genome.fa.s14992.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014992.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130036, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  321484

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7123--7416	110	2.7	108	87	2	417	22	11	15	49	1.77
8763--8812	24	2.1	24	85	7	66	22	12	0	66	1.24
13505--13531	7	3.9	7	100	0	54	14	0	40	44	1.46
15315--15375	30	2.0	30	100	0	122	44	22	6	26	1.77
17991--18156	88	1.8	89	82	7	210	60	10	6	22	1.52
19811--19855	18	2.6	16	80	19	54	31	2	2	64	1.18
19811--19850	18	2.3	18	86	4	55	27	2	2	67	1.16
37676--37715	18	2.2	18	95	0	71	47	10	7	35	1.65
39757--39815	21	2.8	22	71	7	59	35	13	20	30	1.91
40069--40112	21	2.1	21	86	0	61	56	2	4	36	1.32
42730--42773	15	2.9	14	83	10	52	43	2	0	54	1.12
44843--44920	39	2.0	39	92	0	129	29	26	5	38	1.78
47289--47316	8	3.5	8	100	0	56	39	0	0	60	0.97
55527--55607	29	2.8	29	77	7	76	38	3	22	35	1.72
55583--55763	29	6.2	29	69	16	133	41	3	22	32	1.72
55583--55747	87	1.9	87	82	5	208	41	4	23	31	1.73
55571--55767	59	3.4	58	83	8	249	41	3	23	31	1.71
56879--56922	3	14.3	3	90	4	70	36	0	0	63	0.95
56880--56938	22	2.7	22	84	7	59	37	3	0	59	1.14
57567--57595	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
57601--57691	17	5.3	16	79	13	85	54	3	0	41	1.16
57617--57663	6	8.0	6	83	4	60	55	2	0	42	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57601--57691	34	2.6	35	85	1	121	54	3	0	41	1.16
57619--57673	12	4.8	12	82	6	51	58	3	0	38	1.16
70008--70045	19	2.0	19	89	0	58	39	5	18	36	1.73
73259--73320	30	2.1	30	82	11	74	40	6	8	45	1.59
73807--73881	24	3.1	24	90	0	87	28	6	8	57	1.53
73823--73881	24	2.5	24	97	0	109	27	3	8	61	1.41
75797--75859	24	2.6	24	76	0	63	25	19	11	44	1.83
76582--76648	26	2.6	25	75	13	64	32	2	7	56	1.42
79681--79705	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
82196--82438	132	1.8	132	82	5	312	25	21	20	31	1.98
86745--86795	24	2.1	24	88	0	75	23	9	9	56	1.61
86753--86807	24	2.3	24	83	0	65	27	12	10	49	1.74
87912--88008	48	2.0	48	95	0	176	26	9	34	29	1.88
88777--88851	24	3.1	24	94	0	123	22	12	10	54	1.67
89552--89634	21	4.0	21	82	0	103	13	31	19	36	1.90
89621--89692	21	3.4	21	79	7	83	16	29	16	37	1.91
89560--89696	42	3.3	42	79	2	123	13	29	19	37	1.91
90757--90811	27	2.0	27	92	0	92	18	10	18	52	1.73
103923--103974	11	4.6	11	76	21	54	28	11	1	57	1.44
107951--107981	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
122593--122633	21	2.0	21	86	9	59	58	4	4	31	1.40
142225--142278	20	2.6	22	77	11	60	46	3	1	48	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142655--142717	21	2.9	22	78	2	65	12	4	7	74	1.19
169384--169443	29	2.1	30	82	17	74	53	0	1	45	1.10
169746--169786	21	2.0	21	100	0	82	29	14	14	41	1.86
170375--170419	24	1.9	24	86	4	65	57	8	11	22	1.60
171118--171167	26	1.9	26	87	0	73	50	16	16	18	1.79
172252--172278	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
172612--172659	20	2.4	20	82	0	60	22	27	16	33	1.96
172638--172797	40	4.0	40	79	6	146	26	25	14	33	1.94
172653--172821	80	2.1	80	84	0	212	24	25	15	34	1.95
172665--172824	40	4.0	40	83	0	167	24	24	16	35	1.95
172669--172839	80	2.1	80	82	0	207	23	25	15	35	1.95
172855--172902	20	2.4	20	89	0	78	12	25	16	45	1.82
173686--173734	19	2.6	19	76	0	62	57	28	4	10	1.50
181865--181904	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
187450--187510	31	2.0	31	86	0	86	39	8	9	42	1.68
198235--198266	16	2.0	16	100	0	64	43	6	37	12	1.68
201295--201414	48	2.5	47	82	5	150	40	20	28	10	1.86
201295--201423	23	5.4	23	81	9	136	39	20	29	10	1.85
207372--207415	21	2.1	21	95	0	79	43	20	4	31	1.72
209132--209165	11	3.4	10	88	12	52	47	0	0	52	1.00
209724--209766	18	2.4	17	85	11	59	60	2	0	37	1.10
212878--212922	23	1.9	24	81	4	56	64	2	4	28	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213346--213376	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
214493--214618	64	2.0	64	98	0	243	51	11	10	26	1.69
218017--218077	28	2.2	28	87	0	86	27	11	31	29	1.92
218102--218193	28	3.2	27	70	17	69	36	8	23	30	1.85
218180--218253	29	2.5	29	87	12	98	37	4	22	35	1.74
218201--218283	29	2.8	29	80	10	80	34	3	22	38	1.72
218239--218521	60	4.8	60	81	6	317	38	3	24	33	1.74
218239--218521	121	2.4	119	81	5	315	38	3	24	33	1.74
218361--218530	29	5.8	28	71	15	96	38	2	25	32	1.71
225818--225870	24	2.2	24	86	6	72	47	0	3	49	1.19
225859--225902	14	3.0	14	81	12	52	45	0	0	54	0.99
225915--225977	33	1.9	32	84	9	83	52	3	3	41	1.33
231317--231356	22	1.9	21	85	10	55	55	2	7	35	1.42
232100--232141	3	14.0	3	84	0	57	59	0	40	0	0.97
239067--239094	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
239147--239186	20	2.0	20	90	0	62	70	0	12	17	1.18
240235--240271	14	2.6	14	91	0	56	56	2	2	37	1.28
250758--250805	23	2.0	24	88	4	71	41	6	0	52	1.27
250843--250889	23	2.1	22	84	4	58	59	2	0	38	1.09
251038--251122	29	2.8	31	80	8	102	31	5	10	51	1.60
253227--253295	31	2.3	30	83	11	88	43	0	5	50	1.26
255219--255795	83	7.0	83	80	3	547	48	7	15	28	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255219--255798	166	3.5	164	82	4	612	48	7	15	28	1.72
255919--255974	29	2.0	28	82	6	69	46	8	1	42	1.45
257052--257340	30	9.8	29	75	13	252	30	4	27	38	1.76
257017--257340	59	5.5	58	81	9	320	29	4	28	37	1.75
256999--257340	118	2.9	119	81	11	359	29	4	28	38	1.75
258440--258478	3	13.0	3	88	0	60	33	5	0	61	1.18
268323--268383	29	2.2	28	83	13	74	42	4	6	45	1.51
268336--268422	32	2.9	29	83	10	95	37	5	9	47	1.60
270661--271047	195	2.0	195	96	0	720	33	10	24	30	1.90
272404--272443	2	20.0	2	84	0	53	2	47	2	47	1.29
279302--279369	32	2.2	31	82	12	86	32	0	4	63	1.14
280151--280206	28	2.0	29	89	3	87	55	7	3	33	1.45
280155--280216	29	2.2	28	82	2	70	56	8	3	32	1.44
286383--286441	30	1.9	31	96	3	111	47	3	3	45	1.36
291686--292339	174	3.7	173	83	3	695	30	20	20	28	1.98
294049--294131	39	2.1	39	81	0	94	36	22	7	33	1.82
298752--298797	22	2.1	22	88	8	67	47	0	2	50	1.13
306969--307092	57	2.2	57	85	5	164	48	12	8	30	1.71
307461--307605	73	2.0	73	94	2	256	26	25	24	24	2.00
309843--309907	30	2.1	31	83	8	80	43	6	9	41	1.61
312477--312556	29	2.8	29	74	11	74	42	0	2	55	1.13
314968--315012	16	2.7	17	86	6	65	42	0	57	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315821--315861	21	1.9	21	85	5	55	26	7	9	56	1.58
315982--316019	20	1.9	20	84	10	51	36	0	2	60	1.11
318391--318441	20	2.7	20	84	6	61	49	19	0	31	1.49
320538--320586	18	2.8	18	84	3	64	42	0	2	55	1.11
320550--320605	22	2.4	22	82	8	58	44	0	3	51	1.18
321242--321283	18	2.3	19	91	4	68	45	4	2	47	1.36
321357--321395	7	5.9	7	85	8	55	56	0	0	43	0.99

Tables:   1

The End!