Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014711.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129750, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12241
ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.18, T:0.27
Warning! 1810 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1480 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 1437--1542 Score: 87
Period size: 29 Copynumber: 3.7 Consensus size: 29
1427 CTCGCGGTAA
* *
1437 AAAATGGGA-TTTTAGGACGTCTAGGGGT
1 AAAATGGAATTTTTAGGAAGTCTAGGGGT
* *
1465 AAAATGGCAATTTTTA-GAAGGT-TCGAGGT
1 AAAATGG-AATTTTTAGGAA-GTCTAGGGGT
* *
1494 CAAAATGGGATTTTT-GGAAGTCTTGGGGT
1 -AAAATGGAATTTTTAGGAAGTCTAGGGGT
1523 AAAATGGTAATTTTT-GGAAG
1 AAAATGG-AATTTTTAGGAAG
1543 GTTCAAGGTT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 8, Indels: 13
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
28 16 0.25
29 33 0.52
30 14 0.22
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.31, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
AAAATGGAATTTTTAGGAAGTCTAGGGGT
Found at i:1522 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 1437--1722 Score: 360
Period size: 58 Copynumber: 4.9 Consensus size: 58
1427 CTCGCGGTAA
* * * * *
1437 AAAATGGGATTTTAGGACGTCTAGGGGTAAAATGGCAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTC
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC
* * *
1495 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTTGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAAGGTTA
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGG-TC
* * * * *
1554 AAAATGGGATTTTTGGAAG-CCCGAGTGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGCC
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCG-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC
* *
1612 AAAAATGGGATTTTTGGAAGT-TCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT
1 -AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC
* * * *
1670 AAAATGGGATTTTTGGATGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCG
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG
1723 GGGTGAAGAT
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 26, Indels: 10
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
57 19 0.10
58 109 0.55
59 69 0.35
ACGTcount: A:0.29, C:0.06, G:0.32, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC
Found at i:1557 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 1436--1722 Score: 382
Period size: 117 Copynumber: 2.5 Consensus size: 117
1426 TCTCGCGGTA
* * * * *
1436 AAAAATGGGATTTTAGGACGTCTAGGGGTAAAATGGCAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTC-AAAAT
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGCCAAAAAT
* *
1500 GGGATTTTTGGAAGTCTTGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAAGGTT
66 GGGATTTTTGGAAGT-TCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAAGGTT
** * * *
1553 AAAAATGGGATTTTTGGAAG-CCCGAGTGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGCCAAAAA
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTAG-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGCCAAAAA
*
1617 TGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT
65 TGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAAGGTT
* * * *
1670 -AAAATGGGATTTTTGGATGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCG
1 AAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG
1723 GGGTGAAGAT
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 20, Indels: 7
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
116 46 0.31
117 81 0.55
118 20 0.14
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (117 bp):
AAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGCCAAAAAT
GGGATTTTTGGAAGTTCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAAGGTT
Found at i:1591 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 1404--1722 Score: 338
Period size: 58 Copynumber: 5.5 Consensus size: 58
1394 ACATCCAGGA
* * * * * * * * *
1404 GTAAAATAGAAATTTTTGG-ATGTCTCGCGGTAAAAAATGGGATTTTAGGACGTCTAGGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGT-TCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAG-CTCGAG
* * * * *
1463 GTAAAATGGCAATTTTTAGAAGGTTCGAGG-TCAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTTGGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAG-CTCGAG
* *
1521 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGCCCGAG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTCGAG
* * ** *
1579 TGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGCCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAG
1 -GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTCGAG
* * * *
1638 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT-AAAATGGGATTTTTGGATGTTTGGGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAG-CTCGAG
*
1696 GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCG
1723 GGGTGAAGAT
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 32, Indels: 9
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
57 18 0.08
58 111 0.50
59 92 0.41
60 3 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTCGAG
Found at i:1725 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1460--1726 Score: 216
Period size: 29 Copynumber: 9.2 Consensus size: 28
1450 AGGACGTCTA
*
1460 GGGGTAAAATGGCAATTTTTAGAAGGTTC
1 GGGGTAAAATGG-AATTTTTGGAAGGTTC
* * *
1489 GAGGTCAAAATGGGATTTTTGGAA-GTCTT
1 GGGGT-AAAATGGAATTTTTGGAAGGT-TC
1518 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1 GGGGTAAAATGG-AATTTTTGGAAGGTTC
* * * **
1547 AAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAA-GCCC
1 -GGGGT-AAAATGGAATTTTTGGAAGGTTC
* *
1576 GAGTGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1 G-GGGTAAAATGG-AATTTTTGGAAGGTTC
* *
1606 GGGGCCAAAAATGGGATTTTTGGAA-GTTC
1 GGGG--TAAAATGGAATTTTTGGAAGGTTC
*
1635 GAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
1 GGGGTAAAATGG-AATTTTTGGAAGGTTC
* * * * *
1664 GAGGTTAAAATGGGATTTTTGGATGTTTG
1 G-GGGTAAAATGGAATTTTTGGAAGGTTC
*
1693 GGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTC
1 GGGGTAAAATGG-AATTTTTGGAAGGTTC
1722 GGGGT
1 GGGGT
1727 GAAGATGNNN
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 38, Indels: 30
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.04
28 35 0.19
29 86 0.46
30 44 0.24
31 13 0.07
ACGTcount: A:0.28, C:0.06, G:0.33, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
GGGGTAAAATGGAATTTTTGGAAGGTTC
Found at i:2254 original size:29 final size:27
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Indices: 2223--2686 Score: 244
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2213 CTCGCGATAA
*
2223 AAAATGGGATTTTAGGAAGTCTAGGGGT
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGT-TAGGGGT
* * * *
2251 AAAATGGCAATTTTTAGAAGGTTCGAGGT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTAGGGGT
*
2280 CAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTTGGGGT
1 -AAAATGGGATTTTTGGAAGT-TAGGGGT
* * *
2309 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAAGGTT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTT-AGGGGT
*** *
2339 AAAAATGGGATTTTTGGAAGCCCGAGTGT
1 -AAAATGGGATTTTTGGAAGTTAG-GGGT
* * * *
2368 AAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGCCA
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTAGGGG--T
* *
2399 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGT
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTAGGGGT
* * *
2426 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTAG-GGGT
* *
2456 AAAATGGGATTTTTGGATGTTTGGGGGT
1 AAAATGGGATTTTTGGAAG-TTAGGGGT
* * *
2484 AAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTAGGGGT
* * *
2513 GAAGATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGC
1 -AAAATGGGATTTTTGGAAG-TTAGGGGT
* * * *
2542 AAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGAGGTT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTAG-GGGT
* *
2572 AAAACGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
1 AAAATGGGATTTTTGGAAG-TTAGGGGT
* * *
2600 AAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTCT
1 AAAATGG-GATTTTTGGAA-GTTAGGGG--T
* *
2631 AAAATGGGTTTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTAG-GGGT
*
2659 AAAATGGTAATTTTTGGATAGTTTAGGG
1 AAAATGG-GATTTTTGGA-AG-TTAGGG
2687 ACCTTCGGGG
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 67, Indels: 64
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.02
28 68 0.20
29 159 0.47
30 78 0.23
31 24 0.07
ACGTcount: A:0.28, C:0.05, G:0.34, T:0.33
Consensus pattern (27 bp):
AAAATGGGATTTTTGGAAGTTAGGGGT
Found at i:2299 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 2223--2676 Score: 554
Period size: 58 Copynumber: 7.8 Consensus size: 58
2213 CTCGCGATAA
* * * *
2223 AAAATGGGATTTTAGGAAGTCTAGGGGTAAAATGGCAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTC
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC
* * *
2281 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTTGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAAGGTTA
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGG-TC
* * * * *
2340 AAAATGGGATTTTTGGAAG-CCCGAGTGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGCC
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCG-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC
* *
2398 AAAAATGGGATTTTTGGAAGT-TCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT
1 -AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC
* * * * * *
2456 AAAATGGGATTTTTGGATGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTG
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC
* * * * * *
2514 AAGATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGCAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGAGGTT
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC
* * * * *
2572 AAAACGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTC
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC
*
2630 TAAAATGGGTTTTTTGGAAGT-TCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
1 -AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCG-GGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
2677 TAGTTTAGGG
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 41, Indels: 13
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
57 19 0.05
58 221 0.64
59 108 0.31
ACGTcount: A:0.28, C:0.05, G:0.34, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTCGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC
Found at i:2509 original size:116 final size:115
Alignment explanation
Indices: 2223--2676 Score: 611
Period size: 116 Copynumber: 3.9 Consensus size: 115
2213 CTCGCGATAA
* * * ** *
2223 AAAATGGGATTTTAGGAAGTCTAGGGGTAAAATGGCAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTCAAAATGG
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTCAAAATGG
* * *
2288 GATTTTTGGAAGTCTTGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAAGGTT
66 GATTTTTGGAAGT-TCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT
* * * * * * *
2339 AAAAATGGGATTTTTGGAAGCCCGAGTGTAAAACGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGCCAAAAAT
1 -AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTC-AAAAT
2404 GGGATTTTTGGAAGTTCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT
64 GGGATTTTTGGAAGTTCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT
* * * *
2456 AAAATGGGATTTTTGGATGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTGAAGATGG
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTCAAAATGG
* * * *
2521 GATTTTTGGAAGTTTGGGGGCAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGAGGTT
66 GATTTTTGGAAG-TTCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT
* *
2572 AAAACGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTCTAAAATG
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTC-AAAATG
*
2637 GGTTTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
65 GGATTTTTGGAAGTTCGA-GGTAAAATGGTAATTTTTGGA
2677 TAGTTTAGGG
Statistics
Matches: 295, Mismatches: 38, Indels: 8
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
115 18 0.06
116 140 0.47
117 117 0.40
118 20 0.07
ACGTcount: A:0.28, C:0.05, G:0.34, T:0.33
Consensus pattern (115 bp):
AAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTCAAAATGG
GATTTTTGGAAGTTCGAGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT
Done.