genome.fa.s14706.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014706.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129745, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  313676

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9185--9739	29	18.8	30	75	17	461	36	32	2	28	1.70
9181--9739	59	9.4	59	88	5	785	35	33	2	28	1.70
9189--9780	30	20.0	29	74	16	432	35	32	2	28	1.72
14774--14799	12	2.2	12	100	0	52	30	7	53	7	1.57
15221--15331	56	2.0	56	100	0	222	45	19	9	26	1.80
16756--16809	20	2.7	20	91	0	81	29	24	12	33	1.92
17257--17298	20	2.1	20	95	0	75	19	21	21	38	1.94
18231--18291	27	2.3	26	80	8	68	24	0	6	68	1.13
21400--21431	13	2.5	13	89	0	55	34	12	0	53	1.39
32114--32158	16	3.1	14	81	12	56	31	0	0	68	0.89
38132--38171	3	13.7	3	89	5	64	72	0	0	27	0.85
41748--41798	28	1.9	27	88	11	79	29	3	7	58	1.44
42179--42459	140	2.0	140	97	0	526	28	11	19	40	1.85
47039--47234	107	1.8	109	87	2	297	40	15	10	32	1.82
49307--49671	38	9.3	38	73	9	259	25	17	25	31	1.97
49244--49683	78	5.6	79	84	3	512	24	18	25	31	1.97
49957--50339	49	7.8	49	73	8	208	19	31	14	35	1.91
49922--50200	148	1.9	148	82	3	355	18	30	15	35	1.92
49997--50339	99	3.5	99	84	1	402	19	30	14	34	1.92
50068--50339	50	5.5	50	75	9	225	20	30	12	36	1.90
49936--50249	148	2.1	148	80	6	343	19	30	14	35	1.92
51357--51398	13	3.4	12	78	15	50	7	9	2	80	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51371--51412	18	2.2	19	83	8	50	7	11	2	78	1.04
51377--51414	18	2.1	19	90	5	60	5	10	2	81	0.94
55370--55577	102	2.0	104	84	7	273	38	14	12	34	1.83
57381--57428	17	2.8	17	78	9	53	10	2	10	77	1.09
60291--60315	12	2.1	12	100	0	50	52	24	16	8	1.70
66349--66445	35	2.6	37	87	9	126	36	8	24	30	1.85
66381--66494	41	2.7	41	82	5	113	38	7	22	30	1.83
70153--70216	28	2.2	28	84	13	78	29	4	6	59	1.42
85625--85906	80	3.5	80	83	2	334	24	18	22	35	1.96
87630--88137	23	22.3	23	83	4	611	35	4	12	47	1.63
88080--88119	18	2.3	17	87	8	62	35	5	15	45	1.68
89677--89750	38	1.9	38	100	0	148	31	9	18	40	1.83
95597--95628	3	10.7	3	100	0	64	34	34	31	0	1.58
95876--95900	11	2.3	11	100	0	50	84	16	0	0	0.63
100007--100150	60	2.4	59	78	9	139	26	34	23	15	1.95
104302--104454	76	2.0	76	97	0	288	41	14	15	29	1.86
105837--105944	23	4.6	24	89	2	148	26	14	18	39	1.90
105832--105923	12	7.8	12	69	19	59	26	16	18	39	1.91
108876--108915	2	20.5	2	89	5	64	45	0	0	55	0.99
109207--109251	19	2.4	19	96	0	81	20	28	33	17	1.95
110166--110198	17	2.0	17	88	5	50	30	0	0	69	0.88
111520--111556	15	2.5	15	90	0	56	37	10	21	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111630--111660	16	1.9	16	93	0	53	45	6	9	38	1.63
111815--111853	18	2.1	19	86	13	55	41	0	2	56	1.13
118081--118376	148	2.0	148	80	1	333	33	22	13	30	1.92
128026--128050	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
130132--130196	29	2.2	28	81	7	76	29	3	3	64	1.23
131193--131217	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
131301--131342	22	2.0	21	85	4	57	38	7	11	42	1.69
138766--138824	30	2.0	28	83	12	73	18	37	1	42	1.61
151544--151595	24	2.2	24	85	0	68	48	15	19	17	1.82
151552--151600	24	2.0	24	88	0	71	38	18	22	20	1.93
151607--151681	24	3.1	24	88	1	114	42	17	20	20	1.89
162972--163007	14	2.6	14	91	8	56	41	5	5	47	1.50
166526--166585	25	2.5	24	83	5	68	53	6	0	40	1.27
166958--166982	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
173731--173775	6	8.0	6	78	14	51	42	0	2	55	1.12
173733--173775	17	2.6	17	88	3	70	39	0	2	58	1.11
175291--175669	29	12.9	29	76	8	259	34	27	2	34	1.72
175303--175735	88	4.9	88	77	10	322	35	28	2	33	1.71
175354--175611	89	2.9	88	78	7	240	35	27	2	35	1.70
175300--175745	59	7.6	58	77	9	347	35	28	2	34	1.71
175708--175797	29	3.0	28	80	15	76	37	21	2	38	1.66
175732--175797	30	2.2	29	86	5	87	39	18	3	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186999--187088	38	2.3	38	84	5	110	27	35	14	22	1.93
187079--187495	39	10.7	39	69	16	204	23	29	19	27	1.98
187039--187492	156	2.9	156	84	2	592	23	30	19	26	1.98
187039--187495	78	5.9	78	82	2	488	23	30	19	26	1.98
187155--187495	39	8.7	41	72	14	249	23	29	19	27	1.98
187991--188040	17	2.9	17	84	0	73	38	0	8	54	1.30
188008--188056	23	2.2	22	92	3	80	36	2	6	55	1.37
188496--188615	58	2.1	58	90	3	188	46	20	0	31	1.57
189837--189864	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
190756--191022	29	9.2	29	73	10	161	35	25	2	36	1.69
190777--191022	58	4.2	57	74	13	189	36	26	2	35	1.68
190704--190992	87	3.3	85	80	9	280	34	25	2	37	1.69
191030--191087	30	2.0	29	86	3	80	39	15	5	39	1.70
196858--196897	21	2.0	20	85	5	53	40	12	0	47	1.41
198814--198858	19	2.4	19	80	0	54	40	20	17	22	1.92
202150--202186	19	2.0	19	94	5	67	45	16	0	37	1.47
210056--210093	20	1.9	20	88	0	58	26	0	26	47	1.52
213684--213752	35	2.0	35	88	0	102	34	5	26	33	1.80
214525--214646	63	1.9	63	85	3	165	25	5	31	36	1.80
216383--216420	14	2.7	14	87	0	58	42	0	26	31	1.56
216383--216430	14	3.5	13	80	11	51	39	0	29	31	1.57
223660--223715	24	2.3	24	96	0	103	19	19	33	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224203--224244	21	2.0	21	85	0	57	33	16	11	38	1.86
224964--225150	37	5.1	36	81	5	171	36	33	16	12	1.87
224954--225150	74	2.7	74	83	3	236	37	33	16	13	1.87
242452--242498	21	2.2	21	88	3	67	31	23	2	42	1.66
245094--245157	13	4.9	13	77	7	67	34	1	20	43	1.61
245962--245995	17	2.0	17	100	0	68	29	17	0	52	1.45
251252--251276	9	2.8	9	100	0	50	12	12	32	44	1.78
258425--258468	21	2.1	21	100	0	88	9	18	13	59	1.60
259609--259679	28	2.5	28	80	10	83	29	0	4	66	1.11
259608--259679	29	2.6	29	79	16	80	29	0	4	66	1.10
259713--259741	8	3.8	8	95	4	51	48	0	0	51	1.00
259732--259788	16	4.0	14	78	21	57	33	1	1	63	1.15
259784--259839	27	2.1	27	93	6	96	23	1	5	69	1.18
260955--261332	183	2.1	183	88	2	562	30	25	19	24	1.98
263709--263755	16	2.9	16	80	0	67	46	8	0	44	1.33
269870--269931	31	2.0	31	100	0	124	35	9	25	29	1.88
271888--271948	22	2.8	22	87	7	81	72	1	11	14	1.20
271914--271943	15	1.9	16	93	6	53	70	0	13	16	1.18
272717--272759	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
273008--273083	38	2.0	38	97	0	143	25	34	5	35	1.78
274407--274459	6	8.8	6	100	0	106	83	0	0	16	0.66
276882--276943	30	2.1	30	100	0	124	40	16	14	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280112--280172	22	2.8	22	87	7	81	72	1	11	14	1.20
280138--280167	15	1.9	16	93	6	53	70	0	13	16	1.18
280972--281014	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
282835--282887	15	3.5	16	73	19	51	67	0	3	28	1.07
283025--283059	14	2.5	14	90	0	52	34	17	2	45	1.63
287779--287831	9	5.7	9	80	8	61	28	1	16	52	1.54
287762--287858	12	7.8	13	67	21	64	29	3	15	51	1.59
289842--290026	72	2.6	72	86	0	262	32	17	27	22	1.96
289827--290026	48	4.2	48	83	0	229	34	16	26	22	1.95
289842--290029	24	7.8	24	82	0	205	32	17	28	22	1.96

Tables:   1   2