genome.fa.s14654.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014654.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129693, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  84753

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3708--3750	22	2.0	21	81	4	50	30	30	27	11	1.92
6434--6511	39	2.0	39	97	0	147	34	21	10	33	1.87
10256--10330	36	2.1	35	85	14	100	38	4	0	57	1.18
11106--11136	16	1.9	16	93	0	53	58	3	0	38	1.15
12214--12624	30	14.0	29	80	7	375	34	28	2	35	1.70
12214--12625	88	4.7	87	80	6	429	34	28	2	35	1.70
12218--12614	147	2.7	145	82	5	415	35	27	2	34	1.70
12218--12629	59	7.0	58	80	9	347	34	28	2	34	1.71
12524--12709	59	3.2	57	81	7	205	30	26	6	36	1.83
23482--23530	3	16.0	3	82	4	62	59	2	0	38	1.09
24578--25144	30	19.1	29	75	7	410	35	26	3	35	1.73
24601--25131	59	8.9	61	79	7	413	35	25	3	35	1.73
24578--25131	89	6.2	89	76	10	445	35	25	3	35	1.73
24859--25262	59	6.9	58	77	9	192	33	25	4	36	1.76
25094--25262	57	2.9	57	76	8	171	32	24	5	37	1.78
24821--25258	118	3.7	117	79	8	306	34	26	3	35	1.75
28301--28341	4	10.0	4	84	5	55	73	0	24	2	0.96
28302--28336	17	2.1	17	94	0	61	77	0	20	2	0.90
28301--28360	22	2.8	21	82	2	66	68	0	30	1	0.99
33760--33807	16	3.2	16	70	27	50	62	6	0	31	1.20
35741--35832	45	2.0	45	87	4	132	31	30	17	20	1.96
36096--36155	7	8.6	7	79	0	57	45	30	0	25	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36096--36156	21	2.9	21	82	0	77	44	29	0	26	1.55
36198--36240	15	2.9	14	80	10	50	53	18	0	27	1.45
39077--39121	6	7.5	6	87	0	63	20	31	2	46	1.62
47225--47271	24	2.0	24	100	0	94	17	17	21	44	1.86
48277--48370	26	3.8	24	83	10	86	39	20	28	11	1.87
48326--48381	22	2.5	22	88	5	85	44	25	21	8	1.81
50478--50550	36	2.1	35	84	7	94	46	4	5	43	1.45
53397--53628	29	8.0	29	83	6	245	36	25	3	33	1.75
53402--53672	88	3.1	87	81	6	323	36	25	2	34	1.71
53399--53657	58	4.4	58	81	5	299	36	25	3	34	1.72
53399--53672	116	2.3	117	84	4	331	37	25	2	34	1.71
53431--53692	29	9.0	28	76	11	156	36	25	2	35	1.70
53619--53716	29	3.4	27	79	13	99	30	26	3	39	1.71
53811--53855	14	3.0	15	83	9	56	22	8	4	64	1.40
63129--63162	9	4.0	8	85	14	50	82	0	17	0	0.67
63129--63162	17	2.0	17	88	11	52	82	0	17	0	0.67
64049--64103	18	2.9	19	84	10	69	80	0	18	1	0.81
64061--64119	17	3.7	17	75	25	65	79	0	18	1	0.81
64047--64104	19	3.2	18	81	18	75	81	0	17	1	0.78
65113--65738	99	6.3	99	74	10	370	34	15	31	19	1.92
65069--65466	149	2.7	149	83	3	473	35	15	30	18	1.92
65205--65669	149	3.1	148	81	6	462	34	15	31	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65069--65549	50	9.7	50	74	8	358	35	15	30	18	1.92
65109--65747	248	2.6	245	82	4	721	34	15	31	18	1.92
66034--66125	39	2.4	39	94	0	157	25	30	17	27	1.97
66617--66659	11	4.0	11	80	17	54	76	0	0	23	0.78
69178--69386	29	7.1	29	77	11	171	36	26	2	33	1.71
69178--69337	59	2.7	59	80	7	191	36	27	2	33	1.70
69305--69408	30	3.6	29	78	12	106	35	21	4	38	1.75
69687--70282	323	1.8	324	80	6	724	33	17	15	33	1.91
75234--75296	7	9.0	7	80	5	65	79	1	17	1	0.89
75228--75302	21	3.5	21	75	12	73	77	1	20	1	0.92
75228--75317	44	2.0	44	82	4	110	74	1	23	1	0.95
76283--76695	49	8.4	49	76	5	386	31	16	33	18	1.93
76283--76695	98	4.2	99	84	2	474	31	16	33	18	1.93
76270--76705	196	2.2	196	80	5	529	32	16	32	18	1.93
77079--77470	78	5.0	77	76	9	339	27	31	17	23	1.97
77079--77378	39	7.7	39	77	6	261	27	32	17	23	1.96
77079--77442	117	3.1	116	75	8	335	26	32	17	24	1.97
77975--78048	11	7.0	11	67	20	50	37	1	2	58	1.21
77976--78052	17	4.5	17	90	3	127	38	1	2	57	1.21
77976--78052	35	2.2	34	93	2	127	38	1	2	57	1.21
77976--78052	6	13.3	6	72	13	63	38	1	2	57	1.21
78690--78735	14	3.1	15	75	12	51	39	2	0	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78691--78750	30	2.1	28	81	12	68	36	6	1	55	1.36
79828--79948	30	4.1	30	80	7	115	35	25	5	33	1.80
80002--80104	29	3.6	29	79	6	111	34	24	4	35	1.77
80827--80852	8	3.2	8	100	0	52	42	11	11	34	1.77
81515--81609	17	5.6	17	71	8	77	36	5	3	54	1.39
81517--81609	35	2.7	34	86	4	127	36	5	3	54	1.39
82363--82431	12	5.8	12	77	6	68	59	8	4	27	1.46
82401--82471	3	23.3	3	78	2	70	56	2	2	38	1.29
82392--82446	12	4.6	12	76	13	51	56	7	5	30	1.49
83542--83799	29	8.8	30	70	14	171	34	25	1	38	1.67
83532--83799	59	4.5	57	78	11	213	33	26	1	38	1.67
83542--83739	88	2.2	88	88	4	283	34	25	1	38	1.65
83751--83857	29	3.8	26	75	17	81	36	24	4	34	1.76
83603--83888	59	4.9	56	77	11	249	34	25	2	37	1.69

Tables:   1

The End!