Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014525.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129564, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8688
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.19, T:0.34
Found at i:2553 original size:21 final size:22
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Indices: 2512--2554 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
2502 AATTCTTTGC
2512 ATCGCATCGATTTTCTCCTCTA
1 ATCGCATCGATTTTCTCCTCTA
2534 ATCGCAT-GTATTTT-TCCTCTA
1 ATCGCATCG-ATTTTCTCCTCTA
2555 CTTATCTAGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
21 8 0.40
22 12 0.60
ACGTcount: A:0.19, C:0.28, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (22 bp):
ATCGCATCGATTTTCTCCTCTA
Found at i:6911 original size:59 final size:57
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Indices: 6747--7325 Score: 240
Period size: 59 Copynumber: 9.9 Consensus size: 57
6737 TGCACTCTTG
* * * * * *
6747 GGGGCAAAACTGTAATTTTGGGAAGTTCGAGGTTAAAAATGAGATTTTTAGACACTC-
1 GGGGTAAAA-TGTAATTTTTGAAAGTTCGAGGTTAAAAATGAAATTTTTGGACATTCA
* * *
6804 GGGAGTAAAATGGTAATTTTTAGGAAA-ATC-AGGATCAAAAATGGAATTTTTGGACATTCA
1 GGG-GTAAAAT-GTAATTTTT--GAAAGTTCGAGG-TTAAAAATGAAATTTTTGGACATTCA
* * *
6864 GGGGTGAAATAGTAATTTTTGAAAGTTTCGAGGTTAAATATGAAATTTTTGGAGATTCA
1 GGGGTAAAAT-GTAATTTTTGAAAG-TTCGAGGTTAAAAATGAAATTTTTGGACATTCA
* * * *
6923 GGGG-AAAAGTGTAATTTTT-AAGAGTTTGGAGG-TAAAAATGGAATTTTT-GAAAGTTTTA
1 GGGGTAAAA-TGTAATTTTTGAA-AG-TTCGAGGTTAAAAATGAAATTTTTGGACA--TTCA
* * * * * * * * * * *
6981 -AGATCAAAAATGGATTTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAGATGGAATTTTTGGATATTTA
1 GGGGT--AAAATGTAATTTTTGAAAG-TTCGAGGTTAAAAATGAAATTTTTGGACATTCA
* * *
7040 GGGGTAAAATGTGATTTTTTGGAAGTTCGA-GTGTAAAAATGTAATTTTTGGA-AGTTTC-
1 GGGGTAAAATGT-AATTTTTGAAAGTTCGAGGT-TAAAAATGAAATTTTTGGACA--TTCA
* * * * * *
7098 GAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGAAATTTTTGGAAATT-T
1 GGGGT--AAAATGTAATTTTTGAAAG-TTCGAGGTTAAAAATGAAATTTTTGGACATTCA
* * ** * *
7157 GAGGGTAAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTAGGGTT-AAAATGGAATTTTTTGA-AGTTC-
1 G-GGGT-AAAATGTAATTTTTGAAAGTTCGA-GGTTAAAAATGAAATTTTTGGACA-TTCA
* * * ** ** **
7215 GAGGGTAAAAATATGATTTTTTGGAAGTTCG-GGGGAAAAATGTGATTTTTGGA-AGTTTT
1 G-GGGT-AAAATGT-AATTTTTGAAAGTTCGAGGTTAAAAATGAAATTTTTGGACA-TTCA
* * *
7274 GGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAT-ATAATTTTTGG
1 GGGGT--AAAATGTAATTTTTGAAAGTTCGAGGTTAAAAATGA-AATTTTTGG
7326 TCAGTTTAGG
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 69, Indels: 78
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
56 3 0.01
57 31 0.08
58 140 0.34
59 171 0.41
60 62 0.15
61 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.04, G:0.27, T:0.36
Consensus pattern (57 bp):
GGGGTAAAATGTAATTTTTGAAAGTTCGAGGTTAAAAATGAAATTTTTGGACATTCA
Found at i:7047 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 6840--7325 Score: 347
Period size: 30 Copynumber: 16.6 Consensus size: 29
6830 AATCAGGATC
6840 AAAAATGGAATTTTTGGACA--TTCAGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGA-AGTTTC-GGGGT
* * * *
6869 -GAAATAGTAATTTTTGAAAGTTTCGAGGTT
1 AAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTTCG-GGGT
* * *
6899 AAATATGAAATTTTTGG-AGATTCAGGGG-
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTC-GGGGT
* * *
6927 AAAAGTGTAATTTTT-AAGAGTTT-GGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGA-AGTTTCGG-GGT
* *** *
6956 AAAAATGGAATTTTTGAAAGTTTTAAGAT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
* *
6985 CAAAAATGGATTTTTTGGAAGTTTTGGGGTT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGG-T
* *
7016 AAAGATGGAATTTTTGGATA-TTTAGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGA-AGTTTCGGGGT
* *
7045 -AAAATGTGATTTTTTGGAAG-TTCGAGTGT
1 AAAAATG-GAATTTTTGGAAGTTTCG-GGGT
* *
7074 AAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
*
7103 CAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGAGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
* *
7133 CAAAAATGAAATTTTTGGAAATTT-GAGGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCG-GGGT
**
7163 AAAAATGTG-ATTTTTGGAAGTTTTAGGGT
1 AAAAATG-GAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
* *
7192 TAAAATGGAATTTTTTGAAG-TTCGAGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCG-GGGT
* * *
7221 AAAAATATGATTTTTTGGAAG-TTCGGGGG
1 AAAAAT-GGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
*
7250 AAAAATGTG-ATTTTTGGAAGTTTTGGGGT
1 AAAAATG-GAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
7279 CAAAAATGGAATTTTTGGAAG-TTCGAGGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCG-GGGT
**
7309 AAAAATATAATTTTTGG
1 AAAAATGGAATTTTTGG
7326 TCAGTTTAGG
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 59, Indels: 64
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
27 2 0.01
28 41 0.11
29 154 0.42
30 164 0.45
31 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.27, T:0.37
Consensus pattern (29 bp):
AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGGGGT
Found at i:7300 original size:88 final size:89
Alignment explanation
Indices: 6986--7323 Score: 429
Period size: 88 Copynumber: 3.8 Consensus size: 89
6976 TTTTAAGATC
* * * *
6986 AAAAATG-GATTTTTTGGAAGTTTTGGGGTTAAAGATGGAATTTTTGGATATTTAG-GGGT-AAA
1 AAAAATGTGA-TTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGA-AGTTCGAGGGTAAAA
* *
7048 ATGTGATTTTTTGGAAGTTCGAGTGT
64 ATATGATTTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* * * *
7074 AAAAATGTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGA-GGTCAAAA
1 AAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAG-TTCGAGGGTAAAAA
* * *
7138 -ATGAAATTTTTGGAAATTTGAGGGT
65 TATG-ATTTTTTGGAAGTTCGAGGGT
* * *
7163 AAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTAGGGT-TAAAATGGAATTTTTTGAAGTTCGAGGGTAAAAAT
1 AAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAT
*
7227 ATGATTTTTTGGAAGTTCG-GGGG
66 ATGATTTTTTGGAAGTTCGAGGGT
7250 AAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAT
1 AAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAT
*
7315 ATAATTTTT
66 ATGATTTTT
7324 GGTCAGTTTA
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 27, Indels: 16
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
87 37 0.17
88 128 0.60
89 50 0.23
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.27, T:0.38
Consensus pattern (89 bp):
AAAAATGTGATTTTTGGAAGTTTTGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAT
ATGATTTTTTGGAAGTTCGAGGGT
Found at i:7950 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 7916--8577 Score: 363
Period size: 29 Copynumber: 22.5 Consensus size: 29
7906 GCAAAACGGT
* *
7916 AATTTTGGGAAGTTCGAGGTTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
* *
7945 AATTTTTAGACA-CTCGAGGGT-AAAATGG
1 AATTTTTGGA-AGTTCGAGGGTAAAAATGG
* ** * *
7973 TAATTTTTAGAAAAATCG-GGATCAAAATTGG
1 -AATTTTT-GGAAGTTCGAGGGT-AAAAATGG
* * *
8004 AATTTTTGGACA-TTCGGGGGT-GAAATAGT
1 AATTTTTGGA-AGTTCGAGGGTAAAAAT-GG
* * *
8033 AATTTTTGAAAGTTTCGAGGTTAAATATGG
1 AATTTTTGGAAG-TTCGAGGGTAAAAATGG
* * * * *
8063 AATTTTTGGAGGTT-TAGGGGAAAAGTGT
1 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
*
8091 AATTTTT-TAGAGTTCG-GAGGTAAAAATGG
1 AATTTTTGGA-AGTTCGAG-GGTAAAAATGG
* * *
8120 AATTCTTGGAAGTTTCGA-GATCAAAAACGG
1 AATTTTTGGAAG-TTCGAGGGT-AAAAATGG
* *
8150 -ATTTTATGGAAGTTTTG-GGGTCAAAATGG
1 AATTTT-TGGAAG-TTCGAGGGTAAAAATGG
* ** *
8179 AATTTTTGGATGTTTAAGGGTAAAAATATG
1 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAT-GG
* *
8209 ATTTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGT
1 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
*
8238 AATTTTTGGAAGTT-GTGAGGTCAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTCGAG-GGT-AAAAATGG
*
8268 AATTTTTGAAAGTTTCGA-GGTAAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAG-TTCGAGGGT-AAAAATGG
* * * *
8298 AATTTTTTGAAATTTGAGGGTAAACATGTG
1 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATG-G
** *
8328 -ATTTTTGGAAGTTTTAGGGTTAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
** * *
8356 AATTTTTTAAAATTCAAGGGTAAAAATGTG
1 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATG-G
* *
8386 ATTTTTTGGAAGTTTGAGGG-AAAAATGTG
1 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATG-G
**
8415 -ATTTTTGGAAGTTTTAGGGTCAAAAAT-G
1 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGT-AAAAATGG
* * **
8443 AATTTTTTTGGTAGTTTTG-GGGTCAAAAATTT
1 AA--TTTTTGGAAG-TTCGAGGGT-AAAAATGG
* * ** *
8475 AATTTTTAGAAATTTAAGGGTAAAAATGT
1 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
*
8504 AATTTTTAGAAGTTTCGA-GGTCAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAG-TTCGAGGGT-AAAAATGG
* * **
8534 AATTTTTGGAGGTTCGGGGGTAAAAATAT
1 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
8563 AATTTTTGGATAGTT
1 AATTTTTGGA-AGTT
8578 TAGGGACCTC
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 102, Indels: 87
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.00
28 54 0.11
29 208 0.43
30 187 0.38
31 31 0.06
32 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.04, G:0.26, T:0.37
Consensus pattern (29 bp):
AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGG
Found at i:7979 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 7873--7979 Score: 101
Period size: 28 Copynumber: 3.8 Consensus size: 28
7863 TTCGGATGCC
*
7873 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTGGACTCT
1 CGAGGGTAAAATGGTAATTTTGGACACT
* * * *
7901 CGGGGGCAAAACGGTAATTTTGGGA-AGTT
1 CGAGGGTAAAATGGTAATTTT-GGACA-CT
* *
7930 CGAGGTTAAAAATGG-AATTTTTAGACACT
1 CGAGGGT-AAAATGGTAA-TTTTGGACACT
7959 CGAGGGTAAAATGGTAATTTT
1 CGAGGGTAAAATGGTAATTTT
7980 TAGAAAAATC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 12, Indels: 12
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
28 29 0.48
29 21 0.34
30 11 0.18
ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (28 bp):
CGAGGGTAAAATGGTAATTTTGGACACT
Found at i:7979 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 7880--8072 Score: 192
Period size: 59 Copynumber: 3.3 Consensus size: 58
7870 GCCCGAGGGT
* * * * *
7880 AAAATGGTAA-TTTTGGACTCTCGGGGGCAAAACGGTAATTTTGGGAAGTTCGAGGTTA
1 AAAATGG-AATTTTTGGACACTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTAGAAAGTTCGAGGTTA
* * ** *
7938 AAAATGGAATTTTTAGACACTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAAATCG-GGATCA
1 AAAATGGAATTTTTGGACACTCGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTAGAAAGTTCGAGG-TTA
* * * * *
7997 AAATTGGAATTTTTGGACATTCGGGGGTGAAATAGTAATTTTTGAAAGTTTCGAGGTTA
1 AAAATGGAATTTTTGGACACTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTAGAAAG-TTCGAGGTTA
*
8056 AATATGGAATTTTTGGA
1 AAAATGGAATTTTTGGA
8073 GGTTTAGGGG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 22, Indels: 9
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 2 0.02
58 40 0.37
59 64 0.59
60 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
AAAATGGAATTTTTGGACACTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTAGAAAGTTCGAGGTTA
Found at i:8069 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 8033--8578 Score: 320
Period size: 30 Copynumber: 18.5 Consensus size: 29
8023 GTGAAATAGT
* *
8033 AATTTTTGAAAGTTTCGAGGTTAAATATGG
1 AATTTTTGGAAGTTT-GAGGTTAAAAATGG
* ** * *
8063 AATTTTTGGAGGTTT-AGGGGAAAAGTGT
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATGG
* *
8091 AATTTTT-TAGAGTTCGGAGG-TAAAAATGG
1 AATTTTTGGA-AGTT-TGAGGTTAAAAATGG
* * * *
8120 AATTCTTGGAAGTTTCGAGATCAAAAACGG
1 AATTTTTGGAAGTTT-GAGGTTAAAAATGG
* *
8150 -ATTTTATGGAAGTTTTG-GGGTCAAAATGG
1 AATTTT-TGGAAG-TTTGAGGTTAAAAATGG
* * * *
8179 AATTTTTGGATGTTTAAGGGTAAAAATATG
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAAT-GG
* * * *
8209 ATTTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGT
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATGG
*
8238 AATTTTTGGAAGTTGTGAGGTCAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTT-TGAGGTTAAAAATGG
* *
8268 AATTTTTGAAAGTTTCGAGGTAAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTT-GAGGTTAAAAATGG
* * * *
8298 AATTTTTTGAAATTTGAGGGTAAACATGTG
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATG-G
*
8328 -ATTTTTGGAAGTTTTAGGGTT-AAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTGA-GGTTAAAAATGG
** * ** *
8356 AATTTTTTAAAATTCAAGGGTAAAAATGTG
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATG-G
* *
8386 ATTTTTTGGAAGTTTGAGG-GAAAAATGTG
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATG-G
* *
8415 -ATTTTTGGAAGTTTTAGGGTCAAAAAT-G
1 AATTTTTGGAAGTTTGA-GGTTAAAAATGG
* * * **
8443 AATTTTTTTGGTAGTTTTGGGGTCAAAAATTT
1 AA--TTTTTGGAAG-TTTGAGGTTAAAAATGG
* * * * *
8475 AATTTTTAGAAATTTAAGGGTAAAAATGT
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATGG
* *
8504 AATTTTTAGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTT-GAGGTTAAAAATGG
* * * * **
8534 AATTTTTGGAGGTTCGGGGGTAAAAATAT
1 AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATGG
8563 AATTTTTGGATAGTTT
1 AATTTTTGGA-AGTTT
8579 AGGGACCTCC
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 96, Indels: 54
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
27 1 0.00
28 40 0.10
29 160 0.41
30 165 0.42
31 22 0.06
32 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
AATTTTTGGAAGTTTGAGGTTAAAAATGG
Found at i:8555 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 7914--8578 Score: 407
Period size: 59 Copynumber: 11.3 Consensus size: 59
7904 GGGCAAAACG
* * * * *
7914 GTAATTTTGGGAAG-TTCGAGGTTAAAAATGGAATTTTTAGACACTCGAGGGT-AAAAT
1 GTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAATTCGAGGGTAAAAAT
* *** * * * *
7971 GGTAATTTTTAGAAAAATCG-GGATCAAAATTGGAATTTTTGGACATTCGGGGGT-GAAAT
1 -GTAATTTTTGGAAGTTTCGAGG-TCAAAAATGGAATTTTTGGAAATTCGAGGGTAAAAAT
* * * ** * * *
8030 AGTAATTTTTGAAAGTTTCGAGGTTAAATATGGAATTTTTGGAGGTT-TAGGGGAAAAGT
1 -GTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAATTCGAGGGTAAAAAT
* * * * *
8089 GTAATTTTT-TAGAG-TTCGGAGGT-AAAAATGGAATTCTTGGAAGTTTCGA-GATCAAAAAC
1 GTAATTTTTGGA-AGTTTC-GAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAA-ATTCGAGGGT-AAAAAT
* * * ** **
8148 G-GATTTTATGGAAGTTTTGGGGTC-AAAATGGAATTTTTGGATGTTTAAGGGTAAAAAT
1 GTAATTTT-TGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAATTCGAGGGTAAAAAT
* * * * *
8206 ATGATTTTTTGGAAG-TTCGAGGGT-AAAAATGTAATTTTTGGAAGTT-GTGAGGTCAAAAAT
1 GT-AATTTTTGGAAGTTTCGA-GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAATTCGAG-GGT-AAAAAT
* * * * * *
8266 GGAATTTTTGAAAGTTTCGAGGTAAAAAATGGAATTTTTTGAAATTTGAGGGTAAACAT
1 GTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAATTCGAGGGTAAAAAT
* * * ** *
8325 GTGATTTTTGGAAGTTT-TAGGGT-TAAAATGGAATTTTTTAAAATTCAAGGGTAAAAAT
1 GTAATTTTTGGAAGTTTCGA-GGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAATTCGAGGGTAAAAAT
* * * **
8383 GTGATTTTTTGGAAGTTT-GAGG-GAAAAATGTG-ATTTTTGGAAGTTTTAGGGTCAAAAAT
1 GT-AATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATG-GAATTTTTGGAAATTCGAGGGT-AAAAAT
* * * ** * **
8442 G-AATTTTTTTGGTAGTTTTGGGGTCAAAAATTTAATTTTTAGAAATTTAAGGGTAAAAAT
1 GTAA--TTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAATTCGAGGGTAAAAAT
* ** *
8502 GTAATTTTTAGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAGGTTCGGGGGTAAAAAT
1 GTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAATTCGAGGGTAAAAAT
*
8561 ATAATTTTTGGATAGTTT
1 GTAATTTTTGGA-AGTTT
8579 AGGGACCTCC
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 106, Indels: 68
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
57 21 0.05
58 108 0.23
59 253 0.54
60 57 0.12
61 27 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.04, G:0.26, T:0.37
Consensus pattern (59 bp):
GTAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAATTCGAGGGTAAAAAT
Done.