Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014532.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129571, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13858
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.21, T:0.26
Warning! 13 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:889 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 849--1097 Score: 175
Period size: 29 Copynumber: 8.4 Consensus size: 29
839 AAAGTCCCTA
*
849 AACTTCCAAAAATTCCTTTTTTTACTCCCG
1 AACTTCCAAAAATTCCTTTTTTAAC-CCCG
* * * *
879 AACTTTC-AAAATCCCATTTTTAACCCCAA
1 AACTTCCAAAAATTCCTTTTTTAACCCC-G
* *
908 AACTTCCAAAAATT-CTATTTTTGACCCCAA
1 AACTTCCAAAAATTCCT-TTTTTAACCCC-G
**
938 AACTTCCAAAAA-TCCCATTTTAACCCCG
1 AACTTCCAAAAATTCCTTTTTTAACCCCG
*
966 AAACTTCCAAAAATTCCATTTTT-ACCCTCG
1 -AACTTCCAAAAATTCCTTTTTTAACCC-CG
* * **
996 AACTTCAAAAAAATCCCATTTTAACCCCG
1 AACTTCCAAAAATTCCTTTTTTAACCCCG
* * * * *
1025 AAACTACCGAAAATT-CTATTTTCACCCCCA
1 -AACTTCCAAAAATTCCT-TTTTTAACCCCG
* * * *
1055 AACTTCCAAAAATACCATTTTTGACCCCAA
1 AACTTCCAAAAATTCCTTTTTTAACCCC-G
1085 AACTTCCAAAAAT
1 AACTTCCAAAAAT
1098 CCCATTTTAC
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 35, Indels: 24
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.02
29 87 0.51
30 82 0.48
ACGTcount: A:0.37, C:0.31, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (29 bp):
AACTTCCAAAAATTCCTTTTTTAACCCCG
Found at i:1103 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 848--1105 Score: 251
Period size: 30 Copynumber: 8.7 Consensus size: 30
838 GAAAGTCCCT
* * *
848 AAACTTCCAAAAATTCCTTTTTTTACTCCC-
1 AAACTTCCAAAAATCCCATTTTTAAC-CCCA
* *
878 GAACTTTC-AAAATCCCATTTTTAACCCCA
1 AAACTTCCAAAAATCCCATTTTTAACCCCA
* * *
907 AAACTTCCAAAAATTCTATTTTTGACCCCA
1 AAACTTCCAAAAATCCCATTTTTAACCCCA
*
937 AAACTTCCAAAAATCCCA-TTTTAACCCCG
1 AAACTTCCAAAAATCCCATTTTTAACCCCA
*
966 AAACTTCCAAAAATTCCATTTTT-ACCCTC-
1 AAACTTCCAAAAATCCCATTTTTAACCC-CA
* * *
995 GAACTTCAAAAAAATCCCA-TTTTAACCCCG
1 AAACTTC-CAAAAATCCCATTTTTAACCCCA
* * * * * *
1025 AAACTACCGAAAATTCTA-TTTTCACCCCC
1 AAACTTCCAAAAATCCCATTTTTAACCCCA
* *
1054 AAACTTCCAAAAATACCATTTTTGACCCCA
1 AAACTTCCAAAAATCCCATTTTTAACCCCA
1084 AAACTTCCAAAAATCCCATTTT
1 AAACTTCCAAAAATCCCATTTT
1106 ACCTCGAATT
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 33, Indels: 16
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.02
29 91 0.49
30 93 0.50
ACGTcount: A:0.36, C:0.31, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (30 bp):
AAACTTCCAAAAATCCCATTTTTAACCCCA
Found at i:1105 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 848--1097 Score: 304
Period size: 59 Copynumber: 4.2 Consensus size: 58
838 GAAAGTCCCT
* * * *
848 AAACTTCCAAAAATTCCTTTTTTTACTCCCGAACTTTC-AAAATCCCATTTTTAACCCCA
1 AAACTTCCAAAAATT-CTATTTTTACCCCCAAACTTCCAAAAATCCCA-TTTTAACCCCA
* *
907 AAACTTCCAAAAATTCTATTTTTGACCCCAAAACTTCCAAAAATCCCATTTTAACCCCG
1 AAACTTCCAAAAATTCTATTTTT-ACCCCCAAACTTCCAAAAATCCCATTTTAACCCCA
* * * * *
966 AAACTTCCAAAAATTCCATTTTTACCCTCGAACTTCAAAAAAATCCCATTTTAACCCCG
1 AAACTTCCAAAAATTCTATTTTTACCCCCAAACTTC-CAAAAATCCCATTTTAACCCCA
* * * * *
1025 AAACTACCGAAAATTCTATTTTCACCCCCAAACTTCCAAAAATACCATTTTTGACCCCA
1 AAACTTCCAAAAATTCTATTTTTACCCCCAAACTTCCAAAAATCCCA-TTTTAACCCCA
1084 AAACTTCCAAAAAT
1 AAACTTCCAAAAAT
1098 CCCATTTTAC
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 23, Indels: 8
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
58 26 0.16
59 129 0.79
60 9 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.30, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (58 bp):
AAACTTCCAAAAATTCTATTTTTACCCCCAAACTTCCAAAAATCCCATTTTAACCCCA
Found at i:13616 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 13593--13703 Score: 177
Period size: 17 Copynumber: 6.5 Consensus size: 17
13583 GGTCCATCCC
13593 TTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAA
* * *
13610 ATTAAATTTGTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAA
13627 TTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAA
13644 TTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAA
13661 TTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAA
*
13678 TTTAAATTTAAATTTAAA
1 TTTAAATTT-ATTTTAAA
13696 TTTAAATT
1 TTTAAATT
13704 AAGTTTAAAA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 7, Indels: 1
0.91 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
17 71 0.83
18 15 0.17
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAATTTATTTTAAA
Found at i:13631 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 13593--13716 Score: 167
Period size: 34 Copynumber: 3.6 Consensus size: 33
13583 GGTCCATCCC
*
13593 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTGTTTAAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTATTT-AAA
*
13627 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTATTTTAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTA-TTTAAA
*
13661 TTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTAAATTTAAA
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTT--ATTTAAA
* *
13696 TTTAAATTAAGTTTAAAATTA
1 TTTAAATTTATTTTAAAATTA
13717 TTTTCAAATT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 5, Indels: 5
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
34 54 0.66
35 27 0.33
36 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (33 bp):
TTTAAATTTATTTTAAAATTAAATTTATTTAAA
Found at i:13633 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 13593--13737 Score: 126
Period size: 6 Copynumber: 25.0 Consensus size: 6
13583 GGTCCATCCC
* * * *
13593 TTTAAA TTT-AT TTTAAA ATTAAA TTT--G TTTAAAA TTTAAA TTT-AT
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT-AAA TTTAAA TTTAAA
* *
13638 TTTAAA TTTAAA TTT-AT TTTAAA TTTAAA TTT-AT TTTAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
* * *
13684 TTTAAA TTTAAA TTTAAA -TTAAG TTTAAA ATT-AT TTTCAAA TTTAAAA
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT-AAA TTT-AAA
13732 TTTAAA
1 TTTAAA
13738 ATAAATAAAA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 19, Indels: 20
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
4 3 0.03
5 23 0.21
6 71 0.65
7 13 0.12
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.01, T:0.53
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:13641 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 13625--13729 Score: 97
Period size: 11 Copynumber: 9.2 Consensus size: 11
13615 ATTTGTTTAA
13625 AATTTAAATTT
1 AATTTAAATTT
*
13636 ATTTTAAATTT
1 AATTTAAATTT
*
13647 AAATTT-ATTTT
1 -AATTTAAATTT
13658 AAATTTAAATTT
1 -AATTTAAATTT
*
13670 ATTTTAAATTT
1 AATTTAAATTT
13681 AAATTTAAATTT
1 -AATTTAAATTT
13693 AAATTTAAA-TT
1 -AATTTAAATTT
*
13704 AAGTTTAAAATT
1 AA-TTTAAATTT
*
13716 ATTTTCAAATTT
1 AATTT-AAATTT
13728 AA
1 AA
13730 AATTTAAAAT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 9, Indels: 11
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 2 0.03
11 41 0.52
12 36 0.46
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.01, T:0.53
Consensus pattern (11 bp):
AATTTAAATTT
Found at i:13650 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 13593--13737 Score: 126
Period size: 23 Copynumber: 6.2 Consensus size: 24
13583 GGTCCATCCC
* *
13593 TTTAAATTT-ATTTTAAAATTAAA
1 TTTAAATTTAAATTTAAATTTAAA
* *
13616 TTT--GTTTAAAATTTAAATTT-AT
1 TTTAAATTT-AAATTTAAATTTAAA
*
13638 TTTAAATTTAAATTT-ATTTTAAA
1 TTTAAATTTAAATTTAAATTTAAA
*
13661 TTTAAATTT-ATTTTAAATTTAAA
1 TTTAAATTTAAATTTAAATTTAAA
*
13684 TTTAAATTTAAATTTAAA-TTAAG
1 TTTAAATTTAAATTTAAATTTAAA
* *
13707 TTTAAAATT-ATTTTCAAATTTAAAA
1 TTTAAATTTAAATTT-AAATTT-AAA
13732 TTTAAA
1 TTTAAA
13738 ATAAATAAAA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 14, Indels: 18
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.03
22 16 0.16
23 59 0.60
24 12 0.12
25 8 0.08
ACGTcount: A:0.45, C:0.01, G:0.01, T:0.53
Consensus pattern (24 bp):
TTTAAATTTAAATTTAAATTTAAA
Done.