genome.fa.s14851.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014851.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129894, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  317943

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2352--2482	36	3.6	36	90	0	199	22	25	28	24	1.99
2703--2767	33	2.1	30	86	11	87	26	10	12	50	1.72
2867--3183	29	10.8	29	76	8	250	37	24	2	35	1.69
2872--3187	59	5.4	57	76	12	218	37	25	2	35	1.70
2864--3187	88	3.7	85	77	10	282	37	25	2	34	1.70
2927--3214	59	4.9	59	79	9	243	36	24	3	35	1.72
2876--3218	117	2.9	116	80	9	324	36	24	3	35	1.72
2961--3307	59	5.9	59	70	14	168	34	25	4	36	1.75
7807--7840	14	2.4	14	90	0	50	44	32	0	23	1.54
8640--8745	31	3.4	31	78	8	126	41	1	2	53	1.26
8721--8763	19	2.1	21	83	8	54	39	2	4	53	1.34
9761--9787	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
10836--10901	25	2.7	25	72	11	64	45	0	3	51	1.16
14892--14917	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14925--14975	16	3.2	16	78	13	52	17	15	0	66	1.25
19115--19208	12	8.2	12	80	7	88	71	21	3	4	1.18
19114--19204	21	4.1	22	80	10	98	71	20	3	4	1.18
19114--19204	44	2.1	44	83	4	112	71	20	3	4	1.18
19226--19251	12	2.2	12	100	0	52	61	15	7	15	1.55
21668--21711	16	2.9	15	83	10	54	47	4	20	27	1.69
22356--22594	120	2.0	119	85	4	320	31	15	23	29	1.95
25785--25819	14	2.4	14	90	9	52	22	2	0	74	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28741--28807	32	2.2	32	86	5	93	46	16	8	28	1.77
29004--29075	33	2.2	33	84	0	90	27	23	8	40	1.83
35668--35706	17	2.3	17	90	0	60	15	12	25	46	1.81
36169--36200	7	4.6	7	100	0	64	12	12	0	75	1.06
51063--51098	4	9.0	4	100	0	72	50	25	0	25	1.50
52113--52154	20	2.1	20	86	0	57	40	16	35	7	1.76
64867--64956	47	1.9	47	86	8	130	20	37	3	38	1.69
66948--67003	29	1.9	29	88	0	85	19	14	16	50	1.79
68601--68742	26	6.0	26	63	21	87	28	25	15	30	1.96
68610--68799	45	4.2	45	85	2	211	28	24	15	31	1.95
71317--71379	29	2.1	30	94	5	119	41	6	0	52	1.27
82642--82865	88	2.5	91	82	7	255	36	8	17	36	1.82
83651--83761	58	1.9	58	85	5	154	30	18	18	31	1.96
83798--83831	16	2.1	16	88	0	50	23	8	2	64	1.36
84374--84428	22	2.5	22	80	8	60	34	0	1	63	1.05
86464--86518	28	2.0	27	86	13	76	41	0	3	54	1.18
86493--86539	6	8.0	6	83	4	60	48	4	0	46	1.21
86493--86523	11	2.7	11	95	5	53	48	0	0	51	1.00
86466--86550	17	4.9	17	79	2	80	45	2	2	49	1.27
87162--87221	16	4.0	16	73	20	58	65	5	1	28	1.23
87172--87242	13	5.7	13	77	4	67	64	2	1	30	1.16
93955--94063	17	6.4	16	77	11	94	44	1	3	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93973--94063	6	15.8	6	71	13	66	43	2	3	50	1.30
93981--94063	23	3.6	23	77	9	71	44	2	3	49	1.32
94000--94063	29	2.2	29	77	5	76	46	3	1	48	1.27
94690--94737	16	3.1	16	82	11	55	64	4	2	29	1.23
95880--96275	29	13.5	30	71	16	137	38	22	2	37	1.66
95880--96014	30	4.5	29	76	17	107	38	18	1	41	1.60
95970--96281	28	10.8	27	72	12	121	37	24	2	35	1.68
95963--96179	30	7.4	28	72	13	118	39	22	1	36	1.63
95953--96219	58	4.6	57	79	11	247	37	22	1	37	1.66
95935--96255	117	2.7	118	79	11	304	38	23	1	36	1.66
96186--96311	28	4.4	29	82	3	105	32	26	6	34	1.82
96571--96974	30	13.8	29	71	16	194	34	23	3	38	1.73
96567--96892	30	11.1	29	75	16	214	35	24	3	35	1.74
96609--96892	59	4.8	56	74	17	192	36	24	3	35	1.73
96680--96856	58	3.1	56	81	8	180	36	25	2	35	1.69
96815--97009	59	3.4	57	77	8	196	30	22	6	41	1.78
96629--96950	29	10.9	30	73	14	163	35	24	3	37	1.72
96609--96975	147	2.5	146	81	6	373	35	22	3	38	1.72
104196--104239	20	2.3	20	88	7	65	61	0	4	34	1.16
104657--104702	19	2.3	20	82	10	60	69	2	2	26	1.11
117370--117404	16	2.2	16	90	10	54	54	2	20	22	1.58
121941--122019	17	4.3	18	73	14	65	51	3	2	41	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125567--125599	10	3.4	10	91	4	50	33	12	0	54	1.37
139155--139200	18	2.6	18	92	0	74	39	0	19	41	1.52
140289--140323	17	2.0	18	88	5	54	17	14	34	34	1.90
140535--140625	38	2.4	38	94	0	164	26	14	21	37	1.92
143639--143716	26	3.0	26	86	0	102	32	14	24	29	1.94
164317--164356	21	1.9	21	84	0	53	35	22	10	32	1.87
165031--165289	52	4.7	54	81	12	287	35	22	13	27	1.93
165126--165289	61	2.8	61	85	8	220	36	21	13	28	1.91
165082--165289	113	1.8	114	93	1	364	36	22	13	27	1.92
172280--172336	13	4.3	12	76	12	51	36	1	1	59	1.18
172268--172325	28	2.1	28	86	0	80	39	1	1	56	1.19
172296--172338	19	2.3	19	80	8	52	41	0	0	58	0.98
172301--172336	12	2.9	12	88	8	54	38	0	0	61	0.96
174924--175475	275	2.0	275	96	0	1005	41	15	7	34	1.76
176882--177010	58	2.2	58	84	1	168	39	20	5	34	1.75
176973--177011	10	3.8	10	82	3	51	35	20	2	41	1.66
176930--177061	68	1.9	68	95	0	237	37	20	4	37	1.73
177001--177117	49	2.4	49	86	1	164	38	18	4	38	1.71
177022--177110	25	3.6	23	76	18	81	38	17	3	40	1.67
177112--177224	23	4.9	23	80	2	129	48	14	4	32	1.63
177215--177254	20	2.1	19	90	4	62	50	20	0	30	1.49
177645--177718	36	2.1	36	84	0	94	33	25	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180107--180199	31	3.0	31	85	0	123	31	17	8	43	1.79
188048--188086	18	2.2	18	85	0	51	61	0	0	38	0.96
188247--188292	23	2.0	23	91	0	74	52	2	0	45	1.13
189213--189259	17	2.8	17	76	20	53	55	2	2	40	1.24
190311--190363	17	3.2	17	81	2	63	45	0	0	54	0.99
190336--190401	26	2.4	29	85	14	95	50	0	0	50	1.00
195902--196032	62	2.2	59	87	4	181	49	9	7	32	1.64
196444--196627	91	2.0	91	95	0	332	29	20	9	41	1.83
200131--200195	33	2.0	33	100	0	130	23	21	12	43	1.86
207860--207891	16	1.9	17	93	6	57	12	3	0	84	0.74
223923--223949	4	6.8	4	100	0	54	0	0	22	77	0.76
225476--225525	12	4.2	12	78	0	64	6	4	20	70	1.25
225435--225520	24	3.8	24	71	9	72	9	6	19	63	1.46
225504--225543	20	2.0	20	95	0	71	7	0	25	67	1.16
236638--236691	20	2.6	21	77	14	58	38	5	0	55	1.23
238798--238856	31	1.9	31	89	6	93	38	10	13	37	1.79
248577--248627	7	6.6	7	79	20	57	35	1	0	62	1.06
249879--249941	30	2.1	30	85	5	83	63	3	3	30	1.25
250212--250255	23	1.9	23	85	0	61	54	0	2	43	1.12
250451--250511	17	3.7	15	73	23	59	36	1	1	60	1.16
251085--251114	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
252468--252507	18	2.2	18	86	0	53	67	2	0	30	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263534--263587	15	3.7	14	79	16	56	51	5	0	42	1.25
264801--264849	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
276114--276144	4	7.8	4	92	0	53	74	3	0	22	0.96
276741--276773	14	2.3	15	90	10	52	9	9	0	81	0.87
276743--276773	13	2.3	14	94	5	55	6	9	0	83	0.79
277174--277240	29	2.3	30	76	7	75	44	13	13	28	1.81
292817--292861	22	2.0	22	100	0	90	55	17	0	26	1.42
297897--297928	6	5.3	6	92	0	55	18	46	15	18	1.84
312074--312134	31	2.0	31	81	12	72	31	11	3	54	1.52
312225--312268	22	2.0	22	82	8	54	54	0	2	43	1.12

Tables:   1   2