genome.fa.s14632.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014632.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129671, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  298865

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1636--1678	22	2.0	22	86	9	61	20	6	30	41	1.79
3472--3620	36	4.2	36	85	1	192	32	11	20	34	1.89
3472--3620	71	2.1	72	88	1	219	32	11	20	34	1.89
4014--4244	23	10.1	23	92	0	356	34	4	16	44	1.69
6448--6502	21	2.6	21	82	0	65	32	14	20	32	1.92
12670--13103	52	8.4	52	89	2	597	26	14	23	36	1.93
15029--15068	12	3.3	12	92	0	71	7	17	0	75	1.03
16400--16441	22	2.0	20	86	9	57	42	4	21	30	1.73
17221--17383	48	3.3	49	73	15	122	33	16	23	26	1.96
18524--18611	36	2.5	36	85	9	126	35	14	6	43	1.73
23985--24029	24	1.9	23	82	13	56	48	4	8	37	1.55
29903--29931	14	2.0	15	93	6	51	48	0	3	48	1.18
29951--30004	20	2.8	20	83	8	67	37	1	3	57	1.27
30517--30581	31	2.1	32	83	11	82	40	1	4	53	1.31
32077--32121	18	2.6	18	92	3	74	2	26	0	71	0.98
33715--33759	23	1.9	24	81	4	56	33	8	13	44	1.75
34858--34928	35	2.0	35	91	0	115	23	16	11	47	1.79
36353--36382	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
36434--36467	18	1.9	17	94	5	59	47	5	0	47	1.26
36534--36575	14	2.9	15	78	7	50	54	7	0	38	1.28
36702--36736	18	1.9	18	88	11	54	68	0	0	31	0.90
36679--36745	27	2.5	28	78	11	77	68	0	1	29	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44601--44649	21	2.3	21	96	0	89	28	18	18	34	1.94
49729--49820	45	2.0	45	95	0	166	39	31	14	15	1.87
58780--58830	18	2.8	18	90	0	75	31	29	17	21	1.96
64083--64122	12	3.3	12	85	0	62	67	2	30	0	1.04
74037--74066	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
84110--84159	25	2.0	25	100	0	100	60	8	12	20	1.57
85290--85336	24	2.0	24	91	8	78	44	17	6	31	1.73
85300--85373	29	2.5	29	84	4	94	48	12	6	32	1.66
91679--91718	17	2.4	17	91	0	62	17	20	10	52	1.72
96349--96414	25	2.6	25	82	0	87	24	18	28	28	1.98
96655--96727	28	2.6	28	80	4	85	20	16	21	41	1.90
100339--100594	127	2.0	127	100	0	512	37	9	11	42	1.73
109930--109980	18	3.1	17	77	8	52	50	0	1	47	1.12
124490--124540	18	3.1	17	75	10	52	49	0	3	47	1.20
128160--128207	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
128850--128892	14	3.1	14	80	6	52	23	18	13	44	1.86
128839--128892	27	2.0	28	85	3	74	22	18	16	42	1.89
129780--129809	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
135419--135451	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
135753--135798	7	6.6	7	89	0	56	15	21	26	36	1.93
135759--135818	14	4.4	13	77	8	57	15	18	25	41	1.89
135753--135818	21	3.2	21	75	12	73	15	19	24	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137151--137306	36	4.6	36	79	12	193	23	25	16	34	1.95
137180--137234	28	2.0	28	96	0	101	23	30	16	29	1.96
137151--137270	64	1.9	64	91	0	195	23	25	17	34	1.96
141867--141972	51	2.1	52	84	8	137	35	12	15	36	1.84
142169--142198	11	2.8	11	95	5	53	66	6	0	26	1.16
142757--142802	2	24.0	2	91	8	78	52	0	0	47	1.00
142991--143034	22	2.0	22	86	4	63	59	6	18	15	1.58
142996--143042	21	2.2	22	84	3	60	63	10	14	10	1.51
173791--173867	24	3.2	24	86	0	109	29	22	22	25	1.99
181750--181788	12	3.2	12	96	0	69	10	15	23	51	1.73
191728--191781	10	5.3	10	77	22	51	27	0	0	72	0.85
191701--191786	30	2.7	32	78	12	97	33	0	0	66	0.92
191875--192241	183	2.0	183	88	1	538	27	24	18	29	1.98
193690--193736	24	2.0	24	91	4	78	34	12	19	34	1.89
197158--197439	30	9.4	30	84	5	304	37	21	0	40	1.58
197157--197460	89	3.4	89	80	8	307	37	22	1	38	1.62
197158--197439	119	2.4	118	84	4	350	37	21	0	40	1.58
197158--197443	59	4.8	60	81	8	262	37	21	1	39	1.61
209357--209813	78	5.9	78	83	4	530	27	30	17	24	1.97
209357--209804	154	2.9	153	83	4	540	27	30	17	25	1.97
209346--209968	39	16.1	39	66	11	210	27	31	16	24	1.97
210986--211010	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211152--211209	26	2.2	26	78	6	64	72	10	3	13	1.24
211807--212057	30	8.4	30	76	13	207	36	23	1	38	1.64
211858--211907	25	2.0	25	84	7	66	40	18	2	40	1.62
211807--211967	85	1.9	85	85	2	225	34	22	1	40	1.65
213721--213975	68	3.8	68	85	3	318	34	19	23	21	1.96
216651--217262	338	1.8	339	88	2	951	36	15	12	35	1.86
218786--218837	27	1.9	27	96	0	95	44	25	3	26	1.71
219423--219450	12	2.3	12	100	0	56	42	21	7	28	1.79
222810--223024	105	2.0	105	90	0	340	33	15	20	31	1.93
228761--228804	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
238295--238340	17	2.6	17	79	3	56	47	0	6	45	1.28
240380--240413	13	2.6	14	86	13	54	47	0	0	52	1.00
240380--240412	17	1.9	17	93	0	57	48	0	0	51	1.00
241569--241598	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
249330--249370	11	3.8	11	78	18	50	12	2	0	85	0.70
252409--252483	24	3.1	24	92	0	123	53	8	13	25	1.66
254403--254461	24	2.5	24	85	0	82	52	11	10	25	1.69
258045--258099	15	3.5	17	66	19	55	18	23	34	23	1.96
258033--258100	30	2.3	30	94	0	118	16	22	36	25	1.94
258882--258933	20	2.6	20	81	6	61	42	23	25	9	1.84
260921--261092	41	4.1	43	77	5	129	36	10	25	27	1.89
260987--261101	41	2.8	41	85	0	149	37	12	24	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260995--261129	41	3.3	41	77	13	127	37	13	22	26	1.91
261095--261185	41	2.2	40	80	9	94	39	10	25	24	1.88
270090--270146	28	2.0	28	86	0	78	50	12	15	21	1.76
275875--275904	16	1.9	15	93	6	51	46	0	20	33	1.51
278830--278868	20	1.9	21	89	5	62	69	7	10	12	1.37
283603--283779	87	2.0	87	98	0	345	36	20	14	27	1.92
284909--285010	48	2.1	48	90	0	159	29	25	18	26	1.98
284906--285012	24	4.5	24	84	0	133	29	25	19	25	1.98
298265--298312	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53

Tables:   1

The End!