genome.fa.s14902.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014902.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129945, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  365448

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--30	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
12418--12442	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
12985--13018	16	2.1	16	88	0	50	29	5	5	58	1.45
14426--14977	289	1.9	289	94	0	978	27	19	17	35	1.95
19175--19207	4	8.8	4	87	12	52	48	0	0	51	1.00
52592--52659	26	2.6	26	92	0	109	30	16	26	26	1.96
56363--56394	15	2.1	15	100	0	64	0	43	0	56	0.99
59172--59345	37	4.7	37	79	1	152	18	18	29	32	1.95
59172--59346	74	2.4	73	82	3	190	18	18	29	33	1.95
64440--64496	24	2.4	23	79	5	60	73	7	12	7	1.23
64452--64496	23	1.9	24	86	4	65	71	6	13	8	1.31
76163--76255	20	4.6	20	76	16	77	65	0	2	32	1.04
76163--76241	19	3.9	19	77	19	72	64	0	1	34	1.02
76169--76240	21	3.5	20	80	19	85	63	0	1	34	1.03
76456--76558	9	10.9	9	70	13	73	35	0	2	60	1.18
76485--76558	28	2.6	29	81	12	98	39	1	1	58	1.15
82314--82475	29	5.4	30	76	7	127	35	5	24	34	1.79
82359--82475	30	3.9	30	78	7	123	35	5	23	36	1.77
84125--84195	37	1.9	37	91	0	115	25	19	16	38	1.93
84084--84242	85	1.9	85	86	2	230	24	22	15	37	1.92
84286--84707	85	4.9	85	70	16	298	23	22	15	38	1.93
84378--84503	48	2.6	48	88	0	180	23	23	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84169--84712	257	2.1	259	90	1	860	23	22	16	37	1.93
84426--84999	209	2.7	210	88	1	814	23	22	16	37	1.94
87332--87358	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
97049--97193	30	4.9	30	82	8	163	34	6	23	35	1.82
97049--97185	59	2.3	59	82	8	170	34	6	22	36	1.80
97809--97839	12	2.5	13	94	5	55	6	0	6	87	0.68
98419--98457	18	2.2	18	100	0	78	41	25	23	10	1.86
99720--99749	16	1.9	15	93	6	51	36	0	0	63	0.95
99993--100032	21	1.9	21	100	0	80	35	7	0	57	1.27
103570--103617	24	2.0	24	95	0	87	16	18	29	35	1.93
117590--117614	13	1.9	13	100	0	50	32	8	24	36	1.84
122741--122770	16	1.9	16	93	6	53	33	3	3	60	1.30
126681--126836	80	2.0	80	87	2	224	25	21	25	28	1.99
126897--126930	2	17.0	2	93	0	50	50	5	0	44	1.26
127350--127378	14	2.1	14	100	0	58	51	27	20	0	1.47
129211--129426	108	2.0	109	89	5	330	31	10	14	43	1.79
131119--131163	22	2.0	22	91	0	72	57	15	8	17	1.63
134398--134422	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
135046--135185	30	4.7	30	78	9	144	37	22	5	35	1.76
135045--135183	59	2.3	59	81	12	153	38	21	5	35	1.76
146419--146538	50	2.4	50	79	5	118	37	19	18	25	1.94
146564--146855	80	3.7	79	79	2	298	31	22	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146564--146855	40	7.4	39	73	6	203	31	22	18	26	1.97
146564--146855	159	1.8	159	83	5	385	31	22	18	26	1.97
148646--148842	59	3.3	58	82	4	225	42	20	2	35	1.64
148646--148847	30	6.8	28	83	7	197	42	20	2	34	1.66
154243--154268	11	2.4	11	100	0	52	76	0	15	7	0.99
154550--154625	30	2.5	30	82	4	91	44	21	3	30	1.70
154576--154748	60	2.9	59	75	9	163	37	20	5	35	1.77
154652--154737	30	2.9	28	85	11	109	34	20	6	37	1.80
154577--154745	90	1.9	89	80	6	198	37	20	5	36	1.77
154792--154854	18	3.4	18	83	14	67	22	0	12	65	1.26
161004--161297	52	5.7	52	91	0	453	28	12	22	35	1.91
166846--166908	3	21.3	3	86	3	92	61	0	1	36	1.05
167018--167115	4	25.5	4	68	17	57	72	2	4	21	1.12
167025--167115	26	3.5	26	70	21	75	72	2	4	20	1.13
167226--167279	26	2.1	26	83	10	67	68	3	7	20	1.30
168853--169282	101	4.3	101	78	7	367	26	17	18	37	1.93
169271--169500	102	2.3	102	80	3	257	25	15	19	40	1.90
170451--170511	7	8.9	7	78	10	63	0	18	1	80	0.80
170462--170530	5	13.8	5	76	18	56	0	20	0	79	0.73
170451--170530	14	5.8	13	76	12	70	0	18	1	80	0.79
170451--170528	35	2.2	35	86	8	106	0	19	1	79	0.80
170462--170528	20	3.2	21	79	14	84	0	20	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170455--170529	28	2.7	26	84	14	89	0	18	1	80	0.79
176395--176439	19	2.3	20	88	3	65	17	8	6	66	1.40
176447--176500	18	2.9	18	75	25	51	24	3	7	64	1.35
198166--198261	39	2.5	39	86	6	124	26	29	15	29	1.96
199667--199759	36	3.0	29	77	20	98	23	29	15	32	1.95
201291--201421	39	3.3	39	80	6	165	29	27	17	25	1.98
201410--201512	50	2.0	51	83	1	127	38	15	18	27	1.91
208591--208665	37	2.0	37	100	0	150	40	16	22	21	1.91
215582--215651	24	3.2	23	78	11	58	5	4	22	67	1.30
215593--215668	19	3.5	22	80	15	86	5	2	21	71	1.19
215599--215669	31	2.3	32	81	16	87	5	1	21	71	1.14
215605--215669	12	6.0	11	75	15	55	4	1	20	73	1.08
215529--215683	20	7.4	19	69	18	78	6	3	21	68	1.29
215531--215681	42	3.6	41	74	11	121	5	3	21	68	1.28
215788--215830	20	2.2	19	84	16	52	34	2	2	60	1.22
220550--220590	20	2.0	20	100	0	82	34	19	9	36	1.85
225249--225355	19	5.8	18	70	20	69	54	2	1	41	1.26
225281--225356	37	2.1	36	87	7	109	56	2	1	39	1.21
232550--232610	16	3.8	16	72	10	52	50	1	3	44	1.28
232553--232669	62	1.9	60	84	5	155	51	2	3	42	1.32
232660--232708	25	1.9	26	84	12	66	53	6	2	38	1.38
232680--232750	37	1.9	37	86	11	101	56	2	1	39	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236428--236460	12	2.8	12	100	0	66	45	15	15	24	1.84
248955--249013	28	2.1	28	87	0	82	25	8	22	44	1.81
249049--249152	28	3.7	28	76	10	104	28	10	19	41	1.84
249021--249146	56	2.3	55	78	6	137	27	11	19	41	1.86
258169--258497	167	2.0	166	91	1	534	22	23	17	37	1.94
262464--262771	30	10.4	30	80	4	304	38	1	22	37	1.64
262464--262771	59	5.2	59	80	6	311	38	1	22	37	1.64
263963--263997	11	3.3	11	96	4	63	25	8	14	51	1.70
275784--275820	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
277037--277086	24	2.0	25	84	3	66	12	6	38	44	1.66
277451--277479	8	3.8	8	95	4	51	0	6	0	93	0.36
277449--277478	14	2.1	15	93	6	53	0	10	0	90	0.47
277787--277838	15	3.4	15	84	5	68	53	3	1	40	1.30
277790--277838	16	3.1	16	77	16	57	55	4	2	38	1.31
277848--277907	23	2.7	22	72	20	54	48	3	5	43	1.41
279134--279177	21	2.1	21	83	8	54	72	2	18	6	1.17
283210--283259	13	3.6	14	79	15	59	10	24	0	66	1.22
293445--293553	53	2.1	53	100	0	218	45	21	1	31	1.62
299124--299188	32	2.0	32	100	0	130	38	12	9	40	1.75
308135--308214	31	2.6	31	97	0	151	55	7	11	26	1.62
308286--308369	31	2.7	31	76	9	91	34	2	7	55	1.40
308865--308906	17	2.5	17	78	17	52	33	9	0	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310890--310929	21	1.9	21	89	0	62	37	22	20	20	1.94
316804--316832	14	2.0	15	93	6	51	51	27	0	20	1.47
317369--317452	26	3.2	26	82	0	87	17	15	35	30	1.91
325116--325201	42	2.0	42	88	0	127	27	24	8	39	1.83
332048--332236	42	4.5	42	85	5	231	26	26	10	35	1.89
334335--334539	102	2.0	102	93	0	347	26	14	23	36	1.93
338063--338089	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
341408--341636	58	3.9	57	81	7	232	33	20	12	33	1.91
341424--341636	57	3.7	56	81	9	205	32	19	12	35	1.89
343213--343329	30	3.8	30	87	2	144	59	4	6	29	1.42

Tables:   1   2