genome.fa.s14511.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014511.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129550, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  222793

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10171--10208	18	2.2	18	90	9	62	47	0	0	52	1.00
10305--10356	20	2.6	21	90	6	81	28	3	28	38	1.75
13695--13802	10	10.9	10	68	20	57	32	1	2	62	1.20
13707--13780	19	3.8	19	82	8	69	31	2	1	64	1.15
17483--17566	41	2.0	41	100	0	168	28	30	0	40	1.57
22648--22704	21	2.7	21	81	8	71	29	36	7	26	1.83
22842--22891	25	2.0	25	100	0	100	20	32	8	40	1.81
26620--26660	20	2.0	20	85	0	55	19	7	0	73	1.07
29854--29880	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
30118--30170	19	2.9	17	75	8	52	56	0	1	41	1.10
30312--30365	19	2.8	19	82	2	63	59	0	1	38	1.08
30332--30367	18	1.9	19	88	5	56	55	0	0	44	0.99
30681--30714	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
30808--30834	7	3.9	7	100	0	54	29	0	14	55	1.40
31190--31226	18	2.1	18	94	0	65	59	0	0	40	0.97
36384--36443	28	2.1	28	82	11	70	36	0	1	61	1.06
36383--36442	27	2.2	27	80	13	70	35	0	1	63	1.05
36903--36968	29	2.3	30	82	10	75	50	1	3	45	1.26
38248--38275	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
38270--38370	52	2.0	51	96	2	184	46	14	16	21	1.83
46949--46997	24	2.0	24	100	0	98	36	22	12	28	1.90
50105--51349	165	7.6	164	80	5	1104	29	12	10	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50135--51927	325	5.6	320	77	8	1294	29	11	9	48	1.71
51350--51927	163	3.6	161	82	3	680	32	11	6	50	1.64
55829--56113	28	10.2	28	85	1	365	18	17	23	40	1.91
55838--56205	28	13.2	28	76	10	153	21	15	24	38	1.93
58131--58197	20	3.4	21	78	17	72	61	1	2	34	1.20
58117--58193	40	1.9	39	84	7	102	59	1	2	36	1.19
59460--59491	13	2.5	13	95	5	57	28	0	12	59	1.34
65927--65988	31	2.0	31	100	0	124	25	19	6	48	1.72
69593--69745	28	5.5	28	75	6	121	41	24	16	18	1.90
72447--72502	26	2.2	26	87	6	78	19	1	10	67	1.29
79868--79892	12	2.1	12	100	0	50	44	24	0	32	1.54
83609--84029	30	14.4	29	75	11	215	38	2	22	36	1.69
83609--83819	58	3.7	55	79	11	183	33	2	27	35	1.72
83654--84033	29	13.1	30	75	12	251	39	2	22	35	1.68
83773--84034	59	4.5	61	80	11	264	42	2	18	36	1.64
84772--84968	106	1.9	103	81	7	236	49	4	11	35	1.59
86325--86606	50	5.7	50	74	5	225	33	17	31	17	1.93
86324--86514	99	1.9	99	86	2	267	34	16	31	17	1.92
86849--86970	41	3.0	41	81	1	165	33	16	18	31	1.93
86995--87215	78	2.8	78	84	1	282	24	30	19	24	1.98
86995--87232	39	6.1	38	72	16	157	24	30	20	24	1.99
87245--88419	207	5.7	207	90	0	1688	37	17	21	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87245--88419	415	2.8	415	91	0	1852	37	17	21	23	1.94
88299--88505	86	2.4	86	88	1	308	37	17	22	22	1.94
89028--89120	17	5.4	17	88	1	132	39	0	5	54	1.23
89028--89120	34	2.7	34	91	1	150	39	0	5	54	1.23
89043--89121	11	6.9	11	73	16	63	40	0	3	55	1.18
89043--89122	6	13.8	6	73	12	69	41	0	3	55	1.18
89090--89138	24	2.0	24	84	7	64	48	2	2	46	1.25
89721--89765	11	4.3	11	76	21	51	35	2	2	60	1.22
89735--89893	73	2.2	73	95	0	282	32	4	7	55	1.48
90999--91431	60	7.4	59	72	16	210	35	27	2	34	1.71
90999--91436	29	15.0	28	73	13	235	35	26	2	35	1.71
91237--91436	86	2.3	85	82	6	224	35	28	3	33	1.73
98662--98881	42	5.2	42	91	2	316	34	12	27	25	1.92
120258--120294	18	2.1	18	100	0	74	32	32	10	24	1.90
124526--124571	14	3.4	14	85	11	60	60	0	0	39	0.97
128005--128532	166	3.2	160	79	6	488	28	10	10	50	1.70
128437--128481	24	1.9	24	86	4	65	17	6	6	68	1.33
128689--129220	165	3.2	162	82	5	622	30	13	9	46	1.75
129182--129288	55	2.0	54	84	1	142	28	10	14	46	1.77
129432--130367	165	5.7	165	80	5	966	29	12	9	48	1.73
129432--130369	329	2.8	325	79	6	980	29	12	9	48	1.73
133451--133639	100	1.9	100	92	0	315	31	18	8	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140684--140733	24	2.0	24	84	3	64	60	2	4	34	1.27
142464--142630	91	1.8	91	94	0	298	27	11	25	35	1.90
154721--155091	139	2.7	139	86	0	508	30	12	7	49	1.68
154949--155419	168	2.8	164	79	4	444	30	12	8	48	1.72
155223--155654	223	2.0	219	81	3	508	29	12	12	45	1.78
155461--155920	167	2.8	166	87	2	607	29	11	10	48	1.72
155462--155987	167	3.1	167	85	3	542	30	11	10	48	1.72
154953--156307	555	2.4	551	87	2	1867	29	12	10	47	1.75
155629--157121	387	3.9	387	89	0	2218	29	12	11	47	1.75
156709--156813	55	1.9	54	84	5	140	31	7	11	49	1.67
156762--157164	164	2.4	166	77	9	437	29	10	10	48	1.71
163807--163862	24	2.3	25	84	6	71	41	25	1	32	1.66
163807--163862	25	2.4	24	82	11	71	41	25	1	32	1.66
171796--171852	26	2.1	29	84	15	77	8	15	3	71	1.24
173641--173677	19	2.1	19	90	10	60	78	2	0	18	0.87
176117--176242	23	5.4	23	87	5	110	10	23	23	42	1.85
176138--176240	23	4.4	23	93	2	161	9	22	26	41	1.84
177483--177535	3	17.7	3	96	0	97	66	1	0	32	1.03
179367--179391	13	1.9	13	100	0	50	8	0	4	88	0.64
197334--197372	19	2.1	19	90	0	60	79	0	2	17	0.84
200258--200424	60	2.8	60	87	4	223	39	4	25	30	1.75
200254--200443	60	3.2	60	80	8	176	39	4	26	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201599--201707	12	8.9	12	79	11	87	34	4	0	59	1.24
201642--201695	15	3.6	15	92	0	54	35	3	0	61	1.14
201655--201723	3	22.7	3	91	2	111	33	0	1	65	1.02
202465--202561	6	16.2	6	69	19	60	53	2	3	41	1.28
202497--202549	21	2.4	22	90	6	81	54	0	5	39	1.24
202465--202561	17	5.4	17	78	12	97	53	2	3	41	1.28
202958--203595	97	6.6	97	89	1	915	14	25	21	39	1.91
203526--203740	97	2.2	97	88	1	306	16	24	20	39	1.92
202993--203692	145	4.8	144	78	7	668	14	25	21	39	1.91
215656--216013	60	6.1	57	80	9	314	39	4	25	30	1.75
215677--216013	118	2.8	118	78	8	389	39	4	25	30	1.76
215817--215969	28	5.3	29	68	18	95	36	2	27	33	1.71
215806--216016	30	7.3	28	66	23	82	39	2	26	30	1.71
216520--216586	31	2.2	31	82	10	77	29	25	1	43	1.64
217215--217241	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
217898--217940	19	2.3	19	100	0	86	20	4	13	60	1.51
217984--218062	6	13.2	6	71	18	58	54	2	2	40	1.27
217984--218062	17	4.4	17	80	14	88	54	2	2	40	1.27
218402--218427	12	2.2	12	100	0	52	57	0	0	42	0.98

Tables:   1

The End!