Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01015082.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130126, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 986 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:413682 original size:47 final size:48
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Indices: 413628--413747 Score: 190
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Statistics
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Found at i:415619 original size:30 final size:30
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* *
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* * * *
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* * *
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1 ATTTTGACCCCTAAACTTTTCCAAAATTAC
*
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* * * *
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* *
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* *
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* * * *
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1 ATTTTGACCCCT-AAACTTTTCCAAAATTAC
* *
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1 ATTTTGACCCCTAAACTTTTCCAAAATTAC
415948 ATTTT
1 ATTTT
415953 AACCTGAATT
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 45, Indels: 32
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
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29 64 0.19
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32 13 0.04
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ATTTTGACCCCTAAACTTTTCCAAAATTAC
Found at i:430665 original size:28 final size:28
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430624 CCTCCTAGTG
* *
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* * * *
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*
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1 TTTTT-AAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* ** *
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1 TTTTTAAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* * *
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* *
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1 TTTTT-AAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* * * * *
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** *
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1 TTTTTAAAACGCCTATTTTC-GTAATTAA
430875 TTTTT--AA-----ATTTTCTGTAATTAA
1 TTTTTAAAACGCCTATTTTC-GTAATTAA
* * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * *
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* * *
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* *
431036 TTTTTAAAAACGCTTACTTTCGTAATTAA
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* * * *
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*
431091 TTTTTAAAAACACCTATTTTCG-AATTAA
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
431174 TTTTTAAAAATGCCTATTTTCATAATTAA
1 TTTTT-AAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* * * * *
431203 TTCTAAAAATGCCTATTTTTGTAA-AAA
1 TTTTTAAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* * ** * *
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* *
431257 TTTTTAAAAAAGCTTATTTTCGTAATTAA
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* *
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* * *
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* * * * *
431340 TTTTAAAAAAAAAGCTTGTTTTCATAATTAA
1 TTTT---TAAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* * *
431371 -TTTTAAAAAGCTTATTTTCATAATT-A
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* ** *
431397 TTTTAAAAAAACCTATTTTCGTAAAT-A
1 TTTTTAAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* *
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* * *
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*
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* * * *
431509 TATTTAAAAACGCCAATTTTCATAAAT-A
1 T-TTTTAAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* * *
431537 TATTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAAT-A
1 T-TTTTAAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* *
431565 TTTTTAAAAACACCTAATTTCGTAATT-A
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* * *
431593 TTTTAAAAACGCCTATTCTCGTAAAT-A
1 TTTTTAAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* *
431620 TTTTTGAAAACGCCTATTTTCGTAAATAT
1 TTTTT-AAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* * *
431649 TTTTTAAAACACCTATTTTCATAAAT-A
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* * *
431676 TTTTTAAAATGCCTATTTTCTTAA-TCA
1 TTTTTAAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* * *
431703 TTTTTAAAAACGCCTGTTTTCATAATTAT
1 TTTTT-AAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
** * *
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1 TTTTTAAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* * *
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*
431785 TTTTTAAAAAGCCTATTTTCGTAATT-A
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* * * *
431812 TTTTTAAAA-GACTGTTTTTGTAAAT-A
1 TTTTTAAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
* *
431838 TTTTTAAAAACGCCAATTTTCGTAATTGA
1 TTTTT-AAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
431867 TTTT
1 TTTT
431871 AAATTCACAA
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 191, Indels: 109
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 19 0.02
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TTTTTAAAACGCCTATTTTCGTAATTAA
Found at i:430719 original size:56 final size:56
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* * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAAATA
* *
431731 TTTTTTAAAAATC-CC-ATCTTCGTAATT-A-TTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATA
1 -TTTTTAAAAA-CGCCTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAAATA
* * * *
431785 TTTTTAAAAA-GCCTATTTTCGTAATT-ATTTTTAAAA-GACTGTTTTTGTAAATA
1 TTTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAAATA
* * **
431838 TTTTTAAAAACGCCAATTTTCGTAATTGATTTT---AA-----A--TTCACAAATA
1 TTTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAAATA
* * * * ** * *
431884 TATTTAAAAATGCCTATTTTTGTAAAT-ATTTCTAAAAACAACTATTTTCATAATTA
1 TTTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAATTAATTT-TAAAAACGCCTATTTTCGTAAATA
* * * * *
431940 TTTTTAAAAACATCCT-TTTTTGT-ATATATTTTTAGAAACGCCTATTTTCGTAATTA
1 TTTTTAAAAAC-GCCTATTTTCGTAAT-TAATTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAAATA
* * * * *
431996 TTTTTAAAAACACCTATTTTCGTAATT-TTTTTAAAAACGCTTGTTTTCGTAATTA
1 TTTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAAATA
* * * * *
432051 TTTTTAAAAATGCTTATTTTCTTAATTATTTTTTAAAA
1 TTTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAA
432089 GATTTAAGAT
Statistics
Matches: 1133, Mismatches: 207, Indels: 119
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
45 4 0.00
46 30 0.03
47 26 0.02
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49 13 0.01
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TTTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAACGCCTATTTTCGTAAATA
Found at i:430784 original size:20 final size:20
Alignment explanation
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430749 TAAAAACCCT
430759 ATTTTAGTAAATATTTTTAA
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430779 ATTTTAGTAAATATTTTTAA
1 ATTTTAGTAAATATTTTTAA
430799 A
1 A
430800 AACGCCTATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 21 1.00
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ATTTTAGTAAATATTTTTAA
Found at i:430887 original size:21 final size:21
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430853 AAAAATCCTA
*
430863 TTTCTGTAAATATTTTTAAAT
1 TTTCTGTAAATAATTTTAAAT
*
430884 TTTCTGTAATTAATTTTAAA
1 TTTCTGTAAATAATTTTAAA
430904 AACGCTTATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.05, G:0.05, T:0.56
Consensus pattern (21 bp):
TTTCTGTAAATAATTTTAAAT
Found at i:431091 original size:83 final size:83
Alignment explanation
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430872 ATATTTTTAA
* * * ** ** **
430882 ATTTTCTGTAATTAATTTTAAAAACGCTTATTTCCATAGTTAAATTTAAAAATGCCTATTTTTAT
1 ATTTTC-GTAATTAATTTTAAAAA-GCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTCGT
* *
430947 AATTAATTTTAAAAACGCTT
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* * * * *
430967 ATTTTCATAAATAATTTTTAAAAAGCCTATTTCCGTAAATATTTTTAAAAATGCCAATTTCCGTA
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*
431032 ATTATTTTTAAAAACGCTT
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* * * **
431051 ACTTTCGTAATTAATTTTAAAAAGCCTAATTCCGTAAATATTTTTAAAAACACCTATTTTCG-AA
1 ATTTTCGTAATTAATTTTAAAAAGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAA
* * *
431115 TTAATTTTAAAAATGCCA
66 TTATTTTTAAAAACGCCT
* * * * * *
431133 ATTTCCATAAATAATTTTAAAAATGTCTATTTTTGTAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTCATA
1 ATTTTCGTAATTAATTTTAAAAA-GCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTCGTA
* * *
431198 ATTAATTCTAAAAATGCCT
65 ATTATTTTTAAAAACGCCT
* * ** * * *
431217 ATTTTTGTAA-AAATTTTAAAAATGTTTGTTTTCGTAAATATTTTTAAAAAAGCTTATTTTCGTA
1 ATTTTCGTAATTAATTTTAAAAA-GCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTCGTA
* *
431281 ATTAATTTTAAAAACGTCT
65 ATTATTTTTAAAAACGCCT
* * * * * *
431300 A-TTTCGTAATTAATTTTAAAAACACCTATTTTCGTAAATATTTTAAAAAAAAAGCTTGTTTTCA
1 ATTTTCGTAATTAATTTTAAAAA-GCCTATTTTCGTAAATATTTT--TAAAAATGCCTATTTTCG
* *
431364 TAATTAATTTTAAAAA-GCTT
63 TAATTATTTTTAAAAACGCCT
* * *
431384 ATTTTCATAATT-ATTTTAAAAAAACCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAAAAGCCTATTTTCGT
1 ATTTTCGTAATTAATTTT-AAAAAGCCTATTTTCGTAAATATTTTT-AAAAATGCCTATTTTCGT
* * *
431448 AAATATTTTTAAAAACGTCA
64 AATTATTTTTAAAAACGCCT
* * * * * *
431468 ATTTTCGTATTTAATTTTAAGAACGCCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAACGCCAATTTTCATA
1 ATTTTCGTAATTAATTTTAA-AAAGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTCGTA
* * *
431533 AATATATTTAAAAATGCCT
65 ATTATTTTTAAAAACGCCT
* * * * * * *
431552 ATTTTCGTAAATATTTTTAAAAACACCTAATTTCGTAATTA-TTTTAAAAACGCCTATTCTCGTA
1 ATTTTCGTAATTAATTTTAAAAA-GCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTCGTA
* *
431616 AATATTTTTGAAAACGCCT
65 ATTATTTTTAAAAACGCCT
* * * *
431635 ATTTTCGTAAATATTTTTTAAAACA-CCTATTTTCATAAATATTTTT-AAAATGCCTATTTTCTT
1 ATTTTCGTAATTA-ATTTTAAAA-AGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTCGT
*
431698 AATCATTTTTAAAAACGCCT
64 AATTATTTTTAAAAACGCCT
* * * * * * *
431718 GTTTTCATAATTATTTTTTAAAAATCCCATCTTCGT-AAT-TATTTAAAAATGCCTATTTTCGTA
1 ATTTTCGTAATTA-ATTTTAAAAAGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTCGTA
*
431781 AATATTTTTAAAAA-GCCT
65 ATTATTTTTAAAAACGCCT
* * * * * *
431799 ATTTTCGTAATT-ATTTTTAAAAGACTGTTTTTGTAAATATTTTTAAAAACGCCAATTTTCGTAA
1 ATTTTCGTAATTAATTTTAAAAAGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAA
431863 TTGA-TTTT---AA-----
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** * * * *** *
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*
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* * * * **
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*
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* * * * * *
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**
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* *
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*
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* * *
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* ** *
433369 AATATTTAAAAAAAAATCCTATTTTCGTA
1 ATTATTTTTAAAAACA-CCTATTTTCGTA
433398 TTTAATTTTG
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 12, Indels: 9
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
82 6 0.06
83 64 0.67
84 14 0.15
85 7 0.07
86 4 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (84 bp):
ATTATTTTTAAAAACACCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAACGCTTATTCTCGTAATTATTTTT
AAAAACGCCTATTTTCATA
Done.