genome.fa.s14870.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014870.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129913, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  345502

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 123 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83--301	111	2.0	111	99	0	429	34	17	14	33	1.90
1649--1697	15	3.3	15	79	0	53	71	0	26	2	0.97
1651--1710	21	2.8	21	82	7	68	70	1	26	1	1.07
2109--2156	17	2.8	17	77	0	51	22	16	8	52	1.71
6960--7059	47	2.1	47	98	0	191	40	14	16	30	1.87
10996--11024	14	2.1	14	100	0	58	41	20	0	37	1.53
11762--11836	26	2.9	25	78	5	87	44	8	14	33	1.75
25372--25664	146	2.0	146	100	0	586	34	16	25	23	1.95
25903--25938	17	2.1	17	90	10	56	61	0	0	38	0.96
26110--26184	37	2.0	37	97	0	141	34	13	5	46	1.66
38198--38285	42	2.1	42	84	0	113	29	22	28	19	1.98
48544--48635	47	1.9	48	95	2	168	48	6	5	39	1.52
49098--49758	332	2.0	332	92	2	1105	47	5	5	41	1.49
57175--57235	27	2.3	27	91	0	95	47	0	11	40	1.40
59266--59306	15	2.7	15	88	3	64	48	17	7	26	1.73
60950--61113	37	4.4	36	78	9	161	34	24	22	18	1.96
60933--61153	38	5.9	38	76	8	191	36	24	22	17	1.95
60951--61184	75	3.1	75	83	7	246	35	25	21	17	1.95
64215--64286	36	2.0	36	97	0	135	50	20	11	18	1.77
64215--64274	21	3.2	20	65	34	51	48	20	13	18	1.81
66452--66492	21	2.0	21	85	9	57	51	0	7	41	1.30
72504--72540	17	2.1	18	90	5	58	29	32	10	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76511--76553	21	2.0	21	86	0	59	39	20	6	32	1.80
76540--76586	14	3.4	14	82	8	60	46	21	6	25	1.74
76653--76735	14	5.9	14	70	8	51	21	4	33	39	1.75
76593--76734	21	6.8	21	76	2	115	24	6	30	38	1.80
76675--76741	7	9.6	7	75	10	57	19	2	34	43	1.66
80606--80686	41	2.0	41	83	7	103	30	22	9	37	1.87
82435--82469	18	1.9	18	94	0	61	20	8	22	48	1.76
89925--89959	18	1.9	18	94	0	61	20	8	22	48	1.76
93994--94087	30	3.1	29	77	7	91	41	17	5	36	1.72
94011--94145	30	4.5	30	76	7	98	39	20	3	37	1.70
101144--101183	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
101218--101343	39	3.2	39	95	2	227	39	34	2	23	1.68
101218--101363	78	1.9	78	87	7	217	39	34	2	22	1.69
102192--102350	29	5.6	29	74	16	118	38	23	4	33	1.75
103827--103861	5	6.6	5	90	9	52	77	2	0	20	0.90
104889--104938	25	2.0	26	88	4	75	42	12	22	24	1.87
104924--104948	13	1.9	13	100	0	50	36	24	24	16	1.94
113502--113566	31	2.1	31	91	5	105	27	16	12	43	1.84
117874--118098	52	4.3	52	86	0	279	29	15	23	31	1.95
119057--119082	13	2.0	13	100	0	52	61	7	15	15	1.55
119924--120032	52	2.1	52	91	0	173	33	16	21	29	1.95
120036--120142	52	2.1	52	85	3	144	28	16	23	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119944--120116	92	1.9	92	90	2	276	31	17	22	28	1.96
120132--120175	20	2.2	20	100	0	88	27	18	18	36	1.94
120800--120850	21	2.4	21	80	6	59	31	9	21	37	1.86
122539--122653	50	2.3	50	87	3	160	33	20	26	20	1.97
122755--123045	39	7.4	40	72	8	211	33	25	16	25	1.96
122732--123026	79	3.7	78	86	1	383	32	24	18	24	1.97
124495--124593	30	3.2	30	77	8	101	36	25	5	33	1.78
124537--124683	30	4.8	31	69	10	97	36	23	4	36	1.76
124523--124611	30	2.9	29	79	9	97	38	23	3	34	1.72
137941--138204	52	5.1	52	84	0	321	30	16	22	30	1.96
140884--141016	49	2.7	49	80	9	153	33	17	24	24	1.96
141087--141318	39	5.9	40	76	3	211	34	23	16	26	1.95
141071--141279	79	2.6	79	86	0	292	32	24	16	26	1.96
141371--141430	30	2.0	30	100	0	120	43	16	23	16	1.87
141802--141837	4	9.2	4	87	6	56	75	2	0	22	0.94
142776--142867	30	3.0	29	76	7	85	38	26	4	31	1.76
169583--169634	21	2.5	20	75	3	59	38	11	26	23	1.89
169992--170022	15	2.1	15	94	5	55	58	0	6	35	1.24
169991--170028	13	2.8	14	85	14	53	52	0	7	39	1.31
170434--170488	23	2.2	27	84	12	73	49	7	3	40	1.48
170445--170496	27	2.0	26	88	11	79	46	5	5	42	1.51
170850--170905	19	3.4	16	77	18	53	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174848--174935	44	2.0	44	97	0	167	22	12	18	46	1.82
187340--187379	18	2.2	18	100	0	80	40	30	10	20	1.85
191626--191656	13	2.3	14	94	5	55	12	9	0	77	0.99
196633--196742	42	2.5	42	82	7	112	53	1	7	37	1.39
196685--196744	28	2.1	29	81	6	70	51	1	6	40	1.38
197028--197065	18	2.2	17	86	9	51	34	2	13	50	1.55
197309--197356	24	1.9	26	83	8	64	60	10	12	16	1.58
207227--207288	21	3.0	21	79	13	74	24	20	8	46	1.77
207643--207688	19	2.5	19	82	3	58	36	0	0	63	0.95
215084--215204	6	19.3	6	81	9	66	71	3	7	18	1.24
215132--215165	15	2.3	15	89	0	50	76	0	2	20	0.92
218073--218124	22	2.5	20	84	6	59	80	0	0	19	0.71
218072--218125	6	9.2	6	81	6	58	77	0	0	22	0.76
227755--227798	4	10.5	4	80	9	52	52	2	2	43	1.26
227754--227800	9	5.4	9	82	12	55	53	2	2	42	1.25
227755--227804	13	3.9	13	80	12	59	54	2	2	42	1.23
234032--234074	18	2.4	18	84	0	50	67	0	0	32	0.91
234052--234083	2	17.0	2	87	12	50	53	0	0	46	1.00
236849--236874	9	2.9	9	100	0	52	0	11	42	46	1.40
236913--236953	15	2.9	14	82	7	55	29	0	39	31	1.57
239411--239453	21	2.0	22	82	13	54	30	16	4	48	1.66
243682--243739	17	3.2	18	81	16	59	1	18	1	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253671--253741	37	1.9	37	94	0	124	38	15	19	26	1.92
254067--254118	27	2.0	25	85	10	70	46	0	1	51	1.12
255309--255351	20	2.2	20	86	0	59	34	13	23	27	1.93
255901--256549	322	2.0	322	98	0	1253	34	17	19	28	1.95
258357--258455	41	2.4	40	80	6	101	28	23	22	26	1.99
263723--263763	21	2.0	21	85	0	55	34	21	24	19	1.97
263736--263798	14	4.5	14	74	7	65	31	22	22	23	1.98
271679--271899	110	2.0	112	85	7	299	38	15	13	32	1.87
272251--272328	32	2.4	32	80	4	84	71	1	6	20	1.15
272439--272499	31	2.0	31	83	6	79	54	4	6	34	1.48
279561--279595	7	5.0	7	100	0	70	28	0	57	14	1.38
280050--280084	15	2.2	16	90	5	54	40	0	0	60	0.97
281354--281399	19	2.3	20	92	3	76	47	0	23	28	1.52
292772--292822	23	2.3	23	83	12	63	43	1	3	50	1.31
297791--297854	26	2.4	27	84	7	87	20	17	35	26	1.94
300470--300494	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
311779--311997	26	8.5	26	76	3	192	30	26	14	27	1.95
311852--312033	25	7.2	25	76	8	161	31	25	14	28	1.95
311826--311997	51	3.4	51	86	2	211	31	27	14	26	1.95
311765--312033	77	3.5	76	77	4	216	31	26	13	28	1.94
315189--315275	32	2.7	32	83	3	122	37	27	16	18	1.92
315502--315550	24	2.0	24	84	0	62	20	12	12	55	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
316245--316319	36	2.1	36	87	0	105	33	12	10	44	1.76
321794--321986	96	2.0	96	100	0	386	39	14	10	35	1.80
331002--331086	38	2.2	38	79	4	91	34	23	17	24	1.96
334295--334576	24	11.8	24	78	0	222	20	26	17	36	1.94
334290--334588	72	4.2	72	78	1	267	21	26	16	36	1.94
335263--335291	13	2.1	14	93	6	51	3	20	0	75	0.94
335259--335306	19	2.5	20	82	6	62	12	18	0	68	1.20
340741--340784	3	15.0	3	90	4	72	31	0	2	65	1.05
340752--340790	9	4.5	8	93	6	51	33	0	0	66	0.92
342495--342558	18	3.6	18	80	4	76	23	15	26	34	1.95

Tables:   1   2