genome.fa.s14911.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014911.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129954, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  378737

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8290--8325	18	2.1	16	90	10	54	11	11	0	77	0.99
9156--9180	11	2.3	11	100	0	50	24	8	0	68	1.16
19983--20304	160	2.0	160	100	0	644	40	16	14	28	1.88
22940--23242	158	1.9	158	94	1	536	38	15	6	39	1.74
25944--25985	19	2.3	19	83	4	50	35	4	11	47	1.61
42004--42033	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
59552--59604	23	2.2	24	80	9	56	56	13	1	28	1.47
68873--68906	17	1.9	18	88	5	52	67	2	5	23	1.26
83356--83482	64	1.9	66	85	7	179	52	3	7	36	1.46
85322--85357	17	2.1	17	90	10	56	36	0	0	63	0.94
86041--86077	19	2.0	20	89	10	60	72	5	0	21	1.04
86064--86096	11	3.3	10	88	12	50	72	6	3	18	1.18
87441--87512	29	2.4	29	83	4	90	37	8	12	41	1.73
87462--87520	29	2.0	30	90	3	93	28	8	15	47	1.74
92270--92295	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
98137--98191	21	2.5	22	82	8	67	38	3	5	52	1.42
99138--99164	6	4.5	6	100	0	54	14	55	14	14	1.70
103901--103944	22	2.0	22	86	0	61	52	9	2	36	1.46
103949--104001	16	3.1	18	74	17	51	52	1	1	43	1.23
131332--131549	109	2.0	109	100	0	436	33	20	22	23	1.97
136171--136199	15	1.9	15	100	0	58	20	37	6	34	1.80
141337--141406	11	6.5	10	76	11	59	80	4	4	11	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141343--141405	21	2.9	21	82	13	74	79	4	4	11	1.04
141336--141422	18	4.8	18	69	17	54	77	5	4	12	1.11
143767--143942	62	2.8	60	78	13	185	40	2	2	53	1.30
143766--143962	67	3.2	62	77	14	178	42	2	2	52	1.28
148455--148602	20	7.4	20	75	8	131	36	18	31	13	1.89
148449--148627	60	3.0	60	76	10	179	37	18	30	12	1.89
148421--148597	80	2.2	80	80	4	196	35	18	31	15	1.91
148458--148627	20	8.6	20	74	10	116	37	18	30	12	1.89
148455--148598	40	3.6	39	76	7	146	36	18	31	13	1.90
170885--170931	18	2.6	17	90	9	76	34	0	4	61	1.15
174394--174431	18	2.1	18	90	9	60	23	10	15	50	1.75
174674--174724	25	2.0	25	84	0	66	66	3	29	0	1.09
184387--184497	21	5.3	21	62	23	63	18	18	38	24	1.93
184390--184499	42	2.6	42	94	0	193	18	20	37	23	1.94
192285--192327	8	5.4	8	78	10	52	34	0	0	65	0.93
192287--192325	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
192258--192329	24	3.1	23	78	9	83	44	0	0	55	0.99
193823--193889	20	3.4	19	76	12	73	55	0	7	37	1.28
195364--195402	17	2.3	16	87	12	60	25	0	0	74	0.82
196340--196373	17	2.0	17	100	0	68	29	11	47	11	1.76
198140--198180	15	2.5	17	84	7	59	78	2	0	19	0.87
198231--198274	22	2.0	22	86	8	63	63	0	9	27	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198750--198819	20	3.8	19	71	22	51	15	0	10	74	1.07
198774--198825	6	8.5	6	82	4	59	7	0	13	78	0.94
198774--198825	25	2.1	25	92	0	86	7	0	13	78	0.94
198760--198820	19	3.2	19	80	17	72	13	0	9	77	1.00
202193--202239	22	2.1	22	88	0	67	55	6	2	36	1.37
202248--202301	9	6.1	9	79	16	51	38	1	1	57	1.20
202250--202300	27	1.9	26	84	11	68	39	1	1	56	1.22
203436--203482	24	2.0	25	84	12	64	44	0	2	53	1.12
203907--203965	27	2.1	28	84	9	77	54	0	3	42	1.17
203940--203974	18	1.9	18	88	0	52	62	0	0	37	0.95
203949--203981	14	2.3	15	94	5	59	57	0	0	42	0.98
211503--211821	24	13.3	24	82	0	305	33	18	21	26	1.96
211503--211821	48	6.6	48	83	0	359	33	18	21	26	1.96
213204--213300	27	3.7	27	83	5	110	35	13	23	27	1.92
213204--213330	27	4.8	27	77	6	107	36	12	22	28	1.91
215536--215562	3	9.0	3	100	0	54	0	0	33	66	0.92
221839--221886	17	2.8	17	93	6	80	47	12	20	18	1.81
233186--233399	106	2.0	106	97	0	401	21	18	21	39	1.93
235580--235608	13	2.3	13	94	5	51	75	10	0	13	1.04
247899--247946	24	2.0	24	83	0	60	8	31	0	60	1.26
253644--253668	11	2.3	11	100	0	50	52	16	0	32	1.44
260189--260259	20	3.5	20	75	7	72	40	25	16	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261066--261147	30	2.8	30	82	8	89	39	19	6	35	1.77
262302--262327	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
264431--264478	20	2.4	20	75	6	53	39	20	18	20	1.92
267038--267071	18	1.9	18	88	5	52	17	5	8	67	1.37
289125--289365	52	4.7	51	69	16	167	41	3	7	48	1.48
289286--289332	20	2.3	20	75	13	51	44	2	4	48	1.34
289027--289532	151	3.4	148	83	8	578	42	4	8	44	1.54
290566--291033	238	2.0	238	90	1	751	35	7	15	41	1.75
294341--294380	4	10.0	4	88	0	62	25	30	0	45	1.54
298357--298472	58	2.0	58	98	0	223	30	17	6	45	1.74
303111--303151	21	2.0	21	90	4	66	78	2	9	9	1.06
303555--303990	42	10.5	42	82	4	499	22	18	23	36	1.95
303555--303990	84	5.2	84	86	1	565	22	18	23	36	1.95
303555--303990	166	2.6	166	86	3	570	22	18	23	36	1.95
304317--304341	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
304386--304432	3	15.7	3	95	0	85	0	0	29	70	0.88
304810--304839	5	6.0	5	100	0	60	0	40	0	60	0.97
305127--305352	51	4.5	50	65	20	123	41	2	7	48	1.46
304893--305443	150	3.7	148	83	5	664	40	3	9	46	1.53
306000--306045	22	2.1	22	100	0	92	26	8	4	60	1.44
306440--306915	240	2.0	236	89	1	727	36	7	14	41	1.74
308112--308192	30	2.7	30	90	5	119	50	1	0	48	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308153--308195	21	2.0	23	90	9	72	53	0	0	46	1.00
311273--311375	27	3.9	27	75	5	102	35	7	24	32	1.84
311269--311374	53	2.0	54	84	1	142	35	8	23	32	1.85
314251--314336	20	4.3	20	73	4	75	47	13	8	30	1.72
316595--316690	49	2.0	49	85	4	131	27	15	18	38	1.91
318517--318579	15	4.2	15	79	0	54	68	1	25	4	1.18
318517--318579	20	3.2	20	81	0	72	68	1	25	4	1.18
320591--320677	11	7.2	11	73	25	54	22	3	4	68	1.23
326490--326774	95	3.0	95	94	0	507	30	27	15	26	1.96
332020--332121	52	2.0	52	90	0	159	30	11	21	36	1.89
332021--332134	52	2.2	52	85	0	156	31	12	20	35	1.89
332691--332911	116	1.9	115	84	5	293	28	8	28	33	1.87
332691--332938	116	2.1	114	81	7	277	28	9	27	34	1.88
336795--336981	52	3.6	52	80	5	182	29	13	21	34	1.92
341348--341531	101	1.8	101	83	5	246	34	19	20	26	1.96
345172--345403	113	2.0	114	91	1	376	40	12	9	37	1.75
352117--352154	18	2.1	18	85	9	51	34	2	0	63	1.09
355666--355716	25	2.0	26	85	11	70	31	0	1	66	1.03
355888--355940	16	3.3	16	79	10	63	39	3	26	30	1.74
360573--360602	12	2.5	12	100	0	60	26	20	10	43	1.83
374763--375022	40	6.5	40	75	7	172	23	16	28	30	1.97
378505--378541	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51

Tables:   1

The End!