genome.fa.s14934.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014934.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129977, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  224475

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 119 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5169--5241	10	7.4	10	79	1	85	13	23	27	35	1.92
5170--5241	20	3.7	20	88	1	110	13	23	27	34	1.93
12959--13001	20	2.2	19	88	12	61	0	16	0	83	0.64
13904--13992	32	2.8	32	77	8	81	70	2	1	25	1.05
13906--13980	19	3.7	19	75	15	53	70	1	1	26	1.03
13948--13997	14	3.7	14	79	10	52	68	2	2	28	1.12
18458--18503	23	2.0	23	95	0	83	23	21	23	30	1.99
19630--19699	27	2.6	27	79	4	70	37	37	14	11	1.82
27790--27874	33	2.6	31	80	10	91	64	1	1	32	1.08
34957--35235	92	3.0	92	95	1	499	33	12	15	37	1.86
43800--43825	8	3.2	8	100	0	52	11	11	11	65	1.48
45675--45707	14	2.4	14	90	5	50	60	24	3	12	1.46
47049--47095	24	1.9	24	82	4	58	57	6	10	25	1.56
49045--49096	19	2.7	19	80	14	61	32	1	1	63	1.16
65513--65554	21	2.0	21	85	0	57	45	9	7	38	1.64
66106--66217	57	2.0	56	85	3	154	52	14	5	27	1.63
66253--66277	12	2.1	12	100	0	50	24	32	16	28	1.96
68223--68266	22	2.0	22	100	0	88	59	4	4	31	1.38
68576--68600	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
69229--69261	14	2.4	14	94	0	57	24	0	30	45	1.53
69257--69316	19	3.1	19	79	13	59	23	1	18	56	1.50
69292--69334	14	3.2	13	83	6	50	16	0	23	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69311--69376	27	2.5	26	83	9	89	12	1	28	57	1.44
69345--69399	19	2.9	19	91	0	83	12	1	29	56	1.47
69298--69407	14	8.2	14	68	11	61	12	1	26	59	1.44
69405--69466	13	4.8	13	72	5	54	17	1	22	58	1.48
69418--69474	27	2.1	27	86	0	78	17	1	24	56	1.51
69452--69511	21	2.9	22	69	18	56	20	3	25	51	1.62
69654--69693	21	1.9	21	85	10	55	17	7	20	55	1.66
69668--69832	14	11.6	14	65	11	59	16	3	20	58	1.53
69837--69893	27	2.1	28	81	15	75	15	3	26	54	1.57
69845--69945	40	2.5	40	83	0	121	18	4	22	53	1.64
69924--69986	13	4.8	13	73	11	56	14	7	26	50	1.70
70004--70065	31	2.0	31	87	0	88	27	3	22	46	1.67
70533--70575	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
74056--74261	102	2.0	102	99	0	403	42	14	11	31	1.81
74255--74349	40	2.4	40	82	7	131	32	14	17	34	1.91
76909--76948	12	3.1	12	80	19	53	22	30	2	45	1.66
83715--83790	30	2.5	29	70	8	71	47	6	10	35	1.64
88557--88689	66	2.0	66	97	0	248	25	29	18	26	1.98
92744--92796	27	2.0	27	85	7	72	49	11	18	20	1.78
101892--101924	16	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
102464--102500	9	3.6	11	79	20	53	54	0	0	45	1.00
102463--102501	19	2.0	20	95	5	71	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121777--122713	210	4.4	214	93	3	1496	34	20	15	29	1.94
121775--122713	429	2.2	425	92	3	1528	34	20	15	29	1.94
136609--136658	13	3.6	14	77	22	52	58	4	0	38	1.17
136822--136847	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
139306--139369	26	2.5	26	84	5	85	29	21	20	28	1.98
156252--156326	39	1.9	39	97	0	141	30	14	16	38	1.88
162028--162069	21	2.0	20	86	4	57	7	23	0	69	1.13
165618--165668	21	2.4	20	83	9	57	45	25	5	23	1.75
165716--165767	26	1.9	28	84	7	72	44	30	3	21	1.70
165770--165847	35	2.2	35	86	4	113	53	10	8	26	1.64
166400--166652	126	2.0	126	93	0	434	19	35	7	37	1.80
167876--167944	29	2.3	31	87	7	106	39	2	21	36	1.69
167956--168165	89	2.4	85	78	12	203	31	6	24	36	1.82
167948--168314	29	12.5	30	72	15	173	33	7	23	36	1.82
167948--168283	147	2.3	145	79	11	348	32	7	23	36	1.83
168124--168323	59	3.4	58	76	8	154	35	7	20	37	1.81
169926--169963	14	2.7	14	80	11	51	26	2	28	42	1.69
170563--171125	194	2.9	191	77	7	478	27	21	27	23	1.99
170606--171020	155	2.7	155	79	3	433	27	20	27	23	1.99
170531--171176	39	16.7	39	72	6	337	27	20	27	23	1.99
170804--171176	194	1.9	193	83	4	475	26	20	29	23	1.99
171455--172061	50	12.4	49	69	9	218	16	31	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171458--172041	99	6.0	99	76	7	442	16	31	17	34	1.92
171777--172048	142	1.9	144	87	5	404	16	33	16	33	1.91
173945--173981	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
174085--174187	37	2.7	38	72	6	91	21	17	28	33	1.96
175955--176010	17	3.5	16	75	15	53	1	19	0	78	0.84
175968--176035	6	10.8	6	71	20	50	5	14	1	77	1.02
175966--176036	32	2.1	34	85	10	94	5	16	1	76	1.05
175966--176018	10	5.0	10	75	11	52	1	16	1	79	0.92
176872--176913	18	2.2	19	83	8	50	2	21	4	71	1.16
176890--176926	11	3.4	11	84	0	56	0	16	0	83	0.64
181253--181556	29	10.5	28	70	11	127	33	5	25	35	1.79
181450--181556	30	3.6	29	84	3	135	30	6	26	36	1.82
181247--181565	116	2.7	117	77	12	291	33	5	26	35	1.80
181253--181585	59	5.7	58	72	13	206	33	5	24	35	1.79
183597--183632	16	2.3	15	90	4	54	72	0	0	27	0.85
183599--183647	23	2.1	24	84	3	64	65	0	4	30	1.11
184891--184927	19	1.9	19	88	0	56	51	5	2	40	1.39
184916--184940	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
185300--185360	28	2.2	27	85	8	79	70	1	0	27	0.97
185345--185397	21	2.5	22	73	14	56	64	5	5	24	1.38
187797--187844	24	1.9	26	84	16	66	45	0	22	31	1.53
187932--187973	22	1.9	22	90	0	66	11	19	26	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194645--194682	19	2.1	19	85	5	51	13	5	5	76	1.13
197500--197554	28	2.0	28	85	0	74	52	5	3	38	1.42
197731--197782	18	3.1	17	77	5	52	32	0	1	65	1.04
197887--197932	21	2.2	20	85	11	58	71	0	0	28	0.86
198497--198551	12	4.6	12	78	14	51	16	0	16	67	1.24
198515--198550	19	1.9	18	88	5	54	19	0	13	66	1.24
198996--199050	11	5.3	10	77	14	58	65	0	3	30	1.10
201211--201245	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
201994--202597	299	2.0	299	98	0	1154	25	14	15	44	1.84
204545--204577	11	3.3	10	91	8	50	33	0	0	66	0.92
207117--207151	17	2.0	17	88	5	52	37	2	0	60	1.12
207195--207257	19	3.3	19	80	14	67	34	1	7	55	1.39
207195--207257	20	3.2	20	80	10	69	34	1	7	55	1.39
207353--207388	14	2.6	14	90	0	54	41	25	5	27	1.77
210851--210971	60	2.0	60	98	0	233	34	13	15	36	1.87
218666--218773	17	6.4	17	81	3	128	40	0	5	53	1.24
218694--218773	6	14.0	6	68	15	53	42	0	5	52	1.23
218684--218737	28	1.9	28	81	7	65	35	0	9	55	1.32
218700--218754	11	4.9	11	77	4	56	36	0	7	56	1.27
219489--219551	21	2.9	21	83	4	81	58	3	3	34	1.30
220654--220902	30	8.6	29	79	9	240	38	24	1	35	1.64
220654--220902	58	4.3	59	88	3	335	38	24	1	35	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220654--220892	117	2.1	117	87	7	344	39	23	1	35	1.63
220855--221020	58	2.8	58	73	5	138	29	24	7	38	1.82
222391--222417	12	2.2	12	100	0	54	59	0	7	33	1.25
222630--222659	15	1.9	16	93	6	53	63	23	0	13	1.29
223461--223489	6	4.8	6	100	0	58	13	68	0	17	1.20
223982--224041	11	5.3	11	73	13	50	40	1	3	55	1.27
223989--224062	17	4.2	18	83	8	73	47	1	2	48	1.24
223986--224062	35	2.2	34	82	11	86	45	1	2	50	1.23
224020--224062	18	2.4	18	92	3	70	48	2	0	48	1.14

Tables:   1

The End!