genome.fa.s15076.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015076.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130120, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  253429

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797--893	37	2.6	37	83	0	131	32	16	22	27	1.96
695--1464	194	3.9	195	83	5	782	36	20	22	20	1.95
870--1516	205	3.2	205	83	3	829	36	21	22	20	1.96
2023--2290	29	9.4	28	74	16	194	29	32	5	32	1.82
2095--2283	58	3.2	58	86	6	274	31	31	4	31	1.79
11468--11637	50	3.4	50	87	0	234	40	16	28	15	1.89
11412--11693	50	5.6	50	78	4	230	40	16	27	15	1.89
12203--13111	206	4.4	206	91	0	1408	35	19	22	22	1.96
13414--13495	6	14.0	6	73	19	66	43	1	3	51	1.27
13414--13495	18	4.8	16	77	15	83	43	1	3	51	1.27
13414--13495	35	2.4	34	79	8	94	43	1	3	51	1.27
14195--14247	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
15325--15545	29	7.6	29	71	11	166	34	24	2	38	1.70
15333--15545	58	3.7	58	82	9	213	33	25	2	38	1.71
15348--15579	58	4.0	58	76	9	181	32	24	3	38	1.74
15465--15621	60	2.6	60	78	8	135	31	25	5	37	1.78
15597--15658	29	2.2	28	82	8	72	27	27	11	33	1.91
16574--16604	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
17302--17345	23	1.9	23	81	9	54	52	0	2	45	1.13
20544--20671	17	7.4	17	81	6	150	39	0	3	55	1.24
20544--20671	35	3.7	34	81	5	150	39	0	3	55	1.24
20544--20671	52	2.5	52	84	5	170	39	0	3	55	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20555--20652	12	8.4	12	73	15	71	37	1	5	56	1.28
22119--22299	30	6.1	30	84	2	240	38	2	25	34	1.68
22119--22299	59	3.0	60	88	1	213	38	2	25	34	1.68
22119--22299	89	2.0	89	88	2	265	38	2	25	34	1.68
23831--23883	3	17.0	3	85	14	72	64	0	1	33	1.05
25015--25485	59	8.1	60	79	12	343	35	27	3	33	1.74
25232--25543	86	3.6	85	80	8	301	33	27	5	33	1.79
25057--25544	29	16.7	29	75	14	341	34	27	4	33	1.77
29094--29244	39	3.9	39	83	0	176	40	23	15	20	1.91
29736--29783	15	3.2	14	80	19	53	75	10	14	0	1.06
29982--30091	52	2.1	54	86	10	156	31	9	6	52	1.58
34341--34486	30	4.9	30	93	0	231	42	17	0	40	1.49
34341--34515	90	2.0	90	85	3	237	41	18	1	39	1.58
46358--46795	49	8.9	49	72	8	318	37	18	25	17	1.93
46359--46802	99	4.5	99	89	3	653	38	18	25	17	1.92
48593--48805	30	7.2	29	79	10	202	38	19	2	39	1.66
48593--48789	59	3.3	59	83	6	186	38	17	3	41	1.65
59118--59150	12	2.8	12	95	0	57	72	0	0	27	0.85
64686--64746	22	2.8	22	85	5	79	22	18	18	40	1.91
66678--66715	20	1.9	20	88	0	58	42	0	0	57	0.98
70617--70724	39	2.7	39	91	4	162	25	19	32	22	1.97
70569--70969	77	5.1	77	79	7	364	27	18	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70827--71112	115	2.5	115	80	7	339	29	16	22	31	1.96
70590--71223	38	16.2	39	71	14	238	27	17	24	31	1.97
70943--71223	77	3.6	79	78	9	256	27	16	23	32	1.96
83176--83206	13	2.5	13	94	5	55	29	0	12	58	1.35
91570--91596	12	2.2	12	100	0	54	59	7	0	33	1.25
94063--94103	18	2.3	18	84	16	59	56	2	0	41	1.13
94069--94120	25	2.1	25	85	7	70	57	3	0	38	1.17
96324--96374	21	2.4	22	83	12	70	9	5	17	66	1.40
96713--96795	40	2.1	40	93	0	139	36	20	6	37	1.77
115682--115749	22	3.2	21	87	8	93	5	4	19	70	1.25
115732--115847	12	10.1	12	73	9	71	7	3	19	68	1.29
115682--115749	20	3.3	20	87	8	84	5	4	19	70	1.25
115740--115861	44	2.8	43	83	5	136	9	3	18	68	1.30
115732--115848	56	2.1	56	82	3	137	7	3	19	69	1.28
116802--116848	22	2.1	23	84	4	60	31	2	6	59	1.34
119708--119759	26	2.0	27	96	3	97	34	19	0	46	1.50
119708--119767	26	2.2	26	91	5	93	36	18	0	45	1.50
130562--130613	21	2.5	21	96	0	95	25	9	26	38	1.86
134258--134336	24	3.3	24	82	1	88	73	13	2	10	1.19
134213--134306	12	7.8	12	78	0	89	68	19	4	8	1.33
134207--134313	36	3.0	36	80	0	124	69	16	4	9	1.33
134267--134306	21	1.9	22	90	10	66	75	17	0	7	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134306--134345	20	2.0	20	85	5	53	67	15	7	10	1.41
138559--138628	30	2.5	28	90	6	106	51	0	0	48	1.00
138713--139028	158	2.0	159	93	0	535	38	7	14	38	1.75
148807--148941	65	2.1	65	94	0	234	34	15	17	31	1.92
154818--154861	22	2.0	22	83	12	56	77	4	4	13	1.08
155745--155784	17	2.3	18	91	4	64	65	2	5	27	1.27
162158--162186	14	2.1	14	100	0	58	48	6	6	37	1.57
163917--163961	16	2.8	16	89	0	54	44	4	35	15	1.67
165992--166029	20	1.9	20	88	0	58	28	10	34	26	1.90
174517--174579	23	2.8	22	81	11	74	25	1	3	69	1.12
174767--174827	16	3.9	15	75	12	52	32	0	0	67	0.91
175632--175669	16	2.4	16	86	8	51	52	7	2	36	1.45
176947--177080	57	2.4	57	79	9	139	53	14	5	25	1.64
177712--177859	71	2.1	71	97	0	278	44	15	6	33	1.71
181446--181492	22	2.1	22	84	0	58	63	14	6	14	1.49
182726--182763	3	12.7	3	100	0	76	0	34	0	65	0.93
187976--188025	20	2.5	20	84	12	59	26	0	2	72	0.96
188120--188160	17	2.4	16	84	15	55	78	2	0	19	0.87
189495--189532	19	2.0	19	89	0	58	68	0	0	31	0.90
189550--189602	21	2.6	20	77	16	63	22	9	18	49	1.76
191031--191076	18	2.6	18	93	6	76	39	13	21	26	1.90
192095--192131	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194824--194866	18	2.4	18	84	0	50	44	23	25	6	1.78
202880--202941	28	2.2	28	85	0	88	53	4	9	32	1.55
210505--210587	23	3.5	24	85	4	91	40	16	12	30	1.85
210524--210604	12	6.7	12	69	11	58	41	14	13	29	1.84
214451--214540	45	2.0	45	88	0	135	20	10	23	46	1.80
222954--223004	22	2.3	22	86	0	66	54	11	5	27	1.59
223576--223693	34	3.5	34	91	0	182	48	2	31	17	1.61
223576--223693	17	6.9	17	69	3	94	48	2	31	17	1.61
228410--228502	34	2.7	34	84	0	132	46	2	32	19	1.62
230616--230685	32	2.3	29	80	11	77	65	2	1	30	1.15
230890--230927	18	2.2	17	86	13	51	50	5	7	36	1.54
236473--237038	29	19.5	29	69	14	228	35	5	24	35	1.78
236614--236894	146	1.9	147	84	7	376	37	4	23	34	1.76
236473--237038	58	9.8	57	72	14	272	35	5	24	35	1.78
236638--237068	59	7.3	58	73	11	260	36	3	23	35	1.74
236637--237081	29	15.1	29	73	11	241	36	4	24	35	1.74
238954--239048	17	5.5	17	77	6	84	53	8	2	35	1.43
239430--240416	209	4.7	209	85	4	1288	22	21	18	37	1.94
240306--240549	123	2.0	123	86	3	339	21	20	19	38	1.94
240067--240748	332	2.1	332	89	1	1035	23	20	18	37	1.94
240399--240794	209	1.9	209	84	3	537	22	21	17	37	1.94
240607--240973	172	2.1	172	87	2	540	22	23	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240429--241175	381	2.0	381	85	3	1022	22	22	17	37	1.94
240779--241233	209	2.2	209	87	3	648	23	22	16	36	1.94
241774--242012	50	4.8	49	75	10	184	15	28	17	39	1.90
242951--242994	22	2.0	23	86	4	63	0	18	4	77	0.94
242948--243042	32	3.0	31	77	14	88	5	15	2	76	1.05
242946--243031	20	4.2	19	72	14	64	3	16	2	77	1.00
242963--243056	43	2.2	41	81	14	102	8	12	2	76	1.09
242975--243039	28	2.2	30	81	8	80	7	15	0	76	0.99
248268--248867	87	6.8	89	72	14	342	36	5	24	34	1.78
248445--248898	29	15.5	28	72	14	180	36	3	22	37	1.72

Tables:   1   2