Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014682.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129721, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10356
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.19, T:0.34
Found at i:1313 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1296--1351 Score: 55
Period size: 11 Copynumber: 4.8 Consensus size: 12
1286 TAAATAATTT
1296 TAAATTTGAAA-A
1 TAAATTT-AAACA
*
1308 TAAATTTAAACT
1 TAAATTTAAACA
**
1320 TAAA-TTAAATT
1 TAAATTTAAACA
1331 TAAATTTAAA-A
1 TAAATTTAAACA
1342 TAAATTTAAA
1 TAAATTTAAA
1352 TTTAAATTAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 5
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
11 23 0.59
12 16 0.41
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.02, T:0.39
Consensus pattern (12 bp):
TAAATTTAAACA
Found at i:1322 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 1294--1371 Score: 92
Period size: 6 Copynumber: 13.5 Consensus size: 6
1284 TTTAAATAAT
* *
1294 TTTAAA TTTGAAA -ATAAA TTTAAA CTTAAA -TTAAA TTTAAA TTTAAA
1 TTTAAA TTT-AAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA
*
1341 -ATAAA TTTAAA TTTAAA -TTAAA TTTAAA TTT
1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTT
1372 TTAGACAAAT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 5, Indels: 10
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
5 17 0.27
6 42 0.68
7 3 0.05
ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.01, T:0.45
Consensus pattern (6 bp):
TTTAAA
Found at i:1330 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1282--1403 Score: 145
Period size: 17 Copynumber: 7.1 Consensus size: 17
1272 AGCTTTATTT
* *
1282 ATTTTAAATAATTTTAA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
1299 ATTTGAAAATAAATTTAA
1 ATTT-AAAATAAATTTAA
* *
1317 ACTTAAATTAAATTTAA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
1334 ATTTAAAATAAATTTAA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
*
1351 ATTTAAATTAAATTTAA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
* * *
1368 ATTTTTAGACAAATTTAA
1 A-TTTAAAATAAATTTAA
*
1386 TTTTAAAATAAATTTAA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
1403 A
1 A
1404 GGGAGTTTTG
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 16, Indels: 4
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 61 0.70
18 26 0.30
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
ATTTAAAATAAATTTAA
Found at i:1342 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1284--1403 Score: 152
Period size: 35 Copynumber: 3.5 Consensus size: 34
1274 CTTTATTTAT
*
1284 TTTAAA-TAATTTTAAATTTGAAAATAAATTTAAA
1 TTTAAATTAAATTTAAATTT-AAAATAAATTTAAA
*
1318 CTTAAATTAAATTTAAATTTAAAATAAATTTAAA
1 TTTAAATTAAATTTAAATTTAAAATAAATTTAAA
* * * *
1352 TTTAAATTAAATTTAAATTTTTAGACAAATTTAAT
1 TTTAAATTAAATTTAAA-TTTAAAATAAATTTAAA
*
1387 TTTAAAATAAATTTAAA
1 TTTAAATTAAATTTAAA
1404 GGGAGTTTTG
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 8, Indels: 3
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.46
35 41 0.54
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (34 bp):
TTTAAATTAAATTTAAATTTAAAATAAATTTAAA
Found at i:1344 original size:52 final size:51
Alignment explanation
Indices: 1282--1403 Score: 147
Period size: 52 Copynumber: 2.4 Consensus size: 51
1272 AGCTTTATTT
* * *
1282 ATTTTAAATAATTTTAAATTTGAAAATAAATTTAAA-CTTAAATTAAATTTAA
1 ATTTAAAATAAATTTAAATTT-AAAATAAATTTAAATCTTAAA-CAAATTTAA
* * *
1334 ATTTAAAATAAATTTAAATTTAAATTAAATTTAAATTTTTAGACAAATTTAA
1 ATTTAAAATAAATTTAAATTTAAAATAAATTTAAA-TCTTAAACAAATTTAA
*
1386 TTTTAAAATAAATTTAAA
1 ATTTAAAATAAATTTAAA
1404 GGGAGTTTTG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 7, Indels: 4
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
51 13 0.21
52 44 0.72
53 4 0.07
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (51 bp):
ATTTAAAATAAATTTAAATTTAAAATAAATTTAAATCTTAAACAAATTTAA
Found at i:2182 original size:198 final size:197
Alignment explanation
Indices: 1736--2364 Score: 723
Period size: 198 Copynumber: 3.2 Consensus size: 197
1726 TTGACTCGGC
*
1736 CTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGGCTGCATCAC--TTGTTTTAATTCGCTTCTCTGTAT
1 CTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGACTGCATC-CGTTTGTTTTAATTCGCTTCTCTGTAT
* * * ** ** *
1799 CTCATTAGGAAGACGAATTTGGTCCACTTCTCCGTATCTCATCAGAAAGCTAACCA-TTTTACTG
65 CTCATCAGGAAGACGAATTTGGTCTACTTCTCCGTATCTCATCAGGAAGCTAATTACTTCGACAG
* * * * * *
1863 CTCCTCAGTGTCTCATCAGGAAGC-TGTGTTCGAAGATTTACTTACATCGAGCGTGAGTTTGATT
130 CTTCTTAGTGTCTCATCAGGAAGCTTG-GTTCGAAGATTTGCTCACATCGAGCGTGGGTTTGGTT
*
1927 TAGT
194 TGGT
* * * ** * *
1931 CTTCTTCTCAGTATCTCATCGGGAAGATGACTGCGT-CATTTGTTCCAATTCGCTTATTTGTATC
1 CTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGACTGCATCCGTTTGTTTTAATTCGCTTCTCTGTATC
1995 TCATCAGGAAGACGAATTTGGTCTACTTCTCCGTATCTCATCAGGAAGCTAATTACTTCGACACG
66 TCATCAGGAAGACGAATTTGGTCTACTTCTCCGTATCTCATCAGGAAGCTAATTACTTCGACA-G
* ** *
2060 CTTCTTAGTATCTCATCAGGAAGCTATGGTTCGAAGATTTGCTCATGTCGAGCATGGGTTTGGTT
130 CTTCTTAGTGTCTCATCAGGAAGCT-TGGTTCGAAGATTTGCTCACATCGAGCGTGGGTTTGGTT
2125 TGGT
194 TGGT
2129 CTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGACTGC-TCCGTTTGTTTTAATTCGCTTCTCTGTATC
1 CTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGACTGCATCCGTTTGTTTTAATTCGCTTCTCTGTATC
* * * * *
2193 TCATCAAGAAAACGAATTTGGTCTACTTCTCCGTATCTCATCAAGAATCTAACCGTTTATTGCTC
66 TCATCAGGAAGACGAATTTGGTCTACTTCTCCGTATCTCATCAGGAAGCTAA----TTA---CTT
* * * * * * *
2258 CGATCTA-CTTCTTGGTGTGTTATCCGGAAGCTGGGATCCGAAGACTTGCTCACATCGAGCGTGG
124 CGA-C-AGCTTCTTAGTGTCTCATCAGGAAGCTTGG-TTCGAAGATTTGCTCACATCGAGCGTGG
2322 GTTTGGTTTGGT
186 GTTTGGTTTGGT
*
2334 CTTCTTCTCAGTAACTCATCAGGAAGATGAC
1 CTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGAC
2365 CGCGCCGTTT
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 49, Indels: 24
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
193 1 0.00
195 104 0.28
196 4 0.01
197 23 0.06
198 137 0.37
199 2 0.01
202 3 0.01
204 2 0.01
205 90 0.24
206 1 0.00
207 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.20, T:0.36
Consensus pattern (197 bp):
CTTCTTCTCAGTATCTCATCAGGAAGATGACTGCATCCGTTTGTTTTAATTCGCTTCTCTGTATC
TCATCAGGAAGACGAATTTGGTCTACTTCTCCGTATCTCATCAGGAAGCTAATTACTTCGACAGC
TTCTTAGTGTCTCATCAGGAAGCTTGGTTCGAAGATTTGCTCACATCGAGCGTGGGTTTGGTTTG
GT
Found at i:3240 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 3155--3240 Score: 104
Period size: 44 Copynumber: 2.0 Consensus size: 44
3145 TGGTTCCAGG
* * *
3155 ACGCCCTTTGTGAGTTTTCATCCTGAACCCTTTTTTTTTTTTGA
1 ACGCCCTTTGTGAGTTTTCATCCTCAACCCTATTTTGTTTTTGA
*
3199 ACGCCCTTTGTGGGTTTTCAT-CTCAATTCCC-ATTTTGTTTTT
1 ACGCCCTTTGTGAGTTTTCATCCTCAA--CCCTATTTTGTTTTT
3241 AGGCGAAGTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 4
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
43 4 0.11
44 29 0.81
45 3 0.08
ACGTcount: A:0.13, C:0.23, G:0.14, T:0.50
Consensus pattern (44 bp):
ACGCCCTTTGTGAGTTTTCATCCTCAACCCTATTTTGTTTTTGA
Done.