genome.fa.s15061.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015061.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130105, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  399537

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157--194	7	5.4	7	81	12	51	0	26	0	73	0.83
158--195	4	9.5	4	83	11	51	0	23	0	76	0.79
148--200	17	3.2	16	82	10	63	0	30	0	69	0.88
1487--1530	14	3.2	14	80	6	54	40	0	0	59	0.98
8960--9018	21	2.8	21	84	5	66	38	15	5	40	1.69
15965--16007	18	2.3	18	84	8	59	44	0	0	55	0.99
22167--22302	53	2.6	53	89	0	191	37	22	12	27	1.90
23169--23216	22	2.3	22	82	13	57	27	14	4	54	1.59
25765--25796	2	16.0	2	93	0	55	0	0	46	53	1.00
29785--29846	30	2.1	30	100	0	124	22	12	27	37	1.91
31882--31930	15	3.3	15	83	8	64	51	0	0	48	1.00
31939--32024	43	2.0	44	95	2	156	41	6	2	48	1.43
35912--35960	24	2.1	23	81	11	55	34	2	14	48	1.55
41223--41262	20	2.0	20	85	0	53	22	17	2	57	1.52
45291--45354	29	2.2	30	91	2	103	25	4	15	54	1.60
48732--48775	20	2.2	20	84	8	54	63	6	4	25	1.38
48818--48915	29	3.2	29	72	8	81	61	6	1	31	1.27
48889--49004	9	12.7	9	65	19	53	58	1	1	37	1.18
48931--49096	10	17.6	9	68	21	74	57	1	3	37	1.24
48931--49082	29	5.2	29	76	12	109	56	1	3	38	1.27
49020--49097	19	4.2	19	76	20	76	60	0	1	38	1.05
49066--49096	16	2.0	15	93	6	53	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49185--49222	18	2.1	18	100	0	76	55	5	5	34	1.45
53293--53453	18	8.1	19	63	18	60	35	2	3	58	1.29
53275--53428	28	5.2	28	72	21	82	34	1	3	59	1.27
53275--53490	10	23.6	9	65	18	81	34	1	3	60	1.25
57092--57167	40	1.9	40	82	15	95	61	2	6	28	1.34
57739--57786	15	3.1	15	75	3	51	54	2	6	37	1.38
76286--76338	22	2.5	21	78	3	70	47	13	20	18	1.82
80873--80926	21	2.6	21	76	5	56	29	1	3	64	1.21
86848--86897	17	2.9	17	82	11	50	58	8	0	34	1.28
88951--89016	24	2.8	24	100	0	132	46	15	18	19	1.83
99313--99362	6	9.6	5	80	20	50	74	0	20	6	1.03
99318--99362	16	2.8	17	86	6	67	73	0	20	6	1.05
99313--99362	10	4.8	10	84	15	50	74	0	20	6	1.03
102814--102895	28	3.0	28	83	1	94	48	25	3	21	1.66
102943--102978	17	2.1	17	100	0	72	47	5	16	30	1.70
104461--104503	21	2.1	21	95	4	79	58	13	0	27	1.37
104869--104926	4	14.2	4	79	16	66	0	27	0	72	0.85
104866--104929	28	2.3	28	94	5	112	0	28	0	71	0.86
104869--104934	17	4.0	17	77	16	68	0	28	0	71	0.87
105127--105179	27	2.0	27	88	7	81	20	33	20	24	1.97
105740--105813	36	2.1	36	89	0	112	48	16	10	24	1.77
107076--107152	18	4.3	18	81	6	84	27	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107084--107152	36	1.9	36	88	5	104	28	21	23	26	1.99
107086--107169	18	4.6	18	84	1	69	29	21	22	26	1.99
109174--109242	26	2.7	26	90	0	111	23	21	28	26	1.99
109016--109357	184	1.9	184	85	1	479	28	24	24	22	1.99
110167--110205	18	2.2	18	85	0	51	43	17	0	38	1.50
119125--119184	20	3.1	20	65	26	56	25	15	30	30	1.95
126535--126581	12	3.9	12	75	10	51	23	36	8	31	1.85
131312--131364	27	1.9	28	85	11	74	32	9	9	49	1.67
143506--143544	17	2.2	18	86	4	53	51	5	2	41	1.38
143639--143802	90	1.8	90	89	0	256	37	18	9	34	1.83
143905--143961	20	2.7	20	81	8	60	64	3	5	26	1.30
143884--143954	22	3.2	22	74	4	61	67	1	4	26	1.17
143919--144047	10	13.4	10	69	14	51	64	0	6	28	1.23
143929--144047	57	2.1	58	84	7	154	63	0	6	28	1.25
144302--144339	17	2.3	17	86	4	51	39	0	2	57	1.12
144279--144396	46	2.6	45	81	13	136	34	0	1	62	1.11
144317--144368	27	1.9	27	84	0	68	36	0	0	63	0.95
152810--152924	43	2.7	43	90	0	167	25	5	8	60	1.47
153222--153259	20	2.0	20	89	5	60	21	2	23	52	1.59
153425--153653	63	3.9	59	71	20	167	33	14	16	35	1.89
153426--153595	62	2.8	60	77	11	166	33	12	17	37	1.87
157219--157253	18	2.0	18	88	5	54	31	5	2	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157803--157836	17	2.0	17	88	0	50	35	5	0	58	1.22
160660--160773	57	2.0	57	85	0	156	26	13	19	41	1.88
165521--165636	60	1.9	60	87	3	171	53	7	18	20	1.69
165531--165623	29	3.1	30	71	11	84	55	6	17	20	1.63
165887--165942	29	1.9	29	88	0	85	48	14	5	32	1.66
166386--166498	49	2.3	50	81	10	133	41	3	7	46	1.50
166789--166823	2	17.5	2	88	11	54	2	48	0	48	1.16
168254--168304	22	2.3	22	96	0	93	21	29	11	37	1.89
170629--170665	16	2.2	18	85	9	51	32	5	16	45	1.70
171846--171875	4	7.8	4	92	7	53	73	0	26	0	0.84
187876--187912	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
200351--200638	157	1.8	158	81	5	357	32	11	9	46	1.72
200507--201238	90	8.2	89	74	7	515	27	11	13	46	1.78
201315--201632	92	3.4	91	80	6	309	29	8	11	50	1.67
201243--202294	90	11.5	90	72	10	548	28	9	12	49	1.72
202306--202333	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
201825--202325	278	1.8	278	79	8	601	28	10	12	47	1.76
202484--202710	92	2.5	90	84	4	285	26	7	11	54	1.63
206460--206541	21	4.0	20	77	16	87	75	1	13	9	1.10
206457--206540	34	2.4	34	78	9	80	75	1	14	9	1.11
209685--209729	2	22.5	2	95	0	81	51	2	0	46	1.13
222326--222359	17	2.0	17	88	11	52	76	2	14	5	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226458--226491	17	1.9	18	94	5	61	41	26	2	29	1.70
234785--234827	15	2.8	16	85	3	61	37	2	0	60	1.10
242156--242218	30	2.1	30	96	0	117	36	15	14	33	1.88
242091--242296	107	1.9	107	97	0	394	33	14	14	37	1.86
255147--255212	29	2.3	30	78	5	73	39	3	0	57	1.14
271368--271405	15	2.5	15	87	12	51	73	2	2	21	1.07
274038--274077	6	6.7	6	100	0	80	32	0	52	15	1.43
277599--277666	29	2.3	30	82	7	86	44	7	11	36	1.69
280551--280585	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
280726--280831	55	2.0	54	83	7	135	47	4	5	42	1.48
280723--280846	54	2.3	54	77	12	130	48	4	8	39	1.52
283490--283519	12	2.5	12	88	0	51	83	0	0	16	0.65
290437--290479	18	2.4	17	82	17	52	53	0	2	44	1.13
299150--299192	13	3.2	13	76	3	50	30	0	0	69	0.88
300138--300162	7	3.6	7	100	0	50	0	16	0	84	0.63
303621--303658	2	19.0	2	94	0	67	50	2	47	0	1.15
311130--311180	24	2.1	24	100	0	102	27	11	21	39	1.88
339164--339211	19	2.5	20	89	6	80	60	0	0	39	0.97
344036--344097	28	2.2	28	88	0	88	58	9	6	25	1.54
348649--348688	15	2.7	15	100	0	80	12	25	62	0	1.30
352217--352281	29	2.2	29	86	5	87	27	26	7	38	1.83
362881--362929	15	3.3	15	85	0	71	26	22	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
372272--372659	194	2.0	194	98	0	749	42	7	10	38	1.69
378609--378649	22	1.9	21	85	14	57	31	2	4	60	1.30
378995--379132	9	14.9	9	72	15	95	31	0	2	65	1.13
378986--379132	29	5.3	27	70	16	72	30	1	3	64	1.18
378952--379105	63	2.4	62	76	13	145	32	1	2	62	1.19
379007--379104	20	5.1	20	73	21	68	31	1	2	65	1.11
379042--379113	37	2.0	36	86	8	101	30	1	0	68	0.99
379077--379130	10	5.3	10	78	10	56	31	0	3	64	1.11
391352--391378	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
392622--392793	86	2.0	86	100	0	344	38	6	10	44	1.66

Tables:   1   2