genome.fa.s14917.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014917.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129960, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  341305

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6445--6490	24	1.9	24	90	0	74	41	17	13	28	1.86
7164--7207	8	5.6	8	91	5	72	72	0	0	27	0.85
7546--7617	28	2.6	28	78	12	78	45	0	8	45	1.33
14851--15071	41	5.3	41	84	5	250	27	24	11	37	1.89
18052--18162	56	2.0	56	83	3	143	33	18	24	24	1.97
18867--18953	26	3.3	26	74	6	86	31	35	13	19	1.91
20539--20583	22	2.0	22	87	8	65	35	8	8	46	1.66
22408--22467	26	2.3	26	91	0	93	30	20	18	31	1.96
22563--22638	37	2.1	37	94	0	134	25	17	28	28	1.97
22569--22646	37	2.1	37	92	0	129	26	19	26	26	1.99
28569--28802	108	2.2	108	82	3	283	24	14	23	37	1.92
28569--28802	36	6.5	36	73	6	188	24	14	23	37	1.92
42893--42943	18	2.8	18	90	0	75	29	27	23	19	1.98
44509--44558	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
50066--50104	18	2.2	17	90	4	60	61	10	10	17	1.55
50507--50545	15	2.6	15	87	0	51	5	35	0	58	1.20
57522--57566	16	2.9	15	83	9	54	73	0	13	13	1.10
63728--63774	21	2.2	21	85	7	60	38	29	8	23	1.84
65548--65593	20	2.3	20	82	14	51	36	8	0	54	1.32
69614--69684	26	2.7	26	84	4	99	23	25	26	23	2.00
71507--71569	31	2.0	31	84	9	83	31	11	15	41	1.83
71530--71748	50	4.3	50	83	5	271	37	13	13	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71525--71754	101	2.3	102	84	7	308	37	13	13	36	1.83
72731--72759	14	2.0	15	93	6	51	75	0	3	20	0.94
72719--72773	24	2.3	24	84	6	67	74	0	7	18	1.04
73695--73751	21	2.7	21	78	8	53	66	1	17	14	1.33
84700--84741	10	4.7	9	83	16	52	80	2	16	0	0.81
84700--84740	17	2.4	17	84	15	57	80	2	17	0	0.82
84699--84741	18	2.4	18	84	7	61	81	2	16	0	0.79
88576--88767	51	3.8	50	82	6	226	35	13	13	38	1.83
88576--88790	100	2.1	102	83	5	267	36	13	13	37	1.83
92071--92116	22	2.1	22	91	0	74	45	21	13	19	1.84
96172--96223	26	2.0	26	100	0	104	7	38	15	38	1.76
97788--97824	19	1.9	19	89	10	58	35	8	8	48	1.62
99956--100041	29	3.0	28	83	6	109	44	3	15	37	1.63
100927--101089	81	2.0	81	100	0	326	31	23	21	23	1.98
103761--103844	39	2.2	39	93	4	143	52	9	4	33	1.55
105871--105936	32	2.1	32	82	5	80	68	0	3	28	1.05
106474--106516	21	2.1	20	82	4	50	23	9	9	58	1.58
106754--106790	16	2.3	16	90	0	56	48	13	21	16	1.80
119040--119124	20	4.2	20	68	15	59	32	8	12	45	1.72
119687--119730	22	2.0	22	82	8	54	77	4	4	13	1.08
127165--127250	20	4.3	20	69	10	59	32	8	11	47	1.69
141026--141059	16	2.1	17	88	5	52	26	5	11	55	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141911--141980	33	2.1	34	82	15	83	70	1	20	8	1.22
150731--151064	108	3.1	107	88	2	447	35	20	20	23	1.96
162768--162844	27	2.9	27	88	3	111	45	31	9	14	1.76
166971--167006	15	2.5	14	86	8	54	19	2	2	75	1.06
171360--171417	28	2.1	28	84	9	75	34	5	10	50	1.59
171380--171418	13	2.8	13	88	7	51	38	2	10	48	1.51
172643--172677	18	1.9	18	88	0	52	28	17	11	42	1.83
175872--175951	26	3.2	26	65	20	71	38	25	16	20	1.92
175846--175951	48	2.2	48	98	0	203	39	24	15	20	1.91
175915--176020	56	1.9	56	86	1	151	34	25	16	23	1.95
181771--181817	15	2.9	16	81	9	51	0	34	6	59	1.23
187938--187974	3	12.3	3	94	0	65	2	0	32	64	1.07
192779--192822	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
195667--195715	25	2.0	25	84	8	64	22	14	8	55	1.65
195705--195738	17	1.9	18	94	5	61	29	11	8	50	1.69
199088--199140	23	2.3	23	100	0	106	20	26	39	13	1.89
200869--200943	29	2.5	30	82	4	98	20	10	25	44	1.83
200869--200955	29	2.9	29	80	10	95	18	12	25	43	1.85
202069--202232	81	2.0	81	95	0	292	30	21	21	26	1.98
204106--204136	14	2.2	14	94	0	53	22	3	12	61	1.46
205995--206051	20	2.8	20	94	0	105	19	7	19	54	1.66
209953--209995	18	2.5	17	78	17	52	30	0	2	67	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218626--218664	20	1.9	20	84	5	51	25	2	5	66	1.25
221834--221893	18	3.4	17	84	15	77	21	3	1	73	1.07
222834--222865	16	2.1	15	94	5	55	84	0	15	0	0.63
225783--225822	18	2.3	19	79	16	50	0	37	0	62	0.95
227561--227598	20	1.9	19	85	15	51	65	13	5	15	1.43
240863--240936	37	2.0	37	91	0	121	39	16	9	35	1.81
244949--244985	14	2.4	16	86	13	60	40	37	5	16	1.71
245374--245530	65	2.4	65	88	1	224	36	6	6	50	1.53
245374--245569	65	3.0	62	79	14	182	36	5	7	51	1.53
246487--246512	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
247971--248012	22	1.9	22	100	0	84	47	9	28	14	1.75
250270--250302	13	2.6	13	90	4	50	84	0	15	0	0.61
251026--251093	16	4.5	15	76	7	66	82	8	8	0	0.85
251049--251086	17	2.3	17	90	4	60	86	10	2	0	0.66
251043--251096	22	2.3	24	75	21	60	81	9	9	0	0.88
251058--251093	8	4.4	8	86	6	54	88	11	0	0	0.50
251994--252528	50	10.8	49	78	5	511	35	15	30	18	1.92
251993--252569	99	5.8	100	79	5	550	36	15	29	18	1.92
252772--253211	120	3.6	120	86	2	594	35	16	22	25	1.94
253150--253241	47	1.9	48	84	2	123	34	15	26	23	1.94
263294--263331	16	2.5	15	84	12	51	23	52	10	13	1.71
263355--263390	12	2.8	13	87	12	56	77	5	16	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263355--263405	12	4.2	12	79	20	54	80	5	13	0	0.89
263355--263413	22	2.8	19	78	14	55	79	6	13	0	0.92
263698--263735	20	1.9	20	88	0	58	44	10	2	42	1.52
264690--264720	13	2.5	13	94	5	55	22	0	0	77	0.77
265914--265962	16	2.9	17	82	14	66	34	0	0	65	0.93
265917--265961	15	3.1	15	87	9	58	33	0	0	66	0.92
265914--265968	18	3.3	18	78	14	64	34	0	0	65	0.93
267425--267467	19	2.1	22	87	12	65	58	0	2	39	1.11
267413--267474	11	5.3	12	73	24	53	53	0	1	45	1.10
268777--268827	21	2.4	21	83	3	57	35	1	0	62	1.06
272527--272560	14	2.3	15	90	5	52	58	2	2	35	1.28
272536--272591	20	2.9	19	71	10	51	57	1	3	37	1.27
285805--285843	18	2.2	18	90	9	62	56	7	5	30	1.49
286560--286612	24	2.2	25	86	10	74	7	3	18	69	1.28
286608--286707	44	2.3	44	85	3	130	10	5	16	69	1.34
286635--286720	32	2.7	33	83	3	104	10	3	17	68	1.32
286617--286706	12	7.8	12	72	13	73	10	5	16	67	1.37
286831--286925	50	2.0	47	82	12	113	28	0	7	64	1.20
293552--293944	30	13.4	29	67	11	115	34	22	4	37	1.76
293789--293879	28	3.2	28	69	7	67	32	23	1	42	1.61
293789--293947	58	2.7	59	77	7	157	34	23	3	38	1.71
293789--293949	29	5.6	29	66	19	77	34	22	3	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296143--296167	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
296156--296211	24	2.3	23	80	20	60	41	8	7	42	1.63
298238--298284	24	2.0	24	86	0	67	31	4	2	61	1.27
298518--298546	10	2.9	10	100	0	58	62	6	0	31	1.22
299539--299585	18	2.6	18	83	6	51	74	2	2	21	1.03
303748--303793	21	2.1	22	84	8	58	60	4	0	34	1.16
307279--307591	156	2.0	156	98	0	599	35	15	25	24	1.94
308843--308895	25	2.2	24	86	3	70	32	0	0	67	0.91
313007--313219	39	5.5	39	81	2	180	25	17	19	37	1.94
313007--313217	78	2.7	77	80	6	210	25	18	19	36	1.94

Tables:   1   2