genome.fa.s14907.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014907.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129950, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  425439

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 136 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
441--481	15	2.7	15	96	0	73	41	7	0	51	1.30
863--889	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
8648--8725	20	3.6	20	78	18	93	30	0	48	20	1.50
8651--8726	26	3.2	26	62	27	67	31	0	50	18	1.47
8640--8735	46	2.1	46	98	0	183	34	0	48	16	1.46
12205--12289	31	2.8	30	71	5	82	41	11	11	35	1.78
15220--15285	29	2.3	29	100	0	132	48	6	16	28	1.70
36346--36373	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
44279--44312	17	2.0	18	88	11	54	41	11	0	47	1.40
53840--53879	19	2.2	19	90	4	64	75	0	5	20	0.99
60347--60378	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
62651--62694	20	2.3	19	88	11	72	52	4	0	43	1.22
62655--62693	20	2.0	20	100	0	78	51	5	0	43	1.24
68663--68717	3	18.3	3	92	0	92	34	1	30	32	1.69
85338--85447	55	2.0	55	96	0	202	31	11	24	31	1.91
98431--98522	46	2.0	46	97	0	175	42	15	16	26	1.87
106101--106134	18	2.0	17	88	11	52	70	5	5	17	1.28
109231--109297	27	2.5	27	74	11	75	50	0	1	47	1.10
109805--109839	14	2.5	14	90	9	54	31	14	5	48	1.67
110518--110576	28	2.1	28	87	3	84	15	11	16	55	1.68
115989--116066	39	2.1	38	83	9	97	10	8	19	61	1.54
121752--121793	17	2.3	18	84	8	50	30	2	9	57	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126902--126960	22	2.7	23	71	7	59	61	15	8	15	1.56
127686--127811	29	4.5	28	69	14	73	34	5	0	59	1.26
127828--127943	28	4.0	29	70	17	80	24	4	3	68	1.24
127828--127939	30	3.9	29	78	11	106	24	3	2	69	1.17
127857--127900	19	2.2	21	77	22	51	27	2	2	68	1.14
127828--127939	10	11.8	9	72	13	66	24	3	2	69	1.17
128625--128730	40	2.7	40	85	5	144	40	18	16	23	1.91
128697--128944	41	6.0	41	78	6	173	35	16	24	22	1.95
128737--128970	41	5.7	41	81	0	234	35	16	25	22	1.95
128746--128970	82	2.8	81	82	4	265	35	16	25	23	1.95
142201--142245	23	2.0	22	86	4	63	44	0	11	44	1.39
143078--143111	17	2.0	17	94	0	59	47	2	17	32	1.63
152301--152334	14	2.4	15	85	14	54	55	5	0	38	1.24
152309--152336	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
172331--172375	20	2.3	19	81	11	54	46	2	8	42	1.47
175548--175588	20	2.0	20	100	0	82	36	14	14	34	1.87
177554--177615	28	2.2	28	85	5	81	29	11	27	32	1.91
177605--177763	58	2.7	58	77	8	169	37	5	25	32	1.77
177791--177911	30	4.1	30	82	7	158	33	0	25	39	1.62
177791--177911	29	4.1	31	80	11	139	33	0	25	39	1.62
177771--177934	59	2.8	58	83	8	183	31	1	26	40	1.64
177770--177934	29	5.7	28	73	12	120	30	1	26	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179003--179089	3	29.0	3	75	4	59	34	5	4	55	1.44
179793--179830	6	6.5	6	81	6	51	57	0	0	42	0.98
179793--179830	18	2.2	17	90	4	58	57	0	0	42	0.98
179770--179850	39	2.0	40	83	2	101	51	7	2	38	1.43
183824--183864	20	2.0	20	100	0	82	36	14	14	34	1.87
185830--185891	28	2.2	28	85	5	81	29	11	27	32	1.91
185881--186039	58	2.7	58	77	8	169	37	5	25	32	1.77
186067--186187	30	4.1	30	82	7	158	33	0	25	39	1.62
186067--186187	29	4.1	31	80	11	139	33	0	25	39	1.62
186047--186210	59	2.8	58	83	8	183	31	1	26	40	1.64
186046--186210	29	5.7	28	73	12	120	30	1	26	41	1.64
187279--187365	3	29.0	3	75	4	59	34	5	4	55	1.44
188069--188106	6	6.5	6	81	6	51	57	0	0	42	0.98
188069--188106	18	2.2	17	90	4	58	57	0	0	42	0.98
188046--188126	39	2.0	40	83	2	101	51	7	2	38	1.43
193621--193675	27	2.0	27	92	0	92	45	16	10	27	1.80
206068--206164	48	2.0	48	91	0	158	29	18	23	27	1.98
206950--206979	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
227857--227952	50	1.9	50	87	4	140	27	20	15	36	1.93
233281--233320	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
238790--238898	53	2.1	53	92	0	182	29	26	13	30	1.94
242854--242899	21	2.2	20	84	3	56	43	0	23	32	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244415--244520	52	2.0	52	100	0	212	22	19	22	34	1.96
245427--245464	17	2.1	18	85	9	51	60	0	13	26	1.33
246096--246126	16	1.9	16	93	0	53	61	3	0	35	1.12
263668--263693	6	4.3	6	100	0	52	34	0	15	50	1.45
275414--275451	18	2.1	19	85	14	53	57	5	0	36	1.21
275629--275742	55	2.1	55	85	4	151	33	17	16	32	1.93
275636--276176	60	9.1	59	72	12	260	29	16	15	39	1.89
275720--276172	60	7.6	59	73	9	289	30	16	13	39	1.87
275695--276172	120	4.0	118	77	8	380	29	16	14	39	1.88
275695--276158	241	1.9	239	80	6	544	29	16	14	38	1.89
275928--276172	59	4.2	57	77	8	201	28	15	14	42	1.86
277016--277126	30	3.7	29	78	4	98	61	4	8	26	1.43
278228--278281	21	2.6	21	66	0	54	51	3	3	40	1.37
278315--278404	20	5.1	20	71	25	85	62	4	5	27	1.37
278310--278424	49	2.3	49	98	0	221	64	4	5	26	1.33
278319--278384	29	2.3	30	87	10	93	65	3	4	27	1.27
279677--279820	45	3.4	45	65	24	112	47	4	6	40	1.52
279630--280009	83	4.5	83	88	2	537	47	3	6	42	1.45
279883--279916	18	1.9	18	88	5	52	52	0	5	41	1.25
279630--280011	167	2.3	167	88	3	561	47	3	6	42	1.45
280126--280180	28	2.0	28	81	0	65	41	10	1	45	1.50
283830--284064	60	3.9	62	79	9	236	35	17	17	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284084--284176	46	2.0	45	81	2	105	37	9	20	32	1.85
286339--286415	29	2.7	29	91	0	127	27	9	10	53	1.65
294443--294473	3	10.7	3	93	6	55	32	0	32	35	1.58
301999--302025	13	2.1	13	100	0	54	85	0	14	0	0.61
302232--302264	16	2.1	16	100	0	66	6	12	0	81	0.85
306222--306596	30	12.5	30	78	7	325	40	2	22	34	1.68
308896--310128	98	12.6	98	85	2	1546	18	27	17	36	1.94
309872--310125	49	5.2	49	69	16	150	19	27	16	36	1.93
312003--312057	15	3.6	14	83	11	65	1	14	0	83	0.73
312018--312055	20	2.0	20	94	5	69	2	13	0	84	0.73
316290--316663	60	6.3	59	82	5	412	40	1	22	36	1.62
316283--316667	119	3.2	117	82	6	463	40	1	22	35	1.62
316283--316663	149	2.6	148	87	3	507	40	1	22	35	1.62
316290--316663	30	12.6	29	81	5	318	40	1	22	36	1.62
320893--320937	19	2.5	17	82	10	54	66	0	0	33	0.92
321404--321444	21	2.0	21	85	9	57	51	0	2	46	1.14
328425--328501	6	12.8	6	80	5	75	33	32	2	31	1.72
331080--331114	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
336636--336698	24	2.6	24	87	0	90	49	12	14	23	1.78
337008--337102	47	2.0	47	89	0	145	54	9	12	23	1.66
337009--337085	22	3.2	24	67	9	59	61	9	10	19	1.55
341553--341691	69	2.0	69	100	0	278	38	24	8	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
349846--349931	42	2.0	43	95	2	156	33	4	5	55	1.44
355225--355269	2	22.5	2	95	0	81	48	0	51	0	1.00
361384--361437	22	2.5	20	77	13	54	68	1	29	0	1.00
361666--361718	26	2.2	25	83	10	65	35	16	1	45	1.59
361677--361729	26	2.0	26	85	7	72	45	13	1	39	1.54
364969--365054	44	2.0	44	90	0	136	53	13	9	23	1.69
366721--366754	17	1.9	17	88	5	50	0	11	0	88	0.52
366717--366761	18	2.5	17	82	7	54	0	11	4	84	0.76
367284--367348	13	5.0	13	81	7	78	36	24	6	32	1.80
369985--370011	12	2.2	12	100	0	54	22	33	14	29	1.94

Tables:   1   2