genome.fa.s15132.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015132.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130176, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  328324

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1711--1813	29	3.5	28	74	12	100	33	1	25	39	1.67
2444--2483	13	2.9	14	85	14	57	2	12	5	80	0.98
3618--3680	17	3.7	17	78	4	65	46	7	1	44	1.42
9862--9920	29	2.0	30	90	3	93	30	5	13	50	1.63
13074--13104	14	2.2	14	94	0	53	48	0	0	51	1.00
14450--14479	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
17789--17832	21	2.1	21	86	0	61	52	2	0	45	1.13
22800--22825	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
27073--27391	160	2.0	160	94	0	566	34	14	19	32	1.92
35130--35167	20	1.9	19	89	5	58	15	15	10	57	1.64
36130--36193	29	2.2	30	82	2	76	46	3	1	48	1.27
37159--37360	100	2.0	100	100	0	404	20	19	13	46	1.84
41273--41302	2	15.0	2	92	0	51	50	0	3	46	1.18
43551--43589	20	2.0	20	85	10	53	51	0	7	41	1.31
48891--48943	21	2.6	21	87	3	72	43	3	7	45	1.50
49575--49628	18	2.8	19	78	10	58	18	12	0	68	1.21
49839--49881	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
50455--50503	25	2.0	25	95	0	89	46	28	0	24	1.53
50484--50517	16	2.1	17	94	5	61	44	29	0	26	1.55
50617--50655	11	3.5	11	82	0	51	12	25	33	28	1.93
50617--50658	22	1.9	22	95	0	75	11	26	33	28	1.92
64564--64644	26	3.2	26	63	16	69	33	13	20	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64636--64674	16	2.4	16	86	0	51	38	23	12	25	1.90
64649--64674	12	2.2	12	100	0	52	42	26	7	23	1.81
69870--69896	6	4.5	6	100	0	54	0	0	29	70	0.88
74441--74493	23	2.3	24	75	24	60	41	0	5	52	1.25
76239--76317	30	2.6	30	93	0	131	25	15	13	45	1.83
76552--76736	59	3.2	58	83	5	212	47	12	15	24	1.80
76568--76714	28	5.1	27	70	14	89	49	10	15	23	1.76
78030--78214	96	1.9	96	85	6	259	36	14	18	30	1.91
78440--78877	29	15.0	29	75	11	344	30	2	30	36	1.73
78412--78623	116	1.8	118	82	4	277	30	5	31	32	1.81
78439--78877	59	7.5	58	78	8	315	30	2	30	35	1.73
78561--78881	88	3.6	89	85	7	374	31	2	29	36	1.70
79941--80026	3	27.7	3	72	11	57	40	1	1	56	1.14
79942--80026	18	4.6	18	80	12	84	41	1	1	56	1.14
80733--80775	17	2.5	17	88	3	59	51	2	0	46	1.13
81260--81297	19	2.0	20	84	5	51	65	2	5	26	1.27
81775--81831	20	2.8	20	81	2	69	43	1	0	54	1.10
81798--81831	9	3.4	10	88	12	52	44	0	0	55	0.99
81775--81840	21	3.2	21	76	8	73	42	1	0	56	1.08
81782--81840	10	5.8	10	73	16	50	40	1	0	57	1.09
88070--88129	24	2.6	21	80	17	57	45	3	0	51	1.17
92787--92811	13	1.9	13	100	0	50	8	12	0	80	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104809--104845	16	2.3	16	85	0	56	62	0	0	37	0.96
104791--104851	30	2.1	27	82	8	68	63	0	0	36	0.94
104909--104964	27	2.1	27	89	0	85	30	19	25	25	1.98
104920--104974	27	2.0	27	89	0	83	30	21	20	27	1.98
105093--105124	3	11.0	3	93	6	57	68	0	31	0	0.90
105249--105282	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
106035--106072	16	2.3	17	90	4	60	39	0	2	57	1.12
106064--106091	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
108493--108533	6	6.8	6	83	10	57	17	2	14	65	1.37
111427--111478	26	2.0	26	88	3	79	17	26	3	51	1.62
111921--111964	14	3.1	14	76	3	52	18	0	11	70	1.16
113101--113146	24	1.9	24	90	0	74	23	10	23	41	1.86
119357--119408	23	2.3	22	75	12	52	48	1	9	40	1.47
119735--119775	17	2.4	17	95	0	73	39	26	9	24	1.86
123079--123121	13	3.3	13	80	0	50	32	20	18	27	1.96
128629--128683	25	2.3	25	84	12	71	9	27	21	41	1.83
129279--129427	23	6.5	21	77	13	93	12	21	20	45	1.83
129280--129427	46	3.2	45	83	5	165	12	21	20	45	1.83
130920--130974	29	2.0	28	82	10	69	50	3	7	38	1.48
149011--149043	16	2.1	16	94	0	57	45	0	45	9	1.35
151867--151892	8	3.2	8	100	0	52	23	11	11	53	1.69
159845--159885	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161327--161374	22	2.2	21	77	3	51	50	0	14	35	1.44
161455--161482	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
162230--162345	41	2.8	41	93	1	196	38	12	26	21	1.90
162313--162366	26	2.1	26	96	0	99	37	14	25	22	1.93
162272--162411	67	2.1	67	88	4	203	36	13	25	24	1.92
162231--162448	108	2.0	108	92	0	364	38	12	25	23	1.90
162339--162520	41	4.4	41	87	0	247	38	11	24	25	1.89
162339--162520	82	2.2	82	94	1	310	38	11	24	25	1.89
165402--165875	237	2.0	237	98	0	912	35	17	17	28	1.93
171887--171957	25	2.9	24	87	6	90	40	16	29	12	1.86
185950--186003	16	3.3	17	72	15	51	59	7	1	31	1.36
189764--189835	27	2.6	27	65	12	65	38	4	5	51	1.45
195263--195296	17	2.0	17	100	0	68	17	5	35	41	1.74
198559--198606	23	2.2	21	82	14	53	29	2	6	62	1.31
198639--198705	33	2.0	34	85	2	91	40	0	2	56	1.14
198646--198699	25	2.2	25	82	0	63	37	0	3	59	1.15
204442--204645	100	2.0	100	99	0	399	23	23	16	36	1.94
204770--205424	218	3.0	218	97	0	1220	32	18	20	27	1.97
206536--206949	203	2.0	204	97	0	778	31	13	17	38	1.88
207973--208003	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
208102--208148	22	2.0	22	84	12	58	27	4	10	57	1.51
212660--212700	22	1.9	21	90	5	64	41	4	12	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230713--230883	63	2.7	63	96	0	306	43	14	21	20	1.87
232802--232841	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
244799--244841	21	2.0	21	81	0	50	16	27	9	46	1.77
244807--244845	21	1.9	21	84	5	53	12	30	10	46	1.75
245323--245350	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
265839--266177	188	1.8	187	86	3	493	21	17	19	41	1.90
270257--270289	6	5.5	6	96	0	57	27	54	0	18	1.44
270863--270912	15	3.3	15	77	0	55	62	2	32	4	1.25
277008--277033	9	2.9	9	100	0	52	34	23	0	42	1.54
279485--279597	55	2.1	54	91	1	181	48	3	15	32	1.61
297472--297525	15	3.3	15	74	18	54	46	0	1	51	1.11
297470--297534	34	1.9	33	90	3	103	49	0	3	47	1.17
297487--297523	19	1.9	19	88	0	56	51	0	2	45	1.15
301909--301955	24	2.0	24	87	4	69	59	2	0	38	1.09
312245--312313	30	2.3	29	82	9	77	52	8	4	34	1.52
320550--320661	36	3.2	35	77	7	111	36	21	25	16	1.94
320550--320648	33	2.9	33	77	4	99	36	22	24	17	1.95
321332--321415	36	2.3	36	93	0	141	25	35	21	17	1.95
325795--325882	36	2.4	36	90	0	140	44	6	18	30	1.75
326607--326768	84	1.9	84	89	2	254	29	11	12	46	1.76

Tables:   1

The End!