genome.fa.s14658.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014658.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129697, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  241069

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
491--523	12	2.7	13	90	9	52	51	0	0	48	1.00
12240--12279	4	10.0	4	88	0	53	0	52	20	27	1.46
17073--17113	20	2.0	20	85	9	55	31	0	0	68	0.90
22160--22203	21	2.2	20	87	4	61	61	0	20	18	1.35
26135--26164	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
26162--26187	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
33146--33174	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
33144--33201	12	4.8	12	82	12	57	53	0	0	46	1.00
37461--37486	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
37768--37822	29	1.9	29	88	3	85	7	3	16	72	1.21
37770--37832	29	2.2	29	82	5	74	7	4	15	71	1.27
37826--37878	12	4.5	12	88	2	63	1	3	22	71	1.12
37799--37861	20	3.1	20	86	2	72	6	4	17	71	1.25
37814--37878	24	2.8	23	78	2	76	3	4	20	72	1.16
37884--37930	21	2.2	21	82	14	53	10	0	21	68	1.20
39405--39463	29	2.0	29	100	0	118	32	20	6	40	1.78
43864--43941	37	2.1	38	80	9	88	62	6	6	24	1.43
46889--47022	65	2.1	65	97	0	250	40	14	13	32	1.84
53063--53095	5	6.6	5	90	10	50	78	0	0	21	0.75
57905--58094	30	6.4	30	74	8	145	40	1	21	36	1.63
57880--58094	59	3.6	59	76	10	213	40	1	20	37	1.61
57880--58169	119	2.4	117	77	9	275	40	2	19	38	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60102--60238	49	2.8	49	79	3	141	18	27	15	37	1.91
60149--60755	49	12.3	49	72	4	261	17	30	15	35	1.92
60157--60655	148	3.4	148	79	3	511	17	30	15	35	1.92
60136--60736	99	6.1	99	77	4	471	18	30	15	35	1.92
62311--62347	18	2.1	18	100	0	74	37	24	16	21	1.93
69376--69727	30	11.8	30	70	11	154	38	1	21	37	1.65
69442--69584	59	2.5	58	78	11	150	41	1	18	38	1.60
70371--70404	13	2.4	14	85	14	52	61	0	8	29	1.26
72659--72694	12	3.0	12	91	0	54	58	0	41	0	0.98
72661--72695	18	1.9	18	94	0	61	60	0	40	0	0.97
72865--72901	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
77814--77865	17	2.9	18	82	8	70	32	1	1	63	1.16
77810--77873	19	3.5	19	75	14	71	35	1	1	60	1.15
78620--78664	23	2.0	23	82	8	56	44	8	4	42	1.56
79848--79873	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
79850--79928	41	2.0	40	84	2	104	63	11	5	20	1.46
80586--80631	24	2.0	23	86	4	65	65	0	2	32	1.05
90097--90182	45	1.9	45	97	0	163	41	18	11	27	1.85
93786--93841	28	2.0	28	82	6	69	67	3	0	28	1.07
97611--97906	53	5.7	53	82	5	347	30	13	21	34	1.92
97719--97819	46	2.2	46	94	0	175	31	14	19	33	1.93
97611--97850	99	2.3	101	88	4	340	29	13	22	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99416--99497	35	2.4	35	80	9	89	37	4	12	45	1.63
112870--112919	19	2.5	20	80	12	57	66	6	6	22	1.36
113137--113172	17	2.1	16	90	10	54	72	0	0	27	0.85
113125--113173	18	2.7	17	84	9	62	73	2	0	24	0.94
113125--113174	19	2.7	18	78	12	57	74	2	0	24	0.93
113361--113403	17	2.6	17	85	7	54	34	2	0	62	1.08
113366--113416	19	2.8	18	85	8	59	33	3	1	60	1.26
113378--113429	19	2.7	19	84	3	68	32	3	3	59	1.33
113703--113762	24	2.6	22	79	7	66	53	3	3	40	1.34
113775--113825	20	2.6	19	84	6	66	58	3	0	37	1.16
124239--124314	36	2.2	34	83	9	91	63	7	5	23	1.42
130821--130946	27	4.7	27	80	7	141	16	42	6	34	1.74
130821--130947	54	2.4	51	84	11	164	16	43	6	33	1.73
130928--130958	12	2.6	12	94	0	53	6	54	0	38	1.26
130875--131007	65	2.0	66	82	7	164	16	42	6	35	1.73
130941--131031	27	3.3	27	83	7	121	15	40	8	35	1.78
130848--131031	92	2.0	94	90	4	293	15	42	7	34	1.76
130902--130980	39	2.1	38	87	2	113	13	43	6	36	1.70
131862--131895	8	4.2	8	89	10	52	29	11	8	50	1.69
132704--132741	17	2.4	17	86	8	53	44	26	10	18	1.82
142304--142353	2	25.0	2	87	0	73	46	2	4	48	1.32
142273--142353	18	4.4	18	80	6	90	48	4	3	43	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142808--142851	18	2.5	17	76	20	54	75	6	2	15	1.12
142808--142863	23	2.3	23	81	6	58	75	5	3	16	1.13
143092--143131	10	3.9	10	83	3	53	82	5	2	10	0.91
144223--144271	20	2.6	20	87	9	68	32	0	0	67	0.91
145752--145804	15	3.5	15	86	0	61	30	49	15	5	1.67
145761--145808	15	3.2	15	87	0	69	29	45	18	6	1.74
146863--146918	7	7.6	7	74	18	51	78	1	1	17	0.92
146866--147259	142	2.8	142	90	4	595	55	5	4	35	1.43
147128--147179	18	2.7	19	83	13	63	61	3	1	32	1.25
147257--147321	21	3.1	21	76	8	69	49	24	0	26	1.51
151728--151800	32	2.2	33	82	2	85	64	4	5	26	1.33
152590--152628	21	2.0	20	90	10	62	33	15	0	51	1.44
155278--155318	12	3.3	13	76	10	50	0	24	0	75	0.80
155489--155547	25	2.4	23	79	20	66	8	0	30	61	1.26
163452--163524	36	2.0	36	86	0	101	45	19	9	26	1.80
164002--164065	26	2.5	26	82	7	78	56	7	4	31	1.49
164231--164269	20	1.9	21	94	5	71	28	7	7	56	1.55
165048--165145	29	3.4	29	77	5	108	41	12	17	28	1.85
165856--165969	41	2.8	41	78	5	122	26	38	17	17	1.92
167162--167248	6	15.2	6	71	17	69	43	0	2	54	1.13
167162--167242	17	4.8	17	86	6	119	43	0	2	54	1.13
167213--167255	23	1.9	22	95	4	77	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179488--179819	116	2.9	115	75	2	369	35	19	21	23	1.96
179396--179811	116	3.6	116	74	5	365	35	20	21	22	1.96
179395--179819	231	1.8	235	85	3	599	35	20	21	22	1.96
180474--180527	17	3.2	16	84	5	63	46	1	1	50	1.23
182400--182591	29	6.6	28	78	13	176	33	29	4	33	1.77
182394--182591	58	3.4	58	80	8	197	33	29	4	32	1.78
182399--182592	88	2.2	88	81	10	236	32	29	4	32	1.78
184863--184994	29	4.6	29	77	5	88	40	15	18	25	1.89
184912--184998	29	3.0	29	81	3	104	39	16	19	25	1.92
185350--185381	12	2.6	13	85	14	50	75	0	0	25	0.81
186331--186393	30	2.1	30	87	0	90	53	6	0	39	1.26
186357--186429	36	2.1	36	84	7	96	46	5	2	45	1.40
186555--186602	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
191371--191702	116	2.9	115	75	2	369	35	19	21	23	1.96
191279--191694	116	3.6	116	74	5	365	35	20	21	22	1.96
191278--191702	231	1.8	235	85	3	599	35	20	21	22	1.96
192357--192410	17	3.2	16	84	5	63	46	1	1	50	1.23
194283--194474	29	6.6	28	78	13	176	33	29	4	33	1.77
194277--194474	58	3.4	58	80	8	197	33	29	4	32	1.78
194282--194475	88	2.2	88	81	10	236	32	29	4	32	1.78
196746--196877	29	4.6	29	77	5	88	40	15	18	25	1.89
196795--196881	29	3.0	29	81	3	104	39	16	19	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197233--197264	12	2.6	13	85	14	50	75	0	0	25	0.81
198214--198276	30	2.1	30	87	0	90	53	6	0	39	1.26
198240--198312	36	2.1	36	84	7	96	46	5	2	45	1.40
198438--198491	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
198576--198637	18	3.3	18	72	24	65	35	0	11	53	1.37
198577--198654	38	2.1	38	100	0	156	33	0	10	56	1.33
199329--199353	12	2.1	12	100	0	50	40	16	16	28	1.89
202522--202569	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
202654--202715	18	3.3	18	72	24	65	35	0	11	53	1.37
202655--202732	38	2.1	38	100	0	156	33	0	10	56	1.33

Tables:   1   2