Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014660.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129699, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2204
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.19, T:0.34
Found at i:570 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 515--571 Score: 71
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
505 GTTAGAGGGT
*
515 AAAACGGTAATTTTGGACACTTTGGGGGC
1 AAAACGGTAATTTTGGACACTTCGGGGGC
* *
544 AAAATGGTAATTCTTTGACAC-TCGGGGG
1 AAAACGGTAATT-TTGGACACTTCGGGGG
572 TAAGAAAATC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 17 0.71
30 7 0.29
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (29 bp):
AAAACGGTAATTTTGGACACTTCGGGGGC
Found at i:627 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 597--1129 Score: 301
Period size: 29 Copynumber: 18.3 Consensus size: 29
587 ATAGAAGCTT
*
597 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGATAATTT-
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA-AATTTA
* * *
626 GGGGTTAAAAATGAT-ATTTTTGGAAGTTTG
1 GGGG-T-AAAATGGTAATTTTTGGAAATTTA
*
656 GGGGTAAAATGGTAA-TTTTAGAGAATTTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA-AATTTA
* * * *
685 GGGTTAAAAATGAT-ATTTTTGGAAGTTTG
1 GGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAATTTA
* *
714 GGGGAAAAATGGTAA-TTTTGGAAGTTTGA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAATTT-A
** * * * *
743 GGGCAAAAAT-GTGATTTTTTTGTAGTTTA
1 GGGGTAAAATGGT-AATTTTTGGAAATTTA
*
772 GGGGTAAAAT-GTAATTTTTTGAAAGTTTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAA-TTTA
* * * *
801 AGGTTAAAAATGG-AA-TTTTGGACATCTA
1 GGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAATTTA
* * * *
829 AGGGTAAAATGGTAATTTTTTGAAAGTTC
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAATTTA
*
858 GGGGTCAAAAATGG-AATTTTTGGAAATTAA
1 GGGGT--AAAATGGTAATTTTTGGAAATTTA
* *
888 GAGGTAAAATGGTAAATTTTT-GAAA-TTC
1 GGGGTAAAATGGT-AATTTTTGGAAATTTA
* * *** *
916 GAGTGTAAAATAGTAATTTTCAAAAACTTA
1 G-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAATTTA
* * * **
946 -AGGTCAAGAAT-GTTATTTTTGGAAGTTCG
1 GGGGT-AA-AATGGTAATTTTTGGAAATTTA
* * *
975 GGGGTAAAATGGTAATTTTTTTGAATTTTG
1 GGGGTAAAATGGTAA-TTTTTGGAAATTTA
* * *
1005 GGGGCAAAAAT-GTGATTTTTGGAAGTTTA
1 GGGG-TAAAATGGTAATTTTTGGAAATTTA
*
1034 GGGGTAAAAT-GTAATTTTTTGGAAGTTTA
1 GGGGTAAAATGGTAA-TTTTTGGAAATTTA
*
1063 GGGGTAAAAT-GTAATTTTTTGAAAGTTTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAA-TTTA
* *
1092 GGGGTAAAAT-GTAATTTTTTGAAAGTTCA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAA-TTTA
*
1121 AGGGTAAAA
1 GGGGTAAAA
1130 ATATAATTTG
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 76, Indels: 62
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.02
28 88 0.22
29 190 0.48
30 92 0.23
31 20 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.26, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAATTTA
Found at i:1089 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 597--1242 Score: 331
Period size: 58 Copynumber: 11.1 Consensus size: 58
587 ATAGAAGCTT
* *
597 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGATAA-TTT-GGGGTTAAAAATG--ATATTTTTGGAAGTTTG
1 GGGGTAAAAT-GTAATTTTTTGA-AAGTTTAGGGG-T-AAAATGTAAT-TTTTTGGAAGTTTA
* * *
656 GGGGTAAAATGGTAA-TTTTAGAGAA-TTTAGGGTTAAAAATG--ATATTTTTGGAAGTTTG
1 GGGGTAAAAT-GTAATTTTTTGA-AAGTTTAGGGGT-AAAATGTAAT-TTTTTGGAAGTTTA
* * ** * * *
714 GGGGAAAAATGGTAA--TTTTGGAAGTTTGAGGGCAAAAATGTGATTTTTTTGTAGTTTA
1 GGGGTAAAAT-GTAATTTTTTGAAAGTTT-AGGGGTAAAATGTAATTTTTTGGAAGTTTA
* * * *
772 GGGGTAAAATGTAATTTTTTGAAAGTTTAAGGTTAAAAATGGAA--TTTTGGACA-TCTA
1 GGGGTAAAATGTAATTTTTTGAAAGTTTAGGGGT-AAAATGTAATTTTTTGGA-AGTTTA
* * * * *
829 AGGGTAAAATGGTAATTTTTTGAAAG-TTCGGGGTCAAAAATGGAA-TTTTTGGAAATTAA
1 GGGGTAAAAT-GTAATTTTTTGAAAGTTTAGGGGT--AAAATGTAATTTTTTGGAAGTTTA
* * * * *** **
888 GAGGTAAAATGGTAAATTTTTGAAA--TTCGAGTGTAAAATAGTAA-TTTTCAAAAACTTA
1 GGGGTAAAAT-GTAATTTTTTGAAAGTTTAG-GGGTAAAAT-GTAATTTTTTGGAAGTTTA
* * * ** * * *
946 -AGGTCAAGAATGTTA-TTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTTTGAATTTTG
1 GGGGT-AA-AATGTAATTTTTTGAAAGTTTAGGGGTAAAAT-GTAATTTTTTGGAAGTTTA
* * *
1005 GGGGCAAAAATGTGA-TTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAATGTAATTTTTTGGAAGTTTA
1 GGGG-TAAAATGTAATTTTTTGAAAGTTTAGGGGTAAAATGTAATTTTTTGGAAGTTTA
* *
1063 GGGGTAAAATGTAATTTTTTGAAAGTTTAGGGGTAAAATGTAATTTTTTGAAAGTTCA
1 GGGGTAAAATGTAATTTTTTGAAAGTTTAGGGGTAAAATGTAATTTTTTGGAAGTTTA
* * * * *
1121 AGGGTAAAAATATAATTTGTGTG-AAGCTT-GAGGGTAAAATGTAATTTTTAT-GAAG-TTC
1 GGGGT-AAAATGTAATTT-TTTGAAAGTTTAG-GGGTAAAATGTAATTTTT-TGGAAGTTTA
* * * * *
1179 GAGGGTCAAAATGTGATTTTTT-TAAGTTT-GGGAGCCAAATTGTAA-TTTTTGGAAAGTTTG
1 G-GGGT-AAAATGTAATTTTTTGAAAGTTTAGGG-G-TAAAATGTAATTTTTTGG-AAGTTTA
1239 GGGG
1 GGGG
1243 ACAAATCGTG
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 77, Indels: 68
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
56 2 0.00
57 67 0.14
58 218 0.46
59 178 0.37
60 11 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.26, T:0.38
Consensus pattern (58 bp):
GGGGTAAAATGTAATTTTTTGAAAGTTTAGGGGTAAAATGTAATTTTTTGGAAGTTTA
Found at i:1174 original size:29 final size:27
Alignment explanation
Indices: 590--1206 Score: 246
Period size: 29 Copynumber: 21.2 Consensus size: 27
580 TCAATTTATA
*
590 GAAGCTTG-GGGTAAAATGGTAATTTTTA
1 GAAG-TTGAGGGTAAAAT-GTAATTTTTT
* *
618 GATAATTTG-GGGTTAAAAATG-ATATTTTTG
1 G--AAGTTGAGGG-T-AAAATGTA-ATTTTTT
* *
648 GAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTA
1 GAAG-TTGAGGGTAAAAT-GTAATTTTTT
* * *
676 GAGAATTTAGGGTTAAAAATG-ATATTTTTG
1 GA-AGTTGAGGG-T-AAAATGTA-ATTTTTT
* * *
706 GAAGTTTGGGGGAAAAATGGTAA-TTTTG
1 GAAG-TTGAGGGTAAAAT-GTAATTTTTT
* *
734 GAAGTTTGAGGGCAAAAATGTGATTTTTTT
1 GAAG-TTGAGGG-TAAAATGT-AATTTTTT
* *
764 GTAGTTTAGGGGTAAAATGTAATTTTTT
1 GAAGTTGA-GGGTAAAATGTAATTTTTT
* * * *
792 GAAAGTTTAAGGTTAAAAATGGAA-TTTTG
1 G-AAG-TTGAGGGT-AAAATGTAATTTTTT
*
821 GACA-TCTAAGGGTAAAATGGTAATTTTTT
1 GA-AGT-TGAGGGTAAAAT-GTAATTTTTT
* *
850 GAAAGTTCG-GGGTCAAAAATGGAATTTTTG
1 G-AAGTT-GAGGGT--AAAATGTAATTTTTT
* * *
880 GAAATTAAGAGGTAAAATGGTAAATTTTT
1 GAAGTTGAG-GGTAAAAT-GTAATTTTTT
* * **
909 GAAATTCGAGTGTAAAATAGTAATTTTCAA
1 GAAGTT-GAGGGTAAAAT-GTAATTTT-TT
* * * * *
939 AAACTT-AAGGTCAAGAATGTTATTTTTG
1 GAAGTTGAGGGT-AA-AATGTAATTTTTT
*
967 GAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTTT
1 GAAGTT-GAGGGTAAAAT-GTAA-TTTTTT
* * * * *
997 GAATTTTGGGGGCAAAAATGTGATTTTTG
1 GAA-GTTGAGGG-TAAAATGTAATTTTTT
*
1026 GAAGTTTAGGGGTAAAATGTAATTTTTT
1 GAAGTTGA-GGGTAAAATGTAATTTTTT
*
1054 GGAAGTTTAGGGGTAAAATGTAATTTTTT
1 -GAAGTTGA-GGGTAAAATGTAATTTTTT
*
1083 GAAAGTTTAGGGGTAAAATGTAATTTTTT
1 G-AAGTTGA-GGGTAAAATGTAATTTTTT
* * *
1112 GAAAGTTCAAGGGTAAAAATATAATTTGTGT
1 G-AAGTT-GAGGGT-AAAATGTAATTT-TTT
1143 GAAGCTTGAGGGTAAAATGTAATTTTTAT
1 GAAG-TTGAGGGTAAAATGTAATTTTT-T
*
1172 GAAGTTCGAGGGTCAAAATGTGATTTTTT
1 GAAGTT-GAGGGT-AAAATGTAATTTTTT
*
1201 TAAGTT
1 GAAGTT
1207 TGGGAGCCAA
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 72, Indels: 111
0.72 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 6 0.01
28 95 0.21
29 210 0.46
30 128 0.28
31 22 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.25, T:0.38
Consensus pattern (27 bp):
GAAGTTGAGGGTAAAATGTAATTTTTT
Found at i:1238 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 1202--1263 Score: 88
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
1192 TGATTTTTTT
* *
1202 AAGTTTGGGAGCCAAATTGTAATTTTTGGA
1 AAGTTTGGGAGACAAATCGTAATTTTTGGA
* *
1232 AAGTTTGGGGGACAAATCGTGATTTTTGGA
1 AAGTTTGGGAGACAAATCGTAATTTTTGGA
1262 AA
1 AA
1264 AATTAGGGAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 28 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.29, T:0.34
Consensus pattern (30 bp):
AAGTTTGGGAGACAAATCGTAATTTTTGGA
Found at i:2188 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2144--2204 Score: 69
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 22
2134 AATTTCTCTT
2144 TTATT-TTTATTAATAATATTA
1 TTATTATTTATTAATAATATTA
2165 TTATTATTTATTTAA-AATA-T-
1 TTATTATTTA-TTAATAATATTA
*
2185 TTATTA-CTATTAATAATATT
1 TTATTATTTATTAATAATATT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 9
0.78 0.02 0.20
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.11
19 6 0.17
20 7 0.20
21 6 0.17
22 8 0.23
23 4 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (22 bp):
TTATTATTTATTAATAATATTA
Done.