genome.fa.s15144.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015144.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130188, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  220396

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19710--19752	22	2.0	22	100	0	86	23	32	18	25	1.97
22219--22258	21	1.9	21	84	0	53	37	7	5	50	1.53
23209--23279	30	2.4	30	83	6	92	50	5	0	43	1.25
24046--24085	12	3.3	12	85	0	62	7	5	17	70	1.30
24034--24085	24	2.1	25	89	7	79	9	5	17	67	1.38
24046--24130	33	2.7	32	76	7	84	8	3	17	70	1.26
24048--24117	31	2.3	31	80	11	83	7	4	15	72	1.22
24076--24132	20	2.9	19	86	5	69	8	1	17	71	1.19
24137--24182	11	4.2	11	88	0	56	28	4	2	65	1.23
44823--44910	46	1.9	46	85	0	122	59	12	4	23	1.52
62343--62367	6	4.2	6	100	0	50	32	52	16	0	1.44
65710--65752	18	2.4	18	80	3	52	23	4	0	72	1.04
67377--67552	90	2.0	86	94	4	307	21	21	17	40	1.91
75449--75479	16	1.9	16	93	0	53	74	3	0	22	0.96
78526--78592	34	2.0	34	88	5	100	37	13	14	34	1.86
82132--82174	21	2.0	21	95	0	77	39	23	11	25	1.88
87987--88051	34	1.9	34	96	0	121	29	26	13	30	1.94
90262--90288	14	1.9	14	100	0	54	29	7	11	51	1.64
96517--96601	20	4.3	20	74	12	77	62	0	3	34	1.12
96860--96892	16	2.2	16	89	10	52	60	3	0	36	1.12
98101--98154	22	2.5	22	78	3	65	48	40	0	11	1.39
99598--99700	22	4.8	21	70	8	82	5	5	21	66	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99731--99799	24	2.9	24	72	8	59	13	5	13	68	1.38
99710--99765	21	2.6	20	76	20	51	10	7	10	71	1.31
101108--101164	6	10.2	6	73	21	52	49	45	0	5	1.24
101111--101164	22	2.5	22	81	6	65	48	46	0	5	1.25
101117--101166	16	3.1	16	73	15	50	46	48	0	6	1.27
101432--101479	17	2.8	18	78	15	57	37	2	0	60	1.09
102074--102108	15	2.3	16	90	9	56	57	0	5	37	1.23
103809--103851	20	2.1	20	86	4	59	79	13	0	6	0.93
104947--104995	23	2.2	23	85	3	64	30	2	2	65	1.15
106171--106221	25	2.0	25	96	0	93	23	5	39	31	1.79
108097--108142	25	1.9	25	86	8	69	34	4	6	54	1.46
108522--108560	14	2.7	15	80	8	53	25	7	10	56	1.59
111347--111380	10	3.4	10	91	0	59	76	0	5	17	0.98
112357--112416	11	4.9	12	78	15	61	78	1	13	6	1.02
112382--112429	17	2.6	17	87	9	60	79	2	14	4	0.98
112356--112416	25	2.5	25	79	12	74	78	1	13	6	1.01
123714--123766	25	2.1	26	82	10	65	37	0	22	39	1.54
123924--124023	38	2.5	40	73	11	107	22	17	29	32	1.96
126185--126234	20	2.5	20	83	3	66	30	4	6	60	1.39
127637--127695	29	2.0	29	100	0	118	35	10	23	30	1.88
127637--127714	29	2.7	29	88	7	88	37	10	23	29	1.88
129064--129501	78	5.7	77	73	8	327	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129333--129583	38	6.5	39	76	6	165	24	31	17	26	1.97
129106--129596	154	3.2	155	84	4	584	25	29	18	25	1.98
129183--129674	116	4.2	117	73	6	345	25	29	18	25	1.98
129103--129700	39	15.4	38	69	11	135	25	29	18	26	1.98
129376--129738	78	4.7	77	77	5	304	24	30	18	26	1.98
129323--129713	39	10.1	38	72	5	165	25	29	18	26	1.98
129943--130202	124	2.1	124	91	1	414	38	16	21	24	1.93
130895--130920	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
131555--131772	30	7.3	30	75	7	203	35	23	1	38	1.66
131572--131670	29	3.3	29	69	10	67	33	23	3	40	1.70
131555--131738	59	3.1	59	78	14	182	35	22	1	40	1.64
131564--131772	59	3.5	57	75	15	172	35	23	1	38	1.66
137098--137212	29	4.0	28	73	5	95	40	6	20	33	1.77
137099--137212	58	2.0	58	82	3	140	40	6	20	33	1.77
137166--137411	30	8.2	30	81	3	219	38	2	20	38	1.65
137157--137432	30	9.2	30	80	3	200	39	3	20	36	1.69
137166--137439	60	4.6	59	77	4	237	39	2	20	37	1.66
140803--140831	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
142233--142273	20	2.0	22	85	9	59	63	4	4	26	1.35
142773--142830	25	2.2	25	85	14	73	39	1	0	58	1.08
156314--156362	11	4.5	11	78	0	53	20	6	10	63	1.47
156308--156362	22	2.5	22	81	0	65	18	5	12	63	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166111--166171	29	2.0	31	87	6	90	27	8	13	50	1.69
167378--167431	26	2.1	26	82	6	65	37	0	5	57	1.22
169148--169198	22	2.5	20	76	17	59	29	1	3	64	1.22
170102--170136	17	2.0	18	88	5	54	34	2	0	62	1.10
175178--175220	21	2.0	22	86	4	61	46	25	2	25	1.65
178796--179094	88	3.4	86	78	9	268	34	5	27	33	1.79
178796--179310	29	17.6	28	74	13	237	35	3	24	36	1.73
178946--179315	30	12.7	28	74	14	161	38	1	22	37	1.63
178945--179161	88	2.5	87	81	12	250	39	1	23	36	1.63
178946--179380	59	7.4	60	73	14	195	38	2	21	37	1.65
180414--180458	18	2.4	18	85	10	56	37	2	2	57	1.23
181103--181148	23	2.0	24	82	4	58	50	2	2	45	1.26
181103--181218	6	20.0	6	71	13	73	56	2	0	39	1.19
181117--181201	35	2.5	35	82	5	102	58	3	1	36	1.23
181151--181212	24	2.7	23	87	5	88	62	1	0	35	1.05
181117--181220	17	6.1	17	79	9	95	58	2	0	37	1.19
185946--185985	17	2.4	16	84	8	62	50	0	0	50	1.00
188753--188814	31	2.0	31	84	6	81	37	1	9	51	1.45
190148--190177	6	4.8	6	95	4	51	83	0	0	16	0.65
190642--190672	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
191185--191232	24	1.9	26	84	16	66	22	2	10	64	1.35
191181--191443	101	2.7	94	78	12	228	20	6	6	66	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191387--191449	24	2.6	22	76	16	63	20	3	6	69	1.24
193416--193480	4	16.2	4	73	17	55	73	3	1	21	1.05
193470--193512	17	2.5	16	82	14	50	72	4	6	16	1.24
193608--193650	16	2.8	16	82	3	52	74	6	2	16	1.14
199471--199500	14	2.2	14	94	5	53	66	6	3	23	1.30
202513--202583	34	2.0	33	86	10	97	23	12	18	45	1.84
202585--202622	18	2.1	18	85	9	51	52	15	7	23	1.69
202950--202980	5	6.2	5	92	0	53	25	19	16	38	1.92
209217--209274	30	1.9	30	89	0	89	46	6	3	43	1.47
209248--209307	22	2.7	23	74	7	61	45	6	3	45	1.46
211653--211880	30	7.8	30	83	3	277	38	22	3	35	1.70
211653--211880	59	3.9	59	85	4	275	38	22	3	35	1.70
211652--211885	89	2.6	88	84	5	294	38	23	2	34	1.71
211662--211929	30	9.2	28	75	11	157	39	22	3	34	1.71
211838--211929	29	3.2	29	79	13	86	38	23	3	34	1.72
211853--211952	30	3.3	30	74	13	82	37	23	3	37	1.70
213779--213903	65	1.9	65	100	0	250	35	21	17	25	1.95

Tables:   1

The End!