Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014510.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129549, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3928
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.16, T:0.40
Found at i:378 original size:216 final size:215
Alignment explanation
Indices: 1--3928 Score: 4277
Period size: 216 Copynumber: 18.4 Consensus size: 215
*
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
** * * ** * *
66 CTCTTGGTTCCTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTCGATT
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
* * * * * * * * * *
131 CCTTAATGTATTGAGGATGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCAAACATTACTTGCTCGGGAAGT
130 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAT
* *
196 CCCATCATTTGGTCTAAAAAG
195 CGCATCATTTGGTCTAAATAG
* ** *
217 TTTTTCATTTTGCAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTTAGAATTGTTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * * * **
282 CTCTTTGTTGTTGGACGAGCTTACAAAATTGTCAATCTTTTACGCGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAA-CTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
* * * **
347 CCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGATTAA-TTTTCTAAACATTCCATGCGAGGGAAA
130 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCGGGAAA
*
411 TCGTATCATTTGGTCTAAATAG
194 TCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* * *
433 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTCTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTCTGTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * * * ** *
498 GTCCTGGTTTTTGGACGAACTTCTGAACTTGTCGAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGTTTCGGTT
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
* * * * * * *
563 CCTTAACGTATTCAAGACGATACAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAGCATTACATGCTCGGGAAGT
130 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAT
* *
628 CGCATCATTTGGTATAAAAAG
195 CGCATCATTTGGTCTAAATAG
* * **
649 TTTGTCATTTTGTAAACAGGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * * *
714 CTCTTGGTTGTAGGACGAACTTACAAAATTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
* * *
779 CCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAA-TTTTCGGAACATTCCATGCGAC-AGAA
130 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTC-GAACATTCCATGC-TCGGGAA
* *
842 GTCGCATCATTTGCTCTAAATAG
193 ATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* *
865 TTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTGATTTACGTGAGAATTGTTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * * * ** *
930 CTCTTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCATTTATAGCTTCGGTT
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
* * * * * *
995 CCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGAAATTTTTCGAACATTACATGCTCGAGAAGT
130 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAT
*
1060 AGCATCATTTGGTCTAAA-AGG
195 CGCATCATTTGGTCTAAATA-G
* * * *
1081 TTTGTCATTTTGTAAAAAAGTTTTG-TCCTTTAAATAAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGAT-CTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
*
1145 TCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGT
65 TCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGT
* * * *
1210 TCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCAAACATTCCATG-TGAGGGAA
129 TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCT-CGGGAA
**
1274 ATCTTATCATTTGGTCTAAATAG
193 ATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* * * * * *
1297 CTTTTCATTTTGTAAACATGTTTCGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGAGAGAACTGTGTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * * * *
1362 CTATTGGTTCTTGGATGAACTTCTGAACTTGTCGAACTTTTACTAG--CTCTTTT--AT--AG--
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
* * **
1419 -CTT-TAG--TTCAAGACGATCCATTCCTTTGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAAT
130 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAT
1480 CGCATCATTTGGTCTAAATAG
195 CGCATCATTTGGTCTAAATAG
* * * * *
1501 ATTTTCATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTCAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTCTTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * * ** * *
1565 CTCTTGGTTCTTAGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTGACTAGTTCTTTTATAGCTTCGATT
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
* * * * * * *
1630 CCTTAAAGAATGCAAGACGATCCAATCCATCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCTCGGGAAGT
130 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAAT
*
1695 CGCATCATTTGGTCTGAAA-GG
195 CGCATCATTTGGTCT-AAATAG
* * *
1716 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTCAGAATTATTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* *
1781 CTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTT
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
* * * **
1846 CCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTGGTGTAA-TTTTCAGAACATTCCATGCGAGGGAAA
130 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCGGGAAA
*
1910 TTGCATCATTTGGTCTAAATAG
194 TCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* *
1932 TTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * * ** *
1996 CTCTTGTTTCTTGGACAAACTT-C---C--G--AACTTTTA-TGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTT
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAACTTTTACT-AGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
* * * * *
2052 CCTTAAAGTATGT-AAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATCCTCGGGAAT
130 CCTTAAAGTAT-TCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAA
*
2116 TCGCATCATTTGGTCCAAA-AGG
194 TCGCATCATTTGGTCTAAATA-G
* * ** * *
2138 TTTGTCATTTTGTAAATAAGTTTTGGCCTCTGAATTAAAAACTTATTTATC-TGAGAATTGATTC
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTA-CGTGAGAATTGTTTC
* **
2202 TCTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCACT
65 TCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGT
*
2267 TCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAA-TTTTCGGAACATTCCATG---GGGAA
129 TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCGGGAA
2328 ATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
193 ATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* * * ***
2351 TTTTTTATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACACAAGAATTGTTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * ** *
2416 CTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCGAACTTTTA-TGAGTTCTTTTATAGCTTCGGT
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACT-AGTTCTTTTTTAAATCCGGT
** * * * * * *
2480 AACTTAAAGTATGT-AAGACGATACAATACTTCGAGTAATTTTCCGAACATTACAGGCTCGGGAA
129 TCCTTAAAGTAT-TCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAA
* *
2544 GTCACAT-AGTTTGGTCTAAA-AGG
193 ATCGCATCA-TTTGGTCTAAATA-G
* *** *
2567 TTTGTCATTTTGTGGGCAAGTTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAG-TTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
* * * * * * *
2631 TCTCTTTGTTGTTGGACGAGCTTCCAAATTTGTCAAACTTTAACTAGTTCTTTTTCAAATCCAGT
65 TCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGT
* * * * **
2696 TCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAGCAATCCATGCGAGGGAAA
129 TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAA
*
2761 TCGTATCATTTGGTCTAAATAG
194 TCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* *
2783 TTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTTATCTTTGAATTTAAAAA-TTA-TTACGTGAGAATTGTTTC
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAA-TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
* * * ***
2846 TCTCCTGGTTGTTGGACTAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATATAGT
65 TCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGT
* * * *
2911 TTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCTAGTAATTTTCCGAACATTCCATG-TGAGGGAA
129 TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCT-CGGGAA
2975 ATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
193 ATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* *
2998 TTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * ** * *
3062 CTCTTGTTTCTTGGACGAACTT-C---C--G--AACTTTTA-TGAGTTCTTTTATAGCTTCGGTA
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAACTTTTACT-AGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
* * * * * * *
3118 CCTTAAAGTATGT-AAGATGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATCCTCGAGAAT
130 CCTTAAAGTAT-TCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAA
*
3182 TCGCATCATTTGGTCCAAA-AGG
194 TCGCATCATTTGGTCTAAATA-G
* * ** * * *
3204 TTTGTCATTTTGTAAATAAGTTTTGGCCTCTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTGATTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* **
3269 CTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCACTT
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGTT
*
3334 CCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAA-TTTTCGGAACATTCCATG---GGGAAA
130 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTC-GAACATTCCATGCTCGGGAAA
3395 TCGCATCATTTGGTCTAAATAG
194 TCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* * * ***
3417 TTTTTTATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACACAAGAATTGTTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * ** *
3482 CTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCGAACTTTTA-TGAGTTCTTTTATAGCTTCGGT
66 CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACT-AGTTCTTTTTTAAATCCGGT
** * * * * * *
3546 AACTTAAAGTATGT-AAGACGATACAATACTTCGAGTAATTTTCCGAACATTACAGGCTCGGGAA
129 TCCTTAAAGTAT-TCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAA
* *
3610 GTCACAT-AGTTTGGTCTAAA-AGG
193 ATCGCATCA-TTTGGTCTAAATA-G
* *** *
3633 TTTGTCATTTTGTGGGCAAGTTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAG-TTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
* * * * * * *
3697 TCTCTTTGTTGTTGGACGAGCTTCCAAATTTGTCAAACTTTAACTAGTTCTTTTTCAAATCCAGT
65 TCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTC-AACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGT
* * * * **
3762 TCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAGCAATCCATGCGAGGGAAA
129 TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAA
*
3827 TCGTATCATTTGGTCTAAATAG
194 TCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* *
3849 TTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTTATCTTTGAATTTAAAAA-TTA-TTACGTGAGAATTGTTTC
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAA-TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
*
3912 TCTCCTGGTTGTTGGAC
65 TCTCTTGGTTGTTGGAC
Statistics
Matches: 3090, Mismatches: 522, Indels: 201
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
203 55 0.02
204 111 0.04
205 9 0.00
206 258 0.08
207 84 0.03
208 2 0.00
209 2 0.00
210 2 0.00
211 4 0.00
212 8 0.00
213 339 0.11
214 26 0.01
215 445 0.14
216 1698 0.55
217 47 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (215 bp):
TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
CTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCGGTTC
CTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTCGGGAAATC
GCATCATTTGGTCTAAATAG
Found at i:1976 original size:851 final size:854
Alignment explanation
Indices: 1--3928 Score: 4446
Period size: 851 Copynumber: 4.6 Consensus size: 854
*
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* *
66 CTCTTGGTTCCTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCTTTTATAGCTTC-GAT
66 CTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGCTTCAG-T
* * * * * *
130 TCCTTAATGTATTGAGGATGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTCA-AACATTACTTGCTCGGGAA
130 TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGTAA-TTTTCAGAACATTACATGCTCGGGAA
* * *
194 GTCCCATCATTTGGTCTAAAAAGTTTTTCATTTTGCAAACAAGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAAC
194 GTCGCATCATTTGGTCT-AAAAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTT-GTCTTTGAATTAAAAAC
* * * * * *
259 TTATTTACGTTAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTGGACGAGCTTACAAAATTGTCAATCTTTTA
257 TTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTA
** * *
324 CGCGTTCTTTTTTAAATCCGGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGATTAATTTTC
322 CTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTC
** * *
389 TAAACATTCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGT
387 CGAACATTCCATGTGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACATGT
* * * * *
454 TTTGATCTCTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTCTGTCTGTCCTGGTTTTTGGACGAACT
452 TTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACT
* *
519 TCTGAACTTGTCGAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGTTTCGGTTCCTTAACGTATTCAAGACGAT
517 TCCGAACTTGTCGAACTTTTACTAGCTCTTTTATAG---C-G-T-CTTAACG--TTCAAGACGAT
* * * * * *
584 ACAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAGCATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGGTATAAAAAG
574 CCAATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCGCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* * *
649 TTTGTCATTTTGTAAACAGGTTTTGGCCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
639 TTTGTCATTTTGTAAACATGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCT
* * * * * * * * *
714 CTCTTGGTT-GTAGGACGAACTTACAAAATTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTTTAAATCCGGT
704 CTCTTGGTTCTTA-GACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGATTCGAT
* * * * * *
778 TCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCGGAACATTCCATGCGAC-AGAA
768 TCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTCGGAACATTACATGC-TCGGGAA
*
842 GTCGCATCATTTGCTCTAAATAG
832 GTCGCATCATTTGGTCTAAATAG
* *
865 TTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTGATTTACGTGAGAATTGTTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * *
930 CTCTTGGTTCTTGGATGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACGAGTTCATTTATAGCTTCGGTT
66 CTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGCTTCAGTT
* * *
995 CCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGAAATTTTTC-GAACATTACATGCTCGAGAAG
131 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGTAA-TTTTCAGAACATTACATGCTCGGGAAG
* * * * *
1059 TAGCATCATTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTAAAAAAGTTTTGTCCTTTAAATAAAAAACT
195 TCGCATCATTTGGTCTAAAA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGT-CTTTGAATTAAAAACT
*
1124 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTAC
258 TATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTAC
1189 TAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCC
323 TAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCC
* * *
1254 AAACATTCCATGTGAGGGAAATCTTATCATTTGGTCTAAATAGCTTTTCATTTTGTAAACATGTT
388 GAACATTCCATGTGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACATGTT
* * * * *
1319 TCGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGAGAGAACTGTGTCTCTATTGGTTCTTGGATGAACTT
453 TTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTT
* *
1384 CTGAACTTGTCGAACTTTTACTAGCTCTTTTATAGC-T-TT-A-GTTCAAGACGATCCATTCCTT
518 CCGAACTTGTCGAACTTTTACTAGCTCTTTTATAGCGTCTTAACGTTCAAGACGATCCAATCCTT
* * * *
1445 TGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGATTT-TCAT
583 CGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCGCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAG-TTTGTCAT
* * *
1509 TTTGTAAACATGTTTTGATCTTTCAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTCTTTCTCTCTTGGT
647 TTTGTAAACATGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGT
* * *
1573 TCTTAGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTGACTAGTTCTTTTATAGCTTCGATTCCTTAAAG
712 TCTTAGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGATTCGATTCCTTAAAG
* * *
1638 AATGCAAGACGATCCAATCCATCGAGCAATTTTTC-GAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCA
777 TATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGTAA-TTTTCGGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCA
*
1702 TTTGGTCTGAAA-GG
841 TTTGGTCT-AAATAG
* * *
1716 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGGTCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTCAGAATTATTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* * * * ** *
1781 CTCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTT
66 CTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGCTTCAGTT
* * * * * ** *
1846 CCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTGGTGTAATTTTCAGAACATTCCATGCGAGGGAAAT
131 CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTCAGAACATTACATGCTCGGGAAGT
* *
1911 TGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTT
196 CGCATCATTTGGTCTAAA-AGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTG-TCTTTGAATTAAAAACTT
* * * *
1976 A-TTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGTTTCTTGGACAAACTT-C---C--G---AACTTTTA-T
259 ATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACT
* ** * * * * * *
2030 GAGTTCTTTTATAGCTTCGGTTCCTTAAAGTATGT-AAGACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTT
324 -AGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGT-TCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTC
* * * * * * * * *
2094 CGAACATTACATCCT-CGGGAATTCGCATCATTTGGTCCAAA-AGGTTTGTCATTTTGTAAATAA
387 CGAACATTCCAT-GTGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATA-GTTTTTCATTTTGTAAACAT
** * * *
2157 GTTTTGGCCTCTGAATTAAAAACTTATTTATC-TGAGAATTGAT-TCTCTCTTGGTTGTTGGACA
450 GTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTA-CGTGAGAATTG-TGTCTCTCTTGGTTCTTGGACG
* * * *
2220 AACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTAAATCCA-CTTCCTTAAAGTGTTCAAG
513 AACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACTAG--CTCTTTT--AT--AGCGT-CTT-AA-CGTTCAAG
* * *
2284 ACGATCCATTCCTTCGAGTAA-TTTTCGGAACATTCCAT--G-GGGAAATCGCATCATTTGGTCT
569 ACGATCCAATCCTTCGAGCAATTTTTC-GAACATTACATGCGCGGGAAATCGCATCATTTGGTCT
* * * * **
2345 AAATAGTTTTTTATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACA-CAAGAAT
633 AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACATGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTA-AGTGAGAAT
* * *
2409 TGTTTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCGAACTTTTA-TGAGTTCTTTTATAG
697 TGTTTCTCTCTTGGTTCTTAGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACT-AGTTCTTTTATAG
* * ** * * * * *
2473 CTTCGGTAACTTAAAGTATGTAAGACGATACAATACTTCGAGTAATTTTCCGAACATTACAGGCT
761 ATTCGATTCCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTCGGAACATTACATGCT
*
2538 CGGGAAGTCACAT-AGTTTGGTCTAAA-AGG
826 CGGGAAGTCGCATCA-TTTGGTCTAAATA-G
* *** *
2567 TTTGTCATTTTGTGGGCAAGTTTTTG-GCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAG-TTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTC
* * * * * * * ** *
2631 TCTCTTTGTTGTTGGACGAGCTTCCAAATTTGTCAAACTTTAACTAGTTCTTTT-TCAAATCCAG
65 TCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACTAGTTCTTTTAT-AGCTTCAG
* * * * * * **
2695 TTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAGCAATCCATGCGAGGGAA
129 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTCAGAACATTACATGCTCGGGAA
* * * *
2760 ATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTTATCTTTGAATTTAAAAA
194 GTCGCATCATTTGGTCTAAA-AGTTTTTCATTTTGTAAACAAG-TTTTGTCTTTGAA-TTAAAAA
* * **
2825 -TTA-TTACGTGAGAATTGTTTCTCTCCTGGTTGTTGGACTAACTTCTGAACTTGTCAAACTTTT
256 CTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTT
** * * *
2888 ACTAGTTCTTTTTTAAATATAGTTTCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCTAGTAATTTT
321 ACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTT
*
2953 CCGAACATTCCATGTGAGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACATG
386 CCGAACATTCCATGTGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACATG
* * *
3018 TTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTA-TTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGTTTCTTGGACGAAC
451 TTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAAC
* * * *** * * *
3082 TTCCGAACTTTTATGAGTTCTTTTA-TAG--CTTCGGTA-C--CTTAAAGTATGTAAGATGATCC
516 TTCCGAACTTGT-CGA--ACTTTTACTAGCTCTTTTATAGCGTCTTAACGT-T-CAAGACGATCC
* * * * *
3141 AATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATCCTCGAGAATTCGCATCATTTGGTCCAAA-AGGT
576 AATCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTACATGCGCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATA-GT
* * * * * *
3205 TTGTCATTTTGTAAATAAGTTTTGGCCTCTGAATTAAAAACTTATTTATGTGAGAATTGATTCTC
640 TTGTCATTTTGTAAACATGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTC
* * * * * *
3270 TCTTGGTTGTTGGACAAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTTTA-AATCCACTT
705 TCTTGGTTCTTAGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGATTCGA-TT
* * * * *
3334 CCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCGGAACATTCCATG---GGGAAAT
769 CCTTAAAGTATGCAAGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTCGGAACATTACATGCTCGGGAAGT
3396 CGCATCATTTGGTCTAAATAG
834 CGCATCATTTGGTCTAAATAG
* * * ***
3417 TTTTTTATTTTGTAAACATGTTTTGATCTTTGAATTATAAACTTATTTACACAAGAATTGTTTCT
1 TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
* *
3482 CTCTTGGTTCTTGGACGAACTTTCGAACTTGTCGAACTTTTA-TGAGTTCTTTTATAGCTTCGGT
66 CTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACT-AGTTCTTTTATAGCTTCAGT
** * * * *
3546 AACTTAAAGTATGT-AAGACGATACAATACTTCGAGTAATTTTCCGAACATTACAGGCTCGGGAA
130 TCCTTAAAGTAT-TCAAGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTCAGAACATTACATGCTCGGGAA
* * *** *
3610 GTCACAT-AGTTTGGTCTAAAAGGTTTGTCATTTTGTGGGCAAGTTTTTGGCTTTGAATTAAAAA
194 GTCGCATCA-TTTGGTCTAAAA-GTTTTTCATTTTGTAAACAAG-TTTTGTCTTTGAATTAAAAA
* * * *
3674 CTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTTGTTGTTGGACGAGCTTCCAAATTTGTCAAACTTTA
256 CTTATTTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTT
*
3739 ACTAGTTCTTTTTCAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTT
321 ACTAGTTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTT
* * *
3804 CCGAGCAATCCATGCGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACATG
386 CCGAACATTCCATGTGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACATG
* * * *
3869 TTTTTATCTTTGAATTTAAAAA-TTA-TTACGTGAGAATTGTTTCTCTCCTGGTTGTTGGAC
451 TTTTGATCTTTGAA-TTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTCTTGGAC
Statistics
Matches: 2627, Mismatches: 355, Indels: 177
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
840 2 0.00
841 183 0.07
842 4 0.00
843 6 0.00
844 1 0.00
845 2 0.00
846 2 0.00
847 2 0.00
848 2 0.00
849 24 0.01
850 368 0.14
851 969 0.37
852 146 0.06
853 213 0.08
854 2 0.00
855 3 0.00
856 2 0.00
857 3 0.00
858 2 0.00
859 45 0.02
860 133 0.05
861 6 0.00
862 6 0.00
863 5 0.00
864 495 0.19
865 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (854 bp):
TTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTTTCT
CTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCGAACTTGTCGAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGCTTCAGTT
CCTTAAAGTATTCAAGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTCAGAACATTACATGCTCGGGAAGT
CGCATCATTTGGTCTAAAAGTTTTTCATTTTGTAAACAAGTTTTGTCTTTGAATTAAAAACTTAT
TTACGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTGTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACTAG
TTCTTTTTTAAATCCAGTTCCTTAAAGTGTTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTCCGAA
CATTCCATGTGAGGGAAATCGTATCATTTGGTCTAAATAGTTTTTCATTTTGTAAACATGTTTTG
ATCTTTGAATTAAAAACTTATTTACGTGAGAATTGTGTCTCTCTTGGTTCTTGGACGAACTTCCG
AACTTGTCGAACTTTTACTAGCTCTTTTATAGCGTCTTAACGTTCAAGACGATCCAATCCTTCGA
GCAATTTTTCGAACATTACATGCGCGGGAAATCGCATCATTTGGTCTAAATAGTTTGTCATTTTG
TAAACATGTTTTGACCTTTGAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGAATTGTTTCTCTCTTGGTTCTT
AGACGAACTTCCGAACTTGTCAAACTTTTACTAGTTCTTTTATAGATTCGATTCCTTAAAGTATG
CAAGACGATCCAATCCTTCGAGTAATTTTCGGAACATTACATGCTCGGGAAGTCGCATCATTTGG
TCTAAATAG
Done.