
188837--188878	19	2.2	19	86	0	57	11	2	11	73	1.18
188812--188891	19	4.3	19	73	13	51	10	5	12	72	1.26
188859--188913	18	3.2	17	75	12	51	7	5	18	69	1.32
188812--188916	54	1.9	55	84	5	142	8	4	15	71	1.27
188895--188987	12	7.8	12	77	9	93	6	3	19	70	1.22
188901--188982	20	3.7	20	75	19	65	7	3	18	70	1.25
188893--189013	24	5.3	23	70	16	72	7	4	19	69	1.29
188982--189042	32	2.0	30	87	6	86	11	3	19	65	1.38
193471--193520	24	2.1	24	81	7	57	2	18	6	74	1.12
194910--194951	18	2.3	19	79	8	50	76	9	4	9	1.15
195134--195169	18	1.9	19	88	5	56	11	13	0	75	1.06
196460--196508	12	3.9	13	80	17	59	4	14	6	75	1.14
196461--196509	6	7.8	6	79	6	53	4	14	4	77	1.06
197909--197951	20	2.2	20	82	0	50	79	9	4	6	1.06
198125--198161	19	2.0	19	89	5	58	13	13	0	72	1.11
207313--207353	18	2.2	18	86	8	55	70	0	14	14	1.16
208385--208431	26	1.9	25	83	12	62	34	4	6	55	1.45
208794--208833	20	2.0	20	90	0	62	17	10	17	55	1.69
212683--212707	9	2.8	9	100	0	50	88	0	12	0	0.53
214764--214804	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218057--218098	13	3.2	13	86	0	66	57	16	4	21	1.58
220912--220978	28	2.4	28	87	0	89	19	14	19	46	1.84
238677--238781	44	2.4	44	83	1	138	42	14	14	28	1.84
241900--241932	6	5.5	6	92	0	57	30	33	3	33	1.73
241928--241983	27	2.1	27	96	0	103	16	44	8	30	1.78
243350--243390	16	2.8	15	78	14	50	39	9	2	48	1.49
243414--243653	130	1.8	131	90	2	394	25	15	8	50	1.73
243423--243697	130	2.1	130	79	8	292	25	16	9	49	1.74
244781--244853	29	2.5	29	90	0	119	35	19	12	32	1.89
245451--245597	73	2.0	73	93	0	249	44	10	19	25	1.82
246768--246804	5	7.8	5	87	6	51	56	0	0	43	0.99
248118--248183	33	2.0	33	100	0	132	30	15	36	18	1.91
249176--249224	16	3.1	16	81	0	62	34	0	14	51	1.43
251897--251962	30	2.2	30	94	0	114	42	9	3	45	1.51
260047--260955	216	4.3	215	77	9	835	28	18	13	39	1.89

Tables:   1

The End!