Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01014627.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129666, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 10301
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.33

Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:9324 original size:161 final size:162

Alignment explanation


    Indices: 8835--9324  Score: 804
    Period size: 162  Copynumber: 3.0  Consensus size: 162

       8825 GTCAATGGCG

                                                        *                    
       8835 AATTTTGACATTTAATTAAAATTTTCAAACATTAGAGAATTTAATGAGAATGTTTAAAAAATTTT
          1 AATTTTGACATTTAATTAAAATTTTCAAACATTAGAGAATTTAAGGAGAATGTTTAAAAAATTTT

                     *                           *                           
       8900 GTAAGTCTAATTAAAACTTTCAAAAATTTTAAAGGCTCAATGAGATTAAAAAAAATTTTAGAAGG
         66 GT-AG----GTTAAAACTTTC-AAAATTTTAAAGGCTTAATGAGATTAAAAAAAATTTTAGAAGG

                *                                *
       8965 ATCTGATTAAAATTTTGAAAGGTTTAATGAGAAATTCT
        125 ATCTAATTAAAATTTTGAAAGGTTTAATGAGAAATTCC

                                                                             
       9003 AATTTTGACATTTAATTAAAATTTTCAAACATTAGAGAATTTAAGGAGAATGTTTAAAAAATTTT
          1 AATTTTGACATTTAATTAAAATTTTCAAACATTAGAGAATTTAAGGAGAATGTTTAAAAAATTTT

              *                                               *              
       9068 GTTGGTT-AAACTTTCAAAATTTTAAAGGCTTAATGAGATTAAAAAAAAAATTTAGAAGGATCTA
         66 GTAGGTTAAAACTTTCAAAATTTTAAAGGCTTAATGAGATT-AAAAAAAATTTTAGAAGGATCTA

                                             
       9132 ATTAAAATTTTGAAAGGTTTAATGAGAAATTCC
        130 ATTAAAATTTTGAAAGGTTTAATGAGAAATTCC

                                                                        *    
       9165 AATTTTGACATTTAATTAAAATTTTCAAACATTAGAGAATTTAAGGAGAATGTTTAAAAATTTTT
          1 AATTTTGACATTTAATTAAAATTTTCAAACATTAGAGAATTTAAGGAGAATGTTTAAAAAATTTT

                                                     * *                     
       9230 GTAGGTTAAAACTTTCAAAATTTTAAAGGCTTAATGAGATTGATAAAAATTTTAG-AGGATCTAA
         66 GTAGGTTAAAACTTTCAAAATTTTAAAGGCTTAATGAGATTAAAAAAAATTTTAGAAGGATCTAA

                          *                
       9294 TTAAAATTTTGAAAAGTTTAATGAGAAATTC
        131 TTAAAATTTTGAAAGGTTTAATGAGAAATTC

       9325 TCTTTGGGGG


Statistics
Matches: 307,  Mismatches: 13, Indels: 11
        0.93            0.04        0.03

Matches are distributed among these distances:
 161   63  0.21
 162  142  0.46
 163   35  0.11
 167    1  0.00
 168   66  0.21

ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.13, T:0.37


Consensus pattern (162 bp):   
AATTTTGACATTTAATTAAAATTTTCAAACATTAGAGAATTTAAGGAGAATGTTTAAAAAATTTT
GTAGGTTAAAACTTTCAAAATTTTAAAGGCTTAATGAGATTAAAAAAAATTTTAGAAGGATCTAA
TTAAAATTTTGAAAGGTTTAATGAGAAATTCC
Done.