genome.fa.s15057.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015057.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130101, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  320182

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2231--2285	26	2.1	27	86	10	78	21	23	16	38	1.93
6730--6803	29	2.5	30	82	10	82	35	2	21	40	1.68
8190--8216	14	1.9	14	100	0	54	22	3	51	22	1.63
8942--9028	36	2.4	36	86	0	129	34	26	8	31	1.85
13448--13506	24	2.4	25	75	8	59	45	15	8	30	1.75
18510--18608	45	2.2	46	87	7	141	30	3	6	60	1.36
31614--31666	21	2.5	21	100	0	106	47	0	3	49	1.19
33527--33619	47	2.0	47	91	0	150	32	18	16	33	1.93
37889--37915	12	2.2	12	100	0	54	66	7	0	25	1.17
38063--38194	21	6.3	21	72	14	85	70	18	2	8	1.23
38063--38194	64	2.1	61	81	6	149	70	18	2	8	1.23
38122--38197	21	3.5	21	80	7	89	72	21	2	3	1.13
38125--38199	22	3.3	24	68	21	70	72	20	2	5	1.17
48326--48367	21	2.0	21	85	0	57	35	19	16	28	1.93
49121--49257	52	2.6	52	92	0	229	37	24	10	27	1.89
62374--62400	12	2.2	12	100	0	54	74	0	25	0	0.83
63659--63704	18	2.6	18	96	0	83	26	17	13	43	1.85
63839--63881	20	2.2	20	87	8	61	27	20	13	37	1.91
66370--66639	52	5.2	52	86	2	364	35	22	14	27	1.93
74754--74822	36	1.9	36	90	0	111	20	14	28	36	1.92
74790--74934	56	2.6	56	91	0	227	23	15	28	32	1.95
75782--75818	17	2.1	18	90	5	58	62	10	2	24	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78283--78410	42	3.0	42	87	4	195	33	14	28	22	1.94
78372--78541	24	6.8	24	69	12	90	32	18	28	20	1.96
78367--78517	52	2.9	52	87	0	230	33	17	27	21	1.96
78408--78494	28	3.3	27	72	18	83	35	18	25	20	1.95
78426--78595	80	2.2	76	86	4	232	31	17	28	21	1.96
78508--78701	54	3.6	52	82	6	219	33	15	27	22	1.95
78610--78701	24	3.7	24	72	18	71	34	16	29	19	1.94
82828--82865	19	2.0	20	94	5	69	78	10	2	7	1.04
99572--99603	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
107338--107462	60	2.1	60	84	0	160	24	16	32	26	1.96
107339--107462	30	4.1	30	83	2	133	24	16	32	26	1.96
107513--107572	23	2.6	24	84	7	79	18	1	25	55	1.52
111850--111879	3	10.3	3	92	7	53	0	0	30	70	0.88
116143--116482	171	2.0	171	94	1	592	32	11	15	40	1.83
134091--134147	22	2.5	22	77	2	60	66	1	24	7	1.26
134460--134539	29	2.8	29	79	5	74	33	6	5	55	1.47
136525--136571	24	2.0	24	87	8	69	51	4	12	31	1.59
140915--140945	15	2.1	15	93	0	53	35	16	16	32	1.91
157876--157998	23	5.3	23	85	6	160	39	23	27	8	1.84
159788--160030	121	2.0	121	100	0	486	26	21	10	41	1.86
165316--165556	121	2.0	121	85	1	322	23	24	22	29	1.99
167319--167721	202	2.0	202	93	0	680	34	22	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169233--169303	17	4.2	17	92	0	106	49	14	18	18	1.80
169267--169312	23	2.0	23	83	8	58	50	10	15	23	1.75
169233--169321	34	2.6	34	85	0	106	48	12	19	20	1.80
179061--179086	9	2.9	9	100	0	52	11	0	23	65	1.25
179144--179187	18	2.4	18	80	0	52	22	11	20	45	1.83
183057--183167	55	2.0	55	85	0	150	24	18	28	28	1.98
190178--190202	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
196025--196058	17	2.0	17	88	11	52	55	11	8	23	1.63
196606--196701	30	3.2	30	86	0	138	46	27	17	8	1.76
208748--209024	58	4.8	57	74	9	177	39	2	23	35	1.68
208836--209053	29	7.5	29	71	12	126	38	1	22	36	1.63
208836--209068	58	4.0	59	80	3	249	38	1	23	36	1.65
208860--209068	29	7.2	28	71	10	134	38	1	24	35	1.65
208976--209092	59	2.0	59	86	3	164	35	3	25	35	1.73
210086--210164	9	8.7	9	69	8	52	39	5	3	51	1.42
210082--210116	15	2.3	15	90	0	52	40	0	2	57	1.14
210855--210950	6	16.7	6	73	12	85	52	2	1	44	1.19
210855--210950	17	5.6	17	82	1	120	52	2	1	44	1.19
211273--212289	206	4.9	206	90	0	1509	22	21	19	36	1.95
223690--223986	59	5.1	58	81	9	275	37	2	24	36	1.68
223690--223986	117	2.5	115	82	9	327	37	2	24	36	1.68
223695--223974	30	9.5	30	72	10	163	38	2	22	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223783--223986	29	7.0	29	72	13	152	36	1	24	37	1.67
224976--225054	9	8.7	9	69	8	52	40	7	1	50	1.39
224972--225006	15	2.3	15	90	0	52	42	2	0	54	1.15
225743--225781	6	6.7	6	85	5	53	53	2	0	43	1.14
230042--230085	20	2.2	20	84	8	54	36	0	9	54	1.32
232587--232632	7	6.6	7	97	0	65	30	0	63	6	1.20
232587--232632	14	3.3	14	93	0	74	30	0	63	6	1.20
236221--236528	155	2.0	155	97	0	580	31	27	12	27	1.93
236969--237022	20	2.6	21	80	16	60	50	0	9	40	1.35
247307--247337	16	1.9	16	93	0	53	0	12	0	87	0.55
254262--254293	15	2.2	14	94	5	55	18	28	9	43	1.81
256731--256807	11	6.8	12	70	24	51	51	0	3	44	1.19
256735--256775	21	2.0	20	85	4	55	48	0	7	43	1.30
256736--256807	37	2.0	36	84	13	94	52	0	4	43	1.20
258902--259395	123	4.0	123	86	2	672	39	11	6	43	1.66
259120--259166	21	2.2	22	81	11	53	29	8	2	59	1.39
274058--274214	50	3.1	50	78	3	165	34	18	24	22	1.96
274299--274466	40	4.2	40	78	4	151	30	23	20	25	1.98
274279--274449	40	4.3	40	77	3	139	31	23	17	26	1.97
274240--274430	79	2.4	79	81	1	213	33	21	17	27	1.96
274641--274952	149	2.1	151	85	2	432	36	18	18	26	1.94
275379--275408	14	2.2	14	94	5	53	76	16	0	6	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280307--280361	28	2.0	28	85	7	76	36	1	7	54	1.39
280320--280374	6	9.5	6	78	7	51	41	1	3	52	1.29
280294--280367	17	4.4	17	78	0	85	37	1	6	54	1.36
282169--282447	88	3.2	87	79	9	273	35	23	4	36	1.75
282171--282543	58	6.4	57	73	16	216	35	25	4	34	1.76
282157--282514	30	12.2	28	72	15	171	35	25	3	34	1.75
282334--282505	57	2.9	58	77	7	161	36	27	3	33	1.74
282315--282640	29	11.3	27	70	14	158	34	27	4	33	1.77
282337--282627	87	3.4	85	77	7	257	34	27	4	32	1.78
282562--282651	27	3.2	28	75	10	103	31	32	6	30	1.83
282667--282735	29	2.4	28	80	2	84	31	27	10	30	1.90
286840--286879	16	2.5	16	84	12	55	65	0	0	35	0.93
287771--287858	30	3.0	30	84	1	106	32	18	5	43	1.73
287817--287921	29	3.7	27	76	13	88	34	20	3	40	1.71
287875--288120	29	8.5	30	72	16	112	32	27	6	32	1.83
287973--288152	57	3.1	55	79	13	177	29	33	8	28	1.87
287965--288141	29	6.1	28	78	10	151	30	32	8	28	1.87
288173--288235	29	2.2	29	82	2	74	33	25	11	30	1.90
297642--297848	103	2.0	103	97	0	387	23	28	10	37	1.88
299253--299300	18	2.7	18	86	0	69	60	4	22	12	1.49
299828--299876	24	2.0	25	84	4	64	65	10	8	16	1.46
319142--319184	21	2.0	22	90	4	70	62	2	34	0	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319141--319179	12	3.2	12	88	0	51	64	0	35	0	0.94

Tables:   1

The End!