Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01015076.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130120, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 253429
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Warning! 328 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:248669 original size:58 final size:57
Alignment explanation
Indices: 248264--248777 Score: 255
Period size: 58 Copynumber: 8.8 Consensus size: 57
248254 TGGATGCCTA
* * *
248264 AGGGTAAAATGGTAATTTTCGAAAGTTCGA-GGCAAAAATGTAATGTTTAGA-AGCTCG
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTCGAGGGTAAAAATGTAAT-TTTAGACA-TTCG
* * * * * *
248321 AGGGAAAAATGGTAATTTTAGGATGATCGAGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGACACTT-G
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTCGAGGGTAAAAAT-GTAA-TTTTAGACA-TTCG
* * * * *
248379 AAGGGGTAAAATGGTAATTGTTGGACG-TCAGAGGGT-AAAATGGTAAATTTTACACACTC-
1 -A-GGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTC-GAGGGTAAAAAT-GT-AATTTTAGACATTCG
* * * * *
248438 AGGGGCT-AAAT-GTAA-TTTTGAAAAGTT-TAAGGTCAAAAATGTAATTTTTGGGCA-TCT
1 A-GGG-TAAAATGGTAATTTTTG-AAAGTTCGAGGGT-AAAAATGTAA-TTTTAGACATTCG
* * * * *
248495 AGGGGTAAAATGGTAA-TTTGGGATGTTCG-GGG-ATAAAATGGTAATTTTTGAAAAGTAT-G
1 A-GGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTCGAGGGTA-AAAAT-GTAATTTTAG-ACA-T-TCG
* * **
248554 -GGGTCAAAAT-GTAATTTTTGGATA-TTCGAGGAT-AAAATGGTAATTTTTTA-ATGTTCG
1 AGGGT-AAAATGGTAATTTTT-GAAAGTTCGAGGGTAAAAAT-GTAA--TTTTAGACATTCG
* *
248611 AGAGTAAAATGGTAATTTTTGAAAAGTT-TAGGGTCAAAAATGTAATTTTAGACATTCG
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTG-AAAGTTCGAGGGT-AAAAATGTAATTTTAGACATTCG
* *
248669 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTCGAGAGGGATAAAAATATAATTTTTTGACATTC-
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTC--GAGGG-TAAAAATGTAA-TTTTAGACATTCG
* * *
248729 AGGGGTAGAATGGTAATTTTTGAATGTTCGAGGGTAAAAATGGAATTTT
1 A-GGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTCGAGGGTAAAAATGTAATTTT
248778 TGATAAGTTT
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 55, Indels: 92
0.71 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
55 1 0.00
56 24 0.07
57 95 0.27
58 110 0.31
59 22 0.06
60 65 0.18
61 39 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.06, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (57 bp):
AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTCGAGGGTAAAAATGTAATTTTAGACATTCG
Found at i:248745 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 248607--248760 Score: 183
Period size: 61 Copynumber: 2.6 Consensus size: 60
248597 TTTTTTAATG
* * *
248607 TTCGAGAGTAAAATGGTAATTTTTGAAAAGTT---TAGGGTCAAAAATGTAATTTTAGACA
1 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTG-AAAGTTCGAGAGGGTCAAAAATATAATTTTAGACA
*
248665 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTCGAGAGGGAT-AAAAATATAATTTTTTGACA
1 TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTCGAGAGGG-TCAAAAATATAA-TTTTAGACA
* *
248726 TTC-AGGGGTAGAATGGTAATTTTTGAATGTTCGAG
1 TTCGA-GGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTCGAG
248761 GGTAAAAATG
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 6, Indels: 9
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
57 6 0.07
58 24 0.29
60 14 0.17
61 40 0.48
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.24, T:0.35
Consensus pattern (60 bp):
TTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTCGAGAGGGTCAAAAATATAATTTTAGACA
Found at i:248780 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 248264--248810 Score: 227
Period size: 29 Copynumber: 18.8 Consensus size: 29
248254 TGGATGCCTA
* *
248264 AGGGTAAAATGGTAATTTTCGAAAGTTCG
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAATGTTCG
** * *
248293 AGGCAAAAAT-GTAATGTTTAGAA-GCTCG
1 AGGGTAAAATGGTAAT-TTTTGAATGTTCG
* * * *
248321 AGGGAAAAATGGTAATTTTAGGATGATCG
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAATGTTCG
*
248350 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGGACA-CTT-G
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTT-GA-ATGTTCG
* * *
248379 AAGGGGTAAAATGGTAATTGTTGGACG-TCAG
1 -A-GGGTAAAATGGTAATTTTTGAATGTTC-G
* ***
248410 AGGGTAAAATGGTAAATTTT-ACACACTC-
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGA-ATGTTCG
* *
248438 AGGGGCT-AAAT-GTAA-TTTTGAAAAGTT-T
1 A-GGG-TAAAATGGTAATTTTTG-AATGTTCG
* * * *
248466 AAGGTCAAAAAT-GTAATTTTTG--GGCATCT
1 AGGGT--AAAATGGTAATTTTTGAATG-TTCG
* *
248495 AGGGGTAAAATGGTAA-TTTGGGATGTTCG
1 A-GGGTAAAATGGTAATTTTTGAATGTTCG
*
248524 -GGGATAAAATGGTAATTTTTGAAAAGTAT-G
1 AGGG-TAAAATGGTAATTTTTG-AATGT-TCG
* *
248554 -GGGTCAAAAT-GTAATTTTTGGATATTCG
1 AGGGT-AAAATGGTAATTTTTGAATGTTCG
* *
248582 AGGATAAAATGGTAATTTTTTAATGTTCG
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAATGTTCG
* * *
248611 AGAGTAAAATGGTAATTTTTGAAAAGTT-T
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTG-AATGTTCG
*
248640 AGGGTCAAAAAT-GTAATTTTAGACA--TTCG
1 AGGGT--AAAATGGTAATTTTTGA-ATGTTCG
*
248669 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAAAGTTCGAG
1 AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAATGTTC--G
*
248700 AGGGATAAAAAT-ATAATTTTTTGACA--TTC-
1 AGGG-T-AAAATGGTAA-TTTTTGA-ATGTTCG
*
248729 AGGGGTAGAATGGTAATTTTTGAATGTTCG
1 A-GGGTAAAATGGTAATTTTTGAATGTTCG
* *
248759 AGGGTAAAAATGG-AATTTTTGATAAGTT-T
1 AGGGT-AAAATGGTAATTTTTGA-ATGTTCG
*
248788 AGGGTCTAAAT-GTAATTTTTGAA
1 AGGGT-AAAATGGTAATTTTTGAA
248811 AAGTTTAAAG
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 57, Indels: 115
0.70 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.00
27 18 0.04
28 86 0.21
29 190 0.47
30 58 0.14
31 31 0.08
32 7 0.02
33 12 0.03
34 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.26, T:0.34
Consensus pattern (29 bp):
AGGGTAAAATGGTAATTTTTGAATGTTCG
Found at i:248814 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 248529--248898 Score: 200
Period size: 29 Copynumber: 12.5 Consensus size: 30
248519 GTTCGGGGAT
* *
248529 AAAATGGTAATTTTTGAAAAGTAT-GGGGTC
1 AAAAT-GTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGGTC
* * ** *
248559 AAAATGTAATTTTTGGATA-TTCGAGGAT-
1 AAAATGTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGGTC
* * ** *
248587 AAAATGGTAATTTTT-TAATGTTCGAGAGT-
1 AAAAT-GTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGGTC
248616 AAAATGGTAATTTTTGAAAAGTTT-AGGGTC
1 AAAAT-GTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGGTC
* * **
248646 AAAAATGTAATTTTAG-ACA-TTCGAGGGT-
1 -AAAATGTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGGTC
* *
248674 AAAATGGTAATTTTTG-AAAGTTCGAGAGGGATA
1 AAAAT-GTAATTTTTGAAAAGTT-TA-AGGG-TC
* * * *
248707 AAAATATAATTTTTTG-ACA-TTCAGGGGT-
1 AAAATGTAA-TTTTTGAAAAGTTTAAGGGTC
* * ** *
248735 AGAATGGTAATTTTTG-AATGTTCGAGGGTA
1 AAAAT-GTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGGTC
* *
248765 AAAATGGAATTTTTGATAAGTTT-AGGGTC
1 AAAATGTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGGTC
* *
248794 TAAATGTAATTTTTGAAAAGTTTAAAGGTC
1 AAAATGTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGGTC
*
248824 AAAATATAATTTTTGGAAAA-TTTAAGGGT-
1 AAAATGTAATTTTT-GAAAAGTTTAAGGGTC
*
248853 AATAATGTAATTTTT-AGAAAGTTTAATGGTC
1 AA-AATGTAATTTTTGA-AAAGTTTAAGGGTC
248884 AAAATGTAATTTTTG
1 AAAATGTAATTTTTG
248899 GAGAGTTCAG
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 47, Indels: 49
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
27 5 0.02
28 32 0.12
29 109 0.41
30 86 0.32
31 17 0.06
32 6 0.02
33 13 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.04, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (30 bp):
AAAATGTAATTTTTGAAAAGTTTAAGGGTC
Found at i:250735 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 250708--250802 Score: 93
Period size: 17 Copynumber: 5.5 Consensus size: 17
250698 TTAAATTTTT
250708 ATTTCAAAATAAATTTAA
1 ATTT-AAAATAAATTTAA
250726 ATTTAAAATAAATTTAA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
* **
250743 ACTCT-AAATAAGCTTAA
1 A-TTTAAAATAAATTTAA
* *
250760 ACTTACAATAAATTTAA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
* * *
250777 ACTTAAAATGAATTAAA
1 ATTTAAAATAAATTTAA
250794 ATTTAAAAT
1 ATTTAAAAT
250803 TTAAAATTGA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 12, Indels: 5
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.02
17 56 0.89
18 6 0.10
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Consensus pattern (17 bp):
ATTTAAAATAAATTTAA
Done.