Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01014856.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129899, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18915
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Found at i:1221 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 1208--1232 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 3.1 Consensus size: 8
1198 AAATAACGAA
1208 AGAAATTG
1 AGAAATTG
1216 AGAAATTG
1 AGAAATTG
1224 AGAAATTG
1 AGAAATTG
1232 A
1 A
1233 ACTTACAAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 17 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (8 bp):
AGAAATTG
Found at i:7122 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 7060--7129 Score: 83
Period size: 30 Copynumber: 2.4 Consensus size: 29
7050 CACTTTCATA
* *
7060 AATTTAAAATTT-A-GTCTCTATATTGTT
1 AATTTAAAATTTAATCTCTCTACATTGTT
7087 AATTTAAACATTTAATCTCTCTACATT-TT
1 AATTTAAA-ATTTAATCTCTCTACATTGTT
7116 AGATTTAAAATTTA
1 A-ATTTAAAATTTA
7130 GAACCAACCG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 6
0.82 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
27 8 0.22
28 4 0.11
29 9 0.24
30 16 0.43
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (29 bp):
AATTTAAAATTTAATCTCTCTACATTGTT
Found at i:11365 original size:39 final size:37
Alignment explanation
Indices: 11288--11376 Score: 106
Period size: 39 Copynumber: 2.3 Consensus size: 37
11278 TCACTTTAAT
* * *
11288 ATTAAATTAATATAATATTTATCAAGATAAATATTAG
1 ATTAAATTAATAGAATATTTATCAAAATAAACATTAG
* *
11325 ATTAAATTAATAGAATGTTATCTACAAAATAAACATTAG
1 ATTAAATTAATAGAATATT-TAT-CAAAATAAACATTAG
11364 ATTAAATTTAATA
1 ATTAAA-TTAATA
11377 TTAAGATAAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 3
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
37 17 0.39
38 2 0.05
39 19 0.43
40 6 0.14
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (37 bp):
ATTAAATTAATAGAATATTTATCAAAATAAACATTAG
Found at i:13147 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 13135--13161 Score: 54
Period size: 7 Copynumber: 3.9 Consensus size: 7
13125 TCAATTTTAA
13135 AAATTTT
1 AAATTTT
13142 AAATTTT
1 AAATTTT
13149 AAATTTT
1 AAATTTT
13156 AAATTT
1 AAATTT
13162 ATTTAATCTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 20 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (7 bp):
AAATTTT
Found at i:14367 original size:338 final size:336
Alignment explanation
Indices: 13752--15165 Score: 1561
Period size: 318 Copynumber: 4.3 Consensus size: 336
13742 TTTCGGGTAC
* * * *
13752 AATATTATAAATTTATATGATTTTATACATATTAGTAATTCGTTTTATGTAATTTTTA-TTTTTA
1 AATATTATAAATTTATATGATTTTGTACATATTATTAATTCGTTTTATGTACTTTTGAGTTTTTA
* * *
13816 AATATATATT-T-ATTATTTATTATT-TTTTTT-ACGTGATATGTTTTTATTA-TTTTAAATTCT
66 AATAT-TTTTGTCATTATTTATT-TTATTTTTTCACGTGATATATTTTTATTATTTTTAAATTTT
* * * * * *
13876 TTATCATGTTTATGTTAACTCTATCATAGTAATTTAATTTTAATTTTAATATAATTT--AAAATT
129 TTATAATGTTTATGTTAACTCTATCGTACTAATTTAGTTTTAACTTTAATATCATTTAAAAAATT
* * *
13939 T-ATTCTGATTTTACAAAAGATTCTAAAATTAATAGCCGAGAAAATTGTTGTCTTTCAATTCCTC
194 TAATTCTGATTTTACAAAAGATTCCAAAATTAATTGCCGAGAAAATTGTTGTCTTTCCATTCCTC
** *
14003 ATATTTTCACAATGTTTTGGTTTTCTAGAAATATGTTGATGTCATTTTTATTATGATGGTGTTAC
259 A-ATTTTCACAATGTTTTAATTTTCTAGAAATATGTTGATGTCATTTTTATTATGTTGGTGTTAC
14068 TTTCGTGAACTCAA
323 TTTCGTGAACTCAA
* *
14082 AATATTATAAATTTATATAACTTTGTACATATTATTAATTCGTTTTATGTACTTTTGAGTTCTTT
1 AATATTATAAATTTATATGATTTTGTACATATTATTAATTCGTTTTATGTACTTTTGAGTT-TTT
* * *
14147 AACATATTTTTGTCATTATTTATTTTATTTTTTCCACGTGATATATTTTTACTATTATT-ACTTT
65 AA-ATATTTTTGTCATTATTTATTTTATTTTTT-CACGTGATATATTTTTATTATTTTTAAATTT
* * * * * *
14211 TTTATAATGTTTCA-GTTTATTCTATCGTAGTAGTCTAGTTTTAATTTTAATATCATTTAAAAAA
128 TTTATAATGTTT-ATGTTAACTCTATCGTACTAATTTAGTTTTAACTTTAATATCATTTAAAAAA
*
14275 TTTAATTC-GATTTTACAAAAGATTCCAAAATTAATTGCCGAGAAGATTGTTGTCTTTCCATTCC
192 TTTAATTCTGATTTTACAAAAGATTCCAAAATTAATTGCCGAGAAAATTGTTGTCTTTCCATTCC
* * * *
14339 TCAACTTTTCACAATATTTTGATTTTCTAGAAATATGTTGATGTTATTTTTATTATGTTGGTATT
257 TCAA-TTTTCACAATGTTTTAATTTTCTAGAAATATGTTGATGTCATTTTTATTATGTTGGTGTT
* *
14404 ACTTTTGTGAATTCAA
321 ACTTTCGTGAACTCAA
* * * *
14420 AGTATTATAATTTTATATGATTTTGTACATATTTTTAATTCGTTTTATGTAATTTTTGAGTTTTT
1 AATATTATAAATTTATATGATTTTGTACATATTATTAATTCGTTTTATGT-ACTTTTGAGTTTTT
* *
14485 ---TA--------A-TA---A----ATTTTTGTCAGGTGATATATTTTTATTATTTTT-AATTAT
65 AAATATTTTTGTCATTATTTATTTTATTTTT-TCACGTGATATATTTTTATTATTTTTAAATTTT
* * *
14530 TTATCATGTTTATGTTAACTCTATCGTACTAATTTAGTTTTAACTTTAATATCGTTTAAAGAATT
129 TTATAATGTTTATGTTAACTCTATCGTACTAATTTAGTTTTAACTTTAATATCATTTAAAAAATT
* *
14595 TAA-TCTGATTTTACAAAAGATTCTAAAATTAATTGTCGAGAAAATTGTTGTCTTTCCATTCCTC
194 TAATTCTGATTTTACAAAAGATTCCAAAATTAATTGCCGAGAAAATTGTTGTCTTTCCATTCCTC
* *
14659 AAATTTTCACAATGTTTTAATTTTCTAGAAATATGTTCATGTCATTTTTATTATGTTGATGTTAC
259 -AATTTTCACAATGTTTTAATTTTCTAGAAATATGTTGATGTCATTTTTATTATGTTGGTGTTAC
*
14724 TTTTGTGAACTCAA
323 TTTCGTGAACTCAA
* *
14738 AATATTATAAATTTATCTGATTTTGTACATATTATTAA------TT-TG---TTTT-A---TCT-
1 AATATTATAAATTTATATGATTTTGTACATATTATTAATTCGTTTTATGTACTTTTGAGTTTTTA
* * * *
14788 AATA--TTTGACCTT-TTTAATATATTTTTGTCACGTGATATATTTTTATTATTTTTAAAATTTT
66 AATATTTTTGTCATTATTTATTTTATTTTT-TCACGTGATATATTTTTATTATTTTT-AAATTTT
* * * * * * * *
14850 TTATAATGTTTCA-GGTAATTATATTGTAGTAATCTAGTTTTAACTTTAATATCGTTTCAAAAAT
129 TTATAATGTTT-ATGTTAACTCTATCGTACTAATTTAGTTTTAACTTTAATATCATTTAAAAAAT
* * * * * ** *
14914 TTAA-TATGATTTTAAAAAAGATTTCAAAATTAATTACCGAGAAAACTACTCTCTTTCCATTCCT
193 TTAATTCTGATTTTACAAAAGATTCCAAAATTAATTGCCGAGAAAATTGTTGTCTTTCCATTCCT
*
14978 CAATTTTTCACAATGTTTTAATTTTCTAGAAATATGTTGATATCATTTTTATTATGTTGGTGTTA
258 CAA-TTTTCACAATGTTTTAATTTTCTAGAAATATGTTGATGTCATTTTTATTATGTTGGTGTTA
*
15043 CTTTCGTGAAGTCAA
322 CTTTCGTGAACTCAA
* * *
15058 ATTATTATAAA-TT-TATGATTTTGTATATATTATTAATTTGTTTTATGTAACTTTTGAGTTTTT
1 AATATTATAAATTTATATGATTTTGTACATATTATTAATTCGTTTTATGT-ACTTTTGAG-TTTT
*
15121 TAATATATTTTTGTCATTATTTATTTTATTTCTGTCACGTGATAT
64 TAA-ATATTTTTGTCATTATTTATTTTATTT-TTTCACGTGATAT
15166 GTAATATCCC
Statistics
Matches: 921, Mismatches: 102, Indels: 113
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
303 2 0.00
305 2 0.00
306 1 0.00
307 4 0.00
311 2 0.00
312 3 0.00
314 1 0.00
317 3 0.00
318 300 0.33
319 7 0.01
320 194 0.21
321 1 0.00
322 1 0.00
324 2 0.00
325 4 0.00
326 1 0.00
329 4 0.00
330 53 0.06
331 2 0.00
332 8 0.01
333 7 0.01
334 20 0.02
335 1 0.00
336 71 0.08
337 5 0.01
338 186 0.20
339 35 0.04
340 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.09, T:0.51
Consensus pattern (336 bp):
AATATTATAAATTTATATGATTTTGTACATATTATTAATTCGTTTTATGTACTTTTGAGTTTTTA
AATATTTTTGTCATTATTTATTTTATTTTTTCACGTGATATATTTTTATTATTTTTAAATTTTTT
ATAATGTTTATGTTAACTCTATCGTACTAATTTAGTTTTAACTTTAATATCATTTAAAAAATTTA
ATTCTGATTTTACAAAAGATTCCAAAATTAATTGCCGAGAAAATTGTTGTCTTTCCATTCCTCAA
TTTTCACAATGTTTTAATTTTCTAGAAATATGTTGATGTCATTTTTATTATGTTGGTGTTACTTT
CGTGAACTCAA
Done.