genome.fa.s14975.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014975.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130019, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  356896

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3207--3233	12	2.2	12	100	0	54	33	7	7	51	1.58
4560--5273	93	7.7	93	90	1	1128	42	6	4	47	1.48
4554--5268	185	3.8	185	90	2	1148	42	5	4	47	1.48
4537--5273	278	2.6	277	89	2	1131	42	5	4	47	1.47
6500--6590	20	5.1	19	70	23	63	26	4	6	62	1.39
6526--6587	18	3.3	18	84	10	72	19	4	8	67	1.34
7699--7760	30	2.1	30	87	0	88	24	4	6	64	1.37
7711--7755	23	2.0	23	82	8	56	26	4	6	62	1.39
8625--9005	109	3.5	109	78	5	335	39	16	16	27	1.90
8581--8836	55	4.6	55	73	9	187	42	15	16	25	1.87
8581--9003	54	7.7	54	73	7	316	39	16	17	26	1.90
9273--9355	42	1.9	44	81	13	102	43	2	6	48	1.40
10454--10496	21	2.0	21	81	0	50	16	18	18	46	1.84
15354--15393	20	2.0	20	85	0	53	65	2	2	30	1.19
15380--15450	21	3.4	21	73	17	58	61	4	2	30	1.29
43707--43773	27	2.5	27	76	11	75	55	1	0	43	1.09
44418--44468	26	2.0	25	85	11	68	49	1	0	49	1.12
44441--44485	16	2.8	16	75	0	54	57	0	0	42	0.98
44802--44834	5	6.6	5	96	0	57	42	21	15	21	1.89
52721--52836	55	2.1	54	93	3	198	68	5	7	18	1.34
52907--53120	105	2.0	105	95	0	385	34	12	17	35	1.88
54676--54700	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56001--56044	6	7.5	6	92	2	72	20	50	13	15	1.78
60730--60770	21	2.0	21	86	9	59	36	4	0	58	1.20
60725--60771	19	2.4	19	75	10	51	40	4	2	53	1.32
65414--65469	29	1.9	29	88	0	85	33	19	7	39	1.79
75093--75117	6	4.2	6	100	0	50	0	52	0	48	1.00
76080--76118	19	2.1	19	100	0	78	35	20	15	28	1.93
82762--82801	20	2.0	20	85	0	53	37	0	5	57	1.21
85805--85830	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
86463--86519	23	2.5	23	82	2	62	38	3	0	57	1.16
86793--86845	19	2.8	20	86	10	69	62	0	0	37	0.96
89915--89982	6	11.3	6	85	6	84	20	44	32	2	1.67
90056--90115	27	2.2	27	82	5	68	31	13	30	25	1.93
90525--90587	28	2.3	26	76	10	63	22	3	31	42	1.69
90549--90584	14	2.7	13	86	4	54	19	2	30	47	1.64
90711--90742	16	1.9	17	93	6	57	50	28	0	21	1.49
90707--90774	24	2.8	25	75	6	68	52	27	0	19	1.46
90758--90817	22	2.8	22	73	12	61	43	20	1	35	1.62
90875--90934	26	2.3	26	82	0	75	56	6	0	36	1.26
94048--94113	31	2.2	30	86	2	87	40	3	4	51	1.38
94518--94570	19	2.8	19	72	13	56	41	0	1	56	1.10
96406--96470	30	2.1	32	86	11	91	53	6	1	38	1.35
96878--96907	9	3.3	9	100	0	60	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96899--96944	22	2.1	22	84	8	58	43	2	4	50	1.34
98445--98484	15	2.7	15	96	0	71	0	30	0	70	0.88
100611--100678	4	16.5	4	78	6	64	64	0	35	0	0.94
100612--100661	13	3.9	13	78	5	57	68	0	32	0	0.90
100613--100678	29	2.3	28	81	5	78	65	0	34	0	0.93
100610--100678	21	3.3	21	86	6	88	63	0	36	0	0.94
100729--100772	20	2.2	20	84	8	54	36	2	0	61	1.09
103319--103362	4	11.0	4	100	0	88	25	0	25	50	1.50
105367--105592	41	5.5	41	79	5	235	18	29	20	31	1.96
105367--105600	123	1.9	122	82	6	294	17	29	20	31	1.96
105575--105627	27	2.0	27	100	0	106	20	30	18	30	1.97
119280--119401	61	2.0	61	96	0	226	31	28	9	30	1.88
121222--121358	41	3.3	41	89	0	220	40	10	24	25	1.86
128198--128369	41	4.2	41	85	0	218	40	10	24	25	1.87
132109--132236	36	3.6	36	91	0	193	29	23	21	25	1.99
132348--132591	133	1.8	133	93	0	425	31	23	19	26	1.98
137605--137665	27	2.3	27	97	0	113	49	6	14	29	1.69
144487--144524	17	2.2	17	100	0	76	23	36	15	23	1.94
156290--156330	20	2.0	20	86	9	57	34	26	0	39	1.57
168459--168844	25	15.3	25	81	3	353	32	25	16	24	1.96
168459--168844	75	5.1	75	80	2	396	32	25	16	24	1.96
182383--182412	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184237--184281	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
185063--185092	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
185059--185100	16	2.6	16	77	7	50	16	9	0	73	1.08
186538--186581	21	2.1	21	86	0	61	45	13	11	29	1.79
188500--188693	106	1.8	107	85	3	275	37	13	24	24	1.92
189256--189300	19	2.4	19	81	7	56	37	0	2	60	1.09
189239--189291	28	2.0	25	82	17	63	37	0	3	58	1.16
194064--194089	7	3.7	7	100	0	52	0	26	0	73	0.84
201114--201245	41	3.2	41	80	1	147	38	8	25	27	1.84
207686--207715	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
210106--210157	25	2.0	26	85	7	70	38	11	38	11	1.78
211274--211318	18	2.4	19	85	3	56	44	6	26	22	1.77
219451--219538	44	2.0	44	97	0	167	39	2	28	29	1.69
220670--220759	45	2.0	45	84	4	119	27	28	18	24	1.98
221418--221757	122	2.8	122	86	4	456	37	10	9	42	1.71
222637--222661	7	3.6	7	100	0	50	28	0	44	28	1.55
225202--225274	27	2.7	27	86	0	101	26	15	24	34	1.94
228018--228069	7	7.4	7	81	14	54	0	19	0	80	0.71
228018--228069	15	3.7	15	76	19	58	0	19	0	80	0.71
239568--239781	79	2.7	80	83	2	270	22	15	26	35	1.94
239568--239781	80	2.7	79	83	0	275	22	15	26	35	1.94
242801--243169	123	3.0	122	84	5	456	38	11	6	43	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254061--254086	6	4.3	6	100	0	52	65	0	34	0	0.93
256908--256979	33	2.2	33	87	5	101	6	22	4	66	1.33
261186--261255	18	3.9	18	82	0	95	35	11	14	38	1.82
261674--261855	70	2.6	70	84	6	242	23	4	14	56	1.58
264268--264308	17	2.4	17	87	4	55	51	14	17	17	1.77
275759--275862	26	4.1	26	71	7	79	31	25	16	25	1.96
277460--277509	20	2.3	22	80	10	59	44	6	0	50	1.26
281855--281952	42	2.3	42	100	0	196	38	5	2	54	1.34
284128--284158	15	2.1	15	93	0	53	54	9	0	35	1.33
284136--284199	27	2.4	27	91	0	101	54	12	4	28	1.57
284883--284908	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
287628--287652	2	12.5	2	100	0	50	48	52	0	0	1.00
291134--291163	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
294887--295285	39	10.0	39	79	6	352	25	17	28	28	1.97
294887--295285	79	5.0	79	82	4	408	25	17	28	28	1.97
294886--295285	118	3.3	115	77	9	349	25	17	28	28	1.97
308291--308318	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
315453--315492	20	2.0	21	85	14	57	2	32	0	65	1.06
328721--328767	17	2.8	17	90	0	67	46	10	23	19	1.80
332332--332655	37	8.8	37	74	0	270	18	18	28	33	1.95
332349--332656	148	2.1	148	89	0	463	18	18	28	34	1.95
332332--332655	74	4.4	74	81	0	387	18	18	28	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335603--335698	47	2.0	47	100	0	192	23	12	6	57	1.58
340704--340747	20	2.2	20	88	8	63	50	11	6	31	1.65
342956--343002	20	2.3	20	92	0	76	14	36	27	21	1.93
343677--343716	21	1.9	21	85	10	55	12	20	0	67	1.22
352482--352558	18	4.2	17	72	18	66	31	1	5	62	1.25
354623--354893	76	3.6	77	80	12	292	40	10	5	43	1.64
354623--354903	151	1.9	151	81	5	352	40	11	5	42	1.64
356850--356896	11	4.4	11	81	13	53	74	0	23	2	0.93

Tables:   1

The End!