genome.fa.s14767.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014767.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129807, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  313945

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1548--1817	72	3.8	72	86	2	319	30	15	17	35	1.92
1551--1818	144	1.9	144	84	3	360	30	15	17	35	1.92
3439--3518	19	4.0	21	74	19	73	38	0	6	55	1.25
3448--3510	20	3.2	20	80	17	78	36	0	6	57	1.24
3439--3516	39	2.0	39	85	9	106	39	0	6	53	1.26
3603--3656	28	1.9	28	82	14	67	68	1	1	27	1.10
7331--7366	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
10377--10402	12	2.2	12	100	0	52	65	0	0	34	0.93
11244--11314	31	2.3	31	87	2	99	42	21	7	29	1.79
12521--12586	31	2.2	29	79	12	73	25	7	18	48	1.74
12889--12930	15	2.5	17	81	14	52	38	0	0	61	0.96
12888--12928	16	2.5	17	76	11	50	36	0	0	63	0.95
13465--13506	17	2.6	16	88	11	59	23	2	7	66	1.28
14387--14469	34	2.4	34	91	2	130	56	1	13	28	1.45
16277--16350	31	2.3	32	81	2	105	33	10	8	47	1.68
29445--29478	5	6.6	5	90	6	50	58	0	0	41	0.98
30239--30706	233	2.0	233	97	0	891	43	9	10	35	1.73
36231--36325	11	8.7	11	71	1	57	69	8	5	16	1.32
47563--47613	24	2.1	24	85	0	66	19	13	13	52	1.73
49545--49595	24	2.1	24	92	0	84	21	11	11	54	1.68
49760--49824	29	2.2	29	97	0	121	7	1	23	67	1.25
66536--66597	20	3.2	19	80	13	72	38	0	4	56	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75970--76003	17	2.1	16	88	5	50	50	0	0	50	1.00
84546--84631	42	2.0	43	88	2	129	19	13	48	17	1.80
90598--90706	53	2.1	52	81	5	121	49	5	0	44	1.25
90655--90724	31	2.3	31	80	7	81	54	7	0	38	1.28
99774--99828	17	3.2	17	71	19	51	20	30	1	47	1.60
102830--102888	25	2.4	25	91	2	93	33	0	1	64	1.04
102862--102914	17	3.1	17	83	0	70	37	0	5	56	1.23
103580--103666	3	29.0	3	72	9	52	58	1	3	36	1.22
104786--105113	29	11.2	29	78	10	310	33	27	4	34	1.77
104782--105073	116	2.5	118	83	9	382	33	26	3	35	1.75
105177--105230	27	2.0	27	96	0	99	27	33	11	27	1.91
107663--107720	28	2.1	28	93	0	98	58	10	0	31	1.31
111151--111180	14	2.1	14	93	0	51	76	0	0	23	0.78
113312--113879	228	2.5	229	90	3	910	41	17	17	23	1.90
115987--116026	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
117287--117348	25	2.6	24	85	9	83	59	3	0	37	1.13
119505--119548	19	2.3	19	84	7	54	50	6	0	43	1.29
131053--131312	139	1.9	139	84	0	349	39	13	16	30	1.87
139546--139611	33	2.0	33	93	0	114	25	21	15	37	1.92
146360--146392	17	1.9	17	93	0	57	42	9	9	39	1.68
147677--147722	25	1.9	25	82	8	60	63	6	0	30	1.20
148858--148898	12	3.5	12	78	18	50	26	14	19	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148835--148898	23	2.7	24	85	7	87	26	12	18	42	1.86
151808--151921	25	4.4	25	79	7	111	32	27	16	23	1.96
156157--156192	18	2.0	19	89	10	58	16	19	36	27	1.93
162917--162957	21	2.0	21	85	0	55	24	4	7	63	1.40
163331--163361	15	2.1	15	100	0	62	19	25	16	38	1.92
163670--163723	25	2.2	25	80	3	65	53	3	11	31	1.53
168646--168696	24	2.1	24	85	7	68	33	0	5	60	1.21
185164--185637	133	3.6	131	81	6	521	19	11	17	52	1.73
189515--189593	19	4.2	19	75	12	74	53	2	1	43	1.22
189513--189597	38	2.2	39	85	8	120	54	2	1	42	1.21
203178--203218	3	13.7	3	94	0	73	70	0	29	0	0.87
204777--204848	36	2.0	36	81	10	85	56	12	5	25	1.57
204870--204917	21	2.2	21	85	3	60	66	14	12	6	1.42
205650--205682	15	2.2	15	89	10	50	57	0	3	39	1.14
205785--206025	132	1.8	131	89	0	374	51	9	11	27	1.68
210938--211019	30	2.7	29	81	7	101	39	1	25	34	1.64
210945--211244	60	5.0	59	80	5	298	42	2	20	34	1.65
210962--211244	30	9.4	30	82	3	264	42	2	20	34	1.64
215777--215813	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
215989--216026	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
217596--217800	105	2.0	105	81	1	241	26	26	16	30	1.96
219540--219601	18	3.7	18	77	18	62	32	1	0	66	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219552--219601	15	3.2	16	78	13	59	32	0	0	68	0.90
219539--219594	24	2.2	25	81	15	71	30	1	0	67	1.01
220200--220257	21	2.6	22	74	20	59	8	0	18	72	1.10
220208--220296	19	4.9	19	68	25	68	7	2	19	70	1.22
220213--220255	22	1.9	23	90	4	70	6	0	20	72	1.08
220205--220284	33	2.6	30	78	16	83	7	2	18	71	1.21
220211--220329	52	2.3	52	82	8	143	7	3	19	69	1.27
220260--220327	34	2.0	33	83	13	86	7	4	20	67	1.33
220321--220378	12	4.9	12	78	4	64	6	6	18	67	1.37
220339--220389	23	2.2	23	92	0	84	5	5	21	66	1.35
220321--220395	35	2.1	36	82	7	91	6	5	21	66	1.35
229198--229230	12	2.5	14	90	9	52	42	0	3	54	1.15
230178--230222	7	6.4	7	100	0	90	28	0	57	13	1.36
231388--231446	29	2.0	29	86	3	82	30	1	8	59	1.37
231605--231671	31	2.3	27	79	18	73	40	11	13	34	1.81
234443--234509	29	2.3	29	97	0	125	52	11	4	31	1.58
245932--246070	69	2.0	69	92	2	235	45	7	15	31	1.74
246344--246375	16	2.0	16	100	0	64	37	18	18	25	1.94
246769--246831	30	2.1	30	91	5	101	55	17	3	23	1.56
248635--248740	25	4.5	22	73	15	70	13	29	18	38	1.89
248646--248741	25	3.9	24	75	13	88	15	28	18	37	1.92
248646--248738	48	1.9	48	84	4	125	15	29	19	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251656--251945	95	3.1	95	96	0	528	25	10	23	40	1.86
255677--255779	23	4.4	23	85	4	125	38	21	28	11	1.88
255677--255779	48	2.2	46	84	3	125	38	21	28	11	1.88
258486--258539	25	2.2	25	83	6	65	40	16	31	11	1.84
258483--258586	23	4.4	23	75	9	95	42	20	25	11	1.86
260792--260846	27	2.0	27	100	0	110	38	3	29	29	1.74
261710--261738	8	3.8	8	90	9	51	24	0	0	75	0.80
261710--261738	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
264765--264797	14	2.3	15	89	5	50	78	0	3	18	0.87
271796--271837	21	2.0	22	85	4	59	50	11	4	33	1.60
275381--275427	24	2.0	24	83	8	60	59	10	2	27	1.42
285577--285649	26	2.8	26	93	2	119	43	21	23	10	1.84
285631--285676	23	2.0	23	95	0	83	41	30	15	13	1.85
285637--285740	23	4.6	22	79	7	93	38	25	23	12	1.90
285699--285775	23	3.3	23	87	0	100	44	18	24	12	1.85
287134--287169	14	2.6	14	100	0	72	41	22	0	36	1.54
301031--301065	19	1.9	18	88	11	54	45	0	2	51	1.16
301459--301518	17	3.4	17	77	13	59	35	0	1	63	1.05
312505--312570	33	2.0	33	82	5	80	31	7	18	42	1.78

Tables:   1

The End!