genome.fa.s15048.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015048.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130092, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  250950

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12--54	17	2.5	17	84	0	50	48	2	4	44	1.36
1189--1215	13	2.1	13	100	0	54	33	7	37	22	1.82
5504--5559	24	2.3	24	87	0	85	46	17	1	33	1.59
5505--5564	10	5.8	10	75	21	61	46	18	1	33	1.59
5507--5561	18	3.1	18	83	0	65	47	20	1	30	1.60
5500--5573	24	3.3	23	66	21	59	43	14	5	36	1.69
14520--14558	19	2.0	19	90	5	60	56	0	0	43	0.99
14508--14570	29	2.2	30	83	8	78	53	0	1	44	1.10
16503--16556	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
16735--16766	13	2.4	14	85	15	50	43	0	0	56	0.99
24262--24311	26	1.9	26	91	0	82	38	10	14	38	1.79
25366--25582	106	2.0	106	100	0	434	35	9	19	35	1.84
37362--37405	21	2.1	21	91	8	72	65	0	34	0	0.93
37360--37410	15	3.2	16	78	13	52	66	0	31	1	1.03
38475--38515	22	1.9	21	90	5	64	82	0	14	2	0.76
40787--40857	34	2.1	34	100	0	142	50	8	8	32	1.63
43594--43645	25	2.1	25	100	0	104	44	15	17	23	1.86
55098--55174	25	3.2	25	65	26	67	23	20	18	37	1.94
55086--55176	46	2.0	46	95	0	164	23	19	20	36	1.95
59889--59957	7	8.8	8	72	19	56	75	0	21	2	0.93
59889--59956	16	4.4	15	77	18	61	75	0	22	2	0.94
59889--59958	25	2.8	25	95	2	124	75	0	21	2	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59889--59956	6	11.0	6	70	17	50	75	0	22	2	0.94
62076--62109	13	2.6	13	90	0	59	32	5	26	35	1.81
63321--63369	18	2.7	18	90	0	71	38	24	16	20	1.92
69437--69473	19	2.0	18	89	5	56	67	0	32	0	0.91
77612--77645	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
77714--77772	25	2.4	25	88	0	82	28	8	5	57	1.50
94107--94144	15	2.5	15	83	8	51	76	7	0	15	1.01
95143--95935	49	16.2	48	71	7	273	17	22	19	39	1.92
95109--95935	98	8.4	97	77	4	428	17	22	19	39	1.92
95143--95654	147	3.5	144	76	5	411	16	22	20	40	1.91
97347--97375	6	5.0	6	95	4	51	0	13	0	86	0.58
107032--107062	16	1.9	16	93	0	53	25	19	6	48	1.72
123255--123302	21	2.1	24	85	11	66	18	6	25	50	1.70
127135--127198	13	5.1	13	78	14	71	75	6	0	18	1.01
127123--127161	16	2.5	15	83	4	51	76	7	0	15	0.99
127123--127198	37	2.0	38	82	12	95	75	6	0	18	1.02
127123--127198	6	12.2	6	71	18	57	75	6	0	18	1.02
127214--127255	15	2.8	15	82	10	50	73	4	2	19	1.12
129829--129907	3	26.3	3	78	0	77	60	27	6	5	1.42
129828--129907	21	3.8	21	79	0	97	60	27	6	6	1.45
138357--138390	16	2.1	16	100	0	68	35	17	23	23	1.95
140817--140880	22	2.8	23	74	9	69	57	1	4	35	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140912--140936	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
141224--141340	19	6.5	17	69	18	60	35	1	4	58	1.27
141409--141482	27	2.6	27	80	16	78	32	6	0	60	1.23
143191--143237	20	2.3	21	76	20	55	59	0	2	38	1.09
143188--143227	20	2.0	20	90	9	64	60	0	2	37	1.11
144410--144453	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
145398--145446	20	2.5	20	96	0	89	30	16	4	48	1.64
154123--154226	10	10.6	10	74	13	51	61	1	2	33	1.22
154411--154445	12	3.0	12	87	8	54	28	0	8	62	1.24
154385--154481	20	5.1	18	68	18	61	29	0	5	64	1.15
159446--159495	24	2.0	25	85	11	68	26	0	36	38	1.57
159598--159680	30	2.8	30	81	0	103	27	8	31	32	1.87
160600--160652	22	2.4	21	78	9	52	47	5	3	43	1.45
161797--161831	15	2.5	15	90	9	56	34	0	2	62	1.10
168892--168920	10	2.7	11	89	10	51	27	0	0	72	0.85
171067--171097	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
171496--171658	82	2.0	82	95	0	290	31	17	2	49	1.60
173683--173721	18	2.0	20	85	9	55	46	2	10	41	1.51
174098--174150	21	2.6	21	84	3	72	32	28	13	26	1.93
175842--175890	19	2.5	20	80	12	57	38	16	0	44	1.48
177390--177444	27	2.0	27	89	0	83	16	34	5	43	1.71
184371--184431	24	2.4	25	78	8	70	49	0	1	49	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188201--188254	14	3.8	14	78	11	56	59	1	1	37	1.19
188204--188247	13	3.2	13	81	12	52	59	2	2	36	1.23
194257--194285	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45
203708--203741	17	2.1	17	88	5	52	32	0	14	52	1.42
214978--215009	15	2.1	15	94	0	55	37	21	6	34	1.79
219360--219425	32	2.1	30	83	5	78	74	1	9	15	1.14
220416--220515	36	2.8	36	78	4	94	66	22	6	6	1.36
220458--220518	27	2.3	27	81	16	74	68	21	4	4	1.27
220412--220515	24	4.3	24	75	9	86	65	23	5	5	1.36
220453--220515	12	5.2	12	82	0	54	69	19	4	6	1.28
220475--220520	23	2.0	24	82	4	58	67	21	4	6	1.32
220452--220651	92	2.2	92	77	9	203	68	17	5	9	1.36
220579--220639	21	2.8	22	85	5	97	68	16	4	9	1.34
220580--220653	21	3.4	21	83	5	94	67	18	4	9	1.35
220562--220653	44	2.1	43	86	4	123	68	17	5	8	1.35
220763--220839	32	2.4	32	93	4	129	18	19	14	48	1.82
222430--222769	117	3.0	119	81	10	405	50	12	12	24	1.75
222543--222749	102	2.0	103	98	0	398	53	13	12	21	1.72
226385--226464	6	13.2	6	70	20	51	40	2	2	55	1.27
226385--226464	17	4.4	17	77	16	72	40	2	2	55	1.27
231353--231432	6	13.2	6	70	20	51	40	2	2	55	1.27
231353--231432	17	4.4	17	77	16	72	40	2	2	55	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233173--233346	29	6.0	27	73	12	107	35	24	1	39	1.63
233174--233409	59	4.1	56	81	9	233	34	23	1	40	1.63
233275--233409	30	4.6	28	72	17	98	34	21	0	43	1.58
233211--233560	58	6.0	58	77	11	238	30	25	3	40	1.73
233174--233521	117	3.0	117	79	8	293	32	24	2	40	1.69
233480--233574	29	3.2	29	74	21	106	31	24	9	34	1.87
233850--234037	96	1.9	97	85	5	256	30	15	14	38	1.89
240384--240426	18	2.4	18	80	11	52	58	2	34	4	1.32
245239--245373	49	2.8	48	78	7	164	40	21	21	16	1.91
245337--245594	49	5.3	49	77	7	222	39	18	25	16	1.91
245164--245643	98	4.9	97	71	11	291	40	18	23	17	1.91
245136--245641	196	2.6	195	79	6	506	40	18	23	17	1.91
245318--245643	147	2.2	147	80	6	358	40	19	23	16	1.91
246859--246899	21	2.0	20	85	4	55	46	0	4	48	1.23
246856--246908	21	2.5	21	73	14	54	45	0	3	50	1.19
247997--248132	28	4.8	28	69	13	89	35	22	2	40	1.66
248091--248233	62	2.4	61	86	5	186	31	25	2	39	1.70
248240--248310	28	2.5	28	90	6	99	29	18	11	40	1.85
248250--248310	28	2.1	29	96	3	115	24	19	13	42	1.87
248256--248320	28	2.3	29	92	5	107	24	24	13	36	1.92
248256--248328	28	2.6	28	89	4	85	30	23	12	34	1.91

Tables:   1

The End!