genome.fa.s14515.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014515.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129554, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  207493

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9306--9344	2	19.5	2	83	0	51	0	41	0	58	0.98
9306--9344	14	2.8	14	88	0	60	0	41	0	58	0.98
10274--10303	13	2.3	13	94	0	51	23	23	26	26	2.00
24614--24678	27	2.4	27	84	0	94	26	24	12	36	1.91
25277--25303	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
29364--29394	10	2.9	11	90	9	55	64	0	9	25	1.24
29868--29999	23	5.5	24	75	13	96	13	21	20	44	1.85
29868--29970	23	4.4	23	81	8	111	13	20	20	45	1.84
29868--29973	46	2.2	48	85	8	146	13	19	20	46	1.83
31670--31734	19	3.3	18	76	19	60	30	6	0	63	1.19
34464--34488	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
35377--35405	14	2.1	14	100	0	58	44	27	20	6	1.77
40861--41119	43	6.0	43	79	4	254	25	18	26	29	1.98
41861--41895	17	1.9	19	88	11	56	65	17	0	17	1.27
41903--41952	22	2.3	22	78	0	55	62	8	8	22	1.49
41960--42001	21	2.0	22	85	4	59	66	16	7	9	1.42
44522--45082	298	1.9	296	80	7	649	38	10	15	35	1.82
46469--46509	20	2.0	20	85	4	55	53	4	0	41	1.22
48938--48981	21	2.1	21	82	0	52	34	22	11	31	1.90
53550--53580	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
54237--54266	8	3.9	8	91	8	53	0	10	0	90	0.47
54237--54266	15	1.9	16	93	6	53	0	10	0	90	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57962--58122	81	2.0	79	93	2	277	55	3	22	18	1.58
65839--65897	29	2.0	30	86	3	84	27	8	16	47	1.76
66087--66153	31	2.3	27	76	14	62	38	11	11	37	1.79
66373--66412	21	1.9	20	85	10	53	70	12	10	7	1.35
66841--66869	15	2.0	15	93	6	51	27	0	0	72	0.85
67812--67873	33	1.9	32	90	9	99	48	0	1	50	1.10
78916--78956	4	10.2	4	89	10	66	24	0	24	51	1.49
84310--84353	6	7.5	6	89	5	72	50	0	0	50	1.00
84310--84353	17	2.5	18	92	3	72	50	0	0	50	1.00
84877--84906	4	7.2	4	92	7	51	73	0	0	26	0.84
84876--84906	13	2.5	13	94	5	55	70	0	0	29	0.87
84877--84913	17	2.1	18	95	5	67	72	0	0	27	0.84
85781--86053	28	9.4	29	76	13	249	36	28	1	33	1.67
86000--86075	29	2.6	28	81	10	73	34	25	2	38	1.70
85781--86074	58	5.1	58	76	8	242	36	28	1	33	1.67
91498--91686	49	3.9	49	79	4	202	33	15	32	17	1.92
91501--91706	97	2.1	98	86	2	281	33	15	31	19	1.92
91944--92175	41	5.6	41	81	4	243	37	18	16	28	1.92
91949--92183	124	1.9	123	84	2	319	37	17	16	28	1.92
92173--92298	39	3.2	39	80	0	144	24	29	20	25	1.99
94162--94488	30	11.1	30	78	8	291	34	26	2	35	1.71
94173--94471	88	3.4	88	80	9	333	35	27	2	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94704--94745	19	2.3	19	87	4	59	33	16	0	50	1.46
107478--107820	50	7.0	50	75	9	183	33	15	31	19	1.93
107474--107873	49	8.2	50	74	8	257	34	15	30	19	1.93
107510--107888	149	2.6	144	79	8	374	34	14	31	18	1.92
107866--108004	49	2.8	48	84	2	170	38	15	23	23	1.93
108503--108560	17	3.4	17	78	4	71	37	0	1	60	1.07
108501--108564	18	3.6	18	73	12	69	37	0	1	60	1.06
109193--109217	9	2.8	9	100	0	50	32	12	0	56	1.36
110465--110620	30	5.3	30	68	11	117	36	25	5	32	1.80
110463--110530	29	2.4	29	80	7	77	33	26	8	30	1.87
110552--110843	29	10.1	29	74	6	207	36	27	5	31	1.79
110406--110688	59	4.9	59	82	6	285	35	26	6	31	1.81
110614--110773	87	1.8	87	86	2	232	38	26	3	31	1.74
112342--112401	6	10.2	6	73	22	56	18	0	3	78	0.89
112352--112393	20	2.2	19	87	12	59	21	0	2	76	0.90
112340--112409	25	3.0	24	76	12	74	18	1	2	77	0.97
112340--112389	13	3.9	13	78	19	52	20	0	4	76	0.95
112350--112401	22	2.6	19	82	17	61	19	0	1	78	0.84
112371--112409	16	2.4	16	83	8	53	15	2	2	79	0.95
115306--115344	17	2.3	17	91	8	62	25	15	7	51	1.70
122552--122632	32	2.5	32	81	4	90	30	6	4	58	1.44
123539--123569	11	2.8	11	95	0	53	19	0	3	77	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131456--131520	26	2.5	25	83	11	78	56	1	0	41	1.08
135356--135381	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
138779--138818	22	1.9	20	85	10	53	42	0	5	52	1.23
139766--139805	21	1.9	21	89	0	62	75	10	5	10	1.19
141148--141172	11	2.3	11	100	0	50	68	8	8	16	1.38
144748--144781	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
145154--145193	16	2.3	18	87	8	57	47	0	7	45	1.31
147255--147287	6	5.5	6	92	0	57	18	36	30	15	1.91
151203--151246	14	3.1	14	76	3	52	18	0	11	70	1.16
151305--151371	27	2.5	28	82	7	84	20	32	26	19	1.97
156262--156379	50	2.3	51	88	1	166	50	7	1	40	1.41
156269--156379	51	2.2	50	86	3	159	49	6	1	42	1.38
156535--156559	3	8.3	3	100	0	50	0	68	32	0	0.90
160070--160130	31	2.0	31	90	0	95	34	21	8	36	1.83
160140--160201	25	2.6	23	80	14	63	17	0	6	75	1.00
160161--160207	25	1.9	24	87	12	69	19	0	4	76	0.95
160156--160204	23	2.2	22	80	20	57	16	0	4	79	0.88
161551--161892	52	6.6	52	82	8	358	33	14	22	29	1.94
161557--161839	105	2.7	104	84	4	358	33	14	21	30	1.93
164002--164071	19	3.6	19	75	3	77	58	4	4	32	1.37
164343--164394	20	2.7	19	77	11	54	32	1	1	63	1.16
164414--164478	10	6.8	10	74	13	57	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164430--164489	20	3.0	21	80	7	70	33	1	0	65	1.03
164419--164473	20	2.9	21	79	15	66	40	0	0	60	0.97
164402--164465	27	2.4	26	76	2	65	42	1	0	56	1.09
164552--164794	88	2.8	86	82	8	264	38	9	16	36	1.80
176889--177365	49	9.7	49	70	7	304	35	18	26	19	1.95
176865--177416	49	11.3	48	67	8	261	35	19	25	19	1.95
176865--177395	294	1.8	294	89	0	830	35	18	25	19	1.95
176865--177408	98	5.6	98	88	1	750	35	18	25	19	1.95
181888--181920	14	2.4	14	85	5	50	48	30	3	18	1.63
182421--182470	19	2.8	18	82	11	59	68	2	0	30	1.01
182414--182470	18	3.2	17	76	16	62	64	1	0	33	1.04
183314--183387	30	2.5	29	85	8	96	37	18	4	39	1.70
183375--183417	21	2.1	21	86	4	61	34	27	0	37	1.57
183396--183490	30	3.2	30	72	24	76	33	25	3	37	1.72
183417--183538	59	2.1	59	82	3	147	31	25	4	39	1.74
183545--183604	28	2.1	28	84	6	77	33	25	11	30	1.91
194948--195978	194	5.2	194	88	1	1371	35	18	23	22	1.96
196311--196403	29	3.1	28	71	18	78	44	2	4	49	1.34
196333--196380	6	8.3	6	77	9	55	43	0	4	52	1.20
196333--196380	17	2.8	17	90	0	69	43	0	4	52	1.20
196353--196407	17	3.2	17	84	2	65	54	3	1	40	1.28
197206--197257	3	17.0	3	92	4	86	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198316--198578	30	8.9	29	76	12	250	37	23	2	36	1.67
198320--198754	59	7.4	59	79	6	361	37	22	2	37	1.69
198606--198753	29	5.1	29	67	19	78	30	23	4	41	1.73
198618--198757	58	2.4	58	80	10	146	32	23	2	40	1.69
198791--198852	28	2.2	29	88	8	92	33	29	9	27	1.88
198791--198862	29	2.5	29	84	10	78	33	27	8	30	1.86
201391--201424	14	2.4	14	85	0	50	32	2	0	64	1.08
201395--201433	17	2.3	17	81	0	51	35	2	0	61	1.10
202412--202457	24	2.0	24	86	4	67	54	19	2	23	1.55
202420--202467	24	2.0	24	84	8	62	52	18	2	27	1.57

Tables:   1   2