genome.fa.s15025.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015025.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130069, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  264816

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 103 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1455--1528	11	6.7	11	76	0	76	18	4	9	67	1.35
2008--2045	19	2.1	19	90	5	60	57	7	0	34	1.28
2430--2504	30	2.5	31	89	6	109	46	12	13	28	1.78
16511--16564	28	2.0	26	92	7	90	62	9	9	18	1.51
16453--16604	63	2.4	62	81	5	171	54	12	12	20	1.69
17840--17954	23	5.2	22	71	17	71	10	5	13	70	1.31
17838--17910	22	3.3	23	79	7	71	8	4	15	72	1.23
17927--17981	12	4.6	12	83	0	65	7	9	14	69	1.36
17938--17993	12	4.9	12	78	12	55	8	5	14	71	1.29
19968--20023	29	2.0	29	83	13	73	66	12	1	19	1.33
21723--21752	3	10.0	3	100	0	60	33	66	0	0	0.92
30593--30618	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
42555--42605	24	2.1	24	85	0	66	13	1	5	78	1.02
42649--42678	10	3.0	10	95	0	51	63	10	6	20	1.47
43738--43820	31	2.5	34	78	7	91	26	12	8	53	1.66
43769--43882	59	1.9	59	83	0	147	22	14	11	51	1.73
45599--45629	5	6.2	5	100	0	62	0	0	38	61	0.96
48353--48409	20	3.4	17	76	18	57	42	1	1	54	1.21
57045--57081	8	4.6	8	100	0	74	37	0	35	27	1.57
57817--57917	22	4.5	23	72	18	70	74	18	1	4	1.10
57830--57895	26	2.5	27	78	4	73	72	18	3	6	1.18
57833--57903	32	2.2	32	84	0	88	73	18	2	5	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57829--57920	23	4.1	23	75	20	63	73	18	2	5	1.12
57829--57965	24	6.1	22	74	17	88	72	18	3	5	1.20
60423--60467	4	11.2	4	85	0	54	24	0	26	48	1.51
76894--76948	26	2.1	26	83	12	69	30	5	1	61	1.29
77182--77214	13	2.4	14	90	10	50	42	3	0	54	1.15
77269--77346	32	2.3	34	80	10	97	41	3	5	50	1.43
77615--77656	22	2.0	22	86	13	61	66	4	9	19	1.38
77615--77667	22	2.4	22	81	12	56	64	5	13	16	1.47
77948--78004	28	2.0	29	83	10	73	54	1	0	43	1.10
78271--78344	31	2.4	31	86	6	96	27	13	18	40	1.88
78330--78553	117	1.9	115	81	5	272	36	17	14	31	1.90
93020--93057	2	19.5	2	89	5	60	47	2	0	50	1.15
101284--101333	23	2.2	23	82	7	57	30	0	16	54	1.42
101509--101568	31	1.9	31	82	0	75	28	10	15	46	1.77
101654--101784	58	2.2	59	80	6	142	40	13	16	29	1.87
109799--109875	30	2.5	30	79	8	84	55	1	6	36	1.34
124002--124193	96	2.0	96	82	4	235	39	14	18	28	1.90
124405--124487	29	2.9	28	75	8	69	30	6	31	32	1.82
124442--124967	59	8.9	59	88	1	743	31	2	30	34	1.72
124416--124962	29	18.7	30	72	14	322	31	3	30	34	1.73
132429--132471	19	2.3	19	83	0	50	44	4	2	48	1.36
139692--139721	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151142--151205	32	2.0	33	87	3	94	62	15	15	6	1.51
153477--153564	32	2.6	33	85	5	106	22	13	11	52	1.72
160327--160357	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
161849--161906	31	1.9	30	86	10	82	48	6	1	43	1.40
163440--163584	77	1.9	77	98	0	281	28	13	17	40	1.88
163990--164174	96	1.9	96	84	6	250	35	14	19	30	1.92
164391--164449	28	2.1	28	87	3	82	27	8	33	30	1.86
164426--164633	59	3.5	58	77	12	185	33	5	28	32	1.80
164442--164632	29	6.5	29	75	13	160	34	4	28	32	1.78
166410--166462	17	3.2	16	76	7	52	41	1	1	54	1.22
166421--166527	17	6.1	17	76	11	92	50	1	4	42	1.34
166435--166518	6	14.3	6	71	14	68	52	1	4	41	1.30
166435--166531	36	2.8	35	86	7	126	52	1	5	41	1.30
172872--172932	28	2.1	29	79	11	72	29	11	24	34	1.91
173027--173184	28	5.4	29	82	8	187	36	5	25	33	1.78
172996--173184	87	2.2	86	81	10	215	35	4	26	33	1.76
172939--173184	59	4.2	58	81	6	257	36	4	26	32	1.76
174361--174442	3	25.7	3	74	16	58	35	0	6	58	1.23
174402--174442	16	2.6	16	84	0	55	43	0	2	53	1.13
175233--175290	6	9.5	6	74	10	55	55	1	3	39	1.27
175225--175269	23	2.0	23	91	4	74	51	4	2	42	1.34
175238--175299	17	3.5	17	79	14	72	56	3	3	37	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175237--175289	20	2.8	19	86	8	74	56	1	3	37	1.28
188838--188883	22	2.1	21	84	4	56	39	4	10	45	1.59
192345--192378	12	2.8	12	86	0	50	26	0	55	17	1.42
223193--223354	59	2.7	58	75	7	157	36	4	24	33	1.77
223328--223628	30	10.2	31	77	12	255	35	1	26	35	1.67
223302--223627	59	5.5	57	77	12	279	35	1	26	35	1.67
223327--223564	88	2.7	87	87	5	318	36	1	26	35	1.67
223328--223630	29	10.3	29	77	12	282	35	1	26	35	1.67
224689--224714	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
224689--224737	9	5.3	10	78	11	52	59	0	0	40	0.98
225435--225514	17	4.7	16	72	18	63	53	5	1	40	1.31
225482--225573	30	3.1	30	93	1	150	54	1	3	41	1.24
225416--225585	6	29.0	6	72	7	134	53	2	2	40	1.31
236006--236052	21	2.3	20	85	10	60	25	2	0	72	0.96
237010--237201	96	2.0	96	84	6	255	37	13	19	29	1.90
237489--237617	30	4.3	30	75	15	115	36	4	29	29	1.78
237456--237627	60	2.9	58	75	14	156	37	4	29	29	1.76
237561--237634	30	2.5	30	82	10	98	37	2	25	33	1.70
237552--237666	30	3.8	29	75	8	88	36	4	26	33	1.76
238701--238758	3	19.0	3	89	3	80	37	0	0	62	0.96
239508--239570	17	3.7	17	83	8	83	52	3	1	42	1.27
239505--239570	6	11.5	6	70	15	50	51	3	1	43	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240094--240152	26	2.3	25	82	2	73	54	0	5	40	1.23
243411--243457	16	2.9	16	81	12	53	74	0	4	21	0.99
243411--243455	21	2.1	21	84	8	56	75	0	4	20	0.97
246407--246436	9	3.2	9	95	4	51	80	0	0	20	0.72
247572--247770	29	6.8	28	76	14	179	40	1	22	35	1.61
247572--247770	58	3.4	59	83	10	239	40	1	22	35	1.61
248745--248820	3	24.7	3	80	10	82	34	0	2	63	1.09
248751--248817	10	7.0	10	80	10	86	35	0	2	61	1.12
249514--249620	6	18.7	6	73	12	91	55	2	0	42	1.14
249523--249648	17	7.4	17	85	7	175	56	3	0	39	1.18
249525--249586	23	2.7	24	85	7	83	58	1	0	40	1.08
250123--250505	49	7.8	49	74	10	284	16	25	20	37	1.93
249990--250455	98	4.8	98	73	10	346	16	25	19	38	1.92
249990--250564	98	5.9	98	71	11	344	16	25	19	38	1.92
249981--250557	293	2.0	293	83	2	730	16	25	19	38	1.92

Tables:   1

The End!