genome.fa.s14733.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014733.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129772, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  172481

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173--238	6	11.5	6	78	15	77	50	0	1	48	1.10
173--238	11	5.8	12	79	13	77	50	0	1	48	1.10
173--238	28	2.3	29	97	2	125	50	0	1	48	1.10
173--268	28	3.4	28	85	4	113	51	2	1	45	1.20
817--855	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
4965--5021	30	1.9	30	85	0	78	43	7	5	43	1.54
8383--8448	24	2.8	24	84	4	82	53	9	12	25	1.67
8603--8695	21	4.6	19	76	17	89	62	6	1	30	1.27
8603--8695	41	2.3	40	82	12	109	62	6	1	30	1.27
14264--14293	15	2.0	15	93	0	51	60	6	3	30	1.39
17102--17182	42	1.9	42	97	0	153	55	9	13	20	1.66
17625--17660	16	2.3	16	90	4	56	19	0	8	72	1.10
17694--17780	41	2.2	39	81	8	95	21	4	4	68	1.26
18218--18254	18	2.1	18	94	0	65	18	16	16	48	1.81
19439--19504	22	3.0	22	75	2	71	48	15	6	30	1.69
19441--19504	21	3.0	21	74	2	65	48	14	6	31	1.68
24007--24045	15	2.7	14	88	7	60	46	0	2	51	1.14
24275--24328	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
24505--24536	13	2.4	14	85	15	50	43	0	0	56	0.99
26246--26338	49	1.9	48	88	2	141	48	15	22	13	1.80
33019--33072	20	2.7	20	94	0	90	31	33	5	29	1.80
38915--39001	23	3.7	23	77	6	77	25	22	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40442--40471	15	2.0	15	93	0	51	20	20	3	56	1.56
42146--42186	22	1.9	21	85	5	55	31	2	14	51	1.56
42385--42470	5	14.7	6	68	25	51	51	3	1	44	1.26
42671--42710	20	1.9	22	85	10	57	42	22	2	32	1.67
62307--62357	17	2.9	17	88	2	75	43	0	1	54	1.11
62994--63039	16	2.8	17	74	6	51	60	4	2	32	1.28
63071--63133	12	5.1	13	92	1	60	61	0	0	38	0.96
63090--63134	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
64148--64280	29	4.5	30	77	10	141	33	24	6	35	1.80
64177--64316	59	2.4	59	82	5	160	32	25	7	35	1.83
65647--65698	25	2.1	25	100	0	104	11	23	15	50	1.76
68761--68803	22	2.0	21	82	13	52	44	11	30	13	1.80
76404--76615	116	1.8	119	84	3	295	36	21	19	22	1.95
76675--76988	122	2.6	121	90	2	463	35	20	21	21	1.96
76796--77293	206	2.4	206	86	3	664	36	18	21	22	1.95
77604--77690	6	15.2	6	75	13	85	44	0	2	52	1.13
77604--77684	17	4.8	17	89	0	126	44	0	2	53	1.14
77604--77690	23	3.8	23	76	11	90	44	0	2	52	1.13
78333--78378	16	2.8	17	74	6	51	60	4	2	32	1.28
79488--79682	29	6.7	29	77	10	164	34	26	4	35	1.75
79502--79682	58	3.1	59	84	7	237	34	25	3	35	1.74
79585--79776	58	3.3	59	80	5	169	30	28	7	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82568--82635	33	2.1	33	100	0	136	58	14	2	23	1.50
85382--85414	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
91635--91793	41	4.0	40	78	5	169	22	27	20	28	1.99
91688--91793	40	2.6	41	87	1	160	18	30	21	29	1.97
91729--91861	68	2.0	67	86	1	185	19	32	21	27	1.97
91796--91884	41	2.2	41	84	8	110	22	31	17	28	1.97
91956--92069	40	2.8	40	83	10	160	21	21	21	36	1.95
93666--93710	6	7.5	6	89	0	63	22	31	0	46	1.52
94012--94061	21	2.4	21	83	3	66	12	12	0	76	1.04
102439--102495	28	1.9	31	82	10	75	33	24	3	38	1.73
106808--106876	21	3.3	21	70	22	72	52	13	0	34	1.40
106808--106895	42	2.1	42	100	0	176	50	13	0	36	1.42
106829--106895	21	3.2	21	69	23	68	47	13	0	38	1.43
110509--110747	89	2.7	88	78	3	221	38	18	9	33	1.83
110784--110821	20	1.9	20	88	0	58	36	18	10	34	1.85
112110--112168	30	2.0	30	83	9	77	40	1	1	55	1.20
112255--112459	90	2.3	88	78	12	215	35	10	16	38	1.82
113293--113328	13	2.7	13	91	4	54	30	16	25	27	1.97
114446--114496	20	2.5	20	83	0	66	33	11	27	27	1.92
114543--114592	20	2.5	20	100	0	100	22	10	26	42	1.84
114708--114761	20	2.7	20	85	5	65	25	7	33	33	1.84
115283--115343	31	2.0	31	93	0	104	34	13	9	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130242--130442	41	4.9	41	87	1	244	16	30	20	31	1.95
131188--131372	96	1.9	96	82	6	232	35	14	20	30	1.92
131623--131851	59	3.9	58	77	10	200	31	6	29	33	1.82
131745--131876	29	4.4	31	85	9	177	33	4	27	34	1.77
131704--131876	59	2.9	59	85	5	226	30	6	28	34	1.82
132415--132454	19	2.0	20	85	4	55	45	22	2	30	1.66
132964--133020	15	3.5	16	78	19	64	42	1	1	54	1.21
133719--133801	6	14.5	6	69	18	52	49	2	0	48	1.14
133725--133801	17	4.5	17	88	0	109	50	2	0	46	1.15
133905--133933	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
135265--135300	18	2.0	18	100	0	72	50	11	22	16	1.77
135634--136036	36	10.9	37	74	13	246	40	11	18	29	1.86
135636--136021	74	5.2	73	73	11	272	40	11	18	30	1.85
135666--136021	147	2.4	149	78	8	370	40	11	18	29	1.86
136347--136931	36	16.2	36	79	6	547	37	14	20	27	1.91
136363--136929	71	7.8	72	79	8	555	37	13	20	27	1.91
136383--136927	213	2.5	214	84	6	690	37	13	20	27	1.91
136373--136931	110	5.2	109	77	6	452	37	13	20	27	1.91
137583--137641	27	2.1	27	81	9	66	16	5	33	44	1.70
137908--138370	141	3.3	141	91	0	712	32	21	19	27	1.97
138405--138470	6	11.5	6	70	20	52	46	1	1	50	1.20
138405--138468	17	3.8	17	87	0	92	45	1	1	51	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139101--139128	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
139806--139990	96	1.9	96	82	6	232	35	14	20	30	1.92
140241--140469	59	3.9	58	77	10	200	31	6	29	33	1.82
140363--140494	29	4.4	31	85	9	177	33	4	27	34	1.77
140322--140494	59	2.9	59	85	5	226	30	6	28	34	1.82
141033--141072	19	2.0	20	85	4	55	45	22	2	30	1.66
141582--141638	15	3.5	16	78	19	64	42	1	1	54	1.21
142337--142419	6	14.5	6	69	18	52	49	2	0	48	1.14
142343--142419	17	4.5	17	88	0	109	50	2	0	46	1.15
142523--142551	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
143883--143918	18	2.0	18	100	0	72	50	11	22	16	1.77
144252--144654	36	10.9	37	74	13	246	40	11	18	29	1.86
144254--144639	74	5.2	73	73	11	272	40	11	18	30	1.85
144284--144639	147	2.4	149	78	8	370	40	11	18	29	1.86
144965--145549	36	16.2	36	79	6	547	37	14	20	27	1.91
144981--145547	71	7.8	72	79	8	555	37	13	20	27	1.91
145001--145545	213	2.5	214	84	6	690	37	13	20	27	1.91
144991--145549	110	5.2	109	77	6	452	37	13	20	27	1.91
146201--146259	27	2.1	27	81	9	66	16	5	33	44	1.70
146526--146988	141	3.3	141	91	0	712	32	21	19	27	1.97
147023--147088	6	11.5	6	70	20	52	46	1	1	50	1.20
147023--147086	17	3.8	17	87	0	92	45	1	1	51	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147719--147746	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
148794--149157	30	12.6	29	77	12	265	34	29	2	32	1.70
148930--148969	20	2.0	21	85	5	55	45	25	0	30	1.54
148903--148999	50	2.0	48	88	8	142	38	30	1	29	1.64
148814--149081	137	1.9	141	84	8	361	36	30	2	30	1.70
148949--149098	61	2.5	60	84	2	185	36	28	1	33	1.66
148950--149191	91	2.7	88	79	8	238	36	28	2	32	1.71
163732--163763	3	10.7	3	93	0	55	28	0	3	68	1.04

Tables:   1

The End!