genome.fa.s14879.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014879.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129922, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  283654

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3478--3520	21	2.0	21	86	0	59	27	32	23	16	1.96
3533--3593	21	2.9	21	87	0	86	29	26	19	24	1.99
17922--17969	23	2.1	23	92	0	78	18	10	27	43	1.82
18731--18772	18	2.4	19	88	11	63	47	9	0	42	1.36
19565--19610	16	2.9	16	87	9	60	69	4	6	19	1.28
20014--20094	24	3.4	24	94	0	144	32	14	37	16	1.89
26800--26917	47	2.7	42	78	10	132	26	11	25	37	1.89
26885--27111	46	5.0	45	80	10	236	25	15	25	33	1.95
27519--27552	17	1.9	18	88	5	52	79	0	20	0	0.73
27519--27572	18	3.1	18	81	7	58	72	0	25	1	0.95
28393--28436	21	2.0	23	91	8	74	65	2	4	27	1.23
28396--28451	21	2.5	22	80	8	60	62	5	7	25	1.42
41276--42266	200	5.0	200	84	2	1251	36	18	23	22	1.95
41896--42257	194	1.9	194	86	0	526	35	18	22	22	1.95
42644--42710	6	11.3	6	76	9	66	43	0	2	53	1.16
42644--42719	24	3.1	24	76	12	75	43	1	2	52	1.23
42611--42708	17	5.6	18	82	10	98	38	0	6	55	1.25
43355--43399	3	15.0	3	90	0	72	64	2	2	31	1.18
44467--44580	29	3.9	29	78	10	108	31	23	5	39	1.77
46003--46049	21	2.2	21	88	3	67	36	2	23	38	1.67
46478--46546	34	2.0	34	82	0	84	20	18	23	37	1.94
47832--47903	21	3.4	21	96	0	126	23	20	34	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50267--50295	15	1.9	15	100	0	58	62	13	6	17	1.52
54645--54700	17	3.3	16	73	16	51	23	12	10	53	1.69
55246--55275	15	2.1	14	93	6	51	90	0	10	0	0.47
55246--55275	11	2.7	11	94	0	51	90	0	10	0	0.47
55865--55956	36	2.5	37	79	10	91	25	19	18	36	1.94
55966--55990	13	1.9	13	100	0	50	32	12	8	48	1.69
60327--60371	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
63927--63964	12	3.0	13	85	14	53	21	0	0	78	0.74
65410--65454	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
66263--66308	21	2.2	21	100	0	92	17	8	0	73	1.07
66253--66306	15	3.6	15	77	5	56	16	9	0	74	1.07
69854--69908	27	2.0	27	96	0	101	40	12	3	43	1.60
70304--70350	20	2.5	19	72	6	51	65	0	2	31	1.04
70541--70586	18	2.4	20	85	7	60	60	0	0	39	0.97
71470--71535	27	2.6	25	80	15	80	31	7	0	60	1.25
71461--71509	18	2.8	17	76	14	55	28	6	0	65	1.16
72611--72645	16	2.1	17	89	5	54	51	0	0	48	1.00
72953--73017	22	2.9	23	77	13	64	64	1	6	27	1.26
90951--91065	9	12.6	9	68	17	58	65	2	1	30	1.16
90958--91013	29	1.9	29	85	7	78	64	0	1	33	1.04
95129--95199	25	2.8	26	78	4	83	32	11	11	45	1.75
98214--98471	47	5.5	47	79	1	248	19	22	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98214--98455	94	2.6	94	85	1	306	20	22	26	30	1.98
98458--98564	40	2.7	40	86	0	160	19	26	25	28	1.99
102743--102790	19	2.5	19	82	3	60	20	18	16	43	1.88
112843--112887	23	2.0	23	86	0	63	42	24	15	17	1.88
113782--113834	22	2.4	22	87	0	70	39	22	24	13	1.90
114482--114541	30	2.0	30	100	0	120	46	6	3	43	1.46
116946--116976	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
117608--117823	50	4.3	50	69	17	146	44	2	7	44	1.45
117645--117890	51	4.9	49	70	13	144	44	2	8	44	1.49
118253--118303	4	12.8	4	82	0	66	19	21	3	54	1.60
118257--118310	16	3.4	16	84	0	63	18	22	5	53	1.65
118257--118310	8	6.8	8	82	0	54	18	22	5	53	1.65
127308--127363	27	2.1	27	100	0	112	37	14	3	44	1.62
127308--127376	27	2.6	27	90	4	86	37	14	7	40	1.74
132212--132254	8	5.1	8	83	10	59	83	2	9	4	0.87
132216--132256	17	2.5	17	77	18	50	82	2	7	7	0.91
132227--132268	21	2.0	22	85	4	59	80	0	9	9	0.89
132676--132840	42	3.9	42	84	3	206	23	15	23	38	1.93
132676--132831	84	1.9	84	90	0	249	23	15	23	37	1.93
133242--133273	11	2.8	11	95	4	55	0	18	0	81	0.70
133294--133327	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
133864--133910	18	2.4	21	82	13	64	34	2	6	57	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133873--134386	149	3.5	146	84	9	640	44	3	9	43	1.52
134007--134261	137	1.9	136	95	0	465	43	2	9	43	1.50
134313--134352	20	2.0	20	90	0	62	47	7	2	42	1.45
133873--134431	289	1.9	285	84	4	748	44	3	9	42	1.52
135413--135892	242	2.0	238	88	1	699	36	7	13	42	1.73
136882--136923	22	1.9	22	90	0	66	52	26	7	14	1.67
137341--137405	26	2.5	26	87	5	87	24	26	21	27	1.99
137446--137532	19	4.6	19	82	2	113	22	28	19	28	1.98
141411--141513	24	4.1	24	80	9	116	25	25	20	29	1.99
142687--142721	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
143710--143819	47	2.3	47	85	0	148	20	20	27	32	1.97
143898--144000	40	2.6	40	83	6	127	17	22	27	33	1.96
147879--148222	182	1.9	182	90	1	546	22	21	25	30	1.99
148089--148240	80	1.9	80	88	0	232	22	19	26	31	1.98
149679--149703	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
150793--150834	20	2.1	20	86	8	59	2	23	4	69	1.20
159631--159671	17	2.3	19	87	8	59	58	4	0	36	1.20
166018--166046	15	1.9	15	100	0	58	48	27	0	24	1.51
167834--167886	15	3.5	15	97	0	97	5	47	0	47	1.26
168382--168406	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
169470--169517	20	2.4	20	78	0	60	54	12	12	20	1.70
179777--179865	44	2.0	44	97	0	169	35	10	19	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186439--186523	15	5.9	15	69	18	56	71	4	2	21	1.15
186439--186491	17	3.3	16	76	15	56	71	1	1	24	1.06
186454--186533	5	15.4	5	71	21	58	72	5	2	20	1.15
186436--186539	31	3.3	30	74	19	97	70	4	1	23	1.17
186436--186526	26	3.6	24	76	12	85	71	4	2	21	1.15
186415--186491	3	26.7	3	74	19	58	67	3	2	25	1.21
186436--186534	30	3.2	30	76	18	80	70	5	2	22	1.17
187170--187337	75	2.2	74	81	3	210	23	22	22	30	1.99
191809--191931	42	2.9	42	88	0	165	25	16	19	39	1.92
193215--193246	14	2.3	14	94	0	55	68	0	9	21	1.17
197010--197059	22	2.3	21	77	12	57	34	0	2	64	1.05
197013--197066	21	2.7	20	80	11	56	31	0	3	64	1.11
197827--197869	18	2.4	17	81	11	50	44	0	2	53	1.13
198330--198386	24	2.3	26	80	14	68	63	3	5	28	1.33
199101--199336	52	4.5	51	85	5	296	25	16	25	33	1.96
199104--199336	104	2.2	104	89	0	349	25	16	24	33	1.96
203292--203325	13	2.7	12	86	13	50	44	14	17	23	1.86
208196--208229	16	2.1	16	94	0	59	41	20	5	32	1.76
212790--212831	22	1.9	22	90	0	66	47	0	26	26	1.52
212917--213149	69	3.4	68	87	2	322	30	13	26	28	1.94
213981--214006	13	2.0	13	100	0	52	38	23	15	23	1.92
217716--217839	59	2.1	60	84	4	162	45	11	3	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219799--219853	24	2.3	24	80	0	65	20	29	21	29	1.98
222637--222671	18	1.9	18	94	0	61	71	0	0	28	0.86
223660--223702	21	2.0	20	83	16	52	4	18	6	69	1.29
224329--224446	40	3.0	40	82	5	148	27	17	26	28	1.98
224336--224900	42	13.7	42	79	5	426	23	15	29	30	1.95
224400--224900	84	6.0	83	80	5	489	22	16	29	31	1.96
234616--234650	17	2.1	17	89	10	54	2	14	40	42	1.60
235111--235163	21	2.5	21	93	0	88	24	16	5	52	1.65
237788--237882	40	2.5	38	81	8	104	28	27	22	22	1.99
250483--250602	36	3.3	35	74	16	102	42	1	33	22	1.64

Tables:   1   2