Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01015099.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130143, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12104
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Found at i:3225 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3201--3255 Score: 76
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
3191 TAAAAATCTT
*
3201 ATCGATTTTATTTCTGTTTGA
1 ATCGATTTTATTTATGTTTGA
3222 ATCGATTATT-TTTATGTTTGA
1 ATCGATT-TTATTTATGTTTGA
*
3243 ATCGATTTAATTT
1 ATCGATTTTATTT
3256 TGCTTAAATC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.03
21 27 0.90
22 2 0.07
ACGTcount: A:0.24, C:0.07, G:0.13, T:0.56
Consensus pattern (21 bp):
ATCGATTTTATTTATGTTTGA
Found at i:7992 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 7950--8006 Score: 80
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
7940 TCATTTTTGG
7950 TCACCCAACTATGAGAAA-TTACAAAATTA
1 TCACCCAACTATGA-AAAGTTACAAAATTA
* *
7979 TCACTCAACTATGAAAAGTTATAAAATT
1 TCACCCAACTATGAAAAGTTACAAAATT
8007 GGACAGCCTC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.12
29 22 0.88
ACGTcount: A:0.47, C:0.18, G:0.07, T:0.28
Consensus pattern (29 bp):
TCACCCAACTATGAAAAGTTACAAAATTA
Found at i:8751 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 8719--8771 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 2.7 Consensus size: 20
8709 AAATAATTTA
* *
8719 AAAAATTAT-AAAAATACTC
1 AAAAATTATAAAAAAAAATC
*
8738 AAAAATAATAAAAAAAAATC
1 AAAAATTATAAAAAAAAATC
*
8758 AAAATTTATAAAAA
1 AAAAATTATAAAAA
8772 GTTCATAATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 1
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.29
20 20 0.71
ACGTcount: A:0.72, C:0.06, G:0.00, T:0.23
Consensus pattern (20 bp):
AAAAATTATAAAAAAAAATC
Found at i:11010 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 11001--11078 Score: 90
Period size: 6 Copynumber: 13.3 Consensus size: 6
10991 ATTGATTTTG
* **
11001 AATTTA AATTT- ATTTTA AATTTA AATTT- GTTTTAA AATTTA AATTT-
1 AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTT-A AATTTA AATTTA
*
11047 AATTTA AATTTA GATTTA AATTTA AATTTA AA
1 AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AA
11079 ACTTATTATA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 8, Indels: 8
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
5 12 0.20
6 45 0.75
7 3 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (6 bp):
AATTTA
Found at i:11029 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 10997--11077 Score: 85
Period size: 29 Copynumber: 2.8 Consensus size: 28
10987 TTAAATTGAT
*
10997 TTTGAATTTAAATTTATTTTAAATTTAAA
1 TTTGAATTTAAATTTAATTT-AATTTAAA
*
11026 TTTG-TTTTAAAATTTAAATTTAATTTAAA
1 TTTGAATTT-AAATTT-AATTTAATTTAAA
11055 TTT-AGATTTAAATTTAAATTTAA
1 TTTGA-ATTTAAATTT-AATTTAA
11078 AACTTATTAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 8
0.80 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
28 3 0.07
29 35 0.78
30 7 0.16
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.04, T:0.54
Consensus pattern (28 bp):
TTTGAATTTAAATTTAATTTAATTTAAA
Found at i:11040 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10978--11078 Score: 114
Period size: 17 Copynumber: 5.8 Consensus size: 17
10968 ATTTAAACCC
*
10978 ATTTTAAGA-TTAAATTG
1 ATTTTAA-ATTTAAATTT
*
10995 ATTTTGAATTTAAATTT
1 ATTTTAAATTTAAATTT
11012 ATTTTAAATTTAAATTT
1 ATTTTAAATTTAAATTT
*
11029 GTTTTAAAATTTAAATTT
1 ATTTT-AAATTTAAATTT
* *
11047 AATTTAAATTTAGATTT
1 ATTTTAAATTTAAATTT
*
11064 AAATTTAAATTTAAA
1 -ATTTTAAATTTAAA
11079 ACTTATTATA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 8, Indels: 5
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.01
17 44 0.60
18 28 0.38
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.05, T:0.52
Consensus pattern (17 bp):
ATTTTAAATTTAAATTT
Found at i:11074 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 11001--11078 Score: 104
Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
10991 ATTGATTTTG
* **
11001 AATTTAAATTTATTTTAAATTTAAATTTGTTTTAA
1 AATTTAAATTTAATTTAAATTTAAATTTAATTTAA
*
11036 AATTTAAATTTAATTTAAATTTAGATTTAAATTT-A
1 AATTTAAATTTAATTTAAATTTAAATTT-AATTTAA
11071 AATTTAAA
1 AATTTAAA
11079 ACTTATTATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 2
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
35 35 0.92
36 3 0.08
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (35 bp):
AATTTAAATTTAATTTAAATTTAAATTTAATTTAA
Done.