Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014759.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129798, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10236
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.20, T:0.33
Warning! 6 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:8708 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 8674--9633 Score: 136
Period size: 30 Copynumber: 32.7 Consensus size: 29
8664 ACAGAGGGGC
*
8674 AAAATGGTAGTTTTGGAAGGTTCGGAATCA
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGGTTCGG-ATCA
*
8704 AAAATGAG-ATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT--
1 AAAATG-GTATTTTTGGAAGGTTC--GGATCA
*
8732 AAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGATCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTTCGGATCA
* * * *
8762 AAAATGGGATTTTTGGAA-GTTTGG-GCGT
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGGTTCGGATC-A
* *
8790 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTTCG-GATCA
** * * * **
8821 AAAA-CATAATTTGTGGAA-ATTAGGGGGC-
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTT-CGGATCA
* *
8849 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGGGGTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTTC-GGATCA
* * * *
8880 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGAGGGT--
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGGTT-CGGATCA
* *
8908 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTACGGATTA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTT-CGGATCA
* * * *
8939 AAAATGGGATTTTTTGG-AGTTTGGGGGT--
1 AAAATGGTA-TTTTTGGAAGGTT-CGGATCA
* * *
8967 AAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTATGG-TCA
1 AAAATGGT-ATTTTT-GGAAGGTT-CGGATCA
* ****
8998 AAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGGTTCGGATCA
*
9026 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGACGG-T--
1 AAAATGGT-ATTTTTGG-AAGGTT--CGGATCA
** *
9056 AAAATGGTAATTTTAAGAAGGTTCGGGGTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTTC-GGATCA
* * * * *
9087 AAAATAGAATTTATGGAA-GCTCGGGGT--
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGGTTC-GGATCA
* *
9114 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTTC-GGATCA
* * * ****
9145 AAAATTAG-ATTTTTGGGA-GATCGGGGGT
1 AAAA-TGGTATTTTTGGAAGGTTCGGATCA
* * * * *
9173 AAAATGGTAAATTTTAGAATGTTAGGGATTA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTT-CGGATCA
* * ****
9204 AAAACGGGATTTTTTGG-A-GTTCGGGGGT
1 AAAATGGTA-TTTTTGGAAGGTTCGGATCA
* *
9232 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTAATGG-TCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTT--CGGATCA
* *
9263 AAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT--
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGGTTC--GGATCA
* *
9291 AAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGGGTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTTC-GGATCA
* * * * ****
9322 AAAATAGAATTTAT-GAAAGTTCGGGGGT
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGGTTCGGATCA
* * *
9350 AAAATGGTAATTTTGGAAGGTTCGGGGTTA
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGGTTC-GGATCA
* * * * *
9380 AAATTTAG-ATTTTTTGG-AGTTTAGGGGT--
1 AAA-ATGGTA-TTTTTGGAAGGTT-CGGATCA
* * *
9408 AAAATGGTAATTTTTTGAAAGTTCGGGGTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTTC-GGATCA
* *
9439 AAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT--
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGGTTC--GGATCA
*
9467 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCAGGGAT-A
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTTC--GGATCA
* ****
9498 AAAATGAG-ATTTTTGGGA-GTTCGGGGGT
1 AAAATG-GTATTTTTGGAAGGTTCGGATCA
* *
9526 AAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGGGTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTTC-GGATCA
* *
9557 AAAATGGGATTTTTGGAA-GTTCAGGGGT--
1 AAAATGGTATTTTTGGAAGGTTC--GGATCA
* * * *
9585 AAAATGGTAATTTTCGAAATGTTCGGGTCA
1 AAAATGGT-ATTTTTGGAAGGTTCGGATCA
*
9615 AAAATGGGATTTTTGGAAG
1 AAAATGGTATTTTTGGAAG
9634 CTCGAGGGTA
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 160, Indels: 173
0.67 0.16 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 18 0.03
28 139 0.20
29 197 0.29
30 217 0.32
31 104 0.15
32 6 0.01
33 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.30, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
AAAATGGTATTTTTGGAAGGTTCGGATCA
Found at i:8753 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 8669--9046 Score: 417
Period size: 59 Copynumber: 6.4 Consensus size: 58
8659 GATGCACAGA
* * * * *
8669 GGGGCAAAATGGT-AGTTTTGGAAGGTTCGGAATCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGG-ATCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
*
8727 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGATCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGATCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
* * **** * * *
8785 GGCGTAAAATGGTAATTTTT-AGAAGGTTCGAGGTCAAAAACATAATTTGTGGAAATTAG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGA-AAGGTTCG-GATCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
* *
8844 GGGGCAAAATGGTAATTTTTGGAAA-GTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGGTTC-GGATCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
* *
8903 AGGGTAAAATGGTAATTTTT-AGAAGGTTACGGATTAAAAATGGGATTTTTTGG-AGTTTG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGA-AAGGTT-CGGATCAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTTG
* * *
8962 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTATGG-TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAGGTT-CGGATCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
9021 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAG
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTT-GAAAG
9047 TTTGACGGTA
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 35, Indels: 25
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
57 2 0.01
58 71 0.26
59 178 0.65
60 19 0.07
61 2 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.30, T:0.33
Consensus pattern (58 bp):
GGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGATCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTG
Found at i:9069 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 8712--9662 Score: 634
Period size: 59 Copynumber: 16.2 Consensus size: 59
8702 CAAAAATGAG
* * * *
8712 ATTTTTGGAAGTTCGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTC--GGATCAAAAATGG-G
1 ATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT--AAAATGGTA
* * * ***
8770 ATTTTTGGAAGTTTGGGCGT-AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGA-GGTCAAAAACATA
1 ATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAA-GTTCGAGGGT-AAAATGGTA
* * * * *
8829 ATTTGTGGAAATTAGGGGG-CAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCG-GGGTCAAAAATGG-G
1 ATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTCGAGGGT--AAAATGGTA
* * * ** *
8888 ATTTTTGGAAGTTTGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTACG-GATTAAAAATGGGA
1 ATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAA-GTT-CGAGGGT-AAAATGGTA
* * * * * *
8948 TTTTTTGG-AGTTTGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTAGAAAGTT-TATGGTCAAAAATGG-G
1 ATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTT-GGAAGTTCGAGGGT--AAAATGGTA
* *
9006 ATTTTTGGAAGTTCGGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGACGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGG-AAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
** * * *
9065 ATTTTAAGAAGGTTC-GGGGTCAAAAATAG-AATTTATGGAAGCTCG-GGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT-AAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
* * * *
9123 ATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAAT--TAGATTTTTGGGAGATCGGGGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAA-GTTCGGGGGTAAAAATGGTA-ATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
* * * ** * * * *
9182 AATTTTAGAATGTTAGGGATTAAAAACGGGATTTTTTGG-AGTTCGGGGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAA-GTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
*** *
9241 ATTTTTGGAAAGTT-AATGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGG-AAGTTCGGGGGT-AAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
* * * * *
9300 ATTTTTGAAAGGTTC-GGGGTCAAAAATAG-AATTTATGAAAGTTCGGGGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT-AAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
* * *
9359 A-TTTTGGAAGGTTC-GGGGTTAAAAT-TTAGATTTTTTGG-AGTT-TAGGGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAA-GTTCGGGGGTAAAAATGGTA-A-TTTTTGGAAGTTCGA-GGGTAAAATGGTA
* *
9417 ATTTTTTGAAAGTTC-GGGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
1 A-TTTTTGGAAGTTCGGGGGT-AAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
* * * * *
9476 ATTTTTAGAAGGTTCAGGGATAAAAAT-G-AGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAA-GTTCGGGGGTAAAAATGGTA-ATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
* *
9535 ATTTTTGAAAGGTTC-GGGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAAGTTC-AGGGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT-AAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGA-GGGTAAAATGGTA
* * * *
9594 ATTTTCGAAATGTTC--GGGTCAAAAATGG-GATTTTTGGAAGCTCGAGGGTAAAATGGTA
1 ATTTTTGGAA-GTTCGGGGGT-AAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
9652 ATTTTTGGAAG
1 ATTTTTGGAAG
9663 GTTTAGGTAC
Statistics
Matches: 730, Mismatches: 114, Indels: 99
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
57 8 0.01
58 217 0.30
59 436 0.60
60 62 0.08
61 7 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.30, T:0.34
Consensus pattern (59 bp):
ATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTA
Found at i:9232 original size:265 final size:266
Alignment explanation
Indices: 8762--9310 Score: 811
Period size: 265 Copynumber: 2.1 Consensus size: 266
8752 GTTCGGATCA
* * *
8762 AAAATGG-GATTTTTGG-AAGTTTGGGCGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTCAAAAA
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGCGCGTAAAATGGTAATTTTAAGAAGGTTCGAGGTCAAAAA
* * * * *
8825 CATAATTTGTGGAAATTAGGGGGCAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGGGAT
66 CAGAATTTATGGAAACTACGGGGCAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGAGAT
* * * *
8890 TTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTACGGATTAAAAATGGGATTTTTTG
131 TTTTGGAAGATCGAGGGTAAAATGGTAAATTTTAGAAGGTTACGGATTAAAAACGGGATTTTTTG
* *
8955 GAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTTATGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
196 GAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTAATGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
*
9020 GGGGGT
261 GAGGGT
*
9026 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGACG-GTAAAATGGTAATTTTAAGAAGGTTCGGGGTCAAAA
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTG-CGCGTAAAATGGTAATTTTAAGAAGGTTCGAGGTCAAAA
* * * * * *
9090 ATAGAATTTATGGAAGCT-CGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGA
65 ACAGAATTTATGGAAACTACGGGGCAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGAGA
* * * *
9154 TTTTTGGGAGATCGGGGGTAAAATGGTAAATTTTAGAATGTTAGGGATTAAAAACGGGATTTTTT
130 TTTTTGGAAGATCGAGGGTAAAATGGTAAATTTTAGAAGGTTACGGATTAAAAACGGGATTTTTT
*
9219 GGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTAATGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
195 GGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTAATGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTT
9284 CGAGGGT
260 CGAGGGT
9291 AAAATGGTAATTTTT-GAAAG
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAAG
9311 GTTCGGGGTC
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 27, Indels: 6
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
264 12 0.05
265 188 0.74
266 54 0.21
267 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.30, T:0.34
Consensus pattern (266 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGCGCGTAAAATGGTAATTTTAAGAAGGTTCGAGGTCAAAAA
CAGAATTTATGGAAACTACGGGGCAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGAGAT
TTTTGGAAGATCGAGGGTAAAATGGTAAATTTTAGAAGGTTACGGATTAAAAACGGGATTTTTTG
GAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTAATGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC
GAGGGT
Found at i:9264 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 9053--9665 Score: 831
Period size: 176 Copynumber: 3.5 Consensus size: 176
9043 AAAGTTTGAC
* * * * *
9053 GGTAAAATGGTAATTTTAAGAAGGTTCGGGGTCAAAAATAGAATTTATGGAAGCTCG-GGGTAAA
1 GGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTCGAGGGTAAA
*
9117 ATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGATTTTTGGGAGATCGGGGGTAAAATGGTA
66 ATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGT-
* * * * *
9182 AATTTTAGAATGTTAGGGATTAAAAACGGGATTTTTTGGAGTTCGGG
130 AATTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTTGGAGTTCAGG
* *** *
9229 GGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTAATGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAA
1 GGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTCGAGGGTAAA
* * * **
9294 ATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGGGTCAAAAA-TAGAATTTATGAAAGTTCGGGGGTAAAATGGT
66 ATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAG-ATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGT
* * ** *
9358 AATTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAATTTAGATTTTTTGGAGTTTAGG
130 AATTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTTGGAGTTCAGG
* *
9405 GGTAAAATGGTAATTTTTTGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAA
1 GGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTCGAGGGTAAA
* * * *
9470 ATGGTAATTTTTAGAAGGTTCAGGGATAAAAATGAGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTA
66 ATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTA
* *
9535 ATTTTTGAAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGA-TTTTTGGAAGTTCAGG
131 ATTTTAG-AAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTTGG-AGTTCAGG
*
9582 GGTAAAATGGTAA-TTTTCGAAATGTTC-GGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTCGAGGGTAA
1 GGTAAAATGGTAATTTTTAGAAA-GTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTCGAGGGTAA
9645 AATGGTAATTTTTGGAAGGTT
65 AATGGTAATTTTTGGAAGGTT
9666 TAGGTACCTC
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 48, Indels: 12
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 277 0.72
177 106 0.28
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (176 bp):
GGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGCTCGAGGGTAAA
ATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTA
ATTTTAGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTTGGAGTTCAGG
Found at i:9294 original size:235 final size:236
Alignment explanation
Indices: 9026--9657 Score: 826
Period size: 235 Copynumber: 2.7 Consensus size: 236
9016 GTTCGGGGGT
* * * *
9026 AAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTTGACGGTAAAATGGTAA-TTTTAAGAAGGTTCGGGGTCAAAA
1 AAAATGG-GATTTTTGG-AAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGA-AAGGTTCGGGGTCAAAA
*
9090 ATAGAATTTATGGAAGCTC-GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGA
63 ATAGAATTTATGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGA
* * *
9154 TTTTTGGGAGATCGGGGGTAAAATGGTAAATTTTAGAATGTTAGGGATTAAAAACGGGATTTTTT
128 TTTTTGGGAGATCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTAGGGATCAAAAACGGGA-TTTTT
* * *
9219 GG-AGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAGTTAATGG-TCA
192 GGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTAAGGGAT-A
9263 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGGGTCAAAAATA
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGGGTCAAAAATA
* * *
9328 GAATTTATGAAAGTTCGGGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAATTTAGATTT
66 GAATTTATGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGATTT
* * ** * * * *
9392 TTTGGAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTTGAAAGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAA
131 TTGGGAGATCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTAGGGATCAAAAACGGGATTTTTGGAA
* *
9457 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCAGGGATA
196 GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTAAGGGATA
* * * *
9498 AAAATGAGATTTTTGGGAGTTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGGGTCAAAAATG
1 AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGGGTCAAAAATA
* * * * * * **
9563 GGATTTTTGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTCGAAATGTTC-GGGTCAAAAATGGGATTT
66 GAATTTATGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGATTT
* * *
9627 TTGGAAGCTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTT
131 TTGGGAGATCGGGGGTAAAATGGTAATTTTT
9658 GGAAGGTTTA
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 44, Indels: 12
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
234 7 0.02
235 293 0.85
236 39 0.11
237 7 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.30, T:0.33
Consensus pattern (236 bp):
AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGGTTCGGGGTCAAAAATA
GAATTTATGGAAGTTCAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGATTT
TTGGGAGATCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTAGGGATCAAAAACGGGATTTTTGGAA
GTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAGTTAAGGGATA
Done.