Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01001473.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_113000, whole genome shotgun sequence
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861 TGATCAAAAT
* * *
871 TGAAAG TGAAAG TGAAAG TGAAAG TGAAAT TGGAAT TGAAAG TGA
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916 TATGAATTAT
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TGAAAG
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5747 TTTATAAATA
*
5757 TTTTTAT-AATTTTGTATGTATTTTT
1 TTTTTATAAAATTT-TATGTATTTTT
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1 TTTTTATAAAATTTTATGTATTTTT
5807 ATTGAAAAAT
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TTTTTATAAAATTTTATGTATTTTT
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5761 TATAATTTTG
* *
5771 TATGTATTTTTTTTTTATAAAATTT
1 TATGTATTTTTTATTGATAAAATTT
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1 TATGTATTTTTTATTGATAAAAT
5817 GAACTTTTAA
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TATGTATTTTTTATTGATAAAATTT
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7397 AAAATTAGAA
* *
7407 AAAAAATCGTAAAAAATAT
1 AAAAAATTGTAAAAATTAT
*
7426 AAAAAATTGT-AAAATTTT
1 AAAAAATTGTAAAAATTAT
7444 ATAAAAATTGTAAAAATTAT
1 A-AAAAATTGTAAAAATTAT
* * * *
7464 AAAATA-TATATACA-TAT
1 AAAAAATTGTAAAAATTAT
* *
7481 AAAAAAAT-TATAAAATTTT
1 AAAAAATTGTA-AAAATTAT
* *
7500 ATAAAATTATAAGAAAATTAT
1 AAAAAATTGT-A-AAAATTAT
*
7521 AAAAAA-TGTAAAGAAATAT
1 AAAAAATTGTAAA-AATTAT
7540 AAA
1 AAA
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AAAAAATTGTAAAAATTAT
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7408 AAAAATCGTA
*
7418 AAAAATAT-AAAAAATTGTAAAATTTTAT
1 AAAAATATAAAAAAATTATAAAATTTTAT
** *
7446 AAAAAT-TGTAAAAATTATAAAA-TATAT
1 AAAAATATAAAAAAATTATAAAATTTTAT
* *
7473 ATACATATAAAAAAATTATAAAATTTTAT
1 AAAAATATAAAAAAATTATAAAATTTTAT
* *
7502 AAAATTATAAGAAAATTATAAAA
1 AAAAATATAAAAAAATTATAAAA
7525 AATGTAAAGA
Statistics
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AAAAATATAAAAAAATTATAAAATTTTAT
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7482 AAAAAATTAT
* *
7492 AAAATTTTATAAAAT-TATAAG
1 AAAATTATAAAAAATGTA-AAG
7513 AAAATTATAAAAAATGTAAAG
1 AAAATTATAAAAAATGTAAAG
7534 AAA
1 AAA
7537 TATAAATTTG
Statistics
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21 19 0.90
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7406 AAAAAAATCG
7416 TAAAAAATA
1 TAAAAAATA
*
7425 TAAAAAATTG
1 TAAAAAA-TA
**
7435 TAAAATTTTA
1 TAAAA-AATA
* *
7445 TAAAAATTG
1 TAAAAAATA
*
7454 TAAAAATTA
1 TAAAAAATA
*
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1 TAAAAAATA
* *
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1 TAAAAAATA
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1 TAAAAAATA
* *
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*
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*
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1 TAAAAAATA
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1 TAAA-AAATA
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1 TAAA
7543 TTTGTATAAA
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TAAAAAATA
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7911 CGATTAGCTA
* * * * * * * *
7921 CCACTTGGTGGTTGA-TAGTGTTTTCTTTTTTAACATTTGTTCACAAAGTGATTGGTATACCGAC
1 CCACTTGGTGGGTGACGA-TGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGAC
* * * *
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*
8050 ATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTTCTGC
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* *
8096 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAACGATTGGTATGCTGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * * * *
8161 TTTTATTGACACAGAATGTTTCAAGAAGATGTGATGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGCCA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
* * * * *
8226 TTTTATCATATTTGCTTCTTATTATGTTAGGAACTTGTTTCCAGC
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
* * *
8271 CCACTTGTTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGT-CGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * * *
8335 TTTTATTGATAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTACTTGTTTAGTGGTTTGTCA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
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131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGT-TAGGAATTTGTTTCCTGC
*
8445 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGCCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * *
8510 TTATATTGACATAGAATGTTTCATGAAGATGT-GTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
* * * *
8574 TATTATCATCTTTGCTTCTTACTATCTTAGGAATTTATTTTCTGC
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
* * * * *
8619 CCTCTTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAACGATTGGTATGCCGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * **
8684 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTAAGAAGATGTGATGAAATTGATTAATTATTTAGTGATTTGTCA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
*
8749 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATATTAGGAATTTGTTTCCTGC
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
* * * *
8794 CCACTTGGTGGGTGGCGATGTTTTCTTTTTGAACATTTTTCTGTGAAGCGATTGGTATGCCGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * * *
8859 TTATATAGACACAGAATGTTTCATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
*
8924 TATTATCATCATCTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
131 TA-T-T-ATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
* * * *
8972 CCACTTGATGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCTGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * *
9037 TTTTATTGACAGAGAATATTTTATGAAGATGTGATGAAATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTCA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
9102 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
* ** * * ***
9147 CCACTTGATGGGTGGTGATGTTTTCTTTTTGATCATTTGTCCGCAAAATAATTGGTATGCCGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* *
9212 TTTTATTGACACAAAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
* ** *
9277 TATTATCATATTTTTTTCTTACTATGTTAGAAATTTGTTTCCTGC
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
* * * * ** *
9322 CGACTTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCATGAAGCGATTGGTATGCCGATA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * *
9387 TTTTATTGACAGAGATTGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTTA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
*
9452 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGG
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
* *
9497 CCAC-T--T-GGT----ATGTTTTCTTTTTGAACATTTGCCCGTGAAGCGATTGGTATGCCGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * * * * * *
9554 TTTTATTGACACATAATGTTTCATGAATATGTGGTGAAAATGATTAATTATTTAGTGGATTGTCG
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
* * *
9619 TATTATCATATTTGCTTCTTACTATGTTAAGAATTTGTTTCCTAC
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
* * * * * * *
9664 CCACCTGCTAGTTGACAATGTTTTCATTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATACCGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * * *
9729 TTTTATTG-CTAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGATGAAATTGATTAATTATTTAGTAGTTTATC
66 TTTTATTGAC-AGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTC
* *
9793 ATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTATTTCTTGC
130 ATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
* * * *
9839 CCACTTGGTGGGTGGCGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGTGAAGCGATCGGTATACCGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * * *
9904 TTTTATTGACACAGAATGTTTCATGAAGATGTGGTGAAAATGATTAATTATTTAGTGGCTTGTAA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
* *
9969 TATTATCATATTTGCTTCTTACTATGTTAGAAATTTGTTTCCTGC
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
* * * *
10014 CCACTTGTTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCAGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* *
10079 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATAAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTCA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
* *
10144 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCTTGG
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
* * * * *
10189 CCACTTGCTCGGTGGCGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGTGAAGCGATTGGTATGCCGGCA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * * *
10254 TTTTATTGACACAGAATGTTTCATGAAGATGTGGTGAAAATGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCG
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCA
* * *
10319 TTTTATCATATTTGCTTCTTACTATGTTAGAAATTTGTTTCCTAG-
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCT-GC
* * * ** * * *
10364 CCACTTCGTGGATGACGATGTTTTTTTTTTGAACATTTGTTTGCAAAGAGATTGGTATGCAGACA
1 CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * *
10429 TTTTATTGACATG-GAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGGTTAATTATTCAGTGGCTTGTT
66 TTTTATTGACA-GAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTC
10493 ATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTA
130 ATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTA
Statistics
Matches: 2139, Mismatches: 268, Indels: 40
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
167 146 0.07
168 1 0.00
170 1 0.00
171 4 0.00
172 1 0.00
173 1 0.00
174 310 0.14
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176 5 0.00
177 2 0.00
178 158 0.07
ACGTcount: A:0.24, C:0.13, G:0.20, T:0.43
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CCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACA
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TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGC
Found at i:9904 original size:692 final size:696
Alignment explanation
Indices: 7921--10522 Score: 3898
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7911 CGATTAGCTA
* * * * * * * *
7921 CCACTTGGTGGTTGATAGTGTTTTCTTTTTTAACATTTGTTCACAAAGTGATTGGTATACCGACA
1 CCACTTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCACGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * *
7986 TTTTATTGACAGAGAATGCTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTACTAGTTTGTCA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTCA
*
8051 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTTCTGCCCACTTGGTGGGTGACGATG
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGCCCACTT-GTGGGT---GATG
* * *
8116 TTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAACGATTGGTATGCTGACATTTTATTGACACAGAATGTT
192 TTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGTGAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGACACAGAATGTT
* * * * *
8181 TCAAGAAGATGTGATGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGCCATTTTATCATATTTGCTTCTT
257 TCATGAAGATGTGGTGAAAATGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCATATTATCATATTTGCTTCTT
* * * * *
8246 ATTATGTTAGGAACTTGTTTCC-AGCCCACTTGTTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTG
322 ACTATGTTAAGAATTTGTTTCCTA-CCCACCTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTG
* *
8310 T-CGCGAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGATAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAA
386 TCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGATGAAA
* *
8374 TTGATTACTTGTTTAGTGGTTTGTCATATTATCATGTTTGCTTCTTACTAT-TATAGGAATTTGT
451 TTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTCATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGT-TAGGAATTTGT
* *
8438 TTCCTGCCCACTTGGTGGGTGACGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGCCCGCGAAGCGATTGGTAT
515 TTCCTGCCCACTTGGTGGGTGGCGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTAT
* *
8503 GCCGACATTATATTGACATAGAATGTTTCATGAAGATGT-GTGAAATTGATTAATTATTTAGTGG
580 GCCGACATTTTATTGACACAGAATGTTTCATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGG
* * * * *
8567 CTTGTCATATTATCATCTTTGCTTCTTACTATCTTAGGAATTTATTTTCTGC
645 CTTGTCATATTATCATATTTGCTTCTTACTATGTTAGAAATTTGTTTCCTGC
* * *
8619 CCTCTTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAACGATTGGTATGCCGACA
1 CCACTTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCACGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* * *
8684 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTAAGAAGATGTGATGAAATTGATTAATTATTTAGTGATTTGTCA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTCA
*
8749 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATATTAGGAATTTGTTTCCTGCCCACTTGGTGGGTGGCGATG
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGCCCACTT-GTGGGT---GATG
* * * *
8814 TTTTCTTTTTGAACATTTTTCTGTGAAGCGATTGGTATGCCGACATTATATAGACACAGAATGTT
192 TTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGTGAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGACACAGAATGTT
*
8879 TCATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCATATTATCATCATCTTTGCTT
257 TCATGAAGATGTGGTGAAAATGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCATATTATCAT-A--TTTGCTT
* * * *
8944 CTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGCCCACTTGATGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATT
319 CTTACTATGTTAAGAATTTGTTTCCTACCCACCTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATT
* *
9009 TGTCTGCGAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGACAGAGAATATTTTATGAAGATGTGATGA
384 TGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGATGA
9074 AATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTCATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTG
449 AATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTCATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTG
* * * * ***
9139 TTTCCTGCCCACTTGATGGGTGGTGATGTTTTCTTTTTGATCATTTGTCCGCAAAATAATTGGTA
514 TTTCCTGCCCACTTGGTGGGTGGCGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTA
* *
9204 TGCCGACATTTTATTGACACAAAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTG
579 TGCCGACATTTTATTGACACAGAATGTTTCATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTG
**
9269 GCTTGTCATATTATCATATTTTTTTCTTACTATGTTAGAAATTTGTTTCCTGC
644 GCTTGTCATATTATCATATTTGCTTCTTACTATGTTAGAAATTTGTTTCCTGC
* * *
9322 CGACTTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCATGAAGCGATTGGTATGCCGATA
1 CCACTTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCACGAAGCGATTGGTATGCCGACA
* *
9387 TTTTATTGACAGAGATTGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTTA
66 TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTCA
*
9452 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGGCCAC-T-T-GGT-ATGTTTT
131 TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGCCCACTTGTGGGTGATGTTTT
* *
9513 CTTTTTGAACATTTGCCCGTGAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGACACATAATGTTTCAT
196 CTTTTTGAACATTTGTCCGTGAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGACACAGAATGTTTCAT
* * *
9578 GAATATGTGGTGAAAATGATTAATTATTTAGTGGATTGTCGTATTATCATATTTGCTTCTTACTA
261 GAAGATGTGGTGAAAATGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCATATTATCATATTTGCTTCTTACTA
* *
9643 TGTTAAGAATTTGTTTCCTACCCACCTGCTAGTTGACAATGTTTTCATTTTGAACATTTGTCCGC
326 TGTTAAGAATTTGTTTCCTACCCACCTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGC
*
9708 GAAGCGATTGGTATACCGACATTTTATTG-CTAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGATGAAATTGA
391 GAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGAC-AGAGAATGTTTTATGAAGATGTGATGAAATTGA
* * * *
9772 TTAATTATTTAGTAGTTTATCATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTATTTCTT
455 TTAATTATTTAGTGGTTTGTCATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCT
* * *
9837 GCCCACTTGGTGGGTGGCGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGTGAAGCGATCGGTATACCGA
520 GCCCACTTGGTGGGTGGCGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGA
*
9902 CATTTTATTGACACAGAATGTTTCATGAAGATGTGGTGAAAATGATTAATTATTTAGTGGCTTGT
585 CATTTTATTGACACAGAATGTTTCATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGT
*
9967 AATATTATCATATTTGCTTCTTACTATGTTAGAAATTTGTTTCCTGC
650 CATATTATCATATTTGCTTCTTACTATGTTAGAAATTTGTTTCCTGC
*
10014 CCACTTGTTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGT-CAGCGAAGCGATTGGTATGCCGAC
1 CCACTTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCA-CGAAGCGATTGGTATGCCGAC
*
10078 ATTTTATTGACAGAGAATGTTTTATAAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTC
65 ATTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTC
* * *
10143 ATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCTTGGCCACTTGCTCGGTGGCGAT
130 ATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGCCCACTTG-T--G-GGTGAT
*
10208 GTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGTGAAGCGATTGGTATGCCGGCATTTTATTGACACAGAATGT
191 GTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGTGAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGACACAGAATGT
* *
10273 TTCATGAAGATGTGGTGAAAATGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCGTTTTATCATATTTGCTTCT
256 TTCATGAAGATGTGGTGAAAATGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCATATTATCATATTTGCTTCT
* * * * *
10338 TACTATGTT-AGAAATTTGTTTCCTAGCCA-CTTCGTGGATGACGATGTTTTTTTTTTGAACATT
321 TACTATGTTAAG-AATTTGTTTCCTACCCACCTGC-TGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATT
** * * * *
10401 TGTTTGCAAAGAGATTGGTATGCAGACATTTTATTGACATG-GAATGTTTTATGAAGATGTGGTG
384 TGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGACA-GAGAATGTTTTATGAAGATGTGATG
* * * *
10465 AAATTGGTTAATTATTCAGTGGCTTGTTATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTA
448 AAATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTCATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTA
Statistics
Matches: 1735, Mismatches: 148, Indels: 40
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
691 3 0.00
692 522 0.30
693 1 0.00
694 1 0.00
695 113 0.07
698 283 0.16
699 11 0.01
700 281 0.16
701 72 0.04
702 211 0.12
703 237 0.14
ACGTcount: A:0.24, C:0.13, G:0.20, T:0.43
Consensus pattern (696 bp):
CCACTTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCACGAAGCGATTGGTATGCCGACA
TTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGTTTGTCA
TATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTGCCCACTTGTGGGTGATGTTTT
CTTTTTGAACATTTGTCCGTGAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGACACAGAATGTTTCAT
GAAGATGTGGTGAAAATGATTAATTATTTAGTGGCTTGTCATATTATCATATTTGCTTCTTACTA
TGTTAAGAATTTGTTTCCTACCCACCTGCTGGTTGACAATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGC
GAAGCGATTGGTATGCCGACATTTTATTGACAGAGAATGTTTTATGAAGATGTGATGAAATTGAT
TAATTATTTAGTGGTTTGTCATATTATCATGTTTGCTTCTTACTATGTTAGGAATTTGTTTCCTG
CCCACTTGGTGGGTGGCGATGTTTTCTTTTTGAACATTTGTCCGCGAAGCGATTGGTATGCCGAC
ATTTTATTGACACAGAATGTTTCATGAAGATGTGGTGAAATTGATTAATTATTTAGTGGCTTGTC
ATATTATCATATTTGCTTCTTACTATGTTAGAAATTTGTTTCCTGC
Done.