genome.fa.s14561.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014561.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129600, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  265799

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6--40	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
1048--1154	30	3.6	29	81	6	108	37	24	2	35	1.70
1073--1264	30	6.4	30	73	8	126	33	26	4	35	1.76
1051--1264	90	2.4	89	79	6	227	35	26	3	34	1.75
13588--14084	78	6.4	78	77	8	372	24	31	18	25	1.97
13588--14304	117	6.1	117	70	5	455	24	31	17	26	1.97
13708--14304	156	3.8	154	80	2	606	24	31	17	25	1.97
13588--14146	39	14.4	39	70	9	309	24	32	17	25	1.97
13708--14338	78	8.1	78	78	2	462	25	31	17	25	1.97
14232--14338	39	2.7	39	69	0	88	26	31	20	21	1.98
14312--14438	52	2.5	52	85	1	184	37	25	13	22	1.91
16478--16567	29	3.1	31	82	10	102	32	22	1	44	1.60
16488--16659	29	5.9	29	77	8	138	36	21	2	38	1.69
17774--17819	2	23.0	2	95	0	83	50	47	0	2	1.13
23380--23428	14	3.4	14	82	2	53	63	10	6	20	1.47
33408--33441	11	3.1	11	87	12	52	20	11	5	61	1.50
37864--37889	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
40152--40231	42	1.9	42	92	0	133	36	21	10	32	1.86
44916--44950	15	2.3	15	90	0	52	8	5	57	28	1.52
45465--45655	90	2.1	90	99	0	373	26	15	27	30	1.96
49894--49939	21	2.1	21	84	8	56	41	8	4	45	1.55
50954--51003	24	2.1	23	81	3	55	46	10	2	42	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51373--51438	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
51568--51611	22	2.0	21	82	4	52	45	0	0	54	0.99
54674--54766	46	2.0	46	100	0	186	26	10	19	43	1.84
54921--54982	18	3.6	18	81	12	69	35	0	1	62	1.05
62841--63068	94	2.4	94	91	0	357	27	19	23	29	1.98
65468--65557	23	3.9	23	78	5	85	42	17	11	28	1.84
68613--68793	51	3.5	51	93	0	299	30	13	23	32	1.93
75865--76016	78	1.9	78	91	0	250	30	11	21	36	1.89
75943--76107	51	3.2	51	88	0	249	31	11	22	34	1.90
78050--78167	53	2.2	53	93	0	200	27	11	21	40	1.86
78143--78199	24	2.4	25	82	5	64	24	12	19	43	1.85
80149--80217	30	2.3	30	80	14	72	30	2	13	53	1.54
91760--91826	30	2.4	30	85	9	88	50	0	1	47	1.10
92131--92181	22	2.4	22	74	9	52	1	0	37	60	1.08
92884--92981	38	2.5	40	82	8	114	55	2	0	42	1.11
96805--96837	12	2.6	13	85	9	50	21	9	0	69	1.15
103804--103846	22	2.0	22	85	0	59	65	11	9	13	1.48
104029--104103	28	2.7	28	85	0	105	29	17	21	32	1.96
104049--104096	14	3.4	14	70	0	51	29	20	18	31	1.97
104037--104123	28	3.1	28	84	0	111	27	18	21	32	1.97
110616--110692	17	4.6	17	73	15	63	71	2	2	23	1.11
110616--110697	11	7.4	10	76	12	56	70	2	2	24	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112326--112457	66	2.0	66	96	0	246	52	11	4	31	1.57
112487--112546	12	5.0	12	77	4	50	43	13	15	28	1.84
112487--112543	24	2.4	25	76	8	64	45	12	15	26	1.82
120408--120474	33	2.0	33	83	11	84	32	8	22	35	1.85
123022--123047	10	2.6	10	100	0	52	0	11	0	88	0.52
124341--124391	18	2.8	18	79	8	59	9	27	7	54	1.60
124331--124394	18	3.6	18	75	8	58	12	29	7	50	1.68
125614--125797	30	6.1	31	83	7	229	30	1	26	41	1.63
125614--125797	90	2.0	90	89	2	280	30	1	26	41	1.63
126643--126667	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
128028--128560	39	13.9	38	68	19	263	24	17	32	25	1.97
128001--128212	79	2.7	76	80	8	230	23	17	32	26	1.97
128179--128246	34	2.0	34	97	0	127	20	13	38	27	1.90
128028--128402	191	2.0	190	86	2	529	23	17	33	25	1.96
128213--128576	78	4.8	78	79	8	374	25	17	31	25	1.97
128100--128324	112	2.0	113	85	4	303	22	16	34	26	1.95
128502--128612	38	2.9	39	78	8	118	24	18	29	27	1.98
128285--128572	149	1.9	148	83	4	366	26	18	30	25	1.97
128786--128885	50	2.0	50	86	0	137	24	34	12	30	1.91
137712--137759	20	2.4	20	96	0	87	22	25	14	37	1.92
140693--140934	29	8.2	29	78	8	213	32	2	26	38	1.68
140758--140927	59	2.9	58	85	6	218	33	1	25	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142430--142507	42	1.9	40	92	5	129	47	2	7	42	1.46
142436--142505	17	3.7	17	72	27	61	50	1	5	42	1.35
143116--143166	7	6.7	7	79	20	50	66	0	3	29	1.09
143101--143150	25	2.0	25	88	4	73	64	2	2	32	1.16
143113--143159	16	2.9	16	84	9	60	65	0	4	29	1.11
143112--143148	9	4.3	9	80	13	51	67	0	2	29	1.04
143110--143163	25	2.2	25	83	9	76	68	0	3	27	1.06
143910--143945	15	2.5	14	91	8	63	77	2	0	19	0.88
143906--143951	19	2.3	21	82	17	62	73	2	4	19	1.10
143977--144032	29	1.9	30	82	13	73	51	12	5	30	1.61
156780--156842	32	2.0	32	87	0	90	33	11	31	23	1.90
162749--162925	97	1.8	97	81	7	225	40	13	18	27	1.88
163170--163277	29	3.7	29	79	9	121	35	3	26	34	1.75
163283--163491	59	3.6	59	86	3	280	32	27	4	35	1.78
167280--167313	18	2.0	18	88	11	54	14	23	5	55	1.61
168567--168625	13	4.4	13	81	10	57	79	1	18	0	0.81
168588--168620	14	2.3	14	94	5	57	84	0	15	0	0.61
168852--168877	10	2.6	10	100	0	52	26	23	19	30	1.98
169698--170214	49	10.5	49	69	12	265	37	19	25	17	1.94
169657--170214	98	5.7	98	84	2	663	37	18	25	18	1.93
169771--170224	49	9.2	49	70	9	305	36	18	26	17	1.94
170291--170485	103	1.9	103	84	2	266	34	14	17	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171113--171182	17	4.1	18	77	5	65	34	4	4	57	1.38
173001--173450	30	15.2	30	80	11	385	35	27	1	35	1.67
173001--173566	30	19.2	29	76	15	320	35	26	1	36	1.68
173001--173573	59	9.7	58	82	7	520	34	27	2	35	1.69
173166--173625	118	3.9	116	79	11	429	33	25	3	36	1.73
176328--176374	17	2.8	17	83	0	58	40	2	2	55	1.24
176332--176398	34	2.0	33	82	11	82	35	2	7	53	1.44
178133--178222	29	3.1	29	68	17	78	34	24	4	36	1.76
178142--178384	58	4.2	59	81	6	280	31	27	4	37	1.76
178215--178320	30	3.6	30	69	13	94	32	22	2	42	1.68
178143--178384	117	2.1	117	82	4	301	31	27	4	37	1.76
185279--185321	18	2.3	18	80	4	50	55	2	37	4	1.33
185766--186084	29	10.8	30	75	15	202	35	26	2	35	1.70
185859--186178	30	10.8	30	66	20	151	32	26	3	37	1.73
185796--186205	177	2.3	175	86	7	553	34	26	2	36	1.72
185800--186211	59	7.0	58	82	7	451	33	26	3	36	1.73
185800--186201	118	3.4	118	83	5	501	33	26	2	37	1.71
185800--186259	118	3.9	116	79	11	429	33	25	3	36	1.73
188962--189008	17	2.8	17	83	0	58	40	2	2	55	1.24
188966--189032	34	2.0	33	82	11	82	35	2	7	53	1.44
190767--190856	29	3.1	29	68	17	78	34	24	4	36	1.76
190776--191018	58	4.2	59	81	6	280	31	27	4	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190849--190954	30	3.6	30	69	13	94	32	22	2	42	1.68
190777--191018	117	2.1	117	82	4	301	31	27	4	37	1.76
197913--197955	18	2.3	18	80	4	50	55	2	37	4	1.33
202629--203164	49	10.9	49	73	6	339	40	19	23	16	1.91
202630--203116	98	4.9	98	82	2	528	40	20	23	15	1.91
202630--203105	197	2.4	197	83	2	564	40	20	23	15	1.90
202629--203229	148	4.1	148	73	5	462	40	19	22	16	1.91
205530--205763	29	7.9	30	69	16	116	32	26	4	37	1.76
205518--205717	61	3.4	60	76	12	189	31	25	4	40	1.74
210630--210670	21	1.9	22	95	5	75	68	0	7	24	1.15

Tables:   1   2