genome.fa.s14746.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014746.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129785, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  188894

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 107 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7025--7067	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
7195--7240	15	3.1	15	78	6	58	58	6	4	30	1.43
7199--7245	15	3.2	15	75	6	51	59	4	2	34	1.29
30069--30190	3	40.0	3	86	6	165	36	2	0	60	1.10
30822--30864	14	3.1	14	80	3	52	18	11	18	51	1.76
30866--30936	17	4.2	17	71	7	63	52	4	4	39	1.41
30876--30942	34	2.0	34	85	5	91	55	7	4	32	1.48
31392--31668	39	7.1	39	67	8	159	26	19	29	24	1.98
31367--31709	78	4.4	78	83	0	398	27	20	28	23	1.99
31489--31707	39	5.6	39	70	18	177	27	21	28	22	1.99
31991--32470	48	9.9	48	85	3	577	12	25	23	38	1.90
32363--32519	49	3.2	49	77	10	194	14	26	19	40	1.89
33469--33549	13	5.7	14	71	19	53	1	17	4	76	1.03
33469--33507	16	2.6	16	84	12	55	2	12	7	76	1.09
33469--33538	28	2.4	28	81	9	70	1	17	5	75	1.06
33503--33548	22	2.1	22	83	0	56	0	21	2	76	0.90
34394--34428	17	2.0	18	88	5	54	0	17	2	80	0.84
38738--38931	97	2.0	97	80	11	220	38	13	17	30	1.88
39196--39632	59	7.4	58	78	8	395	38	4	26	30	1.77
39290--39632	117	2.9	118	86	5	444	38	3	25	31	1.74
39333--39604	28	9.3	28	71	16	171	40	3	26	30	1.72
39292--39637	30	11.8	30	71	13	213	38	3	26	31	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40675--40776	3	33.0	3	75	9	89	39	3	0	55	1.25
41451--41521	17	4.2	17	78	7	81	53	2	4	39	1.35
41459--41551	34	2.7	34	81	8	109	55	4	3	36	1.35
42657--42695	20	2.0	20	84	0	51	12	53	12	20	1.71
45508--45540	16	1.9	18	88	11	52	36	3	18	42	1.66
50856--51033	28	6.1	30	70	10	113	62	0	11	25	1.28
51911--51936	8	3.2	8	100	0	52	88	0	0	11	0.52
55704--55737	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
62817--62966	74	2.0	74	100	0	300	53	9	14	22	1.69
64943--65501	29	19.1	29	74	9	320	35	6	25	32	1.82
64968--65501	116	4.6	114	77	6	382	35	6	25	32	1.81
65254--65424	88	2.0	87	87	5	247	34	4	26	34	1.77
65256--65450	88	2.2	88	83	8	238	35	3	25	35	1.73
66595--66628	14	2.4	14	95	0	59	38	2	0	58	1.13
67270--67385	17	6.7	17	83	6	144	56	4	2	36	1.33
67262--67393	6	22.3	6	67	11	67	54	4	3	37	1.36
67270--67379	53	2.1	51	88	3	157	56	4	2	36	1.34
67775--68372	210	2.8	210	91	0	917	20	23	19	35	1.96
73843--73878	13	2.8	13	95	0	63	13	13	30	41	1.84
86012--86045	14	2.4	14	95	0	59	58	0	2	38	1.13
87916--88044	28	4.5	28	76	8	107	37	6	24	32	1.80
87911--88188	58	4.8	59	74	9	223	35	6	25	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87887--88180	117	2.5	116	81	5	326	35	7	24	31	1.84
87916--88390	29	16.6	29	69	11	160	35	5	25	33	1.79
88187--88407	29	7.4	30	78	14	201	35	4	25	34	1.78
88028--88354	166	2.0	165	81	8	389	34	5	25	34	1.79
90213--90287	17	4.3	18	81	9	84	58	1	2	37	1.20
90209--90269	19	3.3	19	81	9	90	59	1	3	36	1.24
98419--98521	23	4.5	22	82	2	107	39	27	21	11	1.88
98487--98563	23	3.3	23	94	0	127	41	22	27	9	1.83
100201--100275	24	2.9	25	83	11	98	29	22	17	30	1.97
104628--104667	19	2.1	19	85	4	53	60	0	15	25	1.35
107728--107854	30	4.3	29	83	6	157	37	3	27	31	1.73
107728--107854	59	2.2	59	91	2	202	37	3	27	31	1.73
107816--107893	40	2.0	39	89	2	120	37	0	29	33	1.58
107785--107923	68	2.0	71	87	6	205	35	2	28	33	1.70
107758--107947	98	1.9	99	86	1	274	34	2	29	33	1.72
107855--107970	28	4.0	29	84	8	148	31	1	28	37	1.67
109662--109724	28	2.2	30	75	16	71	19	6	30	44	1.75
109824--109887	17	3.8	16	72	13	56	50	4	4	40	1.44
110687--110896	39	5.4	39	69	11	151	26	19	29	24	1.98
110683--110891	78	2.7	78	83	1	258	26	20	29	23	1.99
110978--111159	101	1.8	101	89	4	287	30	17	18	34	1.93
111284--111564	49	5.7	48	74	11	194	13	26	20	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111352--111564	97	2.2	98	82	6	245	14	27	20	38	1.91
111568--111759	97	2.0	97	84	4	253	19	22	18	39	1.93
111284--111768	245	2.0	246	81	7	565	16	25	20	38	1.92
113734--113767	18	1.9	18	88	5	52	41	17	23	17	1.90
118669--119081	29	14.1	30	83	6	458	36	2	26	34	1.72
118669--119081	59	7.1	59	83	8	445	36	2	26	34	1.72
120916--121016	17	5.9	17	79	6	78	55	4	0	38	1.28
120936--120986	6	8.7	6	76	4	50	56	3	1	37	1.29
120934--121030	35	2.9	33	80	11	110	59	7	1	31	1.31
120921--121023	52	2.0	52	82	0	125	58	4	0	35	1.26
122276--122310	7	4.9	7	89	6	52	42	0	2	54	1.15
125659--125713	23	2.3	23	81	3	65	23	20	9	47	1.78
126313--126348	15	2.4	16	86	13	58	47	38	8	5	1.57
127259--127375	59	2.0	61	86	3	166	31	22	14	31	1.94
127324--127509	52	3.6	52	86	3	241	30	24	16	28	1.97
130371--130428	29	2.0	28	90	3	89	32	17	25	24	1.96
131603--131635	17	1.9	17	93	0	57	15	15	12	57	1.65
131588--131681	23	4.4	23	73	21	87	19	20	12	47	1.81
132544--132607	31	2.1	31	96	0	119	32	12	12	42	1.80
135989--136023	15	2.4	14	86	9	52	28	0	8	62	1.24
135993--136022	15	1.9	16	93	6	53	30	0	10	60	1.30
141629--141875	52	4.8	52	87	2	327	31	25	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144924--144953	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
145528--145578	24	2.1	24	85	10	68	62	5	1	29	1.29
147153--147203	12	4.4	12	78	7	52	76	11	0	11	1.02
158023--158143	30	4.1	29	80	5	127	33	3	23	39	1.71
158023--158146	59	2.1	58	85	4	160	33	3	24	38	1.71
162169--162203	2	17.5	2	93	0	61	54	0	0	45	0.99
162770--162826	26	2.2	26	84	3	71	61	5	3	29	1.35
163049--163074	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
166553--166607	13	4.2	13	77	9	58	41	5	16	36	1.71
166546--166607	26	2.4	26	76	15	65	38	4	17	38	1.71
166766--166798	11	2.8	12	86	9	50	30	0	0	69	0.88
168864--168895	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
169298--169342	16	2.9	16	80	16	58	46	0	2	51	1.13
170129--170166	16	2.2	18	86	9	53	34	5	2	57	1.35
170658--170760	51	2.0	52	98	1	199	34	5	5	53	1.49
173479--173675	99	2.0	99	98	0	385	44	11	10	34	1.74
178326--178450	36	3.5	36	87	0	187	37	24	15	22	1.93
182172--182228	26	2.2	26	84	6	71	33	3	5	57	1.38
182322--182356	18	1.9	18	88	0	52	31	5	22	40	1.78

Tables:   1

The End!