genome.fa.s14679.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014679.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129718, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  331910

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 129 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798--828	14	2.2	14	94	0	53	38	0	9	51	1.35
11971--12009	16	2.5	15	83	4	51	20	7	0	71	1.10
15420--15456	18	2.1	18	100	0	74	43	5	16	35	1.71
16498--16563	33	2.0	33	100	0	132	39	12	12	36	1.80
18217--18284	34	2.0	34	94	0	118	36	2	29	30	1.72
20358--20746	109	3.6	109	85	2	496	27	15	24	32	1.95
26038--26072	14	2.5	15	86	13	56	77	0	0	22	0.78
29967--30003	18	2.0	19	89	5	58	21	64	8	5	1.40
37228--37286	3	20.0	3	89	3	93	30	0	0	69	0.89
37232--37315	6	13.0	6	84	12	60	25	0	1	73	0.90
37232--37309	15	5.6	12	85	14	57	25	0	1	73	0.91
45863--45921	3	20.0	3	89	3	93	30	0	0	69	0.89
45867--45950	6	13.0	6	84	12	60	25	0	1	73	0.90
45867--45944	15	5.6	12	85	14	57	25	0	1	73	0.91
49744--49791	21	2.3	21	86	13	64	62	8	0	29	1.24
51601--51640	7	5.7	7	87	0	53	17	22	25	35	1.95
62088--62242	80	1.9	80	89	2	240	24	22	22	30	1.99
63051--63097	21	2.2	21	100	0	94	31	36	8	23	1.85
65751--65989	52	4.6	52	89	0	370	34	22	15	27	1.95
69313--69539	41	5.5	41	82	5	253	23	27	11	38	1.88
76479--76619	41	3.6	39	90	4	189	23	26	10	39	1.87
76502--76655	41	3.8	41	88	3	222	24	27	10	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77399--77429	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
81501--81548	14	3.2	14	77	11	51	0	20	0	79	0.74
81501--81548	10	4.9	10	82	12	64	0	20	0	79	0.74
82121--82159	18	2.2	17	90	4	60	51	12	20	15	1.76
90071--90284	52	4.1	52	92	0	347	36	24	13	25	1.92
90689--91267	149	3.9	148	81	10	548	43	2	8	44	1.50
91359--91658	161	1.9	156	89	3	449	37	6	12	44	1.66
94953--95003	4	12.8	4	91	0	75	23	31	0	45	1.53
94953--95010	8	7.2	8	88	0	62	22	31	1	44	1.63
103549--103847	42	7.4	42	81	8	343	20	18	24	37	1.94
103613--103674	31	2.0	31	93	0	106	14	17	22	45	1.85
103772--103917	70	2.1	70	96	0	265	21	16	21	39	1.92
103816--103875	28	2.1	28	100	0	120	21	16	18	43	1.88
103844--104012	42	3.9	42	87	7	232	20	18	26	34	1.96
103844--104010	83	1.9	85	88	9	248	19	18	26	35	1.95
103977--104040	28	2.3	28	100	0	128	21	23	17	37	1.94
103698--104142	161	2.8	153	88	6	665	20	18	24	36	1.94
103927--104074	78	2.0	75	88	10	209	20	19	22	37	1.95
104005--104142	42	3.3	42	87	0	195	20	18	25	35	1.95
105204--105583	143	2.6	146	83	9	450	40	3	10	45	1.57
107978--108009	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
111675--111723	21	2.3	21	85	0	62	34	26	6	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112461--112697	52	4.6	52	84	4	309	35	24	13	26	1.92
112461--112697	102	2.3	103	86	4	334	35	24	13	26	1.92
116059--116110	24	2.2	24	85	0	68	23	30	26	19	1.98
121250--121306	30	1.9	30	85	7	80	17	19	15	47	1.83
127695--127755	25	2.4	25	97	0	113	24	1	6	67	1.24
127695--127765	25	2.8	25	89	0	70	25	4	7	63	1.38
129970--130251	116	2.4	115	89	5	417	32	3	4	59	1.36
130185--130267	28	2.9	28	89	5	114	30	1	2	66	1.12
134544--134584	18	2.3	18	87	8	57	56	4	31	7	1.48
138299--138323	12	2.1	12	100	0	50	0	24	16	60	1.36
150280--150415	69	2.0	69	97	0	254	30	6	10	52	1.61
150571--150607	19	2.0	18	89	5	56	37	2	5	54	1.38
150679--150773	45	2.3	43	85	10	126	50	4	4	41	1.41
150713--150774	17	3.4	17	70	20	52	53	3	4	38	1.39
152633--152666	16	2.1	16	100	0	68	14	17	29	38	1.90
170878--171069	52	3.7	52	88	0	294	29	22	17	30	1.97
170878--171068	104	1.8	104	93	0	328	29	22	17	30	1.96
171934--171977	20	2.1	21	83	4	54	36	13	0	50	1.42
178118--178304	52	3.6	51	84	7	216	29	24	15	30	1.95
178119--178308	104	1.8	104	85	2	265	30	24	15	30	1.96
179078--179102	7	3.6	7	100	0	50	72	0	28	0	0.86
187213--187243	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187680--187744	31	2.1	31	88	5	96	41	9	15	33	1.79
192513--192579	11	5.8	12	77	15	54	28	1	2	67	1.14
192518--192579	22	2.7	23	78	16	67	27	1	3	67	1.15
197364--197423	30	2.0	31	87	9	88	36	1	6	55	1.36
197922--197964	4	10.8	4	100	0	86	51	0	23	25	1.49
198341--198399	22	2.8	21	76	7	57	8	16	3	71	1.25
200912--201008	28	3.6	28	71	21	98	47	11	15	25	1.79
203158--203202	6	7.5	6	87	0	54	48	0	28	22	1.50
204822--204864	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
209656--209722	33	2.0	33	94	0	116	49	11	8	29	1.70
212417--212446	10	3.1	10	90	9	53	16	0	0	83	0.65
214369--214425	28	2.0	28	89	0	87	21	14	10	54	1.69
215163--215208	22	2.1	22	100	0	92	52	8	8	30	1.62
215304--215369	31	2.1	32	86	5	91	45	12	9	33	1.73
215288--215369	31	2.7	31	81	7	89	42	12	8	36	1.73
220211--220240	13	2.2	14	94	5	53	50	0	0	50	1.00
220209--220269	32	1.9	32	86	6	88	44	3	0	52	1.17
221835--221997	82	2.0	82	91	2	265	33	13	15	38	1.86
228031--228074	19	2.3	19	88	0	61	47	0	0	52	1.00
228084--228131	19	2.7	18	84	9	62	37	0	8	54	1.31
228084--228137	18	3.1	17	80	15	56	37	0	7	55	1.28
228600--228876	150	1.8	150	87	1	412	29	17	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229670--229706	16	2.3	16	100	0	74	18	21	18	40	1.91
235219--235275	27	2.1	27	83	6	71	21	3	3	71	1.15
235247--235283	15	2.4	16	95	4	67	27	0	0	72	0.84
235248--235292	21	2.1	22	88	12	67	28	0	0	71	0.87
235250--235335	6	14.8	6	75	18	58	26	6	0	66	1.17
238231--238266	18	2.0	18	100	0	72	33	33	16	16	1.92
238538--238643	52	2.0	52	98	0	203	30	13	18	37	1.89
240021--240110	13	7.2	12	70	23	62	26	2	2	68	1.12
240035--240077	22	1.9	23	95	4	79	30	4	0	65	1.13
240025--240112	6	13.2	6	69	23	52	25	2	2	70	1.10
240077--240111	17	1.9	19	88	11	56	22	0	2	74	0.95
243702--243752	18	2.8	18	78	0	57	29	39	3	27	1.74
253732--253774	12	3.0	15	78	21	56	9	32	0	58	1.30
255031--255059	15	1.9	15	100	0	58	27	34	3	34	1.74
262369--262414	24	1.9	24	100	0	92	39	17	15	28	1.90
281089--281401	30	10.5	29	74	8	150	37	2	23	36	1.69
283055--283655	209	2.9	207	81	5	694	23	20	15	39	1.91
283395--283560	85	2.0	85	80	4	192	24	20	15	40	1.90
284383--284436	25	2.1	27	83	13	69	42	31	1	24	1.65
284467--284501	15	2.2	16	90	5	54	48	34	8	8	1.64
284588--284629	20	2.1	20	86	0	57	19	21	19	40	1.92
284581--284606	7	3.7	7	100	0	52	26	26	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285891--286172	123	2.3	123	89	2	422	22	22	17	37	1.94
286175--286452	43	6.3	44	87	5	384	25	20	23	30	1.98
286525--286631	50	2.2	50	80	10	121	16	33	14	34	1.90
288802--288829	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
293903--293932	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
298887--299176	30	9.8	29	75	11	191	40	1	22	36	1.61
298887--299176	90	3.2	88	73	12	243	40	1	22	36	1.61
303404--303448	22	2.0	22	100	0	90	26	13	17	42	1.86
307240--307280	20	2.0	20	86	9	57	24	0	2	73	0.96
309237--309278	21	2.0	22	90	4	68	19	23	23	33	1.97

Tables:   1   2