Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014820.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129862, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 421648
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.33
Warning! 294 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:421259 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 421235--421343 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 5.3 Consensus size: 21
421225 GTATTGACTT
*
421235 GGTGGTGGATGAACTTGAGTA
1 GGTGGTGGATGACCTTGAGTA
* * *
421256 GGTGGCGTG-TGACCTCGAGTG
1 GGTGGTG-GATGACCTTGAGTA
* * * *
421277 GGCGGTGAATG---TTGCGTT
1 GGTGGTGGATGACCTTGAGTA
*
421295 GGTGGTGGATGAGCTTGAGTA
1 GGTGGTGGATGACCTTGAGTA
* * *
421316 GGTGGTGTACGACCTTGAGTG
1 GGTGGTGGATGACCTTGAGTA
421337 GGTGGTG
1 GGTGGTG
421344 AGGACTGTGT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 18, Indels: 10
0.70 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 13 0.20
21 51 0.78
22 1 0.02
ACGTcount: A:0.15, C:0.10, G:0.47, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
GGTGGTGGATGACCTTGAGTA
Found at i:421260 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 421196--421366 Score: 184
Period size: 60 Copynumber: 2.8 Consensus size: 59
421186 GTATTGCGTT
* *
421196 GGTGGTGGATGACTTTGAGTGGGCGGCGAGTATTGACTTGGTGGTGGATGAACTTGAGTA
1 GGTGGTGGATGACCTTGAGTGGGCGGTGAGTATTG-CTTGGTGGTGGATGAACTTGAGTA
* * * * *
421256 GGTGGCGTG-TGACCTCGAGTGGGCGGTGAATGTTGCGTTGGTGGTGGATGAGCTTGAGTA
1 GGTGGTG-GATGACCTTGAGTGGGCGGTGAGTATTGC-TTGGTGGTGGATGAACTTGAGTA
* * * *
421316 GGTGGTGTACGACCTTGAGTGGGTGGTGAGGACTGTG-TTGGTGGTGGATGA
1 GGTGGTGGATGACCTTGAGTGGGCGGTGAGTA-T-TGCTTGGTGGTGGATGA
421367 GTTTGAGTGG
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 15, Indels: 10
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
59 1 0.01
60 86 0.95
61 2 0.02
62 2 0.02
ACGTcount: A:0.15, C:0.09, G:0.46, T:0.29
Consensus pattern (59 bp):
GGTGGTGGATGACCTTGAGTGGGCGGTGAGTATTGCTTGGTGGTGGATGAACTTGAGTA
Found at i:421396 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 421329--421413 Score: 107
Period size: 39 Copynumber: 2.2 Consensus size: 39
421319 GGTGTACGAC
* ** *
421329 CTTGAGTGGGTGGTGAGGACTGTGTTGGTGGTGGATGAG
1 CTTGAGTGGGAGGTGAGGACTGCCTTGGTGGAGGATGAG
* * *
421368 TTTGAGTGGGAGGTGAGTATTGCCTTGGTGGAGGATGAG
1 CTTGAGTGGGAGGTGAGGACTGCCTTGGTGGAGGATGAG
421407 CTTGAGT
1 CTTGAGT
421414 AGGTGGTTCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 38 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.06, G:0.47, T:0.32
Consensus pattern (39 bp):
CTTGAGTGGGAGGTGAGGACTGCCTTGGTGGAGGATGAG
Found at i:421436 original size:99 final size:99
Alignment explanation
Indices: 421272--421520 Score: 286
Period size: 99 Copynumber: 2.5 Consensus size: 99
421262 GTGTGACCTC
* * * * * *
421272 GAGTGGGCGGTGAATGTTGCGTTGGTGGTGGATGAGCTTGAGTAGGTGGTGTACGACCTTGAGTG
1 GAGTGGGAGGTGAGTATTGCCTTGGTGGTGGATGAGCTTGAGTAGGTGGTGTACAAACTTGAGTG
* **
421337 GGTGGTGAG-GACTGTGTTGGTGGTGGATGAGTTT
66 GGTGGCGAGTG-CTGCATTGGTGGTGGATGAGTTT
* *
421371 GAGTGGGAGGTGAGTATTGCCTTGGTGGAGGATGAGCTTGAGTAGGTGGT-TCACAAACTTTAGT
1 GAGTGGGAGGTGAGTATTGCCTTGGTGGTGGATGAGCTTGAGTAGGTGGTGT-ACAAACTTGAGT
* * *
421435 GGGTGGCGTGTGTTGCATTGGTGGTGGATGTGTTT
65 GGGTGGCGAGTGCTGCATTGGTGGTGGATGAGTTT
* * * * * *
421470 GAATGGGTGGCGAGTATTGCCTTGGTGGTGAATGTGTTTGAGTAGGTGGTG
1 GAGTGGGAGGTGAGTATTGCCTTGGTGGTGGATGAGCTTGAGTAGGTGGTG
421521 GATGTGTTTG
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 21, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
98 1 0.01
99 124 0.98
100 1 0.01
ACGTcount: A:0.15, C:0.07, G:0.45, T:0.33
Consensus pattern (99 bp):
GAGTGGGAGGTGAGTATTGCCTTGGTGGTGGATGAGCTTGAGTAGGTGGTGTACAAACTTGAGTG
GGTGGCGAGTGCTGCATTGGTGGTGGATGAGTTT
Found at i:421477 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 421432--421648 Score: 211
Period size: 39 Copynumber: 5.5 Consensus size: 39
421422 CACAAACTTT
* *
421432 AGTGGGTGGCGTGTGTTGCATTGGTGGTGGATGTGTTTG
1 AGTGGGTGGCGGGTATTGCATTGGTGGTGGATGTGTTTG
* * * *
421471 AATGGGTGGCGAGTATTGCCTTGGTGGTGAATGTGTTTG
1 AGTGGGTGGCGGGTATTGCATTGGTGGTGGATGTGTTTG
* * * * * *
421510 AGTAGGTGGTGGATGTGTTTG-AGTGGGTGGTGGATGAGCTTG
1 AGTGGGTGGCGG--GT-ATTGCA-TTGGTGGTGGATGTGTTTG
* * *
421552 TGTGGGTGGCGGGTATTGCGTTGGTGGAGGATGTGTTTG
1 AGTGGGTGGCGGGTATTGCATTGGTGGTGGATGTGTTTG
* * * * *
421591 AATGGGTGGCGGGTATAGCCTTGGTGGTGGATGAGCTTG
1 AGTGGGTGGCGGGTATTGCATTGGTGGTGGATGTGTTTG
421630 AGTGGGTGGCGGGTATTGC
1 AGTGGGTGGCGGGTATTGC
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 33, Indels: 10
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 109 0.78
40 2 0.01
41 2 0.01
42 27 0.19
ACGTcount: A:0.12, C:0.06, G:0.48, T:0.34
Consensus pattern (39 bp):
AGTGGGTGGCGGGTATTGCATTGGTGGTGGATGTGTTTG
Found at i:421478 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 421454--421599 Score: 97
Period size: 21 Copynumber: 7.2 Consensus size: 21
421444 GTGTTGCATT
*
421454 GGTGGTGGATGTGTTTGAATG
1 GGTGGTGGATGTGTTTGAGTG
* * ** *
421475 GGTGG-CGA-GT-ATTGCCTT
1 GGTGGTGGATGTGTTTGAGTG
* *
421493 GGTGGTGAATGTGTTTGAGTA
1 GGTGGTGGATGTGTTTGAGTG
421514 GGTGGTGGATGTGTTTGAGTG
1 GGTGGTGGATGTGTTTGAGTG
* * *
421535 GGTGGTGGATGAGCTTGTGTG
1 GGTGGTGGATGTGTTTGAGTG
* * * *
421556 GGTGGCGG--GT-ATTGCGTT
1 GGTGGTGGATGTGTTTGAGTG
* *
421574 GGTGGAGGATGTGTTTGAATG
1 GGTGGTGGATGTGTTTGAGTG
421595 GGTGG
1 GGTGG
421600 CGGGTATAGC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 26, Indels: 12
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 21 0.23
19 4 0.04
20 6 0.06
21 62 0.67
ACGTcount: A:0.12, C:0.04, G:0.49, T:0.35
Consensus pattern (21 bp):
GGTGGTGGATGTGTTTGAGTG
Found at i:421518 original size:60 final size:58
Alignment explanation
Indices: 421454--421638 Score: 167
Period size: 60 Copynumber: 3.1 Consensus size: 58
421444 GTGTTGCATT
*
421454 GGTGGTGGATGTGTTTGAATGGGTGGCGAGTATTGCCTTGGTGGTGAATGTGTTTGAGTA
1 GGTGGTGGATGTGTTTGAATGGGTGGCG-GTATTGCCTTGGTGGTG-ATGAGTTTGAGTA
* * * ** * * *
421514 GGTGGTGGATGTGTTTGAGTGGGTGGTGG-A-TGAGCTTGTGTGGGTGGCGGGTATTGCGTT
1 GGTGGTGGATGTGTTTGAATGGGTGGCGGTATTG-CCTTG-GT-GGTGATGAGT-TTGAGTA
* * * *
421574 GGTGGAGGATGTGTTTGAATGGGTGGCGGGTATAGCCTTGGTGGTGGATGAGCTTGAGTG
1 GGTGGTGGATGTGTTTGAATGGGTGGC-GGTATTGCCTTGGTGGT-GATGAGTTTGAGTA
421634 GGTGG
1 GGTGG
421639 CGGGTATTGC
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 19, Indels: 16
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
57 2 0.02
58 5 0.05
59 6 0.06
60 72 0.73
61 7 0.07
62 5 0.05
63 1 0.01
ACGTcount: A:0.12, C:0.05, G:0.49, T:0.34
Consensus pattern (58 bp):
GGTGGTGGATGTGTTTGAATGGGTGGCGGTATTGCCTTGGTGGTGATGAGTTTGAGTA
Found at i:421518 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 421394--421638 Score: 303
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
421384 GTATTGCCTT
* * *
421394 GGTGGAGGATGAGCTTGAGTAGGTGGTTCACAAACTT-TAGTGGGTGGCGTGTGTTGCATTGGTG
1 GGTGGAGGATGAGCTTGAGTAGGTGGTGCACAAACTTGT-GTGGGTGGCGGGTATTGCATTGGTG
* * * *
421458 GTGGATGTGTTTGAATGGGTGGCGAGTATTGCCTTGGTGGTGAATGTGTTTGAGTA
65 GAGGATGTGTTTGAATGGGTGGCGAGTATAGCCTTGGTGGTGAATGAGCTTGAGTA
* * * * * ** * *
421514 GGTGGTGGATGTGTTTGAGTGGGTGGTGGATGAGCTTGTGTGGGTGGCGGGTATTGCGTTGGTGG
1 GGTGGAGGATGAGCTTGAGTAGGTGGTGCACAAACTTGTGTGGGTGGCGGGTATTGCATTGGTGG
* * *
421579 AGGATGTGTTTGAATGGGTGGCGGGTATAGCCTTGGTGGTGGATGAGCTTGAGTG
66 AGGATGTGTTTGAATGGGTGGCGAGTATAGCCTTGGTGGTGAATGAGCTTGAGTA
421634 GGTGG
1 GGTGG
421639 CGGGTATTGC
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 19, Indels: 2
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
120 104 0.99
121 1 0.01
ACGTcount: A:0.14, C:0.07, G:0.47, T:0.33
Consensus pattern (120 bp):
GGTGGAGGATGAGCTTGAGTAGGTGGTGCACAAACTTGTGTGGGTGGCGGGTATTGCATTGGTGG
AGGATGTGTTTGAATGGGTGGCGAGTATAGCCTTGGTGGTGAATGAGCTTGAGTA
Done.